이유
1. 사실

청구법인은 서울특별시 강서구 OO동 OOOOO에 영업소를 두고 서비스업(항공운수보조업)을 영위하는 법인으로, 같은동 OOOOO 소재 지상조업장비 점검수리장 건물 3,559.7 평방미터(이하 “쟁점 시설물”이라 한다)의 신축계획에 대해 청구법인이 시행하여 준공과 동시에 국가에 기부채납할 것을 조건으로 1986.11.28 서울지방항공관리국장(이하 “국가”라 한다)으로 부터 승인을 받아 1988.1.6 쟁점 시설물을 준공하고 1988.1.7 소유자를 국가로 하여 건축물관리대장에 등재하였으며, 쟁점 시설물의 기부서를 국가에 제출하여 1988.4.1 쟁점 시설물 기부채납 및 무상사용수익허가를 받은 후, 쟁점 시설물의 기부를 부가사치세 과세대상으로 보고 1988년 1기분 부가가치세 확정신고시 이에 대한 부가가치세 74,917,810원(=쟁점 시설물 기부채납액 824,096,000원÷1.1×10퍼센트)을 자진신고납부하였는 바,

이에 대하여 처분청에서 1989.1.4 쟁점 시설물에 대한 청구법인의 장부가액 1,228,220,658원을 공급가액으로 하여 청구법인이 자진신고한 과세표준과의 차액 479,042,476원에 대한 부가가치세 62,275,520원(부가가치세 47,094,247원, 가산세 14,371,273원)을 경정고지함에 따라 이에 불복하여 심사청구를 거쳐 1989.6.12 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

청구법인은,

첫째, 세무관서가 과세표준과 세액을 결정한 후 그 과세표준과 세액에 누락 또는 오류가 있다는 이유로 그 과세표준과 세액을 증액하는 경정처분을 한 경우에는 먼저된 당초처분은 증액경정처분속에 흡수되어 독립된 존재가치를 상실하여 당연히 소멸되므로 오직 증액경정처분만이 쟁송의 대상이 되며 이러한 이유는 납세자의 신고에 의하여 그세액이 확정되는 법인세, 부가가치세등의 국세에 대한 신고결정분과 증액경정처분 사이에 있어서도 마찬가지로 적용되는 것으로 보아야 하고(이하 “청구1”이라 한다),

둘째, 청구법인이 쟁점 시설물을 국가에 기부한 것은 국가의 무상사용수익허가와 경제적실질면에서도 “대가적의미”를 가지지 아니하는 것으로, 국가에 무상으로 재화를 공급하는 경우에 해당되므로 이에 대해서는 부가가치세가 면세되어야 하고(이하 “청구2”라 한다),

셋째, 설령 청구법인의 기부채납자산이 부가가치세과세대상이라고 가정하더라도, 쟁점 시설물의 기부에 대하여는 청구법인과 국가 사이의 합의에 의해 결정된 기부채납액을 재화공금에 대한 공급대가로 보아야 함에도 처분청이 아무런 근거도 없이 쟁점 시설물의 장부가액을 과세표준으로 하여 부과한 것은 부당하다(이하 “청구3”이라 한다)는 주장이다.

3. 국세청장 의견

국세청장은, 먼저 청구“1”의 경우,

부가가치세 납세의무는 사업자가 과세기간종료후

부가가치세법 제18조

및 제19조의 규정에 의해 과세표준과 세액을 신고함으로써 확정되고 신고납부의 오류에 대한 정정은

국세기본법 제45조

의 규정에 의한 수정신고에 의하여 행하는 것인 바, 청구법인은 쟁점 시설물의 기부에 대하여 스스로 과세표준을 확정하여 이에 대한 부가가치세를 자진신고납부한 후 동 자진납부세액에 대하여 국세기본법의 규정에 의한 수정신고를 한 사실이 없으며, 더욱이 위 자진납부세액은 처분청이 결정고지한 세액도 아니므로 동 자신납부세액은

국세기본법 제55조

의 규정에 의한 불복청구의 대상이 되는 것으로 볼 수 없고,

청구“2”의 경우, 청구법인이 쟁점 시설물을 건축하여 국가에 기부하고 무상사용수익허가를 받은 것은, 그 무상사용권이 쟁점 시설물의 기부에 대응하는 반대급부(대가)로 판단되므로 무상으로 기부하였다는 청구법인의 주장은 이유 없고,

청구“3”의 경우, 청구법인은 법에 정한 제정부를 기장하는 법인사업자로서 모든 납세의무를 지장한 장부에 의하여 이행하고 있으므로 처분청에서 쟁점 시설물의 공급가액을 장부상 취득가액으로 함은 정당하다할 것이고, 쟁점 시설물의 장부상 취득가액이 1,228,220,658원인 것으로 확인되고 청구법인이 이를 모두 기부채납하였으므로, 처분청이 쟁점 시설물의 공급가액을 장부상 취득가액인 1,228,220,658원으로 하여 그 가액에서 청구법인이 스스로 신고한 부가가치세 과세표준 749,178,182원을 차감한 잔액 479,042,476원에 대하여 이 건 부가가치세를 추가로 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점

따라서 이 건 심판청구의 쟁점은

청구“1”의 경우, 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고함으로써 납세의무자가 확정되는 부가가치세에 있어서 사업자가 과세표준과 세액을 정부에 신고한 후 정부가 그 과세표준과 세액을 증액하는 경정처분을 한 경우에 증액결정처분을 쟁송의 대상으로 하여 그 속에 포함되어 있는 당초신고내용에 대해 불복할 수 있는지의 여부와

청구“2”의 경우, 청구법인의 쟁점 시설물 기부에 대해 부가가치세를 면제할 수 있는지의 여부 및

청구“3”에 있어서는, 쟁점 시설물의 기부에 대해 부가가치세를 부과함이 타당한 것으로 보는 경우 그 공급가액을 국가의 기부채납액으로 하는 것인지 아니면 청구법인의 장부상 취득가액으로 하는 것인지의 여부를 가리는데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

가. 청구“1”에 대하여

먼저 이 건 과세경위를 보면, 청구법인은 쟁점 시설물을 국가에 기부하면서 국가의 기부채납액(824,096,000)을 공급대가로 하여 그 공급가액을 749,178,182원으로 산출하고 이에 대한 부가가치세를 스스로 자진신고납부하였으며, 처분청에서는 쟁점 시설물에 대한 청구법인의 장부상 취득가액(1,228,220,658원)을 공급가액으로 하여 이 가액에서 청구법인이 신고한 과세표준(749,178,182원)을 차감한 잔액(479,042,476원)에 대하여 1989.1.4 이 건 부가가치세를 경정고지하였음을 처분청이 제출한 부가가치세 경정결의서에 의하여 알 수 있다.

살피건대, 부가가치세의 납세의무는

국세기본법 제22조

제1항 및

동법시행령 제10조의2

제1호의 규정에 의하여 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때에는 확정되므로 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고한 수 정부가 그 과세표준과 세액을 증액하는 경정처분을 한 경우에는 당초신고확정의 효력은 소멸되고 경정처분속에 흡수된다 할 것이다.(동지 국심 89서664, 1989.8.1)

그러하다면 이 건의 경우에도 쟁점 시설물에 대한 청구법인의 신고확정의 효력은 소멸되고 1989.1.4 자 경정처분에 흡수된다 할 것이므로 증액경정처분을 쟁송의 대상으로 하여 그 속에 포함되어 있는 당초신고내용에 대해 볼복할 수 있는 청구법인의 주장은 이유 있다고 판단된다.

나. 청구“2”에 대하여

청구법인은 쟁점 시설물을 국가에 무상으로 기부한 것이므로 이에 대한 부가가치세는 면제되어야 한다고 주장하고 있다.

살피건대, 쟁점 시설물에 대한 건축물관리대장을 보면, 청구법인은 준공과 동시에 국가에 기부채납할 것을 조건으로 국가로부터 쟁점 시설물의 신축계획을 승인받아 1988.1.6 이를 준공한 후 1988.1.7 소유자를 국가로 하여 건축물관리대장에 등재한 것으로 되어 있고, 1988.3.28 자 청구법인의 쟁점 시설물 기부서제축에 관한 문서를 보면, 청구법인이 쟁점 시설물에 대한 기부서를 제출하면서 기부채납시

국유재산법 제24조

제1항 제1호의 규정에 의거 사용료의 면제를 요청한 것으로 되어 있으며, 1988.4.1 자 국가의 「쟁점 시설물 기부채납 및 무상사용수익허가」에 관한 공문을 보면 국가는 쟁점 시설물의 기부를 채납하면서 청구법인에게 시설물의 무상사용수익허가를 한 것으로 되어 있는 바,

청구법인이 쟁점시설물을 기부하고 국가로부터 무상사용수익허가를 받은 것은

부가가치세법 제6조

제1항

동법시행령 제14조

제3호의 규정에 의한 재화의 공급에 해당된다고 판단된다.(동지 국심 89서567, 1989.6.2)

다. 청구“3”에 대하여

청구법인은 설사 쟁점 시설물에 대해 부가가치세를 부과함이 타당하다 하더라도 쟁점 시설물의 기부채납액(824,096,000원)을 공급대가로 보아 공급가액을 749,178,182원으로 함이 타당하다고 주장하고 있고, 국세청장은 이에 대해 청구법인의 장부가액(1,228,220,658원)을 공급가액으로 함이 타당하다는 의견이다.

먼저 이 건 관련 부가가치세법규에 대해 살피건대, 부가가치세 법 제13조 제1항 제1호 및 제2호 「재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 금전으로 대가를 받은 경우에는 그 대가, 금전이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가로 한다」고 규정되어 있고,

동법시행령 제50조

제1항에서는 「법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 사업자와 특수관계가 없는 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격으로 한다」고 규정되어 있으며, 부가가치세 기본통칙(5-1-1…13)을 보면, 「사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의100에 해당하는 금액이 과세표준이 된다」고 규정되어 있는바, 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가를 금전이외의 것으로 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대해 특수관계가 없는 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격을 과세표준으로 하되, 그 대가에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니하거나 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 그 대가의 110분의100에 해당하는 금액이 과세표준이 된다는 것을 알 수 있다.

다음으로 이 건 사실관계등에 대해 살피건대,

첫째, 청구법인의 1987.3.28 자 기부서 및 국가의 1988.4.1 자 기부채납 및 무상사용수익허가서를 보면 청구법인의 기부가격과 국가의 기부채납액이 모두 824,096,000원으로 되어 있고(공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지아니함),

둘째, 청구법인이 1987.3.28 국가에 기부서 제출시 첨부한 OO감정원(영등포지점)의 감정평가서를 보면 가격시점을 1988.2.22로 감정목적을 일반거래(기부채납)로 하여 평가한 쟁점 시설물을 감정가격이 824,096,000원으로 되어 있어 청구법인의 기부가격과 국가의 기부채납액이 동 감정가격에 의해 결정된 것임을 알 수 있는데, 감정평가에

관한법률 제6조

의 규정에 의한 인가를 감정회사가 감정한 가액은 상속세법상으로는 시가로 인정되고 있고, 법인세법시행규칙에서는 시가가 불분명한 경우에 이에 의하도록 규정되어 있으므로 부가가치세법에서도 이를 준용하여 위 감정가액을 시가로 볼 수 있고,

셋째,

국유재산법 제25조

(사용료)와 제26조(사용료의 면제),

동법 시행령 제26조

(사용료율과 평가방법)와 제28조(기부채납재산의 사용료면제) 및 제37조(재산의 가격결정)을 보면, 행정재산등의 사용·수익을 허가한 때에는 감정평가에

관한법률 제6조

의 규정에 의하여 인가를 받은 법인의 평가액에 일정요율을 곱한 금액의 사용료를 징수하고 기부채납재산에 대하여 기부자등에게 사용·수익을 허가하는 때에는 그 사용료를 면제하는 데, 그 사용료의 면제는 사용료총액이 기부채납재산의 가액에 달할 때까지 하는 것으로 되어 있으며,

넷째, 쟁점 시설물에 대한 청구법인의 장부가액은 청구법인의 취득원가이지 시가는 아니라는 점등을 조합하여 볼 때,

청구법인이 쟁점 시설물을 국가에 기부하고 일정기간동안 무상사용수익권, 즉 금전이외의 대가를 받은 이 건의 경우, 특수관계에 있지 아니한 청구법인과 국가간의 합의에 의하여 형성된 기부채납액을 위에서 본 부가가치세법규에 의해 쟁점 시설물의 시가로 보아 이를 과세표준으로 하되, 기부채납액에 부가가치세가 포함되어 있는지 여부가 불분명하므로 기부채납액(824,096,000원)의 110분의 100에 해당하는 금액(749,178,182원)을 과세표준으로 함이 타당하다고 판단된다.

따라서 청구법인이 쟁점 시설물 기부채납액의 110분의100에 해당하는 금액을 과세표준으로 하여 부가가치세를 자진신고한 데 대하여 처분청에서 청구법인의 장부가액을 쟁점 시설물의 공급가액으로 보고 이 금액과 청구법인이 자진신고한 과세표준과의 차액에 대해 부가가치세를 추가고지한 이 건 처분은 잘못이다 할 것이다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.