이유
1. 원처분 개요 처분청은 청구법인이 ’91사업년도(91.1.1～12.31) 및 ’92사업년도(92.1.1～12.31)에 의료관련소모품 및 식품을 청구외 의료법인 OO의료재단(이하 “OO의료재단”이라 한다)에 납품하고 그 매출실적에 따라 각각 지급한 매출할인액 131,955,795원 및 176,763,496원 중 100,000,000원(’91사업년도)과 150,000,000원(’92사업년도)【이하 “쟁점매출할인”이라 한다】을 특정거래처에만 매출할인 명목으로 금전을 지급하였다하여 부당행위계산부인하여 손금불산입하고, 93.11.1 청구법인에게 ’91사업년도 법인세 47,510,810원 및 ’92사업년도 법인세 64,828,290원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.12.29 이의신청 및 94.3.12 심사청구를 거쳐 94.6.20 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 (1) 청구법인은 의료관련 소모품 및 식품을 OO의료재단과 청구외 학교법인 OO학원(이하 “OO학원”이라 한다)의 병원에만 납품하고 있으며, 청구법인은 위 두법인에 식품 등을 매출하면서 사전약정에 의하여 매출액의 일정비율을 매출할인 또는 기부금으로 지급하고 있고, (2) 그 지급액에 대한 계정과목을 경영정책상 매출할인과 기부금으로 구분하였으나, 그 실지내용은 동일한 것이고 또한 위 두 법인은 청구법인과 다같이 특수관계에 해당되는 바, 청구법인이 OO의료재단에만 특혜를 줄 이유도 없으며, (3) 위의 매출할인 또는 기부금 명목으로 지급한 것은 그 명칭에 불구하고 그 실지내용이 법인세법시행령 제12조 제2항 및 같은법시행규칙 제4조 제1항 제2호에 규정하는 판매장려금에 해당되므로 청구법인의 각사업년도의 손비로 인정되어야 한다고 주장한다. 나. 국세청장 의견 (1) 매출할인이라 함은 외상매출금을 신속히 회수하기 위하여 고객이 약정된 기일내에 대금을 결재하는 경우 일정율에 상당하는 금액을 동 외상매출금에서 공제하여 주는 것인 바, 이 건의 경우 청구법인이 특수관계자인 OO의료재단에 ’91사업년도 중에 31,955,795원, ’92사업년도 중에 26,763,496원을 각각 매출할인으로서 외상매출금에서 제공하였으나 그 이외에도 ’91사업년도 말에 1억원, ’92사업년도 말에 1억5천만원을 금전으로 지급하고 이를 매출할인으로 처리하였는 데, (2) 사업년도말에 지급한 위 2억5천만원은 매출할인으로 볼 수 없으며, 만약 청구주장대로 판매장려금에 해당되는 것으로 본다고 하더라도 OO의료재단에만 매출할인을 한 것은 조세를 부당히 감소시킨 경우에 해당된다는 의견을 제시하고 있다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건은 쟁점매출할인을 부당행위계산부인하여 손금불산입한 것이 정당한지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다. 나. 관계법령 법인세법 제20조 에서는 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 정부는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있도록 규정하고 있다. 또한 같은법시행령 제46조 제1항 제7호의 규정에 의하면 출자자와 그 친족이 이사의 과반수이거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한함)의 100분의50이상을 출현하고 그 중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인은 특수관계자에 해당되는 것으로 규정하고 있다. 한편, 같은법시행령 제 12조 제2항 제2호의 규정에 의하면 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입액과 그 부대비용은 손비에 해당되는 것으로 규정하고 있고, 같은법시행규칙 제4조 제1항에서는 「영 제12조 제2항 제2호에 규정하는 판매한 상품 또는 제품에 대한 부대비용에는 다음 각호의 금액을 포함하는 것으로 하되, 거래처와의 사전약정이 있는 경우에 한한다. 1. 외상매출금을 결제하는 경우의 매출할인 2. 거래수량·거래금액에 따라 상대방에게 지급하는 장려금 3. 전 각호와 유사한 성질이 있는 금액」으로 규정하고 있다. 다. 쟁점매출할인을 부당행위계산부인하여 손비로 인정하지 아니한 처분의 당부 (1) 사실관계 (가) 청구법인과 OO의료재단 및 OO학원은 법인세법 제46조 제1항 제7호의 규정에 의하여 모두 특수관계에 있는 사실이 확인되고, 청구법인이 위 두법인과 거래를 함에 있어서 89.12월에 사전약정한 내용을 보면 청구법인과 OO의료재단간에는 약정서 제2조에서 OO의료재단이 90.1.1 이후 청구법인의 제품을 구입하였을시에는 구입해당월의 1천만원 이상 거래실적에 대하여 월 5％이내의 매출할인을 제공한다고 되어 있고, 제3조에서는 매출할인 범위 내에서는 OO의료재단이 요구하는 금액을 매월 지급하기로 하거나 쌍방의 합의하에 정산하여 연도말에 해당금액을 OO의료재단이 지정하는 예금계좌에 입금처리한다고 규정하고 있다. 청구법인이 OO의료재단에 매출한 내용 및 위약정에 의하여 지급한 매출할인의 내용을 보면 아래와 같다. ㅇ매출할인으로 손비처리한 금액 (단위 : 원)

년 월 일

금 액(A)

매출액(B)

비율(A/B)

지급방법

91.12.31

91.12.31

31,955,795

100,000,000

외상매출금상계

당좌수표

소?? 계

131,955,795

3,007,181,570

4.3％

92.12.31

92.12.30

26,763,496

150,000,000

외상매출금상계

당좌수표

소?? 계

176,763,496

3,839,422,860

4.6％

합?? 계

308,719,291

6,846,604,420

4.5％

※일부는 당좌수표로 지급하고 일부는 외상매출금과 상계처리한 이유 : 청구법인의 자금사정 때문임(청구주장) (나) 청구법인이 또다른 거래처인 OO학원과 사정약정한 내용을 보면 그 내용에 있어서는 위의 OO의료재단의 경우와 동일하며, 다만 “매출할인”이라는 명칭대신에 “기부금”이라는 용어를 쓰고 있는것만 다를 뿐임이 확인된다. 청구법인이 OO학원에 매출한 내용 및 기부금 명목으로 지급한 내용은 다음과 같다. ㅇ기부금으로 손비처리한 금액 (단위 : 원)

년 월 일

금?? 액(A)

매 출 액(B)

비 율(A/B)

지 급 방 법

91.12.31

92.12.23

200,000,000

250,000,000

4,844,379,646

5,118,213,680

4.1％

4.8％

당좌수표

당좌수표

합?? 계

450,000,000

9,962,593,326

4.5％

(2) 적용 및 판단 관계법령과 위의 사실관계를 종합하여 보면 청구법인은 의료관련소모품 및 식품을 OO의료재단과 OO학원에만 납품하고 있고, 위 두법인은 모두 청구법인과 특수관계에 해당될 뿐만 아니라 청구법인이 위 두법인에 매출실적에 따라 지급한 매출할인 또는 기부금은 그 명칭에 불구하고 사실상 매출실적에 따라 사전약정에 의한 일정한 비율(5％이내)에 해당하는 금액을 지급한 사실이 확인되는 바, 쟁점매출할인은 외상매출금을 결제기일전에 변제하는 경우 일정율에 상당하는 금액을 공제하여 주는 순수한 의미에서 매출할인에 해당하지 아니하고 법인세법시행규칙 제4조 제1항 제2호에 규정하는 “거래금액에 따라 상대방에게 지급하는 장려금”에 해당되는 것으로 이는 손비로 인정되는 판매부대비용으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. (국심 90서1125, 90.9.10 같은 뜻임) 처분청은 청구법인이 OO학원에 대하여는 위에서 본 바와 같은 장려금 성격의 매출할인을 기부금으로 지급한 것으로 회계처리하였음에도 불구하고 OO의료재단에 대하여는 장려금 성격의 매출할인으로 회계처리한 것은 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것이므로 행위계산부인하여야 한다고 하나 “기부금”이라 함은 업무와 직접 관련없이 상대방으로부터 아무런 대가를 받지 아니하고 무상으로 지급하는 금전 기타 자산가액을 말하는 것이므로 청구법인이 OO학원에 의료관련 소모품 및 식품을 공급하면서 공급가액의 일정비율의 금액을 총매출액에서 공제하여 준 금액은 회계처리상 기부금으로 계상하였다 하더라도 그 실질내용은 장려금인것이며, 장려금임에도 불구하고 기부금으로 회계처리한 것은 OO학원이 학교법인의 특성상 기부금에 의하여 수익재산을 확보할 필요에 따라 청구법인에게 기부금으로 처리해 줄 것을 요청한 것에 기인하고 청구법인이 위 금액을 기부금으로 회계처리하였다 하더라도 조세감면규제법 제49조 제2항 제6호의 규정에 의하여 전액 손금으로 인정되기 때문에 위와 같은 OO학원의 요구를 거절할 특별한 실익이 없었기 때문에 이에 응하여 준 것에 불과한 것이며, 병원 등에 납품 할 때에 장려금을 지급하는 것이 거래관행화 되어 있는 실정을 종합하여 볼 때 청구법인이 OO의료재단에 의료관련 소모품 및 식품을 공급하면서 장려금을 지급한 것에 대하여 특수관계자간에 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 본 것은 사실판단 및 법령 적용을 잘못한 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점매출할인액에 대하여 특정거래처에 대하여만 매출할인을 하였다고 하여 부당행위계산부인하여 손금불산입한 것은 부당하다고 판단된다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.