이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.12.10. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 공장용 건축물 4,209.5㎡(이하 이 사건 건물 이라 한다)를 취득한 후 2000.1.10. 취득세 55,960,000원, 농어촌특별세 5,596,000원, 합계 61,556,000원을 신고납부함에 따라 이를 징수 결정(이하 제1처분 이라 한다)하였고, 1998.12.31.부터 2000.12.31.까지 사이에 취득한 저장탱크(신설 및 배관공사 등)·지목변경·기타 건물 및 구축물에 대한 취득세 등을 과소 신고납부 및 신고누락한 사실을 확인하고 그 취득에 소요된 공사비(저장탱크 등 1,994,558,197원, 지목변경 392,191,226원, 기타 건물 및 구축물 41,948,189원, 합계 2,428,697,612원)를 과세표준으로 하여 지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 58,288,740원, 농어촌특별세 5,343,120원, 합계 63,631,860원(가산세 포함, 이하 제2처분 이라 한다)을 2002.1.14. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 첫째, 대도시인 ○○시 ○○구 ○○에 있던 간장공장(이하 ○○공장 이라 한다)을 대도시외 지역인 ○○도 ○○시 소재 공장(이하 ○○공장 이라 한다)으로 이전하기 위하여 이 사건 건물을 증축한 후 ○○공장에서 ○○공장으로 이전한 것이므로 이 사건 건물에 대한 취득세는 면제대상으로서 제1처분과 관련된 취득세 등은 환급되어야 하고, 둘째, 이 사건 저장탱크(신설 및 개조공사 등)는 양조간장을 저장하는 저장조 등의 옥외저장시설이 아니라 양조 및 혼합간장과 산분해 간장을 제조하면서 반드시 거쳐야 하는 살균 및 냉각과 중화공정 등에 사용하는 필수 불가결한 순수 생산시설이라 할 것이므로 제2처분은 취득세 과세대상에서 제외되어야 한다고 주장하고 있으며, 셋째, 설사 이 사건 건물과 저장탱크(신설 및 배관공사 등)·지목변경·기타 건물 및 구축물저장탱크(신설 및 개조공사 등)가 취득세 과세대상이라 할 지라도 대도시내에 있는 ○○공장을 대도시외 지역인 ○○공장으로 이전한 것이므로 제2처분은 부당한 과세처분이라고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 제1처분에 대한 심사청구가 적법하게 제출되었는지 여부와 제2처분이 적법한 부과처분인 지 여부에 있다 하겠으므로 청구인의 주장을 차례대로 살펴본다. 첫째, 제1처분에 대한 심사청구가 적법하게 제출되었는지 여부에 대하여 살펴보면, 지방세법 제72조 제1항에서 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 조에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청 및 심사청구를 제기할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제73조 제1항 및 제74조 제1항에서 이의신청을 하고자 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 경우에는 그 통지를 받은 날)로부터 90일 이내에 불복의 사유를 구비하여 도세에 있어서는 도지사에게 이의신청을 하여야 하고, 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 행정자치부장관에게 심사청구를 하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제73조 제2항에서 제70조의 규정에 의한 과세전적부심사를 거친 후에 과세된 처분에 대하여 이의가 있는 자는 제1항의 규정에 의한 이의신청을 거치지 아니하고 바로 제74조의 규정에 의한 심사청구를 할 수 있다고 규정하면서 이 경우 심사청구는 제1항의 규정에 의한 이의신청기간(90일)내에 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 그러나 청구인은 2000.1.10. 제1처분에 대한 취득세 등을 신고납부한 후 그 날부터 90일 이내에 처분청에 이의신청절차를 거치지 아니하고 449일(1년 84일)이 지난 2002.4.4. 우리 부에 심사청구를 제기하였으므로 이 사건 심사청구는 전심절차인 이의신청절차를 거치지 아니하고 제기된 것이므로 본안 심의대상이 될 수 없는 것이라 하겠다. 둘째, 이 사건 저장탱크(신설 및 배관공사 등)는 양조간장을 저장하는 저장조 등의 옥외저장시설이 아니라 양조 및 혼합간장과 산분해 간장을 제조하면서 반드시 거쳐야 하는 살균 및 냉각과 중화공정 등에 사용하는 필수 불가결한 순수 생산시설이라 할 것이므로 취득세 과세대상에서 제외되어야 함으로 제2처분은 부당하다는 주장에 대하여 보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제104조 본문에서 취득세에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호의 정하는 바에 의한다고 규정하고 그 제4호에서 건축물은 대통령령이 정하는 건물·구축물 및 건물과 구축물의 부대설비를 말한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행령(1999.12.31. 대통령령 제16673호로 개정된 것) 제75조의2 본문에서 법 제104조 제4호 규정에 의한 대통령령이 정하는 건물과 구축물은 다음 각호에 게기한 것으로 한다고 규정한 다음, 그 제2호에서 구축물이라 함은 풀장, ...(생략)... 싸이로, 저장조 등 옥외저장시설(다른 시설과 유기적인 관련을 가지고 일시적으로 저장기능을 하는 시설을 포함한다), ...(생략)... 급·배수시설 및 복개설비와 행정자치부령으로 정하는 구축물이라고 규정하고 있고, 여기에서 말하는 취득세 과세대상인 저장조 등 옥외저장시설이라 함은 곡류, 어류, 과일, 시멘트, 화학제품 등의 물품을 저장 보관하기 위하여 축조된 시설물로서 다른 시설과 유기적인 관련을 가지고 일시적으로 저장기능을 하는 시설을 말한다 할 것이므로 청구인의 경우를 보면, 청구인의 간장 생산과정은 제조공정(살균공정, 이취제거공정, 청정공정, 알카리화공정, 중화공정 등)과 여과과정을 거쳐 저장탱크에 간장을 일시 저장하였다가 포장공정을 거쳐 완제품을 생산하고 있는 사실이 제출된 관계 증빙자료에서 확인되고 있으므로 이 사건 저장탱크(신설 및 배관공사 등)는 다른 시설과 유기적인 관련을 가지고 일시적으로 저장기능을 하는 시설로 보아야 함으로 이 사건 저장탱크(신설 및 배관공사 등)가 제조공정상 필수 불가결한 순수 생산시설로서 취득세 과세대상에서 제외되어야 한다는 청구인의 주장을 받아들일 수 없다 할 것이다. 셋째, 설사 이 사건 저장탱크(신설 및 배관공사 등)·지목변경·기타 건물 및 구축물이 과세대상이라 할 지라도 대도시내에 있는 ○○공장을 대도시외 지역인 ○○공장으로 이전한 것이므로 제2처분은 부당하다는 주장에 대하여 보면, 구 지방세법 제275조 제1항 및 제2항에서 대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 자가 그 공장을 폐쇄하고 대도시외의 지역으로 공장설치가 금지되거나 제한되지 아니한 지역으로 이전한 후 당해 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다고 규정하고 있고, 지방세법시행규칙 제115조 제2항에서 법 제275조 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 공장용 부동산은 다음 각호의 요건을 갖춘 것이어야 한다고 규정하면서 그 제1호에서 이전한 공장의 사업을 개시하기 이전에 취득한 부동산일 것, 그 제2호에서 공장시설(제조장 단위별로 독립된 시설을 말한다. 이하 같다)을 이전하기 위하여 대도시내에 있는 공장의 조업을 중단한 날까지 6월(임차공장의 경우에는 2년)이상 계속하여 조업한 실적이 있어야 하며 이 경우 수질환경보전법 및 대기환경보전법의 규정에 의하여 배출시설이나 오염물질배출시설의 개선명령·이전명령 또는 조업정지의 처분을 받아 조업을 중단한 때의 그 조업 중지기간은 이를 조업한 기간으로 본다고 규정하고 있고, 그 제3호에서 대도시외에서 그 사업을 개시한 날부터 6월(시운전 기간을 제외한다)내에 대도시내에 있는 당해 공장시설을 완전히 철거하거나 폐쇄할 것이라고 규정하고 있으므로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1997.11.1. 공장증설 승인과 1998.1.14. 건축허가를 받아 ○○공장의 이 사건 건물을 신축하여 1999.12.10. 사용승인을 받은 후 그 중 867.68㎡를 완제품 이송로 및 출하장과 창고용도로 사용하고 있고, 그 나머지 면적은 청구 외 (주)○○ 및 ○○○(주)에 임대하고 있으며, 이 사건 저장탱크(신설 및 배관공사 등)는 1999.11.22. 공장증설 변경승인을 받아 2000.1.3. 저장탱크 신설 및 배관공사가 준공되었으며, 2000.6.14. 염산탱크 및 ○○공장 저장탱크를 이설 준공한 다음에 대도시내에 있는 ○○공장을 2000.9.25. 폐쇄한 사실이 제출된 관계 증빙자료에서 확인되고 있음을 볼 때 청구인은 ○○공장을 지방으로 이전한 것이 아니라 기존에 ○○공장을 증설한 것이라 할 것이고, 설사 ○○공장을 ○○공장으로 이전하였다 할 지라도 이 사건 건물과 저장탱크 등의 공장시설은 저장탱크의 신설 및 배관공사가 완료된 2000.1.3.부터 간장 생산에 사용한 것으로 보아야 하고 청구인이 대도시외 ○○공장에서 그 사업을 개시한 날은 2000.1.3.이라 할 것이므로 그로부터 6개월이 되는 2000.7.3.까지 대도시내 ○○공장을 폐쇄하여야 면제대상이 된다 할 것인데도 그 사업을 개시한 날로부터 8개월 22일이 지난 2000.9.25.에서야 ○○공장을 폐쇄한 사실이 청구 외 ○○구청장의 공장 폐업신고서 처리통보서(산환 55470-1081, 2000.9.25.)에서 확인되고 있는 점으로 보아 이 사건 저장탱크(신설 및 배관공사 등)·지목변경·기타 건물 및 구축물 등은 면제대상이라고 볼 수는 없는 것이므로 제2처분이 부당하다는 청구인의 주장은 잘못이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2002. 5. 27. 행 정 자 치 부 장 관