이유
1. 사실 및 처분개요 청구법인은 85.3.5 법인을 설립하여 농·수·축산물 가공판매업 및 도매업을 영위하다가 경기도 용인시 기흥읍 OO리 OOOOO에 92.1.19 창고 13,282.82㎡(이하 “기존창고”라 한다)를 신축하여 창고보관업을 시작하였으며, 94.10.31 창고 13,106.97㎡(이하 “쟁점창고”라 한다)를 추가로 신축하고 95.1.1～95.12.31 사업년도분 법인세 신고시 쟁점창고와 관련한 차입금에 대한 지급이자 664,337,047원을 손금산입하여 법인세를 신고하였다. 처분청은 차입금이 자기자본의 2배를 초과하는 청구법인이 쟁점창고의 연면적의 100분의 10이상을 직접사용하지 아니하고 있다하여 동 창고를 임대전용부동산으로 보아 위 지급이자 664,337,047원을 익금산입하고, 전사업년도에 익금산입하고 유보처분한 미수수익 17,965,883원을 손금산입하여 96.12.31 청구법인에게 95.1.1～95.12.31 사업년도분 법인세 247,182,230원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 97.2.26 심사청구를 거쳐 97.5.28 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 쟁점창고와 기존창고는 한울타리 안에서 동일지번상에 연접하여 있고, 청구법인의 공무부에서 통합하여 관리하고 있으며, 두개의 창고를 한 사업장으로 하여 같은 사업목적으로 사업자등록을 한 후 창고보관업을 영위하고 있는 등 사실상 한 건물이므로 두 창고의 총연면적중 청구법인이 직접사용하는 면적을 기준으로 임대전용부동산 여부를 판정하여야 함에도 쟁점창고의 연면적만을 기준으로 임대면적의 비율이 90%이상 된다고 하여 임대전용부동산으로 보아 쟁점창고와 관련한 지급이자를 손금불산입한 처분은 부당하며, 또한, 처분청은 쟁점창고의 공부상 연면적을 기준으로 임대면적의 비율이 90% 이상 된다고 하여 임대전용부동산으로 보았으나, 사실상 연면적을 기준으로 임대면적의 비율을 산정하면 88.2%에 불과하여 임대전용부동산이 아니므로 지급이자를 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 부당하다. 나. 국세청장 의견 계약서 및 건축물관리대장에 의하면 쟁점창고의 총면적 대 임대면적 비율이 93.02%이고, 사용료 분담내역에 따르면 그 비율이 92.92%임이 확인되고 있고, 또한, 청구법인은 쟁점창고의 연면적이 4,187평(13,841㎡)이라고 주장하며 10% 이상을 업무에 사용하였다고 주장하나 공부상 표시와의 차이인 547평의 사용처, 임대후 부대비용정산시 당해 면적이 고려되지 아니한 이유 및 사실상의 연면적과 공부상의 연면적이 다른 사유 등을 밝히지 아니하고 있으므로 처분청이 쟁점창고를 임대전용부동산으로 보아 이와 관련된 지급이자를 손금불산입한 처분은 잘못이 없다 . 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 차입금이 자기자본의 2배를 초과하는 청구법인이 쟁점창고의 연면적의 100분의 10이상을 직접사용하지 아니한 것으로 보아 임대전용부동산으로 판정하여 이와 관련된 지급이자를 손금불산입한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 법인세법 제18조의 3 제2항에는「대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인이 다음의 각호의 1에 해당하는 자산을 보유하는 경우에 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업년도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다」고 규정하면서, 그 제3호에서「임야·농경지·목장용 부동산 기타 대통령령이 정하는 용도에 사용되는 부동산(제1항 제1호의 규정을 적용받는 부동산의 부분을 제외한다)」이라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제43조의 2 제5항에는「법 제18조의 3 제2항에서 “대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인”이라 함은 차입금이 자기자본의 2배를 초과하는 법인을 말한다」고 규정하고 있고, 같은조 제11항에는「법 제18조의 3 제2항 제3호에서 “대통령령이 정하는 용도에 사용되는 부동산”이라 함은 제5항의 규정에 의한 법인이 보유하는 임야·농경지·목장용 부동산·연수원 또는 휴양소용 부동산 기타 총리령이 정하는 부동산을 말한다」고 규정하고 있으며, 같은법 시행규칙 제18조 제21항에는「령 제43조의 2 제11항에서 “총리령이 정하는 부동산”이라 함은 다음 각호의 부동산을 말하며, 각호에 규정된 주업의 판정은 제3항 및 제10항의 규정에 의한다」고 규정하면서, 그 제8호에서 「임대전용부동산(건물 기타 지상정착물을 임대할 경우로서 임대한 법인이 임대건물 등의 연면적의 100분의 10이상을 직접사용하지 아니하는 경우 당해건물 등과 그 부속토지를 포함한다) 중 다음 각목의 1에 해당하는 것을 제외한 부동산 가. 임대업을 주업으로 하는 법인이 소유하고 있는 부동산 나. 주택건설촉진법에 의한 임대주택과 그 부속토지 다. 임대주택건설촉진법에 의한 임대주택과 그 부속토지 라. 제3항 제11호 가목 단서(법령에 의하여 임대료가 제한된 토지)에 규정된 부동산」이라고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 92.1.19 준공한 기존창고와 94.10.31 준공한 쟁점창고를 소유하면서 창고업을 주업으로 하고 있고, 차입금이 자기자본의 2배를 초과하는 차입금 과다법인이라는 사실과 95.1.1～95.12.31 사업년도분 법인세 신고시 쟁점창고와 관련한 차입금에 대한 지급이자를 손금산입하여 법인세를 신고한 사실에 대하여 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. 먼저, 처분청이 기존창고와 쟁점창고를 별도의 창고로 보아 쟁점창고만을 기준으로 청구법인이 쟁점창고의 연면적의 100분 10이상을 직접사용하지 않는 임대전용부동산으로 판정하여 쟁점창고와 관련한 95.1.1 ～ 95.12.31 사업년도의 지급이자 664,337,047원을 손금불산입한 데 대하여 청구법인은 쟁점창고와 기존창고는 한울타리 안에서 동일지번상에 연접하여 있고, 청구법인의 관리부에서 통합하여 관리하고 있으며, 두 창고는 보완관계에 있는 같은 사업장이므로 청구법인이 직접사용하고 있는 면적비율은 두 창고의 총연면적을 기준으로 산정하여야 하며, 이 경우 청구법인이 직접사용하는 면적의 비율은 53%로서 임대전용부동산에 해당되지 아니므로 위 지급이자를 손금불산입한 처분은 부당하다고 주장하면서 지적도, 설계도면, 조감도, 재무제표, 사진 등을 증빙자료로 제시하고 있으므로 이에 대해 살펴본다. 청구법인은 기존창고의 연면적 전부를 직접사용하고 있으나, 쟁점창고의 연면적 13,106.97㎡중 OOOO(주)에 6,082.67㎡, (주) OOO에 6,109.12㎡를 임대하고 있고 나머지 915.18㎡는 창고 등으로 사용하고 있는 사실이 임대차계약서, 건축물관리대장 등에 의하여 확인되고, 관리비분담내역서상 쟁점창고의 사용내역을 보면, OOOO(주)가 6,417㎡, (주)OOO이 6,417.15㎡, 청구외 OOO(OO식당)이 114.75㎡, 나머지 157.92㎡를 청구법인이 사용하고 있는 것으로 나타나고 있다. 쟁점창고와 기존창고의 부속토지는 철조망에 의하여 둘러싸여 타인소유토지 등과 경계를 이루고 있고, 쟁점창고와 기존창고는 동일지번(기흥읍 OO리 OOOOO)상에 OO차량이 두 창고의 상하차작업장으로 진입하기위한 유일한 진입로에 의하여 연접하고 있으며 그 진입로의 입구에는 일단정지의 바리케이트가 설치되어 있는 사실이 토지대장, 지적도, 설계도면, 조감도, 사진 등에 의하여 확인되고, 청구법인은 92.1.30 기존창고를 냉장창고로 등록한 후 94.12.3 쟁점창고를 일반창고로 추가 등록하였고, 기존창고와 쟁점창고를 한 사업장으로 하여 같은 사업목적으로 사업자등록을 정정하여 창고보관업 등을 영위하면서 두 창고의 자산, 부채, 수익, 비용 등을 통합하여 장부계상하고 있으며, 청구법인의 관리부에서 두 창고의 유지·보수 등을 통합하여 관리하고 있는 사실이 창고업등록증, 사업자등록증, 재무제표 등에 의하여 확인된다. 한편, 청구법인은 창고보관업, 농수축산물 가공 판매 및 도매업, 수출입업 등을 영위하면서 기존창고에는 청구법인과 축협 등의 육류, 수산물 등 저온에서 보관하여야 할 상품을, 쟁점창고에는 청구법인과 (주)OOO 유통의 통조림켄류, 과자류 등 상온에서 보관하여야 할 상품을 저장·관리하고 있고, 95년도 업종별 수입금액은 냉장 및 하역수입이 3,999,674,242원, 상품매출액이 4,214,913,381원인 사실이 사업자등록증, 상품수불일보, 수입금액조정명세 등에 의하여 확인된다. 사실관계가 이러하다면, 비록 외형상 두 창고가 진입로에 의하여 분리되어 있다하더라도 이는 OO차량이 상하차작업장으로 진입하기 위하여 불가피한 통로이고, 이 진입로도 두 창고와 동일지번상에 있는 청구법인의 소유토지로 불특정 다수인이 통행하는 도로가 아닌 창고보관업을 영위하는데 필요한 공간으로 보이는 점, 쟁점창고와 기존창고는 한울타리내에서 동일지번상에 연접하고 있는 점, 또한, 청구법인이 창고업과 농축산물 도매업 등을 영위함에 있어 상품별 특성에 따라 냉장창고와 일반창고에 분리하여 저장·관리하고 있어 기존창고와 쟁점창고는 서로 보완관계에 있는 점, 청구법인이 두 창고를 통합관리하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때 두 창고는 사실상 한 건물로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 그렇다면, 임대전용부동산 여부를 판정함에 있어서 법인이 보유하고 있는 여러건물을 임대용과 업무용으로 각각 사용하는 경우에 임대건물 등의 연면적의 100분 10이상을 직접 사용하지 아니 하는 경우의 해당여부는 각각의 부동산별로 판정하는 것이나, 두 건물이 동일지번상에 연접하여 있고 두 건물을 통합하여 관리하는 등 사실상 한 건물로 인정될 수 있는 경우에는 두 건물의 총연면적을 기준으로 100분의 10이상 직접사용 여부를 판정하는 것이 합리적(국세청예규 법인 46012-3994, 95.10.27 같은뜻)이라 할 것이므로 임대차계약서를 기준으로 할 때 청구법인이 직접사용하고 있는 면적비율은 기존창고와 쟁점창고의 총연면적을 기준으로 산정하여 보면 53.8%이고, 관리비분담내역서를 기준으로 할 때 그 비율은 50.9%로서 100분 10이상을 직접사용하고 있는 것으로 나타나고 있으므로 처분청이 쟁점창고를 임대전용부동산으로 보아 쟁점창고와 관련한 지급이자를 손금불산입한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 나머지 청구법인의 주장에 대하여는 심리할 실익이 없으므로 심리를 생략한다. 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.