이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.6.30. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지상에 건축물 12,316.11㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)을 신축 취득한 후 취득세와 등록세를 신고 납부하였으나, 확인결과 건설자금이자(7,189,369,124원)를 누락하여 과소 신고하였으므로 그 과소 신고한 가액(7,189,369,124원)에 지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 172,544,850원, 농어촌특별세 15,816,660원, 등록세 69,017,940원, 교육세 12,653,280원, 합계 270,032,670원(가산세 포함)을 2000.1.16. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부과 처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 당해 법인의 장부상 건설자금이자 7,189,369,124원은 매 사업년도(1997년～1999년) 결산시에 금융비용을 자산별로 안분한 금융자본화 비용으로서, 1997년부터 변경된 업회계기준의 관련 규정에 따라 고정자산의 취득과 직접 관련이 있는 차입금(이하 “특정차입금”이라 한다)과 고정자산의 건설에 소요되었는 지의 여부가 불분명한 차입금(이하 “일반차입금”이라 한다)으로 구분하여 특정차입금은 실제 발생이자로, 일반차입금은 회사의 평균차입이자율로 건설자금이자를 계산하여 자산원본에 산입하고 있고, 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제82조의3제1항에서 취득가격에 포함하도록 하고 있는 건설자금이자는 법인장부에 계상 여부와 관계없이 법인세법상 고정자산의 매입, 건설에 소요되었음이 분명한 특정차입금에 대한 이자로 한정하고 있는 바, 청구인의 경우 1996년도까지는 사옥건설과 관련한 차입금이 없어 건설자금이자로 계상한 사실이 없으나 1997년도부터 기업회계기준 변경에 따라 일반차입금의 자본화비용을 자산원본에 산입토록 하여 건설자금이자로 계상하고 법인세법상으로는 건설자금이자에 해당되지 않아 이자비용으로 손금산입하여 세무조정한 사실을 보면, 이 사건 건축물의 취득과 관련이 없는 일반차입금의 지급이자 중 일부를 기업회계기준에 따라 법인장부상 그 취득가액에 포함하였다 하더라도 이러한 건설자금이자는 법인세법상 인정되지 않으므로 그 금액은 지방세법상으로도 취득비용에서 제외되어야 할 것인데도, 법인세법상 건설자금이자로 인정되지 않는 이러한 건설자금이자를 과세표준에 포함하여 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 법인장부상 건설자금이자를 계산하여 이를 자본적 지출로 회계처리 하였으나, 법인소득 신고시 세무조정계산서에서는 손금산입 처리한 경우 취득세 과세표준에 포함되는 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제111조 제5항 본문 및 제3호, 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 이전의 것) 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용 [소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 법인세법 제16조 제11호(1998.12.28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 이전의 것)의 규정에 의한 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용( ··· )을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다라고 규정하고 있으며, 법인세법 제28조 제1항제3호에서 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업년도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정되어 있고, 법인세법시행령 제52조 제1항에서 건설자금에 충당한 차입금의 이자라 함은 그 명목여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입·제작 또는 건설( ··· )에 소요되는 차입금(고정자산에 소요된 지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1999.6.30. 취득한 이 사건 건축물에 대하여, 이 사건 건축물의 총 건설자금이자 7,189,369,124원을 법인장부상 취득원가에 계상하였으나, 매 사업년도(1997년～1999년) 결산신고시 이 금액을 이 사건 건축물의 매입과 관련하여 직접적으로 그 매입대금에 충당하기 위하여 차입한 금액이 명백하지 아니한 것임을 확인하고 손금산입 대상이 되는 것으로 세무조정계산서를 제출하였음을 알 수 있다. 살피건대, 구 지방세법시행령 제82조의2 제1항에서 취득가격에 포함되는 건설자금이자의 범위를 기업회계기준에 따른 건설자금이자가 아니라 구 법인세법 제16조 제11호의 규정에 의한 차입금의 이자로 규정하고 있고, 동 규정에서 이 사건 건축물의 매입에 소요된 차입금의 이자인지가 분명하지 아니한 경우는 건설자금이자의 적용대상에서 제외하고 있어 청구인이 법인세의 세무조정시 법인장부상 계상한 건설자금이자 모두를 손금처리 하였음을 볼 때, 당초 이 사건 건축물에 대해 법인장부상 건설자금이자로 계상하였던 것을 모두 손금으로 조정한 것이 정당하다고 인정될 수 있으며, 이와 달리 법인세법상 이 사건 건축물의 매입에 소요된 차입금의 이자임이 분명함을 알 수 있는 아무런 증빙자료도 찾아볼 수 없는 이상, 청구인이 기업회계기준에 따라 이를 건설자금이자로 법인장부에 계상하였다고 하더라도 법인세법상 건설자금이자로 인정되지 않는 건설자금이자는 지방세법상으로도 이 사건 건축물의 취득비용에 포함할 수 없다(같은 취지의 행정자치부 심사결정 2000.6.27. 제2000-490호) 할 것인데도, 처분청이 이러한 건설자금이자를 이 사건 건축물의 취득과 관련하여 지급한 비용으로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2001. 5. 28 행 정 자 치 부 장 관