이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1992.9.15. ㅇㅇ보관창고 신축목적으로 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시(변경전 : ㅇㅇ군) ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 답 1,496.00㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후 2년이 경과하도록 정당한 사유없이 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하고 있으므로 법인의 비업무용토지로 보아 그 취득가액(1,355,323,000원)에 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 “구지방세법”이라 한다) 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 243,958,140원과 구같은법 제128조의2 제1항의 규정에 의하여 과세면제하였던 등록세 16,263,870원, 교육세 2,981,700원 등 합계 263,203,710원(가산세포함)을 1995.1.24. 부과고지하였으나, 청구법인이 이의신청을 제기하므로 이의신청결정기관인 ㅇㅇ도지사는 면제된 등록세 추징사유발생시 가산세 추징규정이 없다는 이유로 등록세 16,263,870원, 교육세 2,981,710원을 등록세 13,553,230원, 교육세 2,710,640원으로 1995.4.11. 경정결정하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 조합원의 ㅇㅇ생산력증진과 사회적·경제적 지위향상도모를 목적으로 설립된 ㅇㅇ협동조합으로서 1992.9.15. ㅇㅇ보관창고 신축목적으로 이건 토지를 취득한 후 고유목적사업에 사용코자 하였으나 이건 토지가 ㅇㅇ국도로부터 약 8m 정도 거리에 있고 그 사이가 하천(구거)이라서 이를 복개하지 않으면 진입로가 없으므로 토지의 사용 및 건축이 불가하여 이를 복개한 후 진입로로 활용코자 처분청에 이건 토지주변부지진입로(동소 ㅇㅇ번지외 4필지 토지)에 대한 공작물설치허가를 여러차례 신청하였으나, 처분청에서는 이건 토지의 일부가 도시계획시설상의 도로로 편입된 지역이므로 지목을 도로로 변경하여 처분청에 기부 채납하여야 허가가 가능하다고 하므로 조속한 사업의 실현을 위하여 1,660명의 조합원 개개인에게 기부채납에 따른 개별적인 동의를 얻는 작업에 착수하여 취득일로부터 1년 10월이 되는 1994.7월에야 전 조합원의 동의를 받고 이사회의 승인을 거친 후 2년 2월이 되는 1994.12.28.에 건축허가를 받았으나, 청구법인이 이건 토지를 취득한 후 건축을 위한 준비와 사업을 계속 추진하였을 뿐만 아니라, 공사가 지연된 사유가 허가관청의 책임에 기인한 것이므로 2년이내에 건축공사를 착공치 못한 정당한 사유가 있으며, 또한 청구법인의 경우 건축준비를 하면서 이건 토지가 청구법인 소유의 ㅇㅇ창고와 접하고 있어 이건 토지를 농용자재 등의 야적장 및 양곡수매장소로 사용하여 왔는데도 고유업무에 직접 사용치 아니하였다고 하여 법인의 비업무용토지로 본 것은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다. 3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 ㅇㅇ보관창고 신축목적으로 토지를 취득한 후 2년이내에 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 “구지방세법”이라 한다) 제110조의3제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유의 업무에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 취득하는 경우를 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일로 부터 1년이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다”라고 규정하고, 그 제1호에서 “ㅇㅇ협동조합법에 의하여 설립된 ㅇㅇ협동조합(단위협동조합 및 특수ㅇㅇ협동조합을 말한다)”이라고 규정하고 있으며, 구같은법 제112조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 ... 법인의 비업무용토지 ... 을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다(생략)”라고 규정하고, 구같은법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것) 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(생략)이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하고, 제4항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 토지는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용으로 보지 아니한다”라고 규정한 다음, 그 제11호에서 “ㅇㅇ협동조합법 ... 의 규정에 의하여 설립된 조합(생략)이 사업용으로 취득한 후 2년이 경과되지 아니한 토지”라고 규정하고 있으며, 구같은법 제128조의2 제1항에서 “제110조의3제1항 각호의 법인의 부동산에 관한 등기 또는 등록(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 등기 또는 등록하는 경우를 제외한다)에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기 또는 등록일로 부터 1년이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 등록세를 추징한다”라고 각각 규정하고 있다. 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 조합원의 ㅇㅇ생산력증진과 사회적·경제적 지위향상도모를 목적으로 설립된 ㅇㅇ협동조합으로서 1992.9.15. ㅇㅇ보관창고 신축목적으로 이건 토지를 취득한 후 2년이 경과하도록 정당한 사유없이 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하고 있으므로 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고, 과세면제된 등록세 등을 추징고지하였으나, 이의신청결정기관인 경기도지사는 면제된 등록세 추징사유발생시 가산세 추징규정이 없다는 이유로 취득세를 제외한 등록세 등의 부과처분을 경정한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 먼저, 이건 토지를 취득한 후 고유목적사업에 사용코자 하였으나 이건 토지가 ㅇㅇ국도로 부터 8m 정도 거리에 있고, 그 사이가 하천(구거)이라서 이를 복개하지 않으면 진입로가 없으므로 이건 토지의 사용 및 건축이 불가능하여 이를 복개한 후 진입로로 활용코자 부지진입로(동소ㅇㅇ번지외 4필지)에 대한 공작물(ㅇㅇ 임시 집하장 및 진입도로 개설) 설치허가를 처분청에 여러차례 신청하였으나, 처분청에서는 이건 토지 일부가 도시계획시설상 도로로 편입된 지역이므로 지목을 도로로 변경하여 처분청에 기부채납하여야 허가가 가능하다고 하므로 청구법인은 조속한 사업의 실현을 위하여 기부채납에 따른 조합원전원의 개별적인 동의를 얻는 작업에 착수하여 취득일로 부터 1년 10월이 되는 1994.7월에야 동의를 받은 후 2년 2월이 되는 1994.12.28. 건축허가를 받았으나, 이건 토지 취득후 건축을 위한 준비와 사업을 계속 추진하였을 뿐만 아니라, 공사가 지연된 사유가 허가관청의 책임에 기인한 것이므로 2년이내에 건축공사를 착공치 못한 정당한 사유가 있다고 주장하고 있지만, 구지방세법 제110조의3 제1항 및 제128조의2제1항과 구같은법시행령 제84조의4 에서 규정하고 있는 “정당한 사유”라 함은 법인이 토지를 취득한 후 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적사유를 뜻하는 것이 원칙이고, 그 법인의 내부적 사유의 경우에는 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 그 법인의 과실없이 그 기간을 넘긴 경우에 한한다고 할 것인 바, 이건 토지주변 부지진입로에 대한 청구법인의 공작물 설치허가신청에 대하여 처분청에서 토지의형질변경등행위허가기준등에관한규칙 제17조제1항의 규정에 의거 도시계획시설(도로)의 설치장소로 결정된 공유수면이기 때문에 도시계획시설이 아닌 공작물을 설치할 수 없다고 판단하여 불허가처분하였으나, 이건 토지와 연접한 청구법인 소유의 양곡창고부지(동소 ㅇㅇ번지)에 국도로 이어지는 진입로(폭 5m 정도)가 있어 이를 활용하면 건축허가가 가능하였을 뿐만 아니라, 청구법인이 토지취득후 2년이 경과한 1994.12.12. 처분청에 건축허가(일반업무시설 및 근린생활시설)신청서를 제출하여 같은해 12.28. 건축허가를 받은 후 1995.4.18. 부지진입로(국유지, 동소 258-4번지외 4필지 토지)에 대한 공작물설치허가를 받은 사실을 살펴볼 때, 청구법인이 이건 토지주변 부지진입로에 대한 공작물설치허가를 신청한 것은 이건 토지와 연접한 국유지인 하천 및 구거부지를 복개함으로써 이건 토지와 연결하여 토지를 효율적으로 활용할 수 있을 뿐이지 공작물설치허가신청이 불허가처분되더라도 이건 토지에 건축물신축을 위한 건축허가를 득하는데는 아무런 제한이 없음에도 토지취득후 2년이내에 건축허가를 신청한 사실이 없으며, 또한 처분청에서 1993.7.5. 청구법인의 공작물설치허가와 관련하여 1993.7.12. 불허가통보를 하면서 도시계획시설(도로)에 편입된 토지를 지목변경(도로)하여 기부채납토록 대안을 제시하여 청구법인이 조합원 개개인의 개별적인 동의를 받는데 1년 10월이 경과되었다고 하더라도 이는 이건 토지를 고유목적사업에 사용하는 것과는 별개의 사안으로서 2년이내에 건축공사를 착공하지 못한 귀책사유가 청구법인에게 있을 뿐만 아니라 1994.12.28. 건축허가를 받은 후에도 토지취득일로 부터 3년 10월이 되는 1994.7.14. 현재까지 건축공사를 착공하지 않고 나대지 상태로 방치하고 있는 사실로 보아 정당한 사유에 해당한다고 할 수 없다 하겠으며, 다음으로 건축준비를 하면서 이건 토지가 청구법인 소유의 ㅇㅇ창고와 연접해 있어 농용자재 등의 야적장과 추곡수매시 양곡수매장소 등으로 사용해 왔으므로 고유업무에 직접 사용하였다고 주장하고 있지만, 청구법인의 경우 이건 토지를 취득할 당시 토지이용목적을 ㅇㅇ보관창고 신축용으로 하여 취득한 사실이 토지등거래계약허가접수처리대장에 의하여 입증되고 있어 일시적으로 농용자재 등의 야적장과 정부양곡 수매장소로 사용하였다고 하더라도 이건 토지를 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용했다고 볼 수 없다 하겠으므로 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 적법하다고 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조 제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1995. 7. 26 내 무 부 장 관