이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.9.5. ○○도 ○○군 ○○리 ○○번지 외 1필지 토지 999.3㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후 10,502,000원을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고납부 하였으나, 신고납부한 과세표준액이 법인장부상의 취득가격(60,000,000원)에 미달하므로 그 차액(49,498,000원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 1,207,270원, 농어촌특별세 110,660원, 등록세 1,781,920원, 교육세 326,670원, 합계 3,426,520원(가산세 포함)을 2001.10.15. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1997.9.5. 이 사건 토지의 취득 당시 법인장부상 취득가격을 60,000,000원으로 계상하였으나, 이는 당시 인허가와 관련하여 지급한 영업권 대가 등 49,498,000원이 회계처리의 오류로 이 사건 토지 가격에 포함된 것으로써, 2000년도 법인 결산서에서 이를 수정 반영하였으므로 이 사건 취득세 등의 부과처분은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 취득 등기 당시의 법인장부상 취득가격을 과세표준으로 하여 취득세 등을 부과한 처분이 적법한 지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제111조 제5항 제3호, 제130조 제3항 및 지방세법시행령 제82조의2 제1항 제2호에서 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서 등 법인장부에 의하여 사실상의 취득가격이 입증되는 경우에는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 하여 취득세와 등록세를 부과하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1997.9.5. 차고지로 사용할 목적으로 이 사건 토지를 취득한 후 처분청에 10,502,000원을 과세표준으로 하여 취득세와 등록세를 신고납부 하였으나, 처분청의 세무조사에서 이 사건 토지의 취득 당시 법인장부상의 취득가격을 60,000,000원으로 회계처리한 사실이 확인됨에 따라 그 차액(49,498,000원)을 과세표준으로 취득세 등을 부과한 사실이 제출된 서류에서 확인되고 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지의 법인장부상 취득가격에 영업권 대가 등이 포함된 것으로써 2000년도 결산서에서 이를 수정 반영하였으므로 이 사건 취득세 등을 부과한 처분이 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 취득세와 등록세의 납세의무는 취득·등기시에 발생하는 것이고 과세표준은 취득·등기 당시의 취득가격으로 하도록 하고 있으므로 지방세법 제111조 제5항 제3호 및 제130조 제3항에 따라 법인장부상의 취득가격을 사실상의 취득가격으로 인정하는 경우에도 취득·등기 당시의 법인장부 가격을 과세표준으로 1회에 한하여 취득세와 등록세를 부과하는 것이고 그 후에 자산재평가 등 방법에 의하여 법인의 장부가격이 증감 변동된다고 하여 취득세와 등록세를 추징하거나 환부하는 문제가 생기는 것은 아니라고 할 것인 바(같은 취지의 대법원 판결 1993.4.27.선고, 92누15895), 청구인이 1997.9.5.에 이 사건 토지를 취득하고 취득가격을 10,502,000원으로 신고 납부한 후 같은 날 청구인의 토지계정 원장에 그 취득가격을 60,609,110원(취득세 등 제세비용 609,110원 포함)으로 회계처리하고 1999년도까지 계속하여 동일한 가격으로 회계처리를 해 오다가 처분청에서 2001. 2월에 이 사건 취득세 등을 과세예고 한 후에야 2000년도 결산서상의 토지가격을 11,111,110원으로 하고 나머지 가액(40,498,000원)을 영업권으로 계상하였으므로, 청구인의 주장과 같이 1997년도 이 사건 토지의 법인장부상 취득가격에 영업권 대가 등이 포함되었다고 한다면 영업권 양도·양수와 관련된 계약서 등 이를 인정할 만한 객관적인 증빙자료를 제출하여야 함에도 이를 인정할 만한 입증자료를 제출하지 못하고 있는 이상, 이 사건 토지의 과세표준은 이 사건 토지의 취득·등기 당시에 청구인이 회계처리한 금액(60,000,000원)으로 볼 수밖에 없다고 하겠으므로, 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과한 처분에는 잘못이 없는 것이라고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다. 2002. 3. 25. 행 정 자 치 부 장 관