이유
1. 원처분의 요지 청구인이 ㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 택지개발지구내 토지 27,118㎡(이하 “제1토지”라 한다)에 대하여 택지공급협약을 체결하고 당해 협약에 따른 매매대금을 1999.1.13.에 완납한 후 1999.2.12. 취득세 및 농어촌특별세를 신고납부하였고, 당초 청구외 (주)ㅇㅇ기업이 택지공급협약을 체결하였던 동일한 택지개발지구내의 토지 27,118.45㎡(이하 “제2토지”라 한다)에 대하여 매수인 지위를 승계받아 잔금(4,904,264,110원)을 2001.9.3.에 지급한 후 2001.10.4.에 취득세와 농어촌특별세를 신고납부하였으며, 2002.3.27. 소유권 이전등기를 하기 이전에 취득세 과세표준과 동일한 금액을 과세표준으로 하여 등록세 및 지방교육세를 신고납부하였으나, 처분청은 그 후 세무조사결과 이 사건 제1,2토지는 택지조성중인 토지를 선수협약을 체결하였다가 2001.12.28. 본 계약을 체결한 것이므로, 2002.1.28.에 정산금 68,394,010원을 지급한 날이 취득일이 된다고 보고 당해 취득일 이전에 법인장부에 계상된 금융비용이 취득세 및 등록세 과세표준에서 누락되었다고 판단하였고, 또한 제2토지의 경우 매도인이 수령한 분양대금이 매수인인 청구인의 장부가액보다 큰 사실을 확인하고 이 사건 제1,2토지에 대하여 법인장부상 취득원가로 계상된 금융비용(1,741,919,946원)과 제2토지의 매매대금 차액(3,235,256,250원)을 합산한 금액(4,977,176,206)을 과세표준으로 하여 취득세 99,543,510원, 농어촌특별세 4,817,880원, 등록세 179,178,310원, 지방교육세 32,849,340원, 합계 316,389,040원(가산세 포함)을 2003.12.10. 부과고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 처분청은 이 사건 제1토지의 과세표준을 계산함에 있어서 법인장부상 취득원가로 계상된 금융비용(1,699,258,240원)을 취득가액에 포함하였으나, 이 금융비용은 이 사건 제1토지의 취득일인 택지공급협약서상의 매매대금 완납일(1999.1.13.) 이후에 발생된 비용으로서 취득이후에 발생된 비용에 해당되므로 취득세 등 과세표준에 포함되지 않는 것이라 할 것임에도, 택지조성공사가 진행중인 토지이므로 공급협약서상의 잔금지급일이 아니라 본계약을 체결하고 정산금을 지급한 날에 취득한 것으로 보아야 한다는 이유로 당해 금융비용을 과세표준에 포함한 것은 부당하며, 이 사건 제2토지의 경우 취득가액을 판단함에 있어서 취득한 자가 사실상 지급하고 법인장부에 계상한 토지대금을 과세표준으로 하여 하여야 할 것임에도 매도인이 수령한 총 매매대금을 과세표준으로 적용한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 택지조성공사가 진행중인 토지에 대한 취득시기 및 취득세 등의 과세표준이 적법한 지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제105조 제2항에서 부동산 차량 기계장비 입목 항공기 선박 광업권 어업권 골프회원권 콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 있어서는 민법 광업법 수산업법 선박법 산림법 건설기계관리법 자동차관리법 또는 항공법등 관계법령의 규정에 의한 등기 등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비 항공기 및 주문에 의하여 건조하는 선박은 승계취득의 경우에 한한다고 규정하고 있고, 같은 법 제111조제5항에서 다음에 게기하는 취득(증여 기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다고 규정한 다음, 그 제3호에서 판결문 법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득이라고 규정하고 있고, 같은 법 제130조제1항에서 부동산 선박 항공기 자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기 등록당시의 가액으로 한다고 규정하고서, 같은 조 제3항에서 제111조제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기 등록당시에 자산재평가 또는 감가상각등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접 간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 이 사건 제1토지의 경우 청구인이 1994.11.22. ㅇㅇ시장과 총 매매대금을 18,483,223,240원으로 하여 택지공급협약체결하였다가, 1997.10.29. 총 매매대금 : 18,799,853,680원으로 변경하여 변경협약 체결한 후, 1999.1.13.에 협약서에 따른 잔금에서 선수이자 할인액(2,218,990,550원)을 공제한 나머지 잔금 3,642,778,790원을 납부한 후 1999.2.12. 취득세 및 농어촌특별세를 신고납부하였고, 2001.12.28.에 택지공급 계약을 체결하면서 택지공급면적이 27,118.45㎡로서 당초 협약서상의 계약면적 27,020㎡보다 증가함에 따라 2002.1.28. 그 면적증가에 따른 정산금 68,394,010원을 납부하고 이에 대한 취득세 등을 신고납부하였으며, 그 이후 2001.10.4.까지 이 사건 토지에 대한 취득원가로 금융비용 1,699,258,240원을 추가로 계상하였고, 이 사건 제2토지의 경우 당초 청구외 (주)ㅇㅇ기업이 1994.11.10. ㅇㅇ시장과 공급면적을 27,020㎡, 매매대금을 18,799,853,680원으로 하여 택지공급협약 체결하고 계약금과 중도금으로 12,938,256,250원을 지급한 상태에서 2001.8.17. 제2토지에 대하여 청구인이 (주)ㅇㅇ기업과 권리의무승계계약 체결하고 (주)ㅇㅇ기업에 9,703,000,000원 지급한 후 2001.9.3. 협약서상의 잔금에서 선수이자할인액을 공제하고 연체이자를 더하여 계산한 잔금 4,904,264,110원 모두 지급하고 2001.10.4. 제2토지에 대한 취득세 등을 신고납부하였으며, 제2토지에 대하여도 2001.10.4.까지 취득원가로 금융비용 42,661,706원을 법인장부상 계상하고 있으며, 처분청은 이 사건 제1,2토지의 경우 선수협약을 체결하였다가 본 계약을 체결하고 그 정산금을 지급한 날 이전에 법인장부상 취득원가로 계상된 금융비용이 취득세 등의 과세표준에서 누락되었고, 이 사건 제2토지의 매도인인 ㅇㅇ시장이 수령한 매매대금이 17,842,520,360원이므로 청구인이 신고한 취득가액과의 차액이 취득세 등의 과세표준에서 누락되었다고 보아 이 사건 부과처분을 한 사실을 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 제1토지에 대하여 법인장부상 취득원가에 포함된 금융비용은 취득이후에 발생된 금융비용이므로 취득세 등의 과세표준에서 제외되어야 하며, 제2토지에 대하여도 매수인이 실제 지급한 매매대금이 아닌 매수인이 수령한 매매대금을 취득세 과세표준으로 한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 우선 이 사건 제1토지의 경우 청구인이 택지공급협약을 체결하였다가 그 후 본 계약을 체결하고 정산금을 지급하였으므로 법률형식상으로는 매매예약을 하였다가 본 계약을 체결한 것이라고 볼 수 있지만, 제1토지에 대하여 공급협약 체결을 체결하였다가 본 계약을 체결할 때 사후에 증가된 면적이 98.45㎡로서 전체 대상면적의 0.36%에 불과하며, 추가로 지급한 정산금도 전체 매매대금의 0.18%로서 극히 미미하고, 1998.8.14. 처분청에서 청구인에게 잔금을 지급하고 토지를 사용하도록 통보한 이후에는 사실상 공사가 완료되어 언제든지 협약서상의 잔금을 지급하고 당해 토지를 사용할 수 있는 상태이었으며, 택지공급협약서에 따른 잔금을 1999.1.3.에 지급하면서 선수이자를 공제받은 사실이 있고, 본 계약은 그로부터 약 3년이 경과할 무렵인 2001.12.28.에 체결하면서 면적증감에 따른 정산금만 정산할 사실과 협약서 제13조에서 사용승낙이후에는 재산세 등을 청구인이 부담하도록 되어 있는 사실을 종합해 볼 때, 협약서에 의한 매매대금을 모두 지급한 날을 취득일로 보는 것이 실질과세의 원칙에 비추어 타당하다 할 것이므로 이 사건 제1토지에 대하여 처분청이 이러한 취득일 이후에 발생된 금융비용을 취득세 과세표준에 포함한 것은 잘못이라 하겠으나, 등록세 과세표준의 경우에는 지방세법 제130조 제3항에서 법인장부에 의하여 사실상의 취득가액이 입증되는 취득의 경우에는 당해 취득가액을 과세표준으로 하되 등기 등록 당시에 자산재평가 등으로 법인장부가액이 변동된 경우에는 변동된 가액을 과세표준으로 적용하도록 규정하고 있으며, 제1토지에 대하여 법인장부상 취득원가로 계상된 금융비용은 등기일인 2002.3.27. 이전에 발생된 비용으로서 등록세 과세표준에는 포함하는 것이 타당하다 하겠다. 다음으로 이 사건 제2토지에 대한 과세표준액의 경우 청구인이 이를 취득하기 위하여 지급한 금액과 매도인인 ㅇㅇ시가 수령한 금액에 차이가 발생하고 있으나 그 이유는 청구인이 매수인 지위를 승계받으면서 당초 매수계약자로부터 할인받은 금액으로서, 청구인이 제2토지의 취득과 관련하여 할인받은 금액은 실제로 청구인이 지급한 비용이 아니고, 지방세법시행령 제82조의3 단서에서 할인받은 금액을 취득가액에서 제외하도록 규정하고 있으므로, 비록 청구인이 직접적인 거래당사자인 ㅇㅇ시로부터 매매대금을 할인받은 것은 아니라 하더라도 당초 매수계약자로부터 매수인의 지위를 승계받으면서 매매대금을 할인받은 금액도 취득세 및 등록세의 과세표준에서 제외되어야 하는 것이 타당하다 할 것으로서, 처분청이 이러한 매매대금 할인액을 과세표준으로 하여 취득세와 등록세를 추징한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다. 2004. 2. 23. 행 정 자 치 부 장 관