쟁점토지가 취득후 법령에 의한 사용제한으로 비업무용 부동산에서 제외되어야 하는지 여부(경정)

예규·판례

쟁점토지가 취득후 법령에 의한 사용제...

로그인하고 택스캔버스 AI에게 질문해보세요택스캔버스 AI에게 바로 물어보세요.

심판청구

국심1995서0411

생산일자 1996-07-31

AI 요약

요지

개발제한구역내 토지인 별지3 기재내역의 토지에 부과된 종합토지세상당액(유지관리비)은 손금으로 인정하여야 할 것이라고 판단됨.

상세내용

이유
1. 원처분 개요 청구법인은 63.11.13 정부투자에 의하여 OOOO 주식회사라는 상호로 설립된 후 71.7.4 정부보유주식 매각으로 민영화되고, 92.2.29 주식회사 OO으로 상호를 변경한 광산-천일염업을 영위하는 법인이다. 청구법인은 천일염제조를 위하여 보유하고 있던 토지중 일부를 정부의 시화지구 개발사업 등으로 수용당하고 1990사업년도(사업년도는 1.1～12.31, 이하 같다)부터 1993사업년도중에 아래와 같이 토지(구체적인 토지내역은 별지에 기재, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 소유하고 있다.

구 분

소 재 지

토 지 면 적

1990년

1991년

1992년

1993년

①

소 래

사업장

인천광역시 남동구 OO동일대 토지,

경기도 시흥시 OO동·OO동·O동·OO동 일대토지

127필지

7,440,233㎡

129필지

7,298,192㎡

144필지

7,321,551㎡

139필지

7,318,753㎡

②

군 자

사업장

경기도 시흥시 OO동 등 소재토지

44필지

728,165㎡

44필지

722,682㎡

43필지

722,629㎡

43필지

710,540㎡

③

기타지역

인천광역시 북구 OO동 등 소재토지

23필지

58,397㎡

14필지

43,015㎡

14필지

42,640㎡

16필지

43,352㎡

처분청은 청구법인에 대한 조사를 실시하여 청구법인의 대표이사이던 청구외 OOO(87.9.15 사망)에 대한 가지급금을 그의 재산상속인인 청구외 OOO, OOO 및 OOO(이하 “OOO 외2인”이라 한다)이 승계하였고 동 상속인들도 청구법인과 특수관계 있다 하여 당해 가지급금에 대한 인정이자를 계산하여 익금산입하고, 쟁점토지(일부토지 제외)가 비업무용 부동산 및 업무무관자산에 해당된다 하여 그에 상당하는 지급이자 및 유지관리비(제세공과금)를 손금불산입하여 1989～1993 사업년도분 법인세과세표준과 세액을 경정하고 94.8.16 청구법인에게 아래와 같이 법인세 및 방위세를 부과하였다(처분청은 94.8.16 과세표준과 세액의 경정후 94.9.29 및 95.1.13 재경정하였으며 아래 세액은 재경정한 뒤의 세액이다). 법인세 등 부과처분 내역 【단위 : 원】

사업년도

가지급금인정

이자 익금산입

지급이자

손금불산입

유지관리비

손금불산입

부 과 처 분

법 인 세

방 위 세

1989

193,446,456

118,074,140

19,151,200

1990

193,807,082

838,422,494

558,893,180

102,190,730

1991

240,211,876

370,510,612

321,078,480

472,293,580

1992

240,857,843

781,169,781

454,768,860

675,586,500

1993

204,937,422

437,687,697

190,857,157

336,398,780

청구법인은 이에 불복하여 94.10.11 심사청구를 거쳐 95.2.10 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 (1) 처분청은 청구외 OOO외 2인에 대한 가지급금 인정이자를 계산하여 익금산입하였고, 국세청장은 심사결정에서 청구외 OOO 외 2인이 청구법인의 주주인 청구외 OOO, OOO, OOO의 친족에 해당되어 특수관계가 있다고 하나 청구법인과 청구외 OOO외 2인은 특수관계가 없으며, 동 가지급금은 87.9.15 사망한 청구외 OOO이 청구법인으로부터 가지급받아 간 것으로서 그의 사망으로 특수관계가 소멸된 것이므로 처분청이 청구법인과 청구외 OOO외 2인을 특수관계자로 봄은 특수관계자에 관한 규정을 잘못 해석한데 기인하는 것이기 때문에 동 인정이자를 익금산입하여 과세함은 부당하므로 취소하여야 한다. (2) 청구법인은 쟁점토지를 1971년 민영화 이전부터 천일염제조업을 영위하기 위하여 소유하고 있고 현재까지 청구법인은 당해 토지를 소금제조에 사용하고 있으므로 쟁점토지가 법인세법 제18조의3 제1항의 규정에 의한 비업무용 부동산에 해당되지 아니함에도 불구하고 같은 법 시행령 제43조의2 제1항 및 같은 법 시행규칙 제18조에 의하여 비업무용 부동산으로 봄은 동 시행령 및 시행규칙이 상위법의 입법취지를 일탈한 위법한 규정이라고 볼 수밖에 없기 때문에 동 규정에 의한 처분은 위법하다. (3) 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제14호에서는 사업의 인가·허가면적의 1.1배이내의 부동산은 업무용 부동산으로 보도록 규정하고 있는 바, 국세청장은 염관리법에 천일염의 경우 의무면적의 규정이 없으므로 동 규정을 적용할 수 없다고 하나 청구법인의 염(함수)제조허가증상에 설비와 면적을 규정하고 있으므로 동 면적은 비업무용 부동산에서 제외하여야 한다. (4) 처분청은 쟁점토지가 비업무용 부동산이므로 바로 업무무관자산에 해당된다고 보고 그 유지관리비를 손금불산입하였으나, 설사 쟁점토지가 비업무용 부동산에 해당된다 하더라도 대법원판례나 국세심판례에 의하면 비업무용 부동산에 대한 규정과 업무무관자산에 대한 규정은 입법취지와 적용대상이 다른 별개의 규정이므로 법인의 정관에 정한 사업목적, 자산을 취득하게 된 경위, 자산의 용도·사용 및 관리실태등을 종합하여 판단하여야 한다고 하는 점에 비추어 보면 90.4.4 법인세법 시행규칙의 개정 등으로 비업무용 부동산을 업무무관자산으로 보도록 규정하고 있다 하더라도 위 판례 및 심판례의 정신은 존중되어야 하므로 천일염을 생산하는 청구법인이 소금생산을 위하여 소유하고 있는 쟁점토지에 대하여 업무무관자산으로 보아 유지관리비를 손금불산입함은 부당하다. (5) 처분청은 청구법인이 소유하고 있는 쟁점토지를 비업무용 부동산으로 보아 그에 따른 지급이자를 손금불산입하고 비업무용 부동산으로서 업무무관자산에 해당된다 하여 유지관리비(종합토지세)를 손금불산입하여 과세하였으나, 기준수입금액 및 기준생산량을 계산함에 있어 지목이 염전인 토지면적에 의하여 산정하고, 공공사업으로 인한 폐염전부분을 감안하면 쟁점토지는 비업무용 부동산에 해당되지 아니하며, 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호에서 취득후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 토지로서 그 사용이 제한된지 3년이 경과하지 아니한 토지는 비업무용 부동산으로 보지 않도록 규정되어 있는 바, 쟁점토지의 경우 취득후 개발제한구역 등으로 지정되어 현재까지 이르고 있어 사용이 제한된 것이므로 비업무용 부동산에서 제외하여야 한다. 국세청장은 심사결정에서 개발제한구역내의 염전은 소금생산이 제한되지 아니하므로 염전으로서 사용이 제한된 것으로 볼 수 없다 하나, 청구법인은 지리적 여건상 처분청의 비업무용 부동산 판정기준에 의하면 천일염업 수입금액 또는 천일염생산량이 수입금액기준 또는 생산량기준에 항상 미달하여 달리 사용하고자 하여도 개발제한구역으로 지정됨으로 인하여 사용할 수 없게 되므로 사용의 제한에 해당된다고 보아야 한다. 나. 국세청장 의견 (1) 청구외 OOO외 2인은 청구법인의 금전채무가 있는 청구외 OOO이 87.9.15 사망함에 따라 그의 유언에 따라 재산상속을 받은 처 및 자로서 청구법인의 주식 657,100주중 651,586주(지분율 99.16%)를 소유한 청구외 (주)OO사의 주식을 4,382주(6%), 8,764주(12%) 및 160주(0.2%)를 소유하고 있을 뿐아니라, 청구외 (주)OO사 소유주식을 제외한 청구법인주식 5,514주의 소유관계를 보면 10주(0.0015%)를 소유한 청구외 OOO은 청구외 OOO의 장남인 청구외 OOO의 처이며, 4,469주(0.68%)를 소유한 청구외 OOO과 949주(0.14%)를 소유한 청구외 OOO은 청구외 OOO의 자로서 이들은 청구외 OOO외 2인과 친족관계에 있는 사실이 확인되므로 청구법인의 출자자와 친족관계에 있는 청구외 OOO외 2인은 법인세법 시행령 제46조 제1항 제1호에 의하여 청구법인과 특수관계 있는 자에 해당되고, 청구법인에 대한 청구외 OOO의 채무는 상속에 의하여 청구외 OOO 외2인에게 승계되었으므로 처분청이 동 가지급금에 대한 인정이자를 익금산입한데는 잘못이 없다. (2) 비업무용 부동산에 관한 법인세법 시행령 및 같은 법 시행규칙이 모법인 법인세법에 위반되는 규정인지에 대하여 살펴보면, 법인세법 시행령 제43조의 2 는 모법의 규정취지를 구현하기 위하여 당해 법률의 위임에 따라 일반적인 기준을 제시하는 한편 그 구체적인 태양은 사회적인 실상에 맞추어 시행규칙에 규정하고 있는 것이므로 이 건 부과처분이 상위법의 입법취지를 일탈한 시행령, 시행규칙에 의하여 한 처분으로 위법부당하다는 청구주장은 이유없다. (3) 청구법인은 쟁점토지가 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제14호에 의하여 비업무용 부동산에서 제외되어야 한다고 주장하고 있으나 염관리법, 같은 법 시행령 및 시행규칙에 의하면 천일염의 경우 구비시설로서 저수지·증발지·결정지 및 용배수로를 규정하고 있지만 그 면적 등의 범위에 대하여는 규정하고 있지 않아 의무적으로 보유하도록 되어 있는 부동산의 최소면적이 구체적으로 규정되어 있지 아니하므로 청구법인의 쟁점토지에 대하여는 동 규정을 적용하여 비업무용 부동산의 범위에서 제외할 수 없다. (4) 법인세법 시행규칙 제11조 (90.4.4 개정분) 제1항 제3호와 90.12.31 개정된 같은 법 시행령 제30조 제1호에서 비업무용 부동산을 취득, 관리함으로써 생기는 비용·유지비·수선비와 이에 관련되는 비용을 업무에 관련없는 지출로 규정하고 있는 점으로 보아 처분청이 비업무용 부동산의 유지관리비를 손금불산입함은 정당하다. (5) 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후인 1974년, 1975년에 걸쳐 쟁점토지가 도시계획법상 개발제한구역으로 지정되어 법령에 의하여 사용이 제한되었고 토지의 형질변경, 염 보관창고의 증개축, 근로자기숙사의 신축등이 불가능하여 생산에 지장을 받고 있다고 주장하나, 개발제한구역내의 염전이라 하여 염전으로서 사용이 사실상 금지되거나 제한된 것이 아니며, 토지의 형질변경 등에 대한 제한에 관하여는 이를 입증하는 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 쟁점토지에 대하여 취득후 법령에 의하여 사용이 제한된 경우 비업무용 부동산에서 제외하도록 한 규정을 적용할 수 없다. 3. 심리 및 판단 이 건 심판청구는 ㉠청구법인의 청구외 OOO에 대한 가지급금을 그의 상속인인 청구외 OOO외 2인에 대한 가지급금으로 보고 청구외 OOO외 2인이 청구법인과 특수관계가 있는 것으로 간주하여 가지급금 인정이자를 익금산입, 과세한 처분의 당부(쟁점1)와 쟁점토지를 비업무용 부동산 및 업무무관자산으로 보아 지급이자 및 유지관리비를 손금불산입하여 과세함에 있어서 ㉡법인세법 시행령 및 시행규칙의 비업무용 부동산 범위에 관한 규정이 모법에 위반되는 것이어서 그에 따른 처분이 위법부당한지 여부(쟁점2), ㉢쟁점토지가 관련법에 의하여 의무적으로 보유하도록 한 토지면적에 해당되는지 여부(쟁점3), ㉣비업무용 부동산에 해당된다 하더라도 업무무관자산에는 해당되지 않는지 여부(쟁점4), ㉤쟁점토지①로부터의 천일염업수입금액 또는 천일염생산량이 비업무용 부동산판정의 수입금액기준 또는 생산량기준에 미달한다 하여 동 부동산을 비업무용 부동산 및 업무무관자산으로 본 것이 정당한지 여부(쟁점5), ㉥쟁점토지②가 취득한 법령에 의한 사용제한으로 비업무용 부동산에서 제외되어야 하는지 여부(쟁점6)에 다툼이 있다. 가. 쟁점1에 대하여 살펴본다. (1) 법인세법 제20조 에서 「정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다.」고 규정하고, 같은 법 시행령 제46조 제1항에서 「법 제20조에서 “특수관계있는 자”라 함은 다음 각호의 관계있는 자를 말한다.」고 하고 그 제1호(93.12.31 개정 이전의 것)에서 「출자자(제31조의2에 규정하는 소액주주를 제외한다. 이하 같다)와 그 친족」을 열거하고 있으며, 같은 법 시행령 제47조 제1항(91.12.31 개정이전의 것)에서는 「출자자 등에게 무상으로 금전을 대여한 경우에는 재무부령이 정하는 당좌대월이자율(이하 “당좌대월이자율”이라 한다)에 의하여 계산한 이자상당액을 익금에 산입한다. 다만, 당좌대월이자율보다 높은 이자율의 차입금(당좌차월은 제외한다)이 있는 때에는 그 차입금의 범위안에서 당해 이자율에 의하여 계산한 이자상당액을 익금에 산입한다.」고 규정하였다가 91.12.31 개정(대통령령 제13541호)되어 「출자자 등에게 무상 또는 재무부령이 정하는 당좌대월이자율(이하 “당좌대월이자율”이라 한다)보다 낮은 이율로 금전을 대여한 경우에는 당좌대월이자율에 의하여 계산한 이자 상당액 또는 이자상당액과의 차액을 익금에 산입한다.」고 규정하고 있다. (2) 사실관계를 본다. ① 청구법인의 장부에 의하면 청구법인의 대표이사 OOO의 부이며 전대표이사인 청구외 OOO의 사망당시(87.9.15) 청구법인은 청구외 OOO에 대한 가지급금 잔액이 1,600,431,219원 있었고, 청구외 OOO의 사망이후에도 청구법인의 가지급금계정에는 위 금액이 청구외 OOO에 대한 가지급금으로 계속 기장되어 있고, 결산서에는 임원종업원단기대여금으로서 계상되었으나, 동 가지급금에 대한 이자는 계상되어 있지 아니하다. ② 87.9.15 청구외 OOO의 사망으로 인한 상속개시로 청구외 OOO외 2인이 각각 30%, 60%, 10%의 지분으로 재산상속을 하였으며, 위 청구외 OOO외 2인은 상속세신고시 청구법인의 청구외 OOO에 대한 가지급금 해당금액을 채무로 신고하여 공제받아 동 가지급금을 청구외 OOO외 2인이 승계한 사실이 확인된다. ③ 청구법인의 주식이동상황명세서 등에 의하면 동 법인의 주주는 청구외 (주)OO사, OOO, OOO, OOO 등이고 이들이 사업년도별로 보유한 주식수는 아래와 같으며, 청구외 (주)OO사의 주식은 청구법인의 대표이사인 OOO이 50.79%, 청구외 OOO이 29.25%를, 청구외 OOO의 지분을 상속받은 OOO 6%, OOO 12%, OOO 0.2%를 소유하고 있고 기타 주주가 1.8%를 소유하고 있다. 【단위 : 주, %】

사업년도

(기말)

1988년

1989년

1990년

1991년

1992년

1993년

(주)OOO

651,586(99.16)

왼

쪽

과

같

음

〃

631,586(96.12)

O O O

10(0.0015)

13,420(2.04)

O O O

4,535(0.6903)

O O O

949(0.144)

기 타

20(0.0042)

계

657,100(100)

※ ( )안은 지분율임 ④ 한편, 청구외 OOO외 2인은 청구법인의 대표이사 OOO의 모(母)와 제(弟)로서 청구법인의 주주이고 청구법인의 대표이사 OOO의 처 및 자들인 청구외 OOO과 OOO, OOO의 친족인 사실이 관련증빙에 의하여 확인된다. (3) 살피건대, 법인세법 시행령 제46조 제1항에 의한 특수관계자가 사망하였을 경우 그 특수관계자의 상속인이 자연히 법인과 특수관계가 성립되는 것은 아니며, 상속인 자신이 법인과 특수관계가 있는 경우에만 피상속인으로부터 법인에 대한 채무를 승계받은 한도내에서 법인세법 시행령 제47조 의 규정에 의한 인정이자를 계산하는 것인 바(직세 1234-781, 78.3.14 같은 뜻), 이 건의 경우 청구외 OOO외 2인은 청구법인의 출자자인 청구외 OOO, OOO 및 OOO의 친족으로서 청구법인과 특수관계가 있고 청구외 OOO의 가지급금을 승계한 사실이 인정되므로 동 가지급금에 대한 인정이자를 계산하여 이를 익금에 산입하고 과세한데는 달리 잘못이 없다고 판단된다. 나. 쟁점2에 대하여 살펴본다. (1) 90.12.31개정이전의 법인세법 제18조의3 제1항 제3호에서는 당해 법인의 업무에 직접관련이 없는 부동산을 보유하고 있는 내국법인이 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 금액은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고, 90.12.31 개정이전의 같은법 시행령 제43조의2 제5항 에서는 「법 제18조의3 제1항 제3호에서 “당해 법인의 업무에 직접관련 없는 부동산”이라 함은 당해 부동산 취득후 경과한 기간, 당해 부동산으로부터 발생하는 수입금액, 건물 등의 면적, 당해 법인의 업무와의 관련정도 등을 감안하여 재무부령이 정하는 부동산(이하 “비업무용 부동산”이라 한다)을 말한다.」고 규정하고 있으며, 90.12.31 개정된 법인세법 제18조의3 제1항에서는 당해 법인의 업무와 직접관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 금액을 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고, 90.12.31 개정된 같은 법 시행령 제43조의2 제1항에서 「법 제18조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것” 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용 부동산 등”이라 한다)을 말한다. 1. 취득후 일정한 기간이 경과할 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산 2. 업무에 필요한 적정한 기준면적을 초과하여 보유하는 부동산 3. 부동산을 이용하여 얻은 수입금액이 부동산가액의 일정비율에 미달하는 부동산 4. 법인의 주된 사업에 사용되지 아니하는 부동산으로서 과다보유의 소지가 있는 부동산 5. 업무에 적합한 시설기준을 갖추지 못하였거나 업무와의 관련정도가 적은 부동산」을 규정하고 있고, 제3항에서는 「제1항의 규정에 의한 비업무용 부동산 등의 판정기준에 관하여는 재무부령으로 정한다.」고 규정하고 있다. 한편, 91.2.28 개정이전의 같은 법 시행규칙 제18조 제3항에서 「령 제43조의2 제5항에서 “비업무용 부동산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.」고 하고 그 제15호에서 「다음 각호의 부동산으로서 1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 10에 미달하는 부동산」은 비업무용 부동산에 해당되는 것으로 규정하고 그 가목에서는 「염전·광천지(온천장을 O함한다)·지소용 부동산」을 규정하고, 91.2.28 개정된 같은 법 시행규칙 제18조 제3항에서 「령 제43조의2 제1항 및 동조 제3항에서 “비업무용 부동산 등”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.」고 규정하고 그 제21호에서 「염전으로 사용하는 부동산으로서 1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 4에 미달하는 부동산」으로 규정하였으며, 93.2.27 개정(재무부령 제1911호)시 같은 호에 「염전으로 사용하는 부동산으로서 1헥타르당 연간 소금생산량이 35톤에 미달하는 부동산」으로 규정하고 있다. (2) 처분청이 쟁점토지를 비업무용 부동산으로 보고 과세한데 대하여 청구법인은 쟁점토지가 청구법인이 영위하는 사업인 천일염업을 영위하기 위하여 취득한 것이고 계속하여 동 사업에 사용하고 있으므로 같은 법 시행규칙에 의하여 비업무용 부동산에 해당된다 하더라도 상위법에 의하여 비업무용 부동산에서 제외하여야 한다고 주장하고 있으나, 전시한 비업무용 부동산에 관한 법인세법 시행령은 법인세법에서 규정한 대강을, 동 법의 입법취지를 구현하기 위하여 비업무용 부동산에 대한 일반적인 기준을 제시하고, 그 구체적인 양태는 사회경제적인 상황과 조세정책적인 측면을 고려, 동 시행령에 규정된 사항들을 적절히 참작하여 시행규칙에 위임한 바에 따라 시행규칙에서 그 판정기준을 정한 것으로 보아야 할 것이며, 법인세법 및 같은법 시행령은 물론 같은 법 시행규칙도 국세심판의 법원(法源)에 해당됨을 감안하여 볼 때, 법인세법 시행규칙의 규정에 의하여 비업무용 부동산에 해당되는 부동산을 법인세법 및 같은 법 시행령에 의하여 비업무용 부동산에 해당되지 아니한다고 볼 것은 아니라고 판단된다. (3) 그렇다면 전시한 관련법령에 비추어 보아 법인세법 시행규칙에 규정한 바에 따라 비업무용 부동산 해당여부를 판정하고 이에 따라 지급이자를 손금불산입하고 과세한데는 달리 잘못이 없다 할 것이다. 다. 쟁점3에 대하여 살펴본다. (1) 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제14호(95.3.30 개정이전의 것)에서 사업의 인가·허가·면허 등에 관한 법령의 규정에 의하여 의무적으로 보유하도록 되어 있는 부동산의 최소면적의 1.1배 이내의 부동산은 같은 조 제3항의 규정에 불구하고 비업무용 부동산으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. (2) 청구법인은 쟁점토지가 염관리법에 의한 염업허가서에 기재된 염전 등의 면적이 동 법에 의해 의무적으로 보유하도록 규정된 면적이라고 주장하나, 염관리법 제3조 에서 염제조자는 상공부장관(현재 통상산업부장관)의 허가를 받아야 하며, 허가요건 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고, 같은법 시행령 제2조 에서 허가를 신청하고자 하는 자는 상공부령(통상산업부령)이 정하는 시설기준에 의한 시설을 갖추어야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제2조 및 별표1에 정한 생산등기설기준에 의하면 천일염을 제외한 기계염 등의 경우는 연생산규모, 창고면적에 관한 기준을 규정하고 있으나 천일염의 경우에는 구비시설로 “저수지·증발지·결정지 및 용배수로”를 규정하고 있을 뿐 기준면적에 대하여는 규정하고 있지 아니하다. (3) 그렇다면 천일염업을 영위하는 청구법인의 경우 염제조허가를 위하여 의무적으로 보유하여야 하는 최소한의 토지면적에 관한 규정은 없는 것으로 보이므로 전시한 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제14호가 적용될 여지가 없다 할 것이며, 따라서 쟁점토지중 인·허가 등에 관한 법률에 의하여 의무적으로 보유하도록 되어 있는 면적의 1.1배이내 부동산은 비업무용 부동산에서 제외하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다 할 것이다. 라. 쟁점4에 대하여 살펴본다. (1) 법인세법 제16조 제7호에서 법인이 각 사업년도에 지출한 경비중 대통령령이 정하는 바에 의하여 직접 그 업무에 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액은 내국 법인의 각사업년도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니하도록 규정하고, 같은 법 시행령 제30조에서 「법 제16조 제7호에서 “직접 그 업무에 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액”이라 함은 다음 각호에 게기하는 것을 말한다.」고 하고 그 제1호(90.12.31 개정이전의 것)에서 「법인이 그 업무에 관련이 없는 자산으로서 재무부령이 정하는 것(이하 이 조에서 “업무무관자산”이라 한다)을 취득·관리함으로써 생기는 비용·유지비·수선비와 이에 관련되는 손비」을 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제11조(90.4.4 재무부령 제1818호) 제1항에서 「령 제30조 제1항에서 “재무부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 자산(이하 이 조에서 “업무무관자산”이라 한다)을 말한다.」고 하고 그 제3호에서 「제18조 제3항 내지 제11항의 규정에 의한 비업무용 부동산」을 규정하고 있다. 한편, 위 법인세법 시행령 제30조 제1호는 90.12.31 개정(대통령령 제13195호)되어 「법 제18조의3 제1항 제1호 및 제2호에 해당하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용·유지비·수선비와 이와 관련되는 비용」이라고 규정하고 있다. (2) 청구법인은 설사 쟁점토지가 비업무용 부동산에 해당된다 하더라도 청구 법인의 사업에 사용하고 있는 부동산은 업무무관자산에 해당되지 아니한다고 주장하면서 당 심판소의 선결정례 및 대법원판례를 들고 있으나, 동 선결정례 및 판례는 90.4.4 법인세법 시행규칙이 개정되기 이전의 과세요건사실에 대한 판단이며, 부칙에 의하여 90.4.4 시행후 최초로 종료하는 사업년도분부터 적용되는 90.4.4 개정 법인세법 시행규칙의 시행후 각사업년도 소득금액의 계산에 있어서는 비업무용 부동산으로 판정된 부동산의 경우 당해 부동산을 취득·관리함으로써 생기는 비용·유지비·수선비와 이에 관련되는 손비는 손금에 산입할 수 없는 것임이 명백하다 할 것이다(92서2897, 92.9.29 같은 뜻). (3) 따라서 쟁점토지중 비업무용 부동산에 해당되는 것으로 판정되는 부동산은 당해 부동산을 취득·관리함으로써 생기는 비용·유지비·수선비와 이에 관련되는 손비를 손금에 산입할 수 없는 업무무관자산에 해당된다 할 것이다. 마. 쟁점5에 대하여 살펴본다. (1) 91.2.28 개정이전의 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제15호에서 「다음 각목의 부동산으로서 1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 10에 미달하는 부동산」은 비업무용 부동산에 해당되는 것으로 규정하고 그 가목에서 「염전·광천지(온천장을 O함한다)·지소용 부동산」을 규정하였다가, 91.2.28 개정(재무부령 제1844호)시 같은 항 제21호에 「염전으로 사용하는 부동산으로서 1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 4에 미달하는 부동산」으로 규정하였으며[동 규칙의 부칙 제4조에 의하여 시행일(91.2.28)이 속하는 사업년도분부터 적용한다], 93.2.27 개정(재무부령 제1911호)시 같은 호에 「염전으로 사용하는 부동산으로서 1헥타르당 연간 소금 생산량이 35톤에 미달하는 부동산」으로 규정(동 규칙의 부칙 제3조에 의하여 93.1.1이후 최초로 결산확정일이 도래하는 사업년도분부터 적용한다)하고 있다. (2) 사실관계를 본다. ㈎ 쟁점토지①은 청구법인이 종전에 염전과 관련된 토지로 보유하다가 개발사업으로 인하여 수용되고 난 잔여토지인 쟁점토지② 및 쟁점토지③과는 달리 현재도 천일염업에 의하여 소금을 생산하는 청구법인의 소래사업장에 속한 토지이며, 쟁점토지①에 속한 토지의 지목별 현황은 아래와 같다(1993사업년도 기준).

지 목

염전

구거

제방

유지

전,답

대지

잡종지

임야

도로,철도

필지수

면 적

5,729,899

404,182

228,605

447,542

65,532

10,542

286,998

94,500

20,953

㈏ 처분청은 쟁점토지① 모두가 염전으로 사용되는 토지에 해당되는 것으로 보고 당해 토지 전체의 가액 또는 면적에 대하여 비업무용 부동산에 관한 수입금액기준 및 생산량기준을 산정하고 청구법인의 수입금액 또는 생산량이 동 수입금액기준 등에 미치지 못한다고 보아 쟁점토지① 모두를 아래와 같이 비업무용 부동산으로 판정하여 쟁점토지①을 비업무용 부동산으로 보았음이 과세자료에 의하여 확인된다.

사업년도

1991

1992

1993

면 적

7,298,192㎡

7,321,551㎡

7,318,753㎡

토지가액

84,223,173,900원

102,174,475,517원

99,426,613,737원

기준수입금액·생산량

3,368,926,956원

(1년수입금액의 4/100)

25,625.42톤

(1헥타르당 35톤)

25,615.63톤

(1헥타르당 35톤)

실제수입금액·생산량

3,205,925,956원

22,100톤

20,100톤

판 정

비업무용 부동산

비업무용부동산

한편, 1990사업년도의 경우 청구법인이 쟁점토지①이 비업무용 부동산에 해당하는 것으로 인정하고 그에 상당하는 지급이자를 손금불산입하여 신고한데 대하여 처분청은 당해 토지가 비업무용 부동산에 해당됨으로 인하여 업무무관자산에 해당된다 하여 유지관리비를 손금불산입 하였다[청구법인도 쟁점토지①중 지목이 염전인 토지가 수입금액기준(토지가액의 10/100)에 미달하는 비업무용 부동산임은 인정하고 있다]. ㈐ 쟁점토지①에 대한 공부 및 지적도, 당 심판소의 현지조사 등에 의하면 쟁점토지①을 통하여 청구법인이 운영하는 천일염생산과정은 만조시 유입된 해수를 유지에 저장하였다가 구거를 통하여 각 염전(지목상)에 공급하고 염전은 유입된 해수를 햇볕에 증발시키는 제1증발지와 제2증발지 및 결정지로 구성되고 동 증발지 및 결정지를 경유하면서 소금결정을 생산하며, 생산된 소금은 지목상 잡종지에 소재하는 소금창고에 보관한 후 운반시설에 의하여 출고하는 과정을 거치고 있고, 제방은 염전, 유지 등의 토지를 해수 등으로부터 보호하고 각 토지를 구획하는 역할을 하고 있어 위 염전, 유지, 구거 및 제방 각 토지의 용도는 지목상의 용도와 일치하고 있음이 확인된다. (3) 살피건대, 전시한 법인세법 시행규칙의 염전 또는 염전으로 사용하는 부동산에 대한 규정에서 동 염전 또는 염전으로 사용되는 부동산의 개념을 규정하지 아니하고 있으며, 처분청은 쟁점토지① 전체를 염전 또는 염전으로 사용되는 토지로 보고 당해 토지로부터의 수입금액 또는 소금생산량이 비업무용 부동산판정의 수입금액기준 또는 생산량기준에 미달한다 하여 비업무용 부동산으로 보았으나, 첫째, 유휴토지 등의 하나로 염전을 규정하고 있는 토지초과이득세법 제8조 제1항 제10호에서 「토지의 가액에 대한 1년간의 수입금액의 비율이 대통령령이 정하는 율에 미달하는 염전·광천지 및 지소용 토지」를 유휴토지 등으로 규정하고, 같은 법 시행령 제17조 제1항에서, 90.12.31 개정이전에는 「법 제8조 제1항 제10호에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 100분의 10을 말한다.」고 규정하였고, 90.12.31 개정시 “대통령령이 정하는 율”을 4/100으로 규정하였다가 92.12.31 개정시는 「법 제8조 제1항 제10호에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 100분의 4를 말한다. 다만, 염전의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 율을 말한다.

」 이라고 규정함으로써 염전 1헥타르당 35톤을 생산함을 전제로 하고 있고, 94.12.31 개정시에는 염전 1헥타르당 25톤을 생산하는 것을 기준율로 규정하고 있어 전시한 법인세법 시행규칙상의 염전의 비업무용 부동산 판정기준에 대한 규정과 동일한 취지로 개정하면서 규정하고 있는 바, 동 토지초과이득세법령에는 법인세법 시행규칙과 달리 염전의 개념에 대하여 「천일염채취업에 사용되는 천일염채취장소」(제17조 제2항 제1호)라고 규정하고 있으며, 둘째, 염관리법 제2조 제1호에서는 「“염전”이라 함은 염 또는 함수를 제조하기 위하여 해수를 농축하는 자연증발지를 가진 지면을 말한다.」고 규정하고 같은법 시행규칙 별표1의 생산시설에 관한 규정에 의하면 천일염 제조의 경우 증발지, 결정지의 염전토지와 저수지 및 용배수로의 부대시설을 구비하도록 규정하고 있으며, 셋째, 지적법 제6조 제7호에는 염전에 대하여 「조수를 끌어들여 소금을 채취하는 토지와 이에 접속하는 제염장 등 부속시설의 부지는 “염전”으로 한다.」고 규정하고 있으며, 동 규정에 의하여 관할관청에서는 쟁점토지①중 일부에 대하여 타 지목과 구별되는 염전이라는 지목을 부여하였으며, 넷째, 지목이 염전인 토지 이외의 제방·구거 등의 토지는 염전의 위치나 규모, 자연조건 등에 따라 그 필요한 규모가 결정되고, 통상 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위한 목적으로 보유한다고 보기 어려운 성질의 토지인 점을 종합하여 볼 때, 전시한 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제15호(91.2.28 개정후 제21호)에서 규정한 “염전” 또는 “염전으로 사용하는 부동산”이라 함은 유입된 해수를 자연증발시켜 농축하거나 소금의 결정을 생성하는 쟁점토지①중 제1증발지, 제2증발지 및 결정지로 구성된 공부상 지목이 염전인 토지만을 의미하는 것으로 봄이 타당하다 할 것이다. (4) 그러함에도 불구하고 처분청은 쟁점토지① 전체를 염전 또는 염전으로 사용하는 부동산으로 간주하여 그 전체의 가액 또는 면적을 기준으로 비업무용 부동산 판정의 수입금액기준 또는 생산량기준을 산정하고 각 사업년도의 실제 수입금액 또는 생산량이 여기에 미치지 못한다는 이유로 쟁점토지① 전체를 비업무용 부동산으로 판정하여 각사업년도 소득금액을 산정·과세하였음은 부당하다 할 것인 바, 쟁점토지①중 지목이 염전인 토지의 경우 그 가액 또는 면적을 기준으로 하여 비업무용 부동산판정을 위한 수입금액기준 및 생산량기준을 계산하고 이와 비교한 청구법인의 각사업년도별 천일염업의 실제 수입금액 또는 생산량이 미달하는 경우에만 비업무용 부동산으로 판정하여야 할 것이다. 한편, 구거 및 제방의 경우 천일염업에 사용되는 염전에 필수적으로 부수되는 토지이므로 당해 토지는 천일염업에 소요되는 상당면적에 대하여는 염전과 같이 비업무용 부동산에서 제외된다 할 것이며, 유지·전답·대지·잡종지·임야·도로 및 철도의 토지는 각각의 토지별로 그 용도에 따라 관련법령에 비추어 비업무용 부동산 해당여부를 판단하여야 할 것인 바, 따라서 위 토지 각각에 대하여 각각의 토지별로 비업무용 부동산에 해당되는 사실을 입증하여 과세하여야 함에도 불구하고 토지별로 비업무용 부동산에 해당되는지 여부를 입증하여 검토하지 아니하고 일괄하여 염전 또는 염전으로 사용하는 토지에 해당되는 것으로 봄은 잘못이므로 개별적으로 비업무용 부동산 및 업무무관자산 해당여부를 판단하여야 할 것으로 판단된다. 바. 쟁점6에 대하여 살펴본다. (1) 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호에서 부동산의 취득후 법령에 의하여 사용이 제한되거나 금지된 부동산으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년이 경과되지 아니한 부동산은 제3항에 불구하고 비업무용 부동산으로 보지 아니한다고 규정하고, 동 부칙(90.10.22, 재무부령 제1835호) 제4항에서 91.12.31 현재 법령에 의하여 사용이 제한 또는 금지된 날로부터 3년이 경과된 부동산에 대하여는 91.12.31을 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년이 되는 날로 보아 제18조 제4항 제1호를 적용하도록 하고 있다. (2) 사실관계를 보면, 첫째, 쟁점토지②는 당초 청구법인이 64.11.6 및 66.9.19에 9,772,288㎡를 취득하여 염전으로 사용하였으나 86.12.22 시화지구개발사업 실시계획승인으로 1988년 위 토지중 22필지 9,026,857㎡가 시화지구개발사업용 토지로 수용되고 남은 토지로서 그중 일부에 가공염생산공장이 소재하여 가공염을 생산하는 이외에는 천일염을 생산하는 염전으로 사용하지 못하고 있는 토지이며, 수용된 토지내역(단위 ㎡)

당초토지

수 용 된 토 지

비 고

계

염 전

유지·제방·구거

기 타

9,772,288

9,032,887

6,777,577

2,025,941

229,369

시화지구편입

잔여토지의 지목별현황(단위 ㎡)

지 목

염전

대지

유지

임야

잡종지

제방

철도

면적(㎡)

48,876

36,899

194,262

155,729

241,910

50,393

둘째, 쟁점토지②의 형상과, 천일염업에 사용하기 위하여는 일정면적과 천일염업에 적합한 위치의 염전·유지·구거·제방 등의 토지가 필요한 점을 감안하면 수용후 잔여토지인 쟁점토지②는 수용으로 인하여 천일염업에 사용하기가 불가능한 토지로 인정되며, 셋째, 수용전 토지로서 청구법인이 소유하던 기간중 일부토지가 72.8.25 및 76.12.4 개발제한구역으로 지정되고, 수용후에도 청구법인이 소유하고 있는 쟁점토지②중 별지3 기재내역의 토지는 현재까지 개발제한구역내 토지에 해당하며, 동 개발제한구역의 지정은 64.11.6 및 66.9.19 토지를 취득한 이후인 사실이 시흥시장의 사실확인(시흥시 도시 58400-785, 96.3.13) 등 관련증빙에 의하여 확인되며, 넷째, 처분청은 쟁점토지②중 가공염생산공장의 입지기준면적에 해당하는 토지 이외의 토지를 비업무용 부동산으로서 업무무관자산에 해당된다고 보아 지급이자 및 유지관리비로서 종합토지세를 손금불산입 하였으며, 그 손금불산입한 종합토지세액은 아래와 같다. 【단위 : 원】

사업년도

1990

1991

1992

1993

종합토지세액

(유지관리비)

156,390,560

185,255,300

277,771,000

206,524,840

손금불산입액

152,645,274

180,754,410

271,021,890

190,857,157

손금인정액

3,745,286

4,500,890

6,749,110

15,667,683

(3) 살피건대, 쟁점토지②는 청구법인이 취득한 이후 계속하여 염전으로 사용하다가 정부의 시화지구개발사업으로 인하여 수용된 후의 잔여토지로서 동 개발사업으로 인하여 염전으로 사용하기가 불가능한 토지인 점과 토지의 수용으로 인하여 천일염업에 사용하기 불가능하게 되고 타용도로 사용하기 위하여는 형질변경을 하여야 할 것이나, 도시계획법에서 개발제한구역내의 토지의 경우 건축 또는 토지의 형질변경이 엄격히 제한되고 있는 점을 감안하면 당해 토지 중 별지3 기재내역의 개발제한구역에 해당하는 토지는 전시한 법인세법 시행규칙 제18조 제4항에 규정한 취득후 법령에 의하여 사용이 제한 또는 금지된 토지에 해당된다고 판단되며, 따라서 91.12.31까지는 비업무용 부동산에서 제외되어야 할 것이고, 한편 업무무관자산의 유비관리비 손금불산입에 관하여 규정한 법인세법 제16조 제7호, 같은 법 시행령 제30조, 같은 법 시행규칙 제11조에 의하면 “보유하고 있는 토지”에 관하여는 같은법 시행규칙 제18조 제3항 내지 제11항에 의한 비업무용 부동산(90.4.4개정 시행규칙) 또는 법인세법 제18조의3 제1항 제1호 및 제2호에 해당하는 자산(90.12.31개정 시행령)인 비업무용 부동산을 업무무관자산으로 보도록 규정하고 있고, 소유하고 있는 법인이 사용하고 있는 토지에 대하여 비업무용 부동산 이외에는 업무무관자산에 해당되는 것을 규정하고 있지 아니한 점과 처분청도 쟁점토지②가 비업무용 부동산에 해당된다는 이유만으로 업무무관자산에 해당된다고 본 점을 고려하여 보면 쟁점토지②중 별지3 토지는 91.12.31까지 업무무관자산에 해당되지 아니하므로 1990사업년도 및 1991사업년도중 쟁점토지② 가운데 개발제한구역내 토지인 별지3 기재내역의 토지에 부과된 종합토지세상당액(유지관리비)은 손금으로 인정하여야 할 것이라고 판단된다. 사. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.