이유
1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 2003.11.18. 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 토지 1,036.3㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 구 초·중등교육법(2004.1.29. 법률 제7120호, 유치원을 유아교육법에서 신설)을 경영하는 자가 취득한 것으로 보아

지방세법 제107조

제1호 및

같은법 제127조

제1항제1호의 규정에 의하여 취득세 등을 비과세 하였으나, 정부합동

감사(2005.7.4.～7.15.)에서 이 사건 토지를 유치원을 경영하는 자가 아닌 경영하고자 하는

자가 취득한 것으로 판단함에 따라 이 사건 토지의 취득가액(189,130,000원)에

지방세법 제112조

제1항 및 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되

기

전의 것) 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,782,600

원, 농어촌특별세

378,260원, 등록세 5,673,900원, 지방교육세 1,134,780원, 합계 10,969,540

원(가산세 포함)을 2005.8.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1995.2.15. 유치원 원장 자격을 취득하고 1997.11.28. 청구인 남편인 청구외 김○○ 명의로 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지를 유치원(○○유치원) 소재지로 하여 ○○시 ○○교육청 교육장으로부터 유치원 설립인가(관리 81411-○○)를 받고 1999.9.1. 청구인 명의로 ○○세무서장에게 사업자 등록을 필한 다음 청구인이 원장으로 취임하여 유치원을 경영하였으나 구 초·

중등교육법 제32조

에서 유치원 원장은 2곳이상 겸직이 불가함에 따라 청구인이 직접 유치원을 설립·경영하고자 유치원 용지로 지정된 이 사건 토지를 ○○공사로부터 취득한 것이므로 유치원 용도외에는 사용할 수 없는 이 사건 토지는 유치원을 경영하는 자가 취득한 것으로 보아 이 사건 토지에 대한 취득세 등은 비과세되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 구 초·중등교육법에 의한 유치원을 경영하고자 하는 자가 토지를 취득한 경우에 취득세 등이 비과세 되는지의 여부에 있다고 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면,

지방세법 제107조

제1호 및

같은법 제127조

제1항제1호에서 제사·종교·자선·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세·등록세를 부과하지 아니하고, 다만 수익사업에 사용하는 경우와 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세·등록세를 부과하며,

같은법시행령 제79조

제1항제2호에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.11.18. 이 사건 토지를 취득한 후

지방세법 제107조

제1호 및

같은법 제127조

제1항제1호의 규정에 의한 구 초·중등교육법에 의한 유치원을 경영하는 자가 취득·등기한 부동산으로 보아 취득세 및 등록세 등을 비과세받았으나 정부합동감사에서 유치원을 경영하는 자가 아닌 경영하고자 하는 자가 취득한 것으로 판단함에 따라 기 비과세한 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 구 초·중등교육법의 규정에 의한 유치원을 경영하고자 유치원 용지로 지정된 이 사건 토지를 취득하였으므로 이사건 토지에 대한 취득세 등은 비과세 되어야 한다고 주장하고 있는 반면, 처분청에서는 유치원을 경영하는 자가 취득한 부동산이 아니라 경영하고자 하는 자가 취득하였다는 사유로 이 사건 취득세 등을 부과한 것이므로 이에 대하여 보면

지방세법 제107조

본문 제1호와

같은법 제127조

제1항제1호 및

같은법시행령 제79조

제1항제2호에서 구 초·중등교육법에 의한 유치원을 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산은 취득·등록세를 부과하지 아니한다라고 규정하고 있고 고등학교이하각급학교설립운영규정시행규칙 제4조에서 학교(유치원 포함)설립의 인가를 신청하고자 할 때에는

건축법 제2조

제6호의 규정에 의한 교사의 주요 구조부의 공사가 완료된 후 신청하도록 규정하고 있으므로 유치원을 경영하기 위해서는 설립 기준에 맞는 시설을 먼저 갖추어야 인가를 받을 수 있고 지방세법령에서는 유치원을 경영하는 자가 취득하는 경우에 취득세 등을 비과세 하도록 규정하고 있어 유치원을 운영하고자 하는 자가 부동산을 취득하는 경우에는 세제 혜택을 볼 수 없고 기존의 유치원 운영자에게만 혜택을 주게 되는 결과가 초래되므로 이는 당초의 입법취지에도 맞지 아니한다는 사유로 감사원심사결정(감심 2005-38, 2005.4.14.) 및 행정자치부 심사결정(행심 2004-331 2004.10.27.)에서 유치원을 운영하고자 하는 자가 취득한 경우에도 비과세 하는 것으로 결정한 바 있고 더구나 2005.1.5. 개정 시행되고 있는

지방세법(법률 제7332호)제272조

제5항에서 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있으므로 청구인의 경우와 같이 청구인의 남편인 청구외 김○○이 인가를 받아 경영하는 유치원(○○유치원)의 원장으로 재직하면서 유치원 용지로 지정된 이 사건 토지를 취득한 것으로 미루어보면 청구인은 유치원을 경영하기 위하여 이 사건 토지를 취득한 것으로 판단되므로 처분청에서 이 사건 토지에 대한 취득세 등을 부과 고지한 것은 입법취지를 오해한 잘못이 있다고 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되므로

지방세법 제77조

제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 1. 23.

행 정 자 치 부 장 관