이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2018.12.24. OOO㎡(이하 “쟁점1토지”라 한다) 및 같은 리 OOO도로 OOO㎡(이하 “쟁점2토지”라 하고, 쟁점1.2토지를 합쳐 이하 “쟁점토지”라 한다)를 aaa로 부터 매매를 원인으로 취득한 후, 2018.12.26. 쟁점토지의 법인장부가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다. 나. 처분청은 청구법인과 aaa의 쟁점토지 거래(이하 “쟁점거래”라 한다)가 「소득세법」제101조 제1항 또는 「법인세법」제52조 제1항 등에 따른 부당행위계산의 부인에 해당하는 특수관계인과의 거래에 해당한다는 OOO도의 감사 결과 지적에 따라, 쟁점토지의 시가표준액 OOO원과 신고가액 OOO원의 차액인 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 2020.11.23. 청구법인에게 부과·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.1.13. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점1토지는 공부상 지목이 ‘임야’로 되어 있으나, 그 사실상 지목은 ‘공장용지’, ‘임야’ 및 ‘경사지’ 등으로 이루어져 있으므로, 실제 지목대로 2018년도 개별공시지가를 적용하여 시가표준액을 산출할 경우, ‘공장용지’ OOO원, ‘임야’ 및 ‘경사지’ OOO원으로서 그 합계는 OOO원이고, 도로로 사용되고 있는 쟁점2토지의 시가표준액 OOO원을 합한 쟁점토지의 사실상 시가표준액은 OOO원이어서 거래가격 OOO원에 비해 부당하게 낮은 저가양수에 해당하지 아니함에도 청구법인의 신고가액을 부인하는 것은 부당하다. (2) 또한, 청구법인은 2004.4.8. OOO 임야 OOO㎡를 취득하여 공장용지로 개발한 aaa로부터 토지사용승낙을 받아 2004.8.23. 공장 신축허가를 득하고, 2007.1.6. 공장신축공사에 착공하였으나, 처분청으로부터 토목공사 준공허가를 받지 못하다가 수차례 설계변경을 거쳐 토목공사를 완료한 후, 2018.12.26.에 이르러서야 소유권을 이전하였는바, 쟁점토지에 대한 실제 매매가격은 이미 2007년 이전에 결정된 것이고, 그 당시의 시가를 감안하면 시가보다 낮은 거래로 인한 조세를 부당하게 감소시킨 거래가 아니라 할 것임에도 처분청이 쟁점토지의 거래를 부당행위계산 부인 대상으로 보아 이 건 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 「지방세법 시행령」제20조 제2항 제1호에서 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일을 취득일로 본다고 규정하고 있는바, 청구법인은 2018.12.24. aaa과 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하고 2018.12.26. 매매대금을 지급하여 OOO원에 이를 취득한 사실이 확인되는 이상, 2008.12.26. 쟁점토지에 대한 취득세 납세의무가 성립하였다 할 것이므로 쟁점토지 취득 당시인 2018년도 개별공시지가를 기준으로 시가표준액을 산정한 것은 적법하다. (2) 자산을 저가양도한 거주자나 법인이 부담하게 되는 소득세 또는 법인세와 저가양수한 해당 거래의 상대방이 부담하는 취득세는 납세의무자나 과세주체 및 과세요건을 달리하는 각 독립적인 세금이고, 취득세의 경우 취득가액을 적게 신고하여야 조세부담이 감소된다는 점을 고려하면 매수인의 부당한 저가 양수행위는 「지방세법」으로 규제할 필요성이 크며, 해당 규정도 근본적으로 그러한 취지에서 마련된 것인바, 매도인 aaa이 청구법인의 대표이사와 특수관계에 있고, 쟁점토지의 취득신고가액과 시가표준액의 차이가 100분의 5를 초과하는 거래에 해당하는 이상, 처분청이 쟁점거래를 부당행위 계산의 부인에 해당하는 특수관계인과의 거래로 보아 이 건 취득세 등을 부과·고지한 처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 특수관계인과의 거래에 대하여 취득신고가격을 부인하고 시가표준액을 과세표준으로 하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 OOO을 본점 소재지로 하고, 벽지제조 및 도매업, 무역업 등을 목적으로 하여 2007.1.10. 설립되었다. ○○○ (나) 부동산매매계약서 및 등기사항전부증명서 등에 의하면, 청구법인은 2018.12.24. aaa과 쟁점토지에 대하여 매매대금 OOO원을 계약일에 일시 지급하는 것으로 하여 매매계약을 체결한 후, 2018.12.26. 매매를 원인으로 소유권이전등기를 한 것으로 나타난다. (다) 쟁점토지의 매도인 aaa은 청구법인의 대표이사 bbb의 형(兄)으로서 「법인세법」제52조 제1항 등에 따른 특수거래자에 해당하는 사실이 가족관계증명서 등에 의하여 나타난다. (라) 청구법인 취득(2018.12.24.) 당시 공부상 지목이 ‘임야’인 쟁점1토지는 아래 ＜표1＞과 같이 분할(2019.12.5.) 및 합병(2019.12.13.) 등을 거쳐 ‘공장용지’와 ‘임야’로 지목이 변경되었으며, 쟁점2토지는 취득 당시와 동일한 ‘도로’인 사실이 토지대장 등에 의하여 확인된다. ＜표1＞ 쟁점1토지 토지이동 연혁 ○○○ (마) 청구법인과 처분청이 제출한 착공신고필증 및 건축물대장 등에 의하면, 청구법인은 쟁점토지 상에 공장 신축을 목적으로 2004.8.23. 처분청으로부터 건축허가를 받고, 2007.1.6. 착공신고필증을 받아 건축공사에 착공하여 2019.12.11. 총 6개동의 공장을 신축하여 사용승인을 받은 것으로 나타난다. (바) 청구법인이 주식회사AAA에 의뢰해 제출한 토지현황측량도에 의하면, 쟁점1토지 OOO㎡는 아래 ＜그림＞과 같이 공장용지 OOO㎡, 사면지 OOO㎡인 것으로 나타난다. ＜그림＞ 쟁점1토지 토지현황측량도 ○○○ (사) 쟁점토지의 2007년도 및 2018년도 개별공시지가는 아래 ＜표2＞와 같으며, 2018년도 개별공시지가를 기준으로 산출한 쟁점토지의 시가표준액과 거래가액의 차액은 100분의 5를 초과한 것으로 나타난다. ＜표2＞ 쟁점토지의 개별공시지가 내역 ○○○ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 「지방세법」제10조 제5항에서 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득에 대하여는 사실상의 취득가격을 적용하지 않는다고 규정하고 있고, 「법인세법」제52조 제1항 등에서 법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다고 규정하고 있으며, 제2항에서 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다고 규정하고 있다. (나) 「소득세법」제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 규정하고 있는 부당행위계산부인이란 거주자 또는 법인이 특수관계인과의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 「소득세법 시행령」제167조 제3항 및 「법인세법」제88조 제1항 각 호에 열거된 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정한 방법에 의하여 객관적으로 타당해 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 처지에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용된다 할 것이고, 경제적 합리성의 유무를 판단할 때에는 해당 거래행위의 대가관계만을 따로 떼어 내어 단순히 특수관계인이 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 경제적 합리성이 없다고 보아서는 아니 되며, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 할 것이며, 한편, 부당행위계산은 일정한 특수관계자 사이의 일정한 거래가 사회통념이나 관습에 비추어 볼 때 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면 족한 것이지 당사자에게 조세회피의 목적이 있거나 경제적 손실이 있어야 하는 것은 아니라 할 것이다. (다) 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 임야, 경사지 및 도로 부분이 대부분이어서 청구법인이 aaa로부터 취득한 쟁점토지에 대한 청구법인의 쟁점거래가 부당하게 낮은 저가양수에 해당하는 거래에 해당되지 않는다고 주장하나, 지방세법령 등에서 특수관계에 있는 자 간의 거래이고, 시가와 그 거래가액의 차액이 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로서 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도.양수한 때에는 그 거래가액을 부인하고 시가를 취득세 과세표준으로 하도록 규정하고 있는 점, 청구법인은 쟁점토지를 특수관계자인 청구법인 대표이사의 형(aaa)으로부터 이를 취득한 점, 청구법인은 쟁점토지의 거래가 시가에 부합한 정상적인 거래라고 주장하면서도 이를 뒷받침할만한 감정평가액 등 객관적인 자료를 제출하고 있지 아니한 점, 쟁점토지 시가표준액과 거래가액 의 차액이 100분의 5를 초과하는 점 등에 비추어 청구법인이 특수관계자인 aaa로부터 쟁점토지를 시가보다 낮은 가액으로 취득한 것은 사회통념이나 관습 등으로 볼 때 합리적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우에 해당하는 것으로 보아 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등 (1) 지방세법(2019.12.31. 법률 제16855호로 일부개정 되기 전) 제4조(부동산 등의 시가표준액) ① 이 법에서 적용하는 토지 및 주택에 대한 시가표준액은 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 공시된 가액(價額)으로 한다. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)이 같은 법에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고, 공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장이 산정한 가액으로 한다. 제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다. ② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다. ⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다. 1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득 2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득 3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득 4. 공매방법에 의한 취득 5. 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득 (2) 지방세법 시행령(2019.5.31. 대통령령 제29797호로 일부개정 되기 전의 것) 제2조(토지 및 주택의 시가표준액) 「지방세법」(이하 "법"이라 한다) 제4조 제1항 본문에 따른 토지 및 주택의 시가표준액은 「지방세기본법」제34조 에 따른 세목별 납세의무의 성립시기 당시에 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 공시된 개별공시지가, 개별주택가격 또는 공동주택가격으로 한다. (3) 법인세법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 12. “특수관계인”이란 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다. 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. ③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 법인세법 시행령 제2조(정의) ⑤ 법 제2조 제12호에서 “경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 1. 임원(제40조 제1항에 따른 임원을 말한다. 이하 이 항, 제10조, 제19조, 제38조 및 제39조에서 같다)의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자( 「상법」 제401조의2 제1항에 따라 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족( 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항에 따른 자를 말한다. 이하 같다) 2. 제50조 제2항에 따른 소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자(이하 “비소액주주등”이라 한다)와 그 친족 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 및 이들과 생계를 함께하는 친족 가. 법인의 임원ㆍ직원 또는 비소액주주등의 직원(비소액주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다) 나. 법인 또는 비소액주주등의 금전이나 그 밖의 자산에 의해 생계를 유지하는 자 제87조(특수관계인의 범위) ①법 제52조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자(이하 "특수관계인"이라 한다)를 말한다. 이 경우 본인도 「국세기본법」 제2조 제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다. 1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자( 「상법」 제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족 2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 3. 법인의 임원·사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족 4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인 5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인 6. 당해 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인 7. 당해 법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원 ② 제1항 제4호 및 제5호에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는지 여부는 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제4항에 따른다. 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우 3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다. ② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다. ③ 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. ② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. 1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다. 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조 를 준용하여 평가한 가액. (생략) (5) 상속세 및 증여세법 제61조(부동산 등의 평가) ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다. 1. 토지 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). (단서 생략)