이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2010.11.30. OOO 외 89필지 부동산(토지 609,333.93㎡ 및 건물 69,210.88㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 매매대금 중 계약금을 제외한 금액을 2010.12.6.부터 2013.10.1.까지 4회에 걸쳐 분할하여 납부하는 방법으로 매매계약을 체결하고, 매매계약 당일 계약금 OOO원 및 2010.12.6. 1회차 연부금 OOO원을 각각 지급하였으며, 2010.12.28. 계약금과 1회차 연부금에 대하여는 舊「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제289조 제1항의 OOO가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득하는 부동산으로 신고하면서 취득세를 면제받았다. 나. 이후 청구법인은 2011.10.1.부터 2016.4.2.에 걸쳐 지급한 나머지 연부대금(2회차에서 6회차까지 OOO원에 해당한다)에 대하여는 「지방세특례제한법」제76조 제1항의 OOO가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산으로 하여 취득세를 감면 및 경감 받았다. 다. 처분청은 청구법인이 계약금·1회차 연부금액에 대한 등록세를 납부하지 않은 것으로 보아, 계약금 및 1회차 연부금액에 용역수수료를 포함한 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 등록세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 2018.12.14. 청구법인에게 부과·고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.2.21. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 처분청은 연부취득에 대한 등록세의 납세의무 성립과 관련하여, 취득세 및 등록세의 통합 전에 납부한 연부금은 잔금을 납부하고 등기·등록하는 때 납세의무가 성립하고, 취·등록세 통합 이후에 납부한 연부금에 대한 취득세 납세의무 성립시기는 연부금의 지급시기라는 의견이고, 청구법인도 이에 대한 의견은 같다. 다만, 2011.1.1. 법률 제10221호로 개정된 「지방세법」의 부칙 제6조에서 이 법 시행 전에 이 법에 규정된 취득세 과세물건을 취득한 자로서 이 법 시행 후에 그 물건을 등기하거나 등록하는 자는 종전의 규정에 따른 등록세 및 지방교육세의 납세의무를 진다고 규정하였고, 행정안전부의 유권해석(지방세운영과-209, 2012.1.16.)에도 같은 뜻이므로, 쟁점부동산에 대하여 「지방세법」이 개정되기 이전의 규정인 舊 「지방세법」제289조 제1항을 적용하여 등록세를 면제하는 것이 타당하다 할 것이다. (2) 처분청은 당초 청구법인이 계약금과 제1회차 연부금만을 지급한 상태였으므로 개정된 법이 시행되기 전에 ‘과세물건을 취득한 자’에 해당하지 않아 위 부칙을 적용하기 어렵다는 의견이나, 부동산을 연부로 취득하는 경우 「지방세법」및 같은 법 시행령에 따라 연부금액이 과세표준으로 되고, 연부금 지급일을 취득일로 규정하고 있으므로, 적어도 계약금과 1차 납부액에 대한 부분에 해당하는 쟁점부동산을 취득한 것으로 보아야 할 것이고, 대법원도 「지방세법」에 있어 연부취득의 경우에는 연부계약을 체결한 매수인이 계약상 또는 사실상의 연부금 지급일에 연부금을 지급한 금액에 상당하는 비율만큼 당해 재산을 부분 취득하는 것으로 하여 그 지급금액을 과세표준으로 한 취득세를 부과하는 것으로 해석한바(대법원 1988.10.11. 선고 86누703 판결, 같은 뜻임) 있다. (3) 2011.1.1. 법률 제10221호로 개정된 「지방세법」부칙 제5조(일반적경과조치)에서도 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 명시하고 있는바, 청구법인은 2011년 지방세법 개정(시행 2011.1.1. 법률 제10221호) 이전인 2010.11.30. 매매계약을 체결하고 계약금을 지급하였을 뿐만 아니라 2010.12.06. 1회차 중도금까지 지급하였고, 이 이후에 법이 개정되었으므로 납세의무자의 기득권 및 신뢰호보를 위하여 위 부칙에 따라 종전 규정인 감면율(100%)가 적용되어야 할 것이다. (4) 청구법인이 취득하는 부동산에 대하여 취득세 및 등록세가 舊 「지방세법」제289조 및 「지방세특례제한법」제76조 에 따라 감면 적용되어 왔으나, 정부재정 확충 등의 사유로 감면율이 점차 축소되어 왔는바, 동일한 계약에 따라 납부한 이 건 연부금 중 2·3차의 연부금에 대한 감면은 100% 적용하면서 이보다 먼저 납부한 계약금 및 제1회차에 대하여 30%의 감면만을 적용하는 것은 이례적이라 할 것이고, 결과적으로 이 건 과세는 등록세 납세의무성립 및 세율은 통합 전의 등록세 규정을 따르는 반면에 등록세 감면은 등기·등록시의 취득세 규정을 적용한 것이므로 이 건 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 지방세법의 분법에 의하여 취득세와 등록세가 취득세로 통합되어, 종전 등록세 납세의무 성립시점이 현행 취득세 납세의무의 성립시 발생되므로 분법 이후 연부금을 납부하여 새로운 취득세 납세의무가 성립된 경우에는 기존 등록세와 취득세가 통합된 현행 취득세율 및 법(감면)을 적용하는 것이 타당하다. (2) 청구법인은 「지방세법」부칙(법률 제10221호, 2010.3.31.) 제6조에 따라 종전의 규정에 따른 등록세의 납세의무를 진다고 주장하나, 청구법인은 취득세와 등록세 통합 이전에 계약금 및 1회차 연부금만을 지급하였고, 잔금이 지급된 상태가 아니므로, 위 부칙에서 규정한 이 법 시행전에 과세물건을 취득한 자에 해당하지 않으므로, 경과조치를 규정한 부칙 제6조를 적용하기 어렵다. 또한, 조세정책상 취득세 납세의무 성립시점을 매 연부금 지급시점 및 등록세 납세의무 성립시점을 등기·등록시점으로 규정한 것에 불과하고, 토지의 성질상 연부금에 상응하는 부분으로 분할하여 사용할 수는 없으며(대법원 2005.6.24. 판결, 2003두3857선고 참조), 연부취득 중인 과세물건에 대하여 마지막 연부지급일 전에 계약을 해제한 경우 과세물건을 처음부터 취득하지 않은 것으로 보아, 취득을 전제로 하는 기 납부한 취득세가 환급되는 점(조심2016지295, 2016.05.11.)을 볼 때 이 건 계약금 및 제1회차 연부금에 대한 등록세의 납세의무 시점은 최종적으로 잔금을 지급하고 등기·등록 시점이라 할 것이다. (3) 설사 납세의무자가 종전 규정에 의하여 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없고(대법원 2013.9.12. 선고 2012두12662 판결), 연부금의 최종 납부 후 등기시점이 쟁점부동산의 등록세 납세의무성립일이므로 당시 적용되는 법률인 「지방세특례제한법」제76조 에 따라 30%의 감면만을 적용하여 과세한 이 건 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 2011.1.1. 이전에 지급된 계약금과 1회차 연부금에 대하여 구 「지방세법」제289조 제1항을 적용하여 등록세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 국토해양부는 2009.12.16. 청구법인에게 OOO의 종전 부동산에 대한 매입을 요청을 하였고, 청구법인은 2010.11.30. 이전공공기관인 OOO과 2010.12.6.부터 2013.10.1.까지 4회에 걸쳐 매매대금을 지급하기로 하는 연부 매매계약을 체결하였으며, 2013.6.28. 및 2015.11.19. 1·2차 매매계약의 변경이 있었으나, 계약금 및 1회차 연부금에 대한 변동은 없었다. (나) 청구법인은 계약금과 1회차 연부금에 대하여는 舊 「지방세법」제289조 제1항에 따라 취득세를 면제받았고, 2011.1.1. 이후 지급한 연부 대금에 대하여는, ＜표＞와 같이 해당 취득일 기준의 「지방세특례제한법」의 경감률을 적용하여 취득세를 신고·납부하였으며, 2016.4.22. 쟁점부동산에 대하여 소유권 이전등기를 경료하였다. ＜표＞ (다) 처분청은 청구법인이 계약금 및 1회차 연부금에 대한 등록세를 납부하지 않은 것으로 보아, 계약금 및 1회차 연부금 등을 과세표준으로 하여 산출한 등록세 등 합계 OOO원을 2018.12.14. 청구법인에게 부과·고지하였다. (라) 행정안전부의 새 「지방세법」추가 운영지침(행정안전부 지방세운영과-559, 2011.2.8.)에 따르면 ‘종전부터 연부 취득 중인 재산 연부 취득시 적용세율’의 내용은 아래과 같다.

○ 종전(2010.12.31이전)부터 연부 취득 중인 재산에 대하여 2011.1.1. 이후 연부금을 납부하여 취득세 납세의무가 발생할 경우에 연부금 납부에 대한 적용세율은, 분법에 의하여 종전 등록세가 취득세로 통합되었고, 종전 등록세 납세의무 성립시점이 현행 취득세 납세의무 성립시 발생되므로, 분법이후 연부금을 납부하여 새로운 취득세 납세의무가 성립된 경우에는 기존 등록세와 취득세가 통합된 현행 취득세율(4%)을 적용하여 부과하여야 한다.

- 아울러, 분법 전에 등록세 납세의무가 발생되지 않고 분법 이후 등기를 하는 경우에는 분법이전 납부한 연부금에 대하여 기존 등록세(2%)를 납부하여야 한다.

○ 연부로 부동산 취득·등기시 적용세율

① 분법 전 : 연부금 납부시 마다(취득세 2%) → 부동산 등기시(등록세 2%)

② 분법 후 : 연부금 납부시 마다(취득세 4%)

사례) OOO원의 토지를 총 5회에 걸쳐 연부금을 매년 납부하도록 계약되어 있고, ‘11.1.1 이전 3회 연부금을 납부하였으며, 2011.1.30. 4회차 연부금을 납부 할 경우 적용세율 및 기존 3회까지 납부한 연부금 등록세 납부시점은 아래와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 2010.1.1. 법률 제9924호로 일부개정된 「지방세법」제29조 제1항에서 지방세를 납부할 의무는 취득세는 취득세 과세물건을 취득하는 때, 등록세는 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때에 성립한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정된 것) 제73조 제6항에서 연부로 취득하는 것에 대하여는 그 사실상의 연부금 지급일을 취득일로 본다고 규정하고 있으며, 제289조 제1항에서 OOO와 OOO가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하고 있다. 2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정된 「지방세법」제10조 제1항 및 제11조 제1항에서 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 하나 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액으로 하며, 부동산에 대한 취득세는 위 과세표준에 1천분의 40 등에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 부칙 제5조에서 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따르고, 부칙 제6조에서 이 법 시행 전에 이 법에 규정된 취득세 과세물건을 취득한 자로서 이 법 시행 후에 그 물건을 등기하거나 등록하는 자는 종전의 규정에 따른 등록세 및 지방교육세의 납세의무를 진다고 규정하고 있다. 개정 전 「지방세법」제29조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제73조 제6항에 따라 과세물건을 취득하는 때 납세의무가 성립하고 연부취득의 경우 매회 사실상의 연부금 지급일에 납세의무가 성립되어 그 금액을 과세표준으로 하여 취득세가 과세되는 것인 점, 같은 법 제289조 제1항에서 청구법인이 국가 등의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하고 있는바, 이 건은 계약금 및 제1회차 연부금액에 대한 등록세이므로 지급 당시의 감면율이 적용되어야 할 것으로 보이는 점, 개정 후 「지방세법」부칙 제6조에서 이 법 시행 전에 과세물건을 취득한 자로서 이 법 시행 후에 그 물건을 등기·등록하는 자는 종전 규정에 따른 등록세 등의 납세의무를 진다고 규정하고 있으며, 이를 이 법 시행 전에 잔금을 완납한 경우로 좁게 해석하기 어려운 점, 청구법인이 계약금 및 제1차 연부금액을 지급할 당시 「지방세법」제289조 에 따라 장차 취득할 쟁점부동산에 대한 등록세가 비과세된다는 사실을 신뢰하였다가 쟁점부동산의 등기 당시에는 관련규정이 불리하게 개정되어 납세자의 이익이 침해된 결과를 초래하게 된 것으로 보이므로 신의성실의 원칙에도 부합되지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 이 건 계약금 및 1회차 연부금에 대한 등록세 등을 과세하면서 개정된 법률에 따라 30%의 감면율만을 적용한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 일부개정된 것) 제29조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다. 1. 취득세 : 취득세 과세물건을 취득하는 때 2. 등록세 : 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때 제111조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다. 제289조(공공사업용 토지 등에 대한 감면) ①「한국토지공사법」에 의하여 설립된 한국토지공사와 「대한주택공사법」에 의하여 설립된 대한주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다. (2) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정된 것) 제73조(취득의 시기 등) ⑥ 연부로 취득하는 것으로서 그 취득가액의 총액이 법 제113조의 적용을 받지 아니하는 것에 있어서는 그 사실상의 연부금 지급일을 취득일로 보아 그 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다)을 과세표준으로 하여 부과한다. (3) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정된 것) 제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다. 제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 6. 그 밖의 원인으로 인한 취득 나. 농지 외의 것: 1천분의 40 부칙＜법률 제10221호, 2010.3.31.＞ 제5조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다. 제6조(등록세 등의 경과조치) 이 법 시행 전에 이 법에 규정된 취득세 과세물건을 취득한 자로서 이 법 시행 후에 그 물건을 등기하거나 등록하는 자는 종전의 규정에 따른 등록세 및 지방교육세의 납세의무를 진다. (4) 지방세특례제한법(2010.3.31. 법률 제10220호로 제정된 것) 제76조(택지개발용 토지 등에 대한 감면) ① 한국토지주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령으로 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 부칙＜법률 제10220호, 2010.3.31.＞ 제3조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 「지방세법」의 규정(종전의 「지방세법」제9조 에 따른 조례를 포함한다)에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다. (5) 지방세특례제한법(2013.8.6. 법률 제11999호로 일부개정된 것) 제76조(택지개발용 토지 등에 대한 감면) ① 한국토지주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령으로 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 75를 경감한다. (6) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부개정된 것) 제76조(택지개발용 토지 등에 대한 감면) ① 한국토지주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령으로 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 30을 2016년 12월 31일까지 경감한다.