이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.8.11. 유치원을 경영할 목적으로 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 학교용지 1,065.8㎡(이하 이 사건 토지 라 한다)와 2000.1.17. 이 사건 토지상에 건물 2,377.95㎡(이하 이 사건 건물 이라 한다)를 취득한 데 대하여 취득세 및 등록세 등을 비과세 하였으나, 청구인 중 ㅇㅇㅇ는 유치원 설립인가를 받지 아니하였고, 또한 이 사건 건물 일부 면적에 대하여는 유치원 사업에 직접 사용하지 아니하고 있으므로 이 사건 토지 및 건물 중 비과세 대상에 해당하지 아니하는 부분(토지 538.2㎡, 건물 1,200.83㎡, 이하 이 사건 부동산 이라 한다)에 대한 취득가액(661,716,622원)을 과세표준으로 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 15,436,230원, 농어촌특별세 1,433,510원, 등록세 20,707,120원, 교육세 3,811,130원, 합계 41,387,990원(가산세 포함)을 2001.9.5. 부과 고지하였다. 2. 청구인의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 토지 및 건물을 각각 취득한 다음 취득세와 등록세에 대하여 처분청으로부터 비과세 결정을 받았는 바, 첫째 청구인이 유치원 설립 인가시 ㅇㅇ교육청으로부터 공동명의로는 인가가 불가능하여 부득이 ㅇㅇㅇ 명의로 인가를 받아 공동으로 유치원을 운영하고 있으므로 이 사건 토지의 과세표준액(731,540,370원) 중 50%만 과세하고 이 사건 건물에 대한 추징은 취소하여야 하며, 둘째 처분청에 이 사건 토지에 대한 비과세를 신청하면서 건축도면 및 건축허가서를 제출하여 비과세 부분을 알 수 있었는데도 이 사건 토지에 대하여 비과세 한 다음 취득세 등을 추징하면서 가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 부동산이 비과세대상인지 여부와 처분청으로부터 비과세 결정된 이 사건 토지에 대한 취득세 등을 추징하면서 가산세를 부과한 것이 적법한 과세처분인 지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 살펴보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제107조 본문 및 제1호, 구 제127조 제1항 제1호 및 같은 법시행령 제79조 제1항 제2호, 제94조 제1항에서 초·중등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니 하지만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 지방세법 제120조 제1항에서 취득세 과세물건을 취득한 자는 30일 이내에 취득세를 신고납부 하여야 하며, 같은 법 제150조의2 제1항에서는 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 등기 등록전까지 등록세를 신고납부 하여야 한다고 규정하고, 같은 법 제121조 제1항 및 제151조에서 신고납부를 하지 아니하거나 부족하게 신고납부한 경우에는 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 취득세와 등록세를 징수하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 이 사건 토지 및 건물을 유치원으로 사용하기 위하여 각각 취득한 후 취득세 등을 비과세 신청함에 따라 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자로 보아 이 사건 부동산에 대하여 취득세 등을 비과세 하였으나, 청구인 중 ㅇㅇㅇ가 유치원 설립인가를 받지 아니한 부분과 유치원으로 사용하지 아니하고 있는 부분에 대하여 비과세된 취득세 등(가산세 포함)을 추징한 사실을 제출된 관련 자료에서 확인할 수 있다. 이에 대하여 청구인의 주장을 차례대로 살펴보면, 먼저 공동명의로 유치원 설립인가가 불가능하여 청구인 중 ㅇㅇㅇ 명의로 인가를 받아 실질적으로 유치원을 공동 운영하고 있으므로, 이 사건 토지에 대해서는 50%만 과세하고 이 사건 건물에 대한 추징은 취소되어야 한다고 주장하고 있지만, 취득세 등이 비과세 되는「초·중등교육법에 의한 학교를 경영하는 자」라 함은 초· 중등교육법 제4조 제3항 및 같은 법시행령 제6조 제1항의 규정에 의거 시·도 교육감으로부터 유치원 설립인가를 받아 유치원을 운영하는 자를 말한다 할 것이므로, 청구인 중 유치원 설립인가를 받지 아니한 ㅇㅇㅇ의 토지 및 건축물(지분 50%)은 유치원으로 사용한다 할 지라도 비과세 대상에 해당된다 할 수 없고, 또한「초·중등교육법에 의한 학교를 경영하는 자」가 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대해서는 취득세 및 등록세를 부과하도록 규정하고 있으므로, 청구인이 취득한 날부터 유치원으로 사용한 사실도 없이 임대한 1층 상가 및 3층 학원 등의 건물에 대하여 비과세한 취득세 및 등록세 등을 추징한 것은 적법한 과세처분이라 할 것이다. 다음으로 처분청에 이 사건 토지에 대한 비과세를 신청하면서 건축도면 및 건축허가서를 제출하여 비과세 부분을 알 수 있었는데도 이 사건 토지에 대하여 비과세 확인서를 발급한 다음 취득세 등을 추징하면서 가산세를 부과한 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 지방세법상 가산세는 지방세법에 규정한 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 의무를 이행하지 아니한 경우에 동법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액으로서, 그 목적은 납세의무자에게 일정한 신고·납부 등의 의무를 부과하고 정당한 이유 없이 위반하는 경우에 행정상의 제재를 가함으로써 과세권 행사의 적정과 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위함에 있고, 의무위반에 있어서 납세의무자의 고의·과실은 고려되지 않는다고 하더라도, 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다(같은 취지의 대법원 판결 1995.6.16. 94누11019)할 것이므로, 이 사건의 경우와 같이 토지에 대하여 청구인이 비과세 신청을 하자, 처분청은 비과세대상이 되지 않는데도 1999.10.4. 비과세 확인서를 발급함으로써 청구인은 이를 믿고 신고납부기한내에 취득세 등을 신고납부하지 못한 것은 청구인에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다 할 것임에도, 처분청이 이 사건 부동산 중 토지에 대한 신고납부의무 불이행의 책임을 청구인에게 돌려 가산세를 가산한 것은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2001. 10. 29 행 정 자 치 부 장 관