이유
1. 원처분의 요지
처분청은 학교법인인 청구인이 ○○대학교 보배캠퍼스를 조성하여 위하여 1998.9.1.부터 2003.6.27.까지 경상남도 ○○시 ○○동 22-1번지외 135필지 503,122㎡(이하 “이 사건 토지”라고 한다.)를 취득하므로 취득세 등을 각각 비과세받았으나, 이를 유예기간(3년)이 지나서도 학교용도로 사용하지 못함에 따라 그 취득가액(11,010,101,650원)을 과세표준으로
지방세법 제112조
제1항 및 같은 법 제131조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 264,237,720원, 농어촌특별세 24,221,540원, 등록세 331,533,280원, 지방교육세 60,780,870원, 합계 680,773,410원(가산세 포함)을 2006.9.6. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
청구인은 ○○대학교 일부를 이전하기 위한 보배캠퍼스 조성사업은 1996년 관할관청(진해시장)과 보배캠퍼스 조성에 따른 기본협약서를 조인한 후 경상남도의 도시계획결정고시절차 및 도시계획시설사업자 지정인가절차 및 도시계획시설(학교)사업 실시계획인가 절차 및 부산·진해경제자유구역지정에 따른 절차지연 및 토지수용위원회의 토지 수용절차 등 국가 등에서 전폭적인 지원없이는 추진하기가 어려우므로 관할관청에서도 적극적인 지원을 받기로 하였는데 도시기본계획 고시나 도로·상하수도 등 기반시설이 미조성되는 등 제때 지원을 받지 못하였고, 학교부지로 고시된 토지의 총 필지수가 약 600필지 1,550,800㎡로, 소유자가 289명으로, 토지수용절차 없이는 토지매입기간이나 매입금액 등이 상당히 소요될 수 받을 수밖에 없는 사정에 처해 있어서 1998.9월부터 2003.6월까지 전체에서 약 55%정도를 취득하는데 불과한 바, 위와 같은 사정에도 불구하고 조속히 학교를 이전하기 위하여 일시에 사업을 시행하는 대신에 1단계로 체육대학만 이전하는 것으로 하여 조성사업을 착공하는 등 단계적으로 사업을 추진하고자 노력하고 있으므로 이 사건 토지를 3년 내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 하고, 또한 설사 이 사건 토지에 대하여 당해 목적에 사용하지 못한 정당한 사유를 인정하지 않더라도 이 사건 토지의 일부는 전·답으로서 그에 대한 등록세율(10/1,000)을 적용하여야 하는데도 1,000분의 30 세율로 적용한 것은 잘못이라고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단
이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인이 학교캠퍼스를 이전하고자 토지를 취득하였으나, 토지 매입의 어려움 및 도시기반시설 미조성 및 관할관청의 변경 등으로 유예기간내 당해 용도에 직접 사용하지 못한 경우, 정당한 사유에 해당하는지 여부에 있다 하겠다.
먼저 관계법령의 규정을 살펴보면,
지방세법 제107조
제1호 및 같은 법 제127조제1항에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득(등기)에 해당하는 것에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하지만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과한다고 하고, 같은 법시행령 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 그 제2호의 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체를 말한다고 규정하고 있다.
다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1996.10.9. 청구인과 관할관청(진해시장)은 동아대학교 일부이전을 위한 보배캠퍼스 조성에 따른 기본협약서를 조인하였고, 여기서 대학설립범위는 총 1,575,200㎡에 6개 대학 10,830명으로, 사업시행기간은 단계별로 1996년부터 2007년까지로, 협약자 책임한계상 관할관청은 도시계획 시설 결정고시 및 동 사업실시계획 인가 및 토지수용절차 수용 및 도시기반시설 협조 등을 지원하는 내용이 기재되었으며, 1997.10.30. 경상남도는 고시 1997-322호로 위 협약서상 학교부지에 대하여 진해도시계획(재정비) 변경결정이 고시(교지면적 1,550,800㎡)하였고, 1998.9.1.부터 2003.6.27.까지 청구인은 이 사건 토지를 붙임과 같이 취득하였으며, 2002.5.20. 관할관청은 진해도시계획시설(학교)사업 시행자 지정 및 실시계획을 인가하였고, 그 인가내용에서 사업시행자는 청구인으로, 사업시행면적은 보배캠퍼스 1,550,800㎡중 체육대학부지조성사업 104,987㎡로, 기간은 2002.5월부터 2004.5.30.까지로 하면서 토지수용대상 목록이 첨부되어 있고, 2003.10.30. 재정경제부장관은 부산시 ○○구 및 경상남도 ○○시 일원을 부산·진해 경제자유구역으로 지정함에 따라 보배캠퍼스 조성사업에 대한 관할관청이 변경되었으며(진해시청에서 경제자유구역청으로), 2004.9.10. 부산·진해경제자유구역청장은 청구인에게 진해도시계획시설(학교)사업 실시계획을 변경인가하였고, 그 내용에서 사업면적을 당초 104,987㎡에서 168,430㎡으로, 그 사업종료기간을 2006.12.31.까지로 기재되었으며, 2005.4.14. 청구인과 한국감정원장과 체육대학 부지조성사업에 관한 보상업무 위·수탁협약서를 체결하였고, 2005.5.24. 청구인의 법인이사회에서 진해보배캠퍼스의 규모를 47만평에서 26만평으로 축소하여 2015년까지 개발계획을 연장하는 등의 학교 중장기발전계획을 변경승인하였으며, 2005.8월 산림청장은 학교부지 조성사업시공자인 당우건설에게 학교부지 일부(137,949㎡)에 대하여 채석허가를 승인하였고, 2006.4.26. 부산·진해경제자유구역청장은 토지수용부분과 관련하여 청구인에게 진해도시계획시설(학교)사업 실시계획을 변경인가하였으며, 2006.6월 청구인은 경상남도 토지수용위원회에 체육대학 부지조성 토지수용재결 신청서를 제출하였고(10필지 4,416㎡), 2006.9.1. 처분청은 이 사건 토지에 대한 현지사실조사에서 일부 지역만 채석작업을 할 뿐 나머지 토지는 그대로 방치하고 있는 사실을 확인하였으며, 2006.9.4. 처분청은 이 사건 토지에 대해 취득세 등을 부과고지한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.
이에 대하여 청구인은 이 사건 토지를 관할관청의 도시기반시설 조성사업 지연 및 도시계획시설사업실시계획 인가청의 변경 등으로 유예기간내 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하므로 이를 보면,
지방세법 제107조
제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호 및 같은 법시행령 제79조제1항제2호에서 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산 취득·등기에 대해서는 취득세 등을 비과세하지만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있는바, 여기서 정당한 사유란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다고 할 것이고, 나아가 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 그 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지의 여부, 토지의 취득목적과 경위, 그 취득목적과 규모에 비추어 이를 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 그 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2004.7.22. 선고, 2002두11950 판결)으로서, 먼저, 이 사건 토지는 학교용지가 아닌 토지로서 이를 도시계획시설(학교용지)로 변경하려면 국토계획및이용에관한법률에서 도시기본계획 및 도시관리계획 정비절차, 그리고 도시계획시설결정절차 등을 거쳐야 하며, 이러한 절차들은 관련 기관의 승인협의 및 고시공람 등의 단계를 가지고 있고, 또한, 조성하고자 하는 보배캠퍼스는 총 약 600필지 1,575,200㎡(1997.10월 학교부지로 도시계획결정고시된 면적), 그 소유자가 289명으로 이를 매입하는 기간은 관련 법령상 토지수용절차를 밟지 않으면 기본 협약서에서 정하는 사업기간내 학교를 이전할 수 없는 사정이 있어서, 그러한 수용절차를 거쳐 토지를 원만히 취득하려면 대상토지의 3분의2 이상에 해당하는 토지를 소유하거나 토지소유자 총수의 3분의2 이상 동의를 얻어 도시계획시설 사업시행자가 된 후 토지수용절차를 진행할 수 있는 점 등에서 이 사건 토지는 취득 전부터 외부적으로나 내부적으로 취득 후 유예기간내 학교목적으로 사용하지 못할 장애사유가 예견되어 있다고 봄이 상당하다 할 것이며, 관할관청에서 기본협약서상 도시계획시설결정 및 도시계획사업실시계획 협의인가 및 토지수용법에 의거 매입추진 및 관련 도시기반시설조성 등의 지원을 하도록 되어 있고, 부산진해경제자유구역의 지정으로 관할관청이 변경되어 도시계획시설사업시행승인절차가 지연되는 등의 사정이 있다하더라도, 이러한 사유는 위 대법원 판례 및 통상적으로 지방자치단체가 관광단지조성 등 대규모 사업에 대한 세제혜택을 도모할 경우 관련 조례에 의하여 토지매입완료 후 유예기간내 공사착공 등을 하면 관련 세액을 감면하도록 하고 있는 것, 특히, 2005.5월 청구인의 법인이사회에서 승인된 중장기발전계획에서 보배캠퍼스의 규모 축소 및 2015년까지 개발계획을 연장하는 등에 비추어 청구인이 이 사건 토지를 고유목적에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였다고 보기는 무리가 있다고 할 것이어서 유예기간내 이 사건 토지를 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 하겠으나, 처분청에서 이 사건 토지중 경상남도 ○○시 ○○동 35-1번지 및 같은 동 496번지 및 같은 동 496-1번지 및 같은 동 497번지 및 같은 동 142-2번지 총 7,635㎡(취득가액 399,376,070원)에 대하여는 지목이 전·답이어서 그 등록세의 세율을 1000분의 10의 세율로 적용하여야 함에도 지목을 임야로 보아 1000분의 30의 세율을 적용한 부분은 잘못이 있다고 하겠다.
따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로
지방세법 제77조
제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2007. 1. 29.
행 정 자 치 부 장 관
※ 이 사건 취득현황(붙임 자료)
연번
감면신청일자
물건명
면적(㎡)
취득일자
과표(원)
1
1998/09/17
두동22-1답479외9
479
1998/09/07
154,232,000
2
28-2
377
3
29
360
4
30
241
5
31-3
476
6
31-4
724
7
31-5
1,124
8
31-7
740
9
31-8
694
10
32-2
152
11
1998/09/17
두동 산210-1임9794외2
9,794
1998/09/07
549,978,000
12
산212-1
9,906
13
산212-4
9,911
14
1998/09/17
두동 산206임29455외1
29,455
1998/09/04
780,000,000
15
산224
43,240
16
1998/10/15
두동9 답3193
3,193
1998/10/02
86,940,000
17
1998/10/15
두동28-1임1084외3
1,084
1998/10/02
71,370,000
18
34-2
383
19
35-1
294
20
35-2
860
21
1998/10/15
두동71답1332
1,332
1998/10/02
40,300,000
22
1998/11/16
두동16답175외2
175
1998/10/20
45,360,000
23
18
116
24
23
1,375
25
1998/11/16
두동 19답 856
856
1998/10/20
23,310,000
26
1998/11/16
두동26임565
565
1998/10/20
15,390,000
27
1998/11/16
두동17답344
344
1998/10/20
9,360,000
28
1998/11/16
두동107-1답889외2
889
1998/11/03
50,670,000
29
109
641
30
128-1
332
31
1998/11/16
두동 89답364외1
364
1998/10/20
79,980,000
32
90
1,342
33
1998/11/16
두동497-1전2407외1
2,407
1998/11/03
195,820,000
34
497-2
2,612
35
1998/11/16
두동산217-1임19185
19,185
1998/11/03
388,800,000
36
1998/11/17
두동산210임9017
9,017
1998/11/12
133,670,000
37
1998/11/17
두동66-2답1193
1,193
1998/11/12
46,930,000
38
1998/11/18
두동산147-1임22076
22,076
1998/11/12
233,730,000
39
1998/12/18
두동산122임4959
4,959
1998/12/04
37,500,000
40
1998/12/18
두동산69-2임9327외1
9,327
1998/12/04
112,900,000
41
산69-3
9,333
42
1998/12/18
두동82-4임4700
4,700
1998/12/04
35,550,000
43
1998/12/18
두동504-1답460외2
460
1998/12/09
80,400,000
44
509
902
45
514-1
410
46
1999/01/08
두동산147-1임470
470
1998/12/30
4,970,000
47
1999/02/08
두동69답986외1
986
1999/02/05
44,330,000
48
69-1
142
49
1999/02/11
두동151답850외2
850
1999/02/08
63,360,000
50
153
1,481
51
산154
288
52
1999/08/28
두동481-3전66외1
66
1999/08/18
114,000,000
53
513-2
2,634
54
1999/11/09
두동338-1대602좌지상
602
1999/11/09
127,400,000
55
1999/12/02
두동산164임야16,860
16,860
1999/12/02
344,250,000
56
1999/12/23
두동58답370외1필
370
1999/12/10
161,820,000
57
60
3,319
58
2000/02/16
두동 281답1993.00외 1
8
2000/02/16
194,400
60
2000/02/18
두동317-4답633
633
2000/02/03
29,605,000
61
2000/02/18
두동66-1답2,595
2,595
2000/02/03
113,825,000
62
2000/02/18
두동471답1,240
1,240
2000/02/03
56,250,000
63
2000/02/18
두동318답212
212
2000/02/03
9,920,000
64
2000/02/23
두동산210-2임야9,057
9,057
2000/02/22
137,000,000
65
2000/04/08
두동57답635외1필
635
2000/03/21
61,050,000
66
62-1
711
67
2000/04/08
두동68답853
853
2000/04/03
39,990,000
68
2000/04/08
두동 산220-1임야694
2,200
2000/04/03
103,230,000
69
2000/04/08
두동83답2,112외1필
2,112
2000/04/03
14,700,000
70
129
88
71
2000/05/03
두동282답1140
1,140
2000/04/25
43,125,000
72
2000/05/03
두동 508답655
655
2000/04/25
22,572,000
73
2000/05/03
두동 산225임야11,405
11,405
2000/04/25
169,050,000
74
2000/07/06
두동59전231
231
2000/06/27
10,500,000
75
2000/07/06
두동187-4답244
244
2000/06/27
7,400,000
76
2000/07/06
두동산60-5임야1700
1,700
2000/06/27
15,420,000
77
2000/07/06
두동 산131-1임야6547외1
6,547
2000/06/27
66,020,000
78
산131-2
4,366
79
2000/07/06
두동산134-1임9898
9,898
2000/06/27
77,844,000
80
2000/07/06
두동산159임야69818
중12545(별첨)
12,545
2000/06/27
170,775,000
81
2000/07/06
두동 산234임야20113
20,113
2000/06/27
425,880,000
82
2000/08/14
두동259답4397
4,397
2000/07/25
179,550,000
83
2000/08/14
두동143답2,554외2
2,554
2000/07/25
156,465,000
84
143-2
941
85
260
337
86
2000/11/13
두동 169-1답132
132
2000/09/17
5,800,000
87
2000/11/13
두동 170-1 답2238외
2,238
2000/09/17
207,200,000
88
171
2,487
89
2000/11/13
두동174답1673
1,673
2000/09/17
73,370,000
90
2000/12/30
두동 36 답1015 A
1,015
2000/12/14
30,700,000
91
2000/12/30
두동 산 226 임야16165 A
16,165
2000/12/14
171,150,000
92
2001/01/03
두동 산 208-2 임4167 A
4,167
2000/12/29
63,000,000
93
2001/01/13
두동산216외
298
2001/01/09
1,340,000,000
94
496
863
95
496-1
2,883
96
497
357
97
산214-4
198
98
산214-5
1,714
99
산214-6
162
100
496-2
2,279
101
2001/01/22
두동 497-3전1739
1,739
2001/01/22
52,600,000
102
2001/02/20
두동 146 답117
117
2001/02/19
5,075,000
103
2001/02/20
두동 512 답869
869
2001/02/19
39,450,000
104
2001/04/27
두동 142 답3238
3,238
2001/04/20
93,984,000
105
2001/04/27
두동 142-1 유지129외
129
2001/04/20
97,824,000
106
142-2
3,238
107
2001/05/09
두동141-1임1478외
1,478
2001/05/03
70,905,000
108
141-3
1,537
109
2001/07/25
두동 168-1
1,147
2001/07/19
50,315,000
110
2001/07/25
두동 산 217-2 임야18446외
18,446
2001/07/09
526,500,000
111
산217-5
595
112
산217-9
298
113
2001/07/25
두동 101-2
1,309
2001/07/19
51,480,000
114
2001/08/13
두동 186-3
415
2001/08/10
17,010,000
115
2001/08/13
두동 산 123-1
3,321
2001/07/31
27,135,000
116
2001/08/29
두동 107-2 답1193외1건
1,193
2001/08/24
43,844,000
117
107-3
301
118
2002/06/24
두동산233-1임ß21224외2
21,917
2002/06/24
612,000,000
119
산233-2
1,588
120
산233-3
992
121
2002/07/31
두동 산 207-1
1,054
2002/07/25
35,090,000
122
2002/09/13
두동 산 63
9,917
2002/09/11
227,670,500
123
2002/10/18
두동 산 215(임야198)
198
2002/10/18
6,600,000
124
2002/11/22
두동 514-2 외7필지(A)
26
2002/11/21
191,333,750
125
산220-2
298
126
산221-1
5,851
127
산221-2
694
128
산221-3
1,488
129
산221-4
298
130
산222-2
198
131
산228-2
63
132
2002/12/11
두동 산132(임3074³)
3,074
2002/12/09
65,100,000
133
2003/01/04
두동 산 214-2(도로1091)
1,091
2002/12/30
42,900,000
134
2003/01/28
두동 산 117(임야7300)
7,300
2003/01/23
77,380,000
135
2003/06/07
두동산211(임야30793)외1
30,793
2003/06/05
842,000,000
136
산211-1
6,397
계
503,122
11,010,101,650