이유
1. 처분개요 청구인은 서울특별시 동대문구 OOO동 OOOOO 소재 대지 136㎡, 건물 53.92㎡(이하 “종전 1주택”이라 한다)를 78.6.21 취득하였고, 같은동 OOOOOO 소재 대지 79㎡, 건물 55.80㎡(이하 “종전 2주택이라 한다) 및 같은동 OOOOOO 소재 대지 16㎡를 83.7.14 취득하여 78.5.10부터 86.11.10까지는 종전 1주택에 거주하였고, 86.11.11부터 멸실때까지는 종전 2주택에서 거주하다가 90.2.7 종전 1,2주택을 모두 멸실하고, 90.11.28 위 토지를 합병하여 같은동 OOOOO 대지 231㎡로 한 후 동 토지와 89.12.16 취득한 같은동 OOOOOO 소재 대지 24.5㎡의 2필지의 대지 255.5㎡ 지상에 90.12.12 청구인의 처 OOO와 공동으로 겸용주택 645.78㎡(지층, 1, 2층은 근린생활시설 422.32㎡, 3, 4층은 주택 223.46㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 신축하여 신주택 4층(105.12㎡)에서 3년 이상 거주하다가 94.2.1 양도하였다. 처분청은 쟁점주택의 양도에 대하여 기준시가로 양도차익을 산정하고 95.3.8 청구인에게 94년 귀속분 양도소득세 88,273,060원을 결정고지하였다가 쟁점주택중 청구인가족이 3년 이상 거주한 4층 주택면적 105.12㎡와 그에 부수되는 토지 41.592㎡(전체대지면적을 안분계산한 면적)를 1세대 1주택 비과세대상으로 하여 95.5.18 양도소득세를 72,318,630원으로 경정 결정하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.5.4 이의신청, 95.8.2 심사청구를 거쳐 95.10.25 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구인은 종전 1주택을 78.6.21 취득하여 거주하던중 너무 비좁아 인접한 종전 2주택을 취득하여 담장을 헐어 하나의 주택으로 사용하다가, 위 주택들이 낡고 오래되어서 이를 헐고 쟁점주택을 신축하여 거주하다가 양도한 것이므로 종전1·2주택은 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택의 요건을 충족한 것임에도, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 이를 고려하지 아니하고 쟁점주택 4층 부분과 이에 의하여 안분계산한 대지면적에 대하여서만 비과세 한 것은 부당하므로, 쟁점주택 면적 645.78㎡중 종전1·2 주택 면적에 해당하는 109.72㎡와 쟁점주택의 대지면적중 OOOOO 소재 대지 231㎡를 과세대상에서 제외하여 과세표준과 세액을 경정하여야 한다. 나. 국세청장 의견 쟁점주택중 주택부분인 3, 4층이 각각 철재대문으로 구분되어 있어 독립하여 거주할 수 있는 별도의 주택으로 확인되고 있으며, 청구인이 거주한 쟁점주택의 4층부분 면적과 그 부수토지에 해당하는 면적에 대하여만 1세대 1주택으로 보아 과세대상에서 제외하고 나머지는 과세대상으로 하여 경정 결정하였음이 확인되므로 처분청이 쟁점주택 양도당시의 소득세법에 근거하여 청구인세대가 3년이상 거주 및 보유한 주택부분만이 양도소득세가 비과세 되는 1세대 1주택으로 보아 전시한 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 이 건 심판청구의 다툼은 1세대 1주택의 비과세 요건을 갖춘 종전주택을 멸실하고 겸용주택을 신축하여 양도한 경우 1세대 1주택으로서 비과세되는 주택과 그 부수되는 토지의 범위를 가리는데 있다. 나. 관계법령 소득세법 제5조 본문 및 제6호 (자)목에 의하면 “대통령령이 정하는 1세대 1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 소득세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제15조 제1항에서 「법 제5조 제6호 (자)목에서 “1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 것으로 한다」고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에는 “주택의 일부에 점포등 다른 목적의 건물이 설치되어 있거나 동일지번상에 주택과 다른 목적의 건물이 설치되어 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 면적이 주택이외의 면적보다 작거나 같을때에는 주택부분 이외의 건물은 주택으로 보지 아니한다”라고 규정하고 있고 같은조 제11항에서 「제1항의 규정에 의한 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 거주하거나 보유하는 중에 소실·도괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택의 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 기간을 통산한다.」고 규정하고 있다. 전시한 법규정을 종합하여 보면, 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택의 요건을 갖춘 구주택을 멸실하고 그 곳에 새로운 주택을 신축하여 양도하는 경우에 소득세법시행령 제15조 소정의 거주기간 또는 보유기간을 산정함에 있어서는 신·구 주택의 거주기간 또는 보유기간을 통산하여야 할 것이나, 1세대 1주택의 비과세 범위는 양도당시 양도주택의 현황에 의하여 결정하여야 하는 것이므로 구주택을 기준으로 비과세 범위가 결정되는 것이 아니라 신주택의 현황에 의하여 결정되어야 할 것인 바, 신주택 일부에 점포등 다른 목적의 건물이 설치되어 있는 경우에는 주거용에 공하는 부분이 비주거용부분보다 크면 전부를 주택으로 보아 1세대 1주택의 면세를 적용하지만 비주거용부분이 주거용부분보다 크거나 같으면 그 부분은 그와 같은 면세혜택을 받을 수 없고, 이 경우 주택이라 함은 양도자와 그 가족이 주거용으로 사용하는 공간을 말하고 사람의 주거에 공하는 공간이라도 타인에게 임대하는 것을 목적으로 하는 것은 “다른 목적의 건물”로서 양도소득세가 비과세 되는 1세대 1주택의 양도에 해당하지 아니한다 할 것이다.(같은 취지 : 대법원 판례 88누1004, 89.2.28) 다. 심리 및 판단 (1) 사실관계를 보면, 청구인은 종전 1주택(대지 136㎡, 건물 53.92㎡)을 취득하여 3년이상 거주하였고 종전 2주택(대지 79㎡, 건물55.80㎡)도 취득하여 3년이상 거주하였으며 90.2.7 종전 1,2주택을 모두 멸실하고, 인근토지를 포함한 대지 255.5㎡에 청구인의 처 OOO와 공동으로 쟁점주택건물 645.78㎡(지층, 1, 2층은 근린생활시설 422.32㎡, 3, 4층은 주택 223.46㎡)를 90.12.12 신축하여 쟁점주택 4층(105.12㎡)에서 3년 이상 거주하다가 94.2.1 쟁점주택을 양도하였음이 등기부등본 및 주민등록표등에 의하여 확인된다. (2) 청구인은 종전 1주택과 종전 2주택의 담장을 헐어서 한울타리로 하여 사실상 1개의 주택으로 하여 거주하다가 멸실하였다고 주장하나 종전 1·2주택을 1개의 주택으로 사용하였는지의 여부는 확인되지 아니하므로 종전주택 멸실당시 청구인은 1세대 2주택인 경우에 해당된다 할 것이고, 이러한 경우에 멸실된 종전 1·2주택중 거주기간이 가장 오래된 종전 2주택만 1세대 1주택으로서 비과세 요건을 갖춘 것이 되나, 이 건의 경우 쟁점주택이 비과세 요건을 갖추고 있고 비과세 범위 또한 쟁점주택의 양도당시의 현황에 의하여 결정하게 되는 것이므로 종전 2주택은 쟁점주택의 비과세 여부에 영향을 미치지 아니한다 하겠다. (3) 쟁점주택의 주택부분(3층 118.34㎡, 4층 105.12㎡)에 대하여 처분청이 조사한 바에 의하면 3층과 4층은 계단중앙에 철제대문을 설치하여 각각 독립하여 거주할 수 있도록 되어 있고 3층에는 청구외 OOO세대(4명)가 90.8.8 전입하여 거주하고 있다(청구외 OOO의 주민등록등본 제시)고 하는 바, 청구인세대는 쟁점주택 4층부분(105.12㎡)에 3년이상 거주하였음이 인정되고 쟁점주택중 청구인이 거주한 부분을 제외한 나머지 부분은 다른 용도의 건물이라 할 것이므로 처분청이 쟁점주택건물중 청구인이 거주한 부분 105.12㎡와 그에 부수되는 토지 41.592㎡를 안분계산하여 1세대 1주택 및 그 부수토지로 비과세하고 쟁점주택중 나머지부분에 대하여 양도소득세를 부과한 당초처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 라. 이 건 심판청구는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.