이유
1. 원처분 개요 청구인은 89.1.30 신축한 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO 소재 업무시설 494.8㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 청구인이 대표이사로 있는 청구외 OOOO주식회사(이하 “OOOO(주)”라 한다)와 임대보증금을 1억원으로 한 임대차계약을 체결하고 88.11.1～89.2.1 기간중에 위 법인으로부터 임대보증금 1억원을 받아 쟁점건물의 신축공사비로 지급하였다. 처분청은 청구인이 쟁점건물의 임대보증금으로 공사미지급금을 지급한 사실을 확인하고 간주임대료 10,000,000원을 계산하여 이를 총수입금액에 산입하는 한편, 쟁점건물을 특수관계인에게 현저히 적은 임대보증금으로 임대함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정하고 쟁점건물의 임대에 따른 수입금액을 재계산하여 15,793,700원을 총수입금액에 산입하고 92.12.16 91년도 귀속분 종합소득세 14,802,870원을 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 93.7.29 심판청구를 하였다. 2. 청구인주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 청구인이 OOOO(주)에 임대하고 받은 쟁점건물의 임대보증금 1억원을 당해 건물의 신축공사비로 모두 사용하여 임대보증금에 의한 소득이 전혀 발생하지 않았음에도 간주임대료를 계산하여 총수입금액에 산입하였으므로 부당하며, (2) 쟁점건물은 냉·난방시설이 되어있지 않은 1층건물이고, 대로변에서 상당거리 떨어져 있어 임대조건이 좋지 않은 반면에 처분청이 이 건 부당행위계산 부인함에 있어서 쟁점건물과 비교한 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO 업무시설 2,774㎡(이하 “비교건물”이라 한다)은 현대식 고층건물로서 대로변에 위치하고 있어 임대조건이 양호한 바, 두 건물을 서로 비교하여 쟁점건물의 임대소득금액을 부당계산한 것으로 보아 부인하는 것은 부당하다고 주장한다. 나. 국세청장 의견 (1) 건물을 신축한 후 임대하고 받은 임대보증금으로 당해 건물의 신축공사대금을 지급한 경우 당해 금액은 간주임대료의 총수입금액계산에서 제외되는 법소정의 임대사업과 관련된 차입금의 상환에 충당된 금액에 해당되지 아니하므로 처분청이 소득세법시행령 제58조 제3항의 규정에 의하여 계산한 간주임대료를 총수입금액에 산입하여 과세한것은 정당하며, (2) 쟁점건물의 임차인 OOOO(주)는 청구인이 대표이사로서 법인으로서 청구인과 특수관계에 있는 자에 해당되며, 처분청은 인근 임대사업자 중 정상적인 사인간의 거래로 볼 수 있는 부동산임대소득에 대한 기장자 5인을 선정하여 평당임대보증금을 확인한 후 그 중 청구인에게 가장 유리한 금액을 적용하여 임대수입금액을 재계산하여 총수입금액에 산입하였으므로 처분청의 처분이 정당하다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 부동산을 신축하여 임대하고 받은 임대보증금을 당해건물의 신축공사대금의 미지급금으로 지급한 데 대하여 간주임대료를 계산하고 이를 총수입금액에 산입한 처분의 당부와 (2) 쟁점건물을 특수관계인에게 저가의 임대보증금으로 임대함으로써 조세부담을 부당히 감소시킨 것으로 보아 부당행위계산 부인한 것이 타당한지를 가리는 데 다툼이 있다. 나. 쟁점 (1)에 대하여 (1) 소득세법 제29조 제1항에 “거주자가 부동산 또는 부동산상의 권리등을 대여하고 받은 보증금, 전세금 또는 이와 유사한 성질의 금액(임대사업과 관련된 차입금의 상환에 충당된 금액을 제외한다)에서 발생한 수입금액이 그 보증금등에 금융기관의 이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 이자율을 곱하여 산출한 금액에 미달하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 부동산소득금액의 계산에 있어서 총수입금액에 산입한다”고 규정되어 있다. (2) 청구인이 위 임대보증금으로 당해 건물 신축공사비 미지급금을 지급한 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없는 바 쟁점건물의 신축공사비 미지급금의 지급에 사용된 금액이 임대사업과 관련된 차입금 상환에 충당된 금액에 해당하는지를 보면, 이경우의 차입금이라 함은 타인으로부터 금전을 차입함으로써 발생하는 부채를 말하는것으로서 건물신축에 따른 공사비 미지급금은 이에 해당하지 아니하며, 소득세법기본통칙 3-1-18...29 제2항(92.7.25 개정)에서도 부동산을 신축하여 임대하고 받은 전세보증금을 당해건물의 신축대금으로 지급하는 금액은 임대사업과 관련된 차입금의 상환에 충당된 금액으로 보지아니하는 것으로 해석하고 있는 바, 처분청이 쟁점건물을 신축한 후 이를 임대하고 받은 임대보증금을 임대사업과 관련된 차입금의 상환에 충당된 금액으로 보지 아니하고 간주임대료를 계산하여 총수입금액에 산입하여 종합소득세를 과세한 처분청의 처분은 잘못이 없다(국심 93서1459, 93.10.5 같은 취지임)고 판단된다. 다. 쟁점 (2)에 대하여 (1) 소득세법 제55조 제1항에서 “부동산소득, 사업소득, 기타소득, 양도소득 또는 산림소득이 있는 거주자가 대통령령이 정하는 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해 년도의 소득금액을 계산할 수 있다”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제111조 제1항에서 “법 제55조 제1항에서 ‘특수관계에 있는 자’라 함은 다음 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다”고 규정하고 그 제5호에 “그 소득자가 대표자인 법인”을 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 “법 제55조 제1항에서 ‘조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때’라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다”고 하고 그 제2호에 “특수관계에 있는 자에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율로 대부하거나 제공한 때”를 규정하고 있다. 위 부당행위계산규정은 거주자가 그와 특수관계에 있는 자와 거래행위가 이루어진 경우에 있어서 그 거래행위가 소득세법시행령 제111조 제2항 각호에 열거한 제반 형태를 취함으로써 경제적합리성을 결여한 것으로 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보여질 때에 과세권자의 입장에서 객관적으로 타당하다고 보여지는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 데 그 목적이 있다 할 것이다. (2) 건물의 임대에 따른 임대보증금 및 임대료는 건물의 위치와 면적, 층수, 및 건축연도 등에 따라 정하여 지는 것이므로 특정건물의 임대보증금등이 적정한 것인지 여부를 판단함에 있어서는 당해 건물과 앞에 열거한 제조건이 같거나 유사한 건물을 기준으로 비교하여야 할 것인 바, 이 건의 쟁점건물의 임대소득금액에 대하여 부당행위계산 부인한 처분이 타당한지를 살펴보면, ① 청구인은 92.5.31 91년도 귀속분 종합소득세를 신고하면서 청구인 소유 건물의 임대에 따른 부동산소득을 2,602,420원으로 신고하고 쟁점건물의 임대소득금액을 △3,607,580원으로 신고하였으며, 처분청은 청구인이 쟁점건물을 신축한 후 이를 청구외 OOOO(주)에 임대하고 받은 임대보증금을 당해 공사미지급금으로 지급한 데 따라 간주임대료 10,000,000원을 계산하여 총수입금액에 산입하는 한편, 강남구 OO동 OOOOOO 소재 비교건물 등 쟁점건물 인근의 건물 5동의 임대보증금 및 임대료에 의하여 각 건물의 평당 임대보증금을 계산한 후 당해 임대보증금의 각 건물 부속토지의 개별공시지가에 대한 비율(쟁점건물 : 25.32%)을 산출하고 쟁점건물을 제외한 건물중 그 비율이 가장 낮은 위 비교건물의 대비율(65.11%)을 적정비율로 채택하여 쟁점건물의 평당임대보증금(2,031,천원)을 산출한 후 여기에 임대면적(127평)을 곱하여 적정임대보증금(257,937천원)을 산출하고 이를 기준으로 쟁점건물의 적정임대수입금액을 재계산한 후 15,793,700원을 총수입금액에 산입하였다. ② 청구인이 제시한 쟁점건물의 지적도, 건축물관리대장 및 등기부등본 등을 보면, 쟁점건물은 89.1.30 신축된 지상 1층 연면적 149.7㎡(127평)의 건물로서 영동대로변에서 500여m 떨어진 곳에 위치하고 있는 반면에 처분청이 부당행위계산 부인함에 있어서 쟁점건물과 비교한 OO동 OOOOOO 소재 비교건물은 91.3.23 신축된 지하 4층 지상 9층 연면적 2,774㎡(839.1평)의 건물로서 8차선도로인 영동대로와 접하고 있는 것으로 확인된다. ③ 당 심판소가 처분청에 쟁점건물의 임대소득금액의 부당계산 여부를 건물임대보증금의 당해 건물의 부속토지가격에 대한 비율을 기준으로 하여 판단한 이유를 묻는 데 대하여 처분청은 “쟁점건물의 인근건물의 기장자인 임대사업자의 임대건물중 쟁점건물과 그 현황이 비슷한 건물을 선택하여 그 임대보증금을 비교하였고, 부당계산여부를 건물임대보증금의 당해 건물의 부속토지의 가격(개별공시지가)에 대한 비율을 기준으로 판단한 것은 토지의 가격이 건물의 임대가격에 많은영향을 미치기 때문인 것”으로 그 이유를 밝히고 있다. 위 법령과 사실을 종합하여 보면, 건물의 임대보증금 및 임대료는 처분청의 주장과 같이 당해 건물의 위치에 의하여도 영향을 받지만 그외에도 당해 건물의 신축연도, 시설, 용도 및 규모 등에 의하여 영향을 받는다고 할 것인 바, 건물의 신축연도와 시설은 물론 그 규모등으로 보아 쟁점건물 보다 현저하게 좋은 임대조건을 갖춘 OO동 OOOOOO 소재 비교건물과 그 임대보증금등을 비교하여 쟁점건물의 임대소득금액계산을 부당하다고 하는 것은 타당하지 않다 할 것이다. 따라서 처분청은 청구인의 쟁점건물의 임대소득금액의 계산이 부당한지 혹은 적정한지 여부는 건물의 임대보증금에 영향을 미치는 위에 열거한 제요인이 쟁점건물과 같거나 유사한 건물을 선택하여 그 임대보증금등과 비교하여 판단하고 그 임대소득금액의 재계산 여부를 결정하여야 할 것이다. 라. 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.