이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2006.12.27. 경기도 ○○시 ○○읍 ○○리 49-4번지외 1필지 토지 2,411㎡(이하 “ 이 사건 수용부동산”이라 한다)의 수용보상금 1,002,795,000원을 수령하고, 2007.2.15. 인천광역시 ○○구 ○○동 1196-7번지 토지 494.7㎡와 동 지상건축물 1,690.15㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 청구외 최○○로부터 취득가액 1,700,000,000원에 취득한 후, 이 사건 부동산의 시가표준액 1,513,255,665원에서 이 사건 수용부동산의 시가표준액 312,324,000원을 감한 1,200,931,665원을 과세표준으로 하고, 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 24,018,630원, 등록세 24,018,630원, 농어촌특별세 2,401,860원, 지방교육세 4,803,720원, 합계 55,242,840원을 신고하고, 등록세 등은 2007.2.26.에, 취득세 등은 2007.3.14.에 각각 납부하자 이를 수납하고 징수결정 하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 처분청에서 이 사건 부동산 대체취득에 따른 초과액 산정기준을 이 사건 부동산의 취득신고가액에서 이 사건 수용부동산 보상금의 차액으로 하여야 함에도 시가표준액을 적용하여 산출한 초과액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 산출한 것은 부당하다고 주장하면서 신고납부한 이 사건 취득세 등의 경정을 구하였다.
3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 종중이 일반건축물과 그 부속토지를 개인 으로부터 대체취득 하는 경우 대체취득에 따른 초과액을 시가표준액으로 산 정하는 것이 적법한지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(2006.12.28 법률 제8099호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제109조제1항 단서에서 새로 취득한 부동산등의 가액의 합계액이 종전의 부동산등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 구 지방세법시행령(2006.12.30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조의3제1항제2호에서 수용시의 초과액 산정기준은 부동산 등의 대체취득이 법 제111조제5항 각호의 규정에 의한 취득외의 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산 등의 시가표준액(법 제111조제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액을 말한다. 이하 같다)에서 매수·수용·철거된 부동산등의 매수·수용·철거 당시의 시가표준액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제111조제5항에서 다음에 게기하는 취득에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다고 규정하면서 그 제3호에서 판결문·법인장부 중 대통령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득이라고 규정하고, 그 제5호에서 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조 의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득이라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.9.8. 성남장호원(3공구) 도로사업 인가(건설교통부고시 제2002-150호)에 의하여 이 사건 수용부동산이 도로에 편입되어 2006.12.27. 청구외 서울지방국토관리청으로부터 이 사건 수용부동산의 보상금 1,002,795,000원을 수령한 후, 2007.1.3. 이 사건 부동산의 매매계약을 체결하고, 2007.2.15. 취득가액 1,7000,000,000원에 취득한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 처분청에서 이 사건 부동산 대체취득에 따른 초과액 산정기준을 이 사건 부동산의 취득신고가액에서 이 사건 종전 소유부동산 보상금의 차액으로 하여야 함에도 시가표준액을 적용하여 산출한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 종중인 청구인은 법인격 없는 비법인 사단으로서 지방세법 제111조 제5항제3호의 사실상 취득가액을 인정하는 법인의 범위에 포함되지 않는다 할 것이고, 또한 청구인이 이 사건 부동산을 취득하면서 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제27조의 규정에 의하여 부동산거래계약신고를 하였다고 하더라도, 이 사건 부동산은 건설교통부 부동산 실거래가신고제도 업무처리 요령 등에 의하여 가격이 검증되는 토지나 주택이 아닌 근린생활 및 업무용시설이므로 같은 법 제28조의 규정에 의한 검증이 이루어진 취득으로 볼 수 없는 이상, 지방세법 제111조 제5항제5호에서 정하는 사실상 취득가액이 인정되는 취득에 해당되지 않는다고 할 것이므로 처분청에서 지방세법시행령 제79조의3 제1항제2호의 규정에 의하여 이 사건 부동산의 시가표준액에서 이 사건 수용부동산의 시가표준액을 차감한 초과액을 과세표준으로 하여 산출한 이 사건 취득세 등을 청구인이 신고납부한 것은 적법하다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다. 2007.
4.
30. 행 정 자 치 부 장 관