쟁점조항 개정을 통해 농지보전부담금 등 관계법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용을 간접비용으로서 취득가격에 포함하도록 규정한 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 충청북도 청주교육청에 납부한 이 건 학교용지부담금은 이 건 건축물의 취득세 과세표준에 포함된다고 볼 수 있으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단됨

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 2015.6.2. OOO지상에 공동주택 및 근린생활시설(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하여 취득한 후, 2015.6.10. 그 취득가격 OOO과세표준으로 하고 「지방세법」제11조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO처분청에 신고·납부하였다. 나. 청구법인은 2017.9.12. 위(가)의 취득가격 중 이 건 건축물의 신축과 관련이 없는 차입금에 대한 건설자금이자 등은 그 취득가격에서 제외하고 OOO납부한 학교용지부담금 OOO(이하 “이 건 학교용지부담금”이라 한다)은 그 취득가격에 포함하는 것으로 하여 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 이에 대하여 2017.11.8. 청구법인의 주장을 인용하여 취득가격을 OOO경정하고 취득세 등 OOO청구법인에게 환급하였다 다. 청구법인은 2019.12.18. 위(나)의 경정청구 당시 수정신고하였던 이 건 학교용지부담금에 대하여 이 건 건축물의 신축을 위한 간접비용에 해당되지 않는다는 사유로 하여 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 이에 대하여 2020.2.11. 거부처분(이하 “이 건 거부처분”이라 한다)을 하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.3.18. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 2010년 「지방세법 시행령」(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정된 것, 이하 “「지방세법 시행령」”이라 한다) 제18조 제1항 제3호(이하 “쟁점조항”이라 한다) 개정으로 취득가격의 범위에 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용을 간접비용에 포함시켰으나, 그 개정전에도 취득가격은 취득에 소요된 간접비용으로 규정하고 있어 그 개정으로 취득가격의 범위가 실질적으로 달라지지 않은 것으로 보이는 점, 청구법인이 이 건 건축물을 신축할 당시까지 행정자치부 유권해석(세정-429, 2005.1.26., 이하 “종전 유권해석”이라 한다)과 감사원 심사결정례(감심 2009-143, 2009.6.25., 이하 “종전 감사원결정”이라 한다)에서 학교용지부담금은 건축물 신축을 위한 비용으로 보지 않은 점, 행정자치부는 이 건 건축물의 취득일(2015.6.2.) 이후인 2015.12.11.에서야 종전 유권해석에 대한 변경 유권해석(지방세운영과-3861호, 이하 “변경유권해석”이라 한다)을 한 점 등에 비추어 볼 때 이 건 건축물을 신축할 당시에는 학교용지부담금에 대한 비과세 관행이 청구법인에게 신뢰되었다고 볼 수 있으므로 이 건 거부처분은 부당한다. 나.처분청 의견 청구법인이 2015.6.10. 이 건 건축물의 신축 관련 취득세를 신고할 당시 신고하지 않았던 이 건 학교용지부담금을 2017.9.12. 경정청구를 하면서 수정신고하고 납부한 점, 이 건 건축물을 신축하기 위해서는 학교용지부담금을 의무적으로 납부하여야 하는 점, 종전 유권해석이 쟁점조항 개정 이후에도 판단이 유지되었다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 볼 때 이 건 건축물을 신축할 당시에는 학교용지부담금에 대한 비과세 관행이 청구법인에게 신뢰되었다고 볼 수 없으므로 이 건 거부처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 이 건 학교용지부담금이 이 건 건축물의 취득세 과세표준에 포함되는지 여부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 서류를 보면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 행정자치부 종전 유권해석과 종전 감사원결정에서는 “학교용지부담금은 건축물 신축을 위한 간접 비용으로 볼 수 없다”고 결정한 것이 확인된다. (나) 취득가격의 범위를 규정하고 있는 쟁점조항의 개정연혁을 보면 아래와 같다.

지방세법 시행령 [2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것]	지방세법 시행령 [2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정된 것]	지방세법 시행령 [현행]
제82조의3 (취득가격의 범위) ①취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접ㆍ간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.	제82조의2(취득가격의 범위) ① 법 제111조제5항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격은 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지불하여 일정액을 할인받은 때에는 그 할인된 금액으로 한다. 3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용 6. 제1호부터 제5호까지의 비용에 준하는 비용	제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다. 3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「문화예술진흥법」 제9조 제3항에 따른 미술작품의 설치 또는 문화예술진흥기금에 출연하는 금액, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용 10. 제1호부터 제9호까지의 비용에 준하는 비용

(다)「보금자리주택건설 등에 관한 특별법」은 2014.1.14. 법률 제12251호로「공공주택건설 등에 관한 특별법」으로 법제명이 변경되었고, 「공공주택건설 등에 관한 특별법」은 2015.12.29. 법률 제13498호로 법제명이「공공주택 특별법」으로 다시 변경되었다. (라) 2014.1.14. 법률 제12251호로 개정된 「공공주택건설 등에 관한 특별법」제40조의5 (「학교용지 확보 등에 관한 특례법」에 대한 특례) 조항에 대한 신설이유는 “공공시설부지 등에서 공공주택사업을 시행하는 시행자의 학교용지 개발ㆍ확보의무를 완화하고 인근 학교증설 비용을 부담할 수 있도록 함”으로 확인된다. (마) 청구법인은 OOO이 건 학교용지부담금 OOO납부한 것으로 확인된다. (바) 청구법인은 2015.6.2. 이 건 건축물을 신축하여 취득한 후, 2015.6.10. 그 취득가격 OOO과세표준으로 하고 「지방세법」제11조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO처분청에 신고·납부하였다. (사) 행정자치부장관은 2015.12.11. “학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함하는 것이 타당하다”고 유권해석한 사실이 확인된다(지방세운영과-3861호). (아) 청구법인은 2017.9.12. 위(바)의 취득가격 중 이 건 건축물의 신축과 관련이 없는 차입금에 대한 건설자금이자 등은 그 취득가격에서 제외하고, OOO납부한 이 건 학교용지부담금 OOO그 취득가격에 포함하여 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 이에 대하여 2017.11.8. 청구법인의 주장을 인용하여 취득가격을 OOO경정하고 취득세 등 OOO청구법인에게 환급하였다 (자) 청구법인은 2019.12.18. 위(아)의 경정청구 당시 수정신고하였던 이 건 학교용지부담금에 대하여 이 건 건축물의 신축을 위한 간접비용에 해당되지 않는다는 사유로 하여 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 이에 대하여 처분청은 2020.2.11. 거부처분을 하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴 본다. 「지방세법」제10조 제5항 제3호에서 법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 「지방세법 시행령」제18조 제1항 제3호에서 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용은 해당 물건을 취득하기 위한 간접비용이라고 규정하고 있으며, 「학교용지확보등에관한특례법」제3조 제1항에서 300가구 규모 이상의 개발사업을 시행하는 자는 개발사업을 시행하기 위하여 수립하는 계획에 학교용지의 조성·개발에 관한 사항을 포함시켜야 한다고 규정하고 있다. 청구법인은 이 건 학교용지부담금이 이 건 건축물의 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하나, 쟁점조항 개정을 통해 농지보전부담금 등 관계법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용을 간접비용으로서 취득가격에 포함하도록 규정하였고, 행정자치부가 2015.12.11. 한 학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함한다는 종전 유권해석은 위 시행령 개정사항을 유권해석으로 확인시킨 것에 불과한 것(조심2018지398, 2018.5.2. 결정, 같은 뜻임)인 바, 쟁점조항 개정 전에는 취득세의 과세표준이 되는 취득가격에 대하여 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용을 말한다고 규정하고 있었고, 행정자치부에서 2005.1.26. 한 학교용지부담금을 취득세 과세표준에서 제외한다는 종전 유권해석은 쟁점조항 개정 전 시행령에 대한 유권해석으로 쟁점조항이 개정됨에 따라 이를 그대로 적용할 수는 없는 점, 쟁점조항 개정 이후에 학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함하지 아니한 사례가 일부 있다 하여도 행정관행이 반복됨으로써 납세자가 그 존재를 일반적으로 확신하게 된 정도에 이르렀다 할 수는 없고 법령의 규정과 달리 잘못 과세한 경우가 있더라도 이는 경정의 대상이 될 뿐이고 그러한 사정만으로 과세의 실무관행이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 OOO납부한 이 건 학교용지부담금은 이 건 건축물의 취득세 과세표준에 포함된다고 볼 수 있으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 지방세법(2014.6.3. 법률 제12738호로 개정된 것) 제10조(과세표준) ⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」제101조 제1항 또는 「법인세법」제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다. 1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득 2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득 3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득 4. 공매방법에 의한 취득 5.「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」 제27조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제28조에 따라 검증이 이루어진 취득 (2) 지방세법 시행령(2015.6.1. 대통령령 제26302호로 개정된 것) 제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다. 1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용 2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다. 3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용 4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료 5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액 6. 부동산을 취득하는 경우 「주택법」제68조 에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정자치부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 "금융회사등"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다. 7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용 (3) 학교용지확보등에관한특례법(2015.1.20. 법률 제13006호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 3. "학교용지부담금"이란 개발사업에 대하여 특별시장·광역시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 "시·도지사"라 한다)가 학교용지를 확보하거나, 학교용지를 확보할 수 없는 경우 가까운 곳에 있는 학교를 증축하기 위하여 개발사업을 시행하는 자에게 징수하는 경비(이하 "부담금"이라 한다)를 말한다. 제3조(학교용지의 조성·개발) ① 300가구(제5조 제4항 제3호에 해당하는 개발사업은 그 개발사업분을 뺀 가구 수를 대상으로 하고, 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제2호 다목의 주택재건축사업은 기존 가구를 뺀 가구 수를 대상으로 한다) 규모 이상의 개발사업을 시행하는 자(이하 "개발사업시행자"라 한다)는 개발사업을 시행하기 위하여 수립하는 계획에 학교용지의 조성·개발에 관한 사항을 포함시켜야 한다. 이 경우 학교용지의 위치와 규모 등은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제43조에 따른 학교시설의 설치기준 등에 관한 규정을 준용한다. (4) 공공주택건설 등에 관한 특별법(2015.1.20. 법률 제13050호로 개정된 것) 제40조의5(「학교용지 확보 등에 관한 특례법」에 대한 특례) ① 제40조의2 제1항에 따른 공공주택사업의 시행자(이하 이 조에서 "사업시행자"라 한다)는 「학교용지 확보 등에 관한 특례법」제3조 에도 불구하고 교육감의 의견을 들어 학교용지를 개발ㆍ확보하지 아니할 수 있다. ② 제1항에 따라 사업시행자가 학교용지를 확보하지 아니하는 경우, 사업시행자는 교육감의 의견을 들어 제40조의2 제1항에 따른 공공주택사업의 시행 지역과 가까운 곳에 있는 학교를 증축하기 위하여 필요한 경비 등을 부담할 수 있다.