① 산업단지에서 산업용 건축물을 신축하기 위하여 이 건 토지를 취득하고 이 건 건물을 신축하여 사용을 개시하였으므로 이 건 부동산을 유예기간 내에 직접 사용하였다는 청구주장의 당부 (기각) ② 이 건 부동산을 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부 (기각) ③ 이 건 토지에 대한 재산세 부과처분 중 2009년도 및 2010년도분의 부과제척기간 도과 여부

예규·판례

① 산업단지에서 산업용 건축물을 신축...

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심판청구

조심 2017지0210

생산일자 2017-05-17

AI 요약

요지

이 건 부동산이 공실상태로 방치되어 있는 점 등에 비추어 청구법인이 이를 직접 사용하였다고 보기 어렵고, 인력부족과 금융위기 등으로 직접 사용하지 못한 것은 추징처분을 면할 정당한 사유로 보기도 어려우며, 이 건 재산세의 제척기간 기산일은 이 건 토지의 유예기간(3년)이 만료된 날이라 할 것이므로 그 제척기간이 만료되었다는 청구주장 또한 받아들이기 어렵다고 판단됨.

상세내용

이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2008.10.29. OOO내의 OOO토지 5,553.4㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 매매로 취득하고, 2011.3.28. 이 건 토지상에 공장용 건축물 2,665.5㎡(이하 “이 건 건물”이라 하고, 이 건 토지를 포함하여 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축한 후, 처분청으로부터 「지방세법」(2008.12.26. 법률 제9182호로 일부개정되기 전의 것) 제276조 제1항 및 「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정되기 전의 것) 제78조 제4항에 따라 ‘산업단지에서 산업용 건축물을 신축하기 위하여 취득하는 부동산’으로 하여 취득세 및 등록세 등을 면제받고, 재산세는 이 건 토지 및 이 건 건물의 납세의무가 최초로 성립된 날인 2009.6.1. 및 2011.6.1.부터 각 5년간 감면(100분의 50)받았다.

나. 처분청은 2016.9.28. 이 건 부동산에 대한 현지 확인 조사 결과, 이 건 부동산이 공실상태임을 확인하고 청구인이 이 건 부동산을 산업용 건축물인 공장으로 사용하지 않고 있으므로 취득세 등의 추징대상인 것으로 보아 2016.10.4. 취득세 등 과세예고를 거쳐 2016.10.18. 청구인에게 이 건 토지 및 이 건 건물에 대한 취득세 등 합계 OOO과 재산세 등 합계 OOO을 아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞와 같이 각 부과.고지하였다.

＜표1＞ 이 건 취득세 등 부과내역

(단위 : 원)

＜표2＞ 이 건 재산세 등 부과내역

(단위 : 원)

다. 청구인은 이에 불복하여 2017.1.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 대법원은 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하고자 하는 경우 그 취득 부동산에 대한 취득세 등을 면제하면서도 그 단서에서 감면된 취득세 등의 추징규정을 둔 취지, 건물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점 등을 종합해 볼 때 산업용 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지에 취득세 등의 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에서 그 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다고 판시(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결)하고 있는바, 청구인은 2008.10.29. 이 건 토지를 취득한 후 2011.3.28. 이 건 건물을 신축하여 취득일부터 3년 이내에 직접 사용하였으므로 이 건 토지에 대하여 취득세 등을 추징한 것은 부당하다.

(2) 청구인은 2011.2.1. 이 건 부동산에 OOO로 사업자등록을 하고 2011.3.28. 이 건 건물에 대한 사용승인을 받은 후, 곧바로 공장 기계설비 등을 갖추어 목적대로 사용을 시작하였으며 2011.9.28. 주식회사 OOO과 2011.11.8. OOO에 OOO신청을 위한 업무대행을 의뢰하고, 2015.4.14.자로 공장등록신청 승인을 받았는바, 이와 같이 이 건 건물에 대한 준공 전후로 설비를 준비함과 동시에 아래 ＜표3＞과 같이 7명의 직원을 신규로 채용하여 기존 사업장(서울 OOO소재 : 장애인보장구 제조업)의 근로자들과 함께 근무하며 기술 교육을 시킨 후, 2011.6.1.경부터 약 9개월여 동안 제품생산에 필요한 시설을 설치 및 가동하였다.

＜표3＞ 직원 채용 명단

그러나, 장애인 직원들의 상시 근무자 전환 문제로 기 배치된 직원이 기존사업장으로 복귀함에 따라 사업특성에 맞는 신규 직원을 채용하는데 많은 어려움을 겪는 등 현재까지 인력수급의 난관에 부딪혀 사업을 정상적으로 운영하지 못해 이자와 각종 공과금 등의 비용손실을 감수하면서 사업 정상화를 위해 각고의 노력을 다하고 있으므로 이 건 부동산을 유예기간 내 직접 사용하지 못한 데에 대한 정당한 사유를 인정하여야 한다.

(3) 처분청은 이 건 토지에 대하여 2009년도부터 2013년도까지의 재산세 OOO을 부과하였으나,

「지방세기본법」 제38조

제4항 및 같은 법 시행령 제19조 제2항 제3호에 따라 ‘비과세 또는 감면받은 세액을 부과할 사유가 발생한 날’로부터 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하는바, 이 건 청구가 인정되지 않는다고 하더라도 이 건 토지에 대한 재산세 2009년도분과 2010년도분은 부과제척기간이 경과하였으므로 위법한 부과처분에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인이 제출한 대차대조표와 손익계산서에서 공장 운영을 증명할 기계장치 및 공구 등의 자산이 OOO원이고 제조활동을 증명할 매출액, 매출원가 및 급여도 모두 OOO원인 점을 고려할 때 9개월 동안 공장 운영을 하였다고 인정하기도 어렵고, 토지에 건축물만 사용승인을 받았다고 하여 이 건 토지 및 이 건 건물을 ‘직접 사용’하였다고 보기 어려우므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 정당하다.

(2) 또한, 취득 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 공장용 건축물 등 용도에 직접 사용하기를 포기한 경우 이에 포함되지 아니한다 할 것(대법원 2003.12.12. 선고 2003두9978 판결, 같은 뜻임)이므로 이는 정당한 사유로 인정할 수 없어 이 건 부동산에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 산업단지에서 산업용 건축물을 신축하기 위하여 이 건 토지를 취득하고 그 지상에 이 건 건물을 신축하여 사용을 개시하였으므로 이 건 부동산을 유예기간 내에 직접 사용하였다는 청구주장의 당부

② 이 건 부동산을 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

③ 이 건 토지에 대한 재산세 부과처분 중 2009년도 및 2010년도분의 부과제척기간 도과 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세기본법(2016.12.27. 법률 제14474호로 전부개정되기 전의 것)

제38조(부과의 제척기간) ① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다.(단서 생략)

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환급 또는 경감받은 경우에는 10년

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 7년

3. 그 밖의 경우에는 5년

④ 제1항 각 호에 따른 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

(2) 지방세기본법 시행령(2017.3.27. 대통령령 27958호로 전부개정되기 전의 것)

제18조(제척기간의 기산일) ① 법 제38조 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따른 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호에 해당하는 날로 한다.

1. 법 또는 지방세관계법에서 신고납부하도록 규정된 지방세의 경우에는 해당 지방세에 대한 신고기한의 다음 날. 이 경우 예정신고기한, 중간예납기한 및 수정신고기한은 신고기한에 포함되지 아니한다.

2. 제1호에 따른 지방세 외의 지방세의 경우에는 해당 지방세의 납세의무성립일

② 다음 각 호에 해당하는 날은 제1항에도 불구하고 지방세를 부과할 수 있는 날로 한다.

3. 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 비과세 또는 감면받은 세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날

(3) 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 일부개정되기 전의 것)

제276조 (산업단지 등에 대한 감면) ①「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 산업단지와 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 의한 유치지역 및 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(

「수도권정비계획법」 제2조

제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

(4) 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지와 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역 및 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지에서 산업용 건축물등을 신축하거나 증축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

⑤ 제2항 및 제4항에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구인은 2008.10.29. OOO내의 이 건 토지를 OOO로부터 취득하고, 2010.9.10. 이 건 토지상에 이 건 건물을 착공하였으며, 2011.3.28. 용도를 공장 및 사무실로 하여 이 건 건물 2동(가동 연면적1,336.5㎡, 나동 연면적1,329㎡)을 준공하였다.

(나) 청구인(업소명 : OOO)은 2012.1.17. OOO으로부터 「의료기기법」에 따라 이 건 토지를 소재지로 하여 의료기기 제조업 허가를 받았고, ‘OOO.부목, OOO’을 제품명으로 하여 의료기기 제조품목이 신고수리되었다.

(다) 청구인의 2011년부터 2015년까지의 표준재무제표에 의하면 사업을 영위하였다고 판단할 수 있는 항목들인 매출채권, 재고자산, 기계장치, 매출액(상품 및 제품)이 모두 OOO원으로 기재되어 있고 판매비 및 관리비의 경우 세금과공과, 지급수수료, 전력비 및 기타 계정에서 일부 비용만 발생된 것으로 나타난다.

(라) 청구법인이 이 건 부동산에서 공장을 운영하였다고 주장하며 사업자등록증, 현황 사진, 전자세금계산서, 공장등록증명서 등을 제출하였는바, 그 내용은 다음과 같다.

1) 사업자등록증에 의하면 청구인은 상호를 OOO로, 업태 및 종목을 제조업 및 정형외과용품으로, 사업장을 이 건 부동산으로 하여 2011.2.1. 사업을 개시하였고, 이 건 부동산 사업장 외에 서울특별시 용산구에 동일 상호로 하여 사업장이 있는 것으로 나타난다.

2) 2011년 5월 촬영하였다고 제출한 제조시설 현황 사진에 의하면 이 건 건물 내부는 제품 및 자재보관실, 재단실, 의수족 조립실, 척추보조기 성형실 등으로 구획되어 있고 각 구획된 공간에 재봉틀, 집기비품, 조립에 필요한 공기구 등이 일부 비치되어 있으나 제조를 위한 기계설비 등은 구비되어 있지 않은 것으로 확인된다.

3) 전자세금계산서(2건) 등에서 청구인은 2011.9.28. 및 201.11.8. 주식회사 OOO등 외 1곳에 기술문서 심사 등을 의뢰(공급가액 OOO)한 것으로 나타난다.

4) 공장등록(신청)증명서에 의하면 청구인은 2015.4.14. 이 건 부동산을 공장소재지로, 공장의 업종(분류번호)을 정형외과용 및 신체보정용 기기 제조업으로 하여 공장등록하였으나 사업시작일은 미기재되어 있고 신고 당시 제출한 제조시설명세서에 연삭기1, PP성형기1, 진공흡착기1, 공기압축기1, 그라인더1, 육절기1, 드릴링머신4, 미싱2, 집진기1이 기재되어 있다.

5) OOO이 발급한 보험가입자 명부는 이 건 부동산 사업장이 아닌 서울특별시 소재 사업장의 가입자 명부인 것으로 확인된다.

6) 청구인의 홈페이지 캡쳐에 의하면 2010.7.20. 및 2012.10.10. 근무처를 OOO으로 하여 미싱사 등을 구인공고하였음을 알 수 있다.

(마) 처분청이 2016.9.28. 이 건 부동산에 현지출장한 후 작성한 결과보고서에 의하면 이 건 부동산의 사용실태가 ‘건축물 준공상태로 제조공장 미가동, 공장건물 공실로 관리 안됨’이라고 기재되어 있고, 첨부된 현황 사진에서 이 건 건물 중 가동 내부는 공실상태, 나동은 외부 잠김상태로 나타난다.

(바) 처분청은 2016.10.13. 청구법인에게 이 건 부동산에 대한 재산세 등을 부과하면서 이 건 토지(2008.10.29. 취득) 및 이 건 건물(2011.3.28. 취득)의 추징사유 발생일을 3년 유예기간 만료시점인 2011.10.29. 및 2014.3.28.로 하여, 이 건 토지는 2009년도부터 2013년도까지, 이 건 건물은 2011년도부터 2015년도까지 각 5년간 감면된 세액을 추징하였다.

(사) 한편, 청구인의 대리인은 2017.4.25. 조세심판관회의에 출석하여 청구인은 장애인 보장구 제조업을 영위하기 위하여 이 건 토지를 취득하고 이 건 건물을 신축하였으나 준비기간(6월)을 거쳐 실질적으로 공장을 가동한 기간이 3개월 정도된 상황에서 근무를 희망하는 직원(주로 장애인)의 미채용 및 서울사업장에서 파견된 직원들의 퇴사 등으로 인해 공장가동이 중단된 이후 심리일 현재까지 이 건 건물이 방치 상태에 있다고 진술하였다.

(2) 「지방세법」(2010.1.1. 법률 제9924호로 전부개정되기 전의 것) 제276조 제1항 및

「지방세특례제한법」 제78조

제4항은 ‘산업단지에서 산업용 건축물등을 신축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감하되, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 등에는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다’고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 이 건 토지에 이 건 건축물을 신축하였으므로 이 건 토지를 직접 사용하였다는 주장이나, 토지에 건축물을 신축하였다하여 그 토지를 직접 사용한 것으로 보게 되면 건축물이 다른 용도로 사용된 경우에 그 부속토지도 해당 용도에 직접 사용된 것이 아님에도 면제된 취득세 등을 추징할 수 없게 되므로 감면된 토지에 대한 ‘산업용 건축물 등의 용도에의 직접 사용’ 여부는 지상에 건축된 건축물의 사용용도에 따라 판단하여야 할 것인바, 취득한 토지를 당해 업종의 용도에 직접 사용한다고 할려면 토지에 건축물을 건축하였다는 것만으로는 부족하고, 취득 이후에도 당해 업종의 영업을 개시하여 사업을 지속적으로 영위하여야 할 것(대법원 2013.3.14. 선고 2012두25200 판결, 같은 뜻임)이다.

(나) 청구인의 진술, 제출된 재무제표 등에서 제조활동을 하였다고 볼 만한 사업내역이 나타나지 않는 등 청구인이 이 건 토지를 취득하여 이 건 건물을 준공 후 사업을 영위하였다는 객관적 증빙이 확인되지 않는 점, 설령 준비기간을 거쳐 사업을 개시하였다 하더라도 그 이후부터 심리일 현재까지 이 건 건물이 공실상태로 방치되어 있는 점 등에 비추어 청구인이 실질적으로 이 건 건물을 유예기간 내에 직접 사용하였다고 볼 수 없고 사정이 이와 같다면 이 건 건물의 부속토지인 이 건 토지 역시 유예기간 내에 직접 사용한 것으로 볼 수는 없다 하겠다.

(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 감면된 취득세 등의 추징배제사유인 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지.제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 목적사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하며, 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 그 사업에 사용할 수 없거나 건축공사에 착공할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 하여야 할 것(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결, 같은 뜻임)이다.

(나) 청구인은 직원 채용상의 어려움 및 금융위기 등으로 이 건 부동산을 직접 사용하지 못한 것이므로 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구인이 이 건 부동산을 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용함에 있어서 법령에 의한 금지·제한 등 객관적으로 불가능한 사유가 있었던 것은 아니고 단지 근무할 직원의 채용 문제와 경제적 사정의 어려움에 따른 것으로 이는 청구인의 내부적 사정에 불과한 점 등에 비추어 청구인이 이 건 부동산의 취득일부터 3년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다 하겠다.

(5) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

청구인은 이 건 토지에 대한 2009년도 및 2010년도 재산세 등 부과처분은 납세의무성립일을 기산일로 볼 경우 부과제척기간이 도과하였다고 주장하나,

「지방세기본법」제38조

에 따라 감면 등을 받은 세액에 추징사유가 발생하는 경우 그 세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날이 부과제척기간의 기산일이 되는 것이므로 이 건 토지의 추징사유 발생일인 유예기간 만료일로부터 5년을 경과하지 아니한 날 부과된 이 건 재산세 등의 부과처분은 정당하다 할 것이다.

따라서 처분청이 청구인에게 한 이 건 취득세 및 재산세 등의 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「지방세기본법」 제96조

제4항과

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.