이유
1. 처분개요 청구인은 울산광역시 중구 OO동 OOO 대지 1,269㎡(92.10.19 같은동 OOOOOO 대지 616.2㎡로 환지되었고, 이하 “쟁점토지”라 한다)을 88.3.22 취득(쟁점토지중 12/319는 상속, 12/319는 증여, 나머지 295/319는 매매취득하였음)하여 91.10.10 양도하고, 92년 5월 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세 확정신고를 하였다. 처분청은 청구인이 확정신고당시 양도계약서를 제출하지 아니하였다 하여 청구인이 신고한 실지거래가액을 부인하고 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하였는 바, 양도가액은 91.10.10 당시의 기준시가로 하고, 취득가액은 쟁점토지가 환지예정지로 지정되기 전인 84.7.1 설정된 구등급(109등급 : 919원)을 적용하여 환산한 기준시가로 하여 97.3.16 청구인에게 91년 귀속분 양도소득세 147,708,170원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.5.9 이의신청, 97.7.12 심사청구를 거쳐 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 (1) 청구인은 쟁점토지의 취득 및 양도에 대하여 92년 5월에 양도소득세 확정신고와 함께 양도 및 취득당시의 매매계약서 및 확인서등 실지거래가액에 관한 입증자료를 첨부하여 적법하게 신고하였는데 5년 가까이 경과한 97년에 와서 처분청이 잘못하여 양도계약서를 분실하고도 마치 청구인이 미제출한 것으로 본 처분은 부당하며, 청구인은 법인인 OO건설(주)에 410,000,000원에 양도하였는 바, 처분청에 보관중인 신고서류중 등기부, 토지대장만 보아도 거래상대방이 위 OO건설(주)임을 알 수 있고, 동 법인의 91년 귀속 법인세신고시 제출한 재무제표에도 토지계정에 410,000,000원으로 기재되어 있으므로 청구인이 신고한 대로 인정하여야 한다. (2) 설사, 청구인이 신고한 실지거래가액을 믿지 못하여 기준시가에 의하여 양도차익을 계산한다 하더라도 쟁점토지는 85.10.28 토지구획정리사업이 시행되어 86.12.29 환지예정지로 지정된 후 88.3.22에 취득하였으므로 그 취득가액은 환지예정지 지정후 최초 설정된 잠정등급(88.5.1자 160등급)을 적용하여 환산하여야 하는데도 84.7.1 설정된 구등급을 적용하였으므로 부당하다. (3) 또한, 양도계약서를 제출하지 않은 것으로 본다 하더라도 실지 취득 및 양도가액이 확인되므로 “기준시가에 의한 양도세액은 실지거래가액에 의한 양도차익을 초과할 수 없다”는 대법원판례(96누17974, 97.6.13)에 따라 경정되어야 한다. 나. 국세청장 의견 (1) 청구인이 양도소득세 확정신고시 취득관련 거래증빙으로 제출한 취득계약서 및 확인서는 취득가액을 확인할 수 있는 객관적인 증빙으로 인정할 수 없고, 양도관련 거래에 대하여는 양도계약서를 첨부하지 아니한 사실이 확인되므로 청구주장을 받아들일 수 없다.(청구주장(2), (3)에 대하여는 의견없음) 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 (1) 쟁점토지의 양도에 대하여 청구인이 신고한 실지거래가액을 부인하고 기준시가에 의하여 과세한 처분의 당부와, (2) 토지구획정리사업법에 의한 환지예정지 지정후 그 취득당시까지 설정된 잠정등급은 없으나, 취득일 이후에 설정된 잠정등급이 있는 경우 그 등급가액을 취득가액산정시 적용하여 환산할 수 있는지 여부를 가리는데 있다. 나. 기준시가에 의하여 과세한 처분의 당부에 대하여 (1) 관련법령 쟁점토지의 양도당시(91.10.10) 소득세법시행령 제170조 제1항에 의하면, 법 제23조 제2항에 규정하는 양도차익을 결정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여 결정하고, 어느 하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여 결정하여야 한다고 규정하고 있고, 위 같은조 제4항의 규정에 의하면, 법 제23조 제4항 제1호 단서 및 법 제45조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다고 규정하면서 그 제3호에는 양도자가 법 제95조 또는 법 제100조의 규정에 의한 신고시 실지거래가액에 의하여 신고한 경우를 열거하여 규정하고 있다. 한편, 위 같은법시행령 제170조 제4항 제3호의 규정은 95.12.30 개정되어 “양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 경우”에는 동령 부칙 제8조 제2항의 규정에 의하여 개정령의 시행일(96.1.1) 이후 양도소득금액을 결정하는 것부터 취득 및 양도가액을 실지거래가액에 의하여 과세받을 수 있는 것으로 개정되었다. (2) 사실관계 및 판단 (가) 청구인은 쟁점토지를 청구인의 부(父), 모(母), 형제(兄弟)등 11인으로부터 상속, 증여 및 매매를 원인으로 하여 88.3.22 취득하고, 청구외 (주)OO건설에 91.10.10 양도한 후, 실지양도가액을 379,157,179원(매매취득분면적에 해당하는 가액이며, 상속 및 증여취득분은 기준시가로 신고함)으로, 실지취득가액을 315,960,000원(취득가액 역시 매매취득분면적에 해당하는 가액이며, 상속 및 증여취득분은 기준시가로 신고함)으로 하여 92년 5월 양도소득세 확정신고를 한 사실이 동 신고서등에 의하여 확인된다. (나) 먼저, 양도가액에 대하여 보면, 청구인은 청구외 (주)OO건설에 410,000,000원에 양도하였다고 주장하는 바, 청구인의 이 건 양도소득세 확정신고와 관련하여 처분청이 보관중인 신고서류상에 양도계약서가 첨부되어 있지 아니하여 확정신고당시 이를 제출하였는지 여부를 확인할 수는 없다. 이 건 확정신고당시 청구인이 쟁점토지 등기부등본, 토지대장, 환지예정지 지정설명서등을 제출하여 거래상대방이 청구외 (주)OO건설임이 확인되고, 동 법인의 관할세무서 역시 처분청인 점과, 동 법인의 91사업년도 법인세신고서 및 처분청이 98.1.9 동 법인에게 발급한 제무제표증명등에 91년중 410,000,000원이 토지계정상에 새로 계상된 점등으로 미루어 쟁점토지의 실지양도가액은 410,000,000원이 사실로 보인다. 또한, 청구인이 이 건 양도소득세 확정신고시 양도계약서를 제출하였는지 여부는 별론으로 하더라도, 실지양도가액 410,000,000원중 매매취득한 면적(295/319)에 해당하는 가액을 안분하여 379,157,179원으로 신고하고, 나머지면적은 기준시가에 의하여 신고하였는 바, 적어도 위 매매취득한 면적(295/319)에 상당하는 양도가액(379,157,179원)은 이를 실지거래가액에 의하여 신고한 것으로 보아야 할 것이다. (다) 그러나, 취득가액에 대하여 보면, 쟁점토지 취득당시의 거래상대방은 모두 청구인의 형제자매등 친척 11인으로 구성되어 있고, 그 가액도 비교적 고액인데도 신고당시 제출하였다는 매매계약서와 거래확인서외에 신고한 실지거래가액을 객관적으로 확인할 수 있는 금융자료등이 전혀 없어 청구주장의 실지취득가액은 그 신빙성을 인정하기 어렵다. (라) 따라서, 쟁점토지중 일부면적에 대하여 실지거래가액에 의하여 신고한 것이 사실이라 하더라도 신고한 취득가액의 신빙성을 인정하기 어려우므로 쟁점토지의 양도에 대하여 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하여 달라는 청구주장은 이를 받아들일 수 없다. (마) 한편, 청구인은 양도계약서를 제출하지 않은 것으로 본다 하더라도 “기준시가에 의한 양도세액은 실지거래가액에 의한 양도차익을 초과할 수 없다”는 대법원판례(96누17974, 97.6.13)에 따라 이 건 처분을 경정하여 달라고 주장하나, 위에 설시한 바와 같이 청구인이 신고한 실지취득가액을 믿을 수 없으므로 이 주장 역시 받아들일 수 없다고 판단된다. 다. 잠정등급을 적용하여 달라는 주장에 대하여 (1) 관련법령 소득세법 제23조 제4항 및 제45조 제1항 제1호의 규정에 의하면, 양도가액 및 취득가액은 양도 및 취득당시의 기준시가에 의하는 것을 원칙으로 하면서 제60조에서 기준시가의 결정은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제115조 제1항 제1호(가)목에서 토지의 경우에 국세청장이 지정하는 지역의 경우를 제외하고는 시장·군수·구청장이 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 개별공시지가에 의한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령(90.5.1 대통령령 제12994호로 개정된 것) 부칙 제3항에서는 이 영 시행(90.9.1)전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 쟁점토지의 토지구획정리사업과 관련하여 울산광역시장이 울산세무서장에게 통보(도계58420-263)한 자료와 98.2.2 울산광역시 중구청장이 청구인에게 발급한 쟁점토지의 잠정등급확인서등에 의하면, 쟁점토지는 85.2.2 울산광역시 「OOO지구」토지구획정리사업지구로 결정고시되어 85.10.29 사업시행이 인가되었고, 86.12.29에 환지예정지로 지정되었으며, 위 환지예정지 지정후 88.5.1 최초로 잠정등급이 설정(160등급)되었음이 확인된다. 지방세법시행령 제80조 제1항 제1호 및 제80조의 2 제2항에 의하면, 토지의 과세시가표준액은 매년 1회 조례로서 정하는 날 현재 시장·군수가 토지의 지목·품위 또는 정황에 따라 등급을 설정하여 이를 토지대장·임야대장 및 과세대장에 등재함으로써 결정되는 토지등급가격으로 하고, 시장·군수는 등급이 설정된 토지가 그 지목·품위 또는 정황이 현저하게 달라진 경우에는 그 토지의 지목·품위 및 정황과 유사한 토지의 등급에 준하여 토지등급을 수정결정할 수 있는 것으로 규정되어 있으며, 같은법시행규칙 제46조 에 의하면 시장·군수는 토지구획정리사업법의 규정에 의한 토지구획정리사업의 시행으로 환지예정지가 지정된 경우에는 그 사업지구내의 토지에 대하여 잠정적으로 적용할 토지등급(잠정등급)을 설정하여야 한다고 규정되어 있는 바, 위 규정내용을 종합하여 보면 토지구획정리사업법에 의하여 환지예정지가 지정된 경우 그 토지구획정리사업지구내의 토지에 대한 과세시가표준액은 환지예정지가 지정되기 전에 설정된 토지등급과는 관계없이 환지예정지가 지정된 다음에 새로이 설정된 잠정등급에 의하여 그 가격이 정하여 진다고 보아야 하고, 환지예정지로 지정되었음에도 불구하고 시장·군수가 지방세법시행령 제80조의 2 및 같은법시행규칙 제46조 에 따른 잠정등급을 곧바로 설정하지 않았다고 하여 토지의 지목·품위 또는 정황이 환지예정지 지정 전과는 현저하게 달라진 토지구획정리사업지구내의 토지의 과세시가표준액이 종전에 설정된 토지등급가액에 의하여 정하여 진다고 볼 수는 없으므로(대법원 88누11346, 89.10.13 같은 뜻임), 환지예정지로 지정된 쟁점토지 취득당시(88.3.22)에는 토지등급이 109등급이었고 환지예정지 지정에 따른 잠정등급이 88.5.1에 설정(160등급)된 쟁점토지의 경우 취득가액 계산시 적용할 토지등급은 비록 취득일 이후에 설정된 것이기는 하나, 88.5.1에 설정된 잠정등급을 적용하는 것이 타당한 것(국심 90서1580, 90.11.21 합동회의, 국심 96전1062, 96.12.28등 같은 뜻임)으로 판단된다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.