이유
1. 사실 및 처분개요

청구법인은 택시운송업 및 관련 부대사업을 영위하는 영리내국법인으로 1994사업연도 법인세 과세표준확정신고시 제주시 OO동 OOOO 임야 3,798㎡(이하 “쟁점임야”라 한다, 1993.9.17 잡종지로 지목변경)를 1992.3.31 청구외 OOO으로부터 224,400,000원에 취득하여 보유하다가 1994.1.10 청구외 (주) OO교통(이하 “청구외법인”이라 한다)에게 430,000,000원에 양도한 것으로 하여 각사업연도소득 및 양도차익을 계산하여 법인세 및 법인세 특별부가세를 신고납부하였다.

이에 처분청은 1992사업연도의 서면분석시 쟁점임야의 양도시기 및 가액은 각 1992.5.1과 750,000,000원으로 인정하여 각사업연도 소득금액계산시 양도가액을 익금에 산입하고 또한 청구법인이 쟁점임야의 양도가액(430,000,000원)을 1992년이 아닌 1994년 장부에 계상함에 따라 발생하는 1992년분(1992.5.1～12.31) 인정이자상당액 43,117,000원을 익금에 산입하고 취득가액(224,400,000원)을 손금에 산입한 뒤 그 양도차익을 계산하여 1997.7.20 청구법인에게 1992사업연도에 대한 법인세 296,524,330원(특별부가세 227,821,320원 포함)을 결정고지하였다.(심사결정에 의거 위 세액을 203,830,700원으로 경정결정)

청구법인은 이에 불복하여 1997.9.18 이의신청, 1997.12.8 심사청구(쟁점토지의 양도가액이 750,000,000원에서 650,000,000원으로 감액경정결정)를 거쳐 1998.3.28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 쟁점임야는 당시 청구법인의 대표이사였던 청구외 OOO(이하 “청구외인”이라 함)가 498,000,000원에 청구외 OOO으로부터 취득하여 세금 및 관리상의 문제 등으로 인하여 청구법인의 명의를 빌려 등기한 뒤 청구외 OOO(청구외법인의 대표이사임)에게 채권인수 및 부동산교환 등으로 양도한 것으로 청구법인과는 무관하며 단지 동 법인의 명의만 사용된 것이므로 당초처분은 사실관계를 오인한 잘못이 있다.

(2) 쟁점임야는 부동산교환 및 채권인수의 방식으로 양도된 것이므로 기준시가로 환산한 양도가액은 406,683,420원이며, 취득가액도 실제매매가액 및 소개비와 제세공과금을 포함하여 613,211,200원이므로 당초처분은 쟁점임야의 양도 및 취득가액산정에 오류가 있는 위법·부당한 것이다.

나. 국세청장 의견

(1) 쟁점임야의 등기부등본을 보면, 청구외 OOO 명의에서 매매원인으로 청구법인 명의로 소유권이전등기된 뒤 다시 매매원인으로 청구외 (주) OO교통(제주도 서귀포시 OO동 OOOOO, 이하 “청구외법인”이라 함) 명의로 이전된 사실이 나타나며, 또한 청구법인은 등기부상 취득 및 양도일을 기준으로 양도차익을 계산하여 신고하였음이 1994사업연도 법인세 과세표준신고서에 의하여 확인되고 1992사업연도 결산서상의 토지명세서에 동 법인이 동 토지를 보유하고 있는 것으로 기장되어 있으며 대차대조표의 토지계정에 전년잔액에서 동 법인이 신고한 취득가액만큼 증가된 것으로 되어 있으므로 취득당시의 대표자인 청구외인이 청구법인의 명의를 이용하였을 뿐이지 동 법인과는 무관하다는 청구주장은 설득력이 없다.

(2) 쟁점임야의 취득가액은 청구법인 스스로 토지계정에 기장하고 있을 뿐 미지급금이 없는 이 건의 취득가액을 동 법인이 낮게 기장할 특별한 이유가 달리 발견되지 아니하고 청구외 OOO의 매매계약서 및 중개인 등의 사실확인서외에 쟁점임야의 매매대금지급사실을 입증할 구체적인 증빙이 없으므로 청구주장을 사실로 보기는 어려우며, 또한 양도가액은 쟁점임야의 지상의 건축물에 대한 건축물관리대장 및 등기부에 의하면 동 임야가 청구외법인에게 양도된 뒤 1992.9.16 건축허가를 받아 1993.6.28 착공, 1993.8.30 준공한 후 1994.1.11 청구법인 명의의 소유권보존등기를 거쳐 청구외법인 명의로 이전등기되었음 이 나타나고 양도자와 양수인이 확인한 영수증에 양도가액이 750,000,000원으로 되어 있는바, 위 가액에는 쟁점임야에 대한 교환가액외에도 건축허가비용, 설계비, 배출시설허가, 기타 제세공과금이 포함되어 있다고 보여질 뿐만 아니라 동 임야 매수인 소유의 토지 및 채권가액을 650,000,000원으로 하여 교환계약이 이루어진 동 임야의 양도당시의 기준시가가 205,092,000원임에 비추어 동 가액이 양도당시의 시가라고 인정되므로 양도가액을 650,000,000원으로 보는 것이 타당하며 따라서 청구법인이 주장하는 양도가액은 이를 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점임야의 취득 및 양도가 청구법인에게 귀속된 것으로 보아 법인세 및 특별부가세를 과세한 처분의 당부

(2) 쟁점임야의 취득 및 양도가액의 계산이 정당한지 여부

나. 관련법령

(1)

국세기본법 제14조

【실질과세】제1항 및 제2항에 “과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.”, “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.”라고 각 규정되어 있다.

(2)

법인세법 제3조

【실질과세】제1항 및 제2항에 “자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 다른 경우에는 실질상 귀속되는 법인에게 이 법을 적용하여 법인세를 부과한다.”, “법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 그 명칭 여하에 불구하고 거래의 실질내용에 따라 이를 적용한다.”라고 각각 규정되어 있다.

(3) 구 법인세법(1994.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제16조【손금불산입】본문에 “다음 각호에 게기하는 손비는 내국법인의 각사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.”라고 규정하면서, 그 제4호에 “벌금·과료(통고처분에 의한 벌금 또는 과료에 상당하는 금액을 포함한다)·과태료(과료와 과태금을 포함한다)·가산금과 체납처분비”라고 규정하고 있고,

같은법 제17조

【손익의 귀속사업연도】제3항에 “내국법인이 각사업연도에 있어서 제2항의 규정에 해당하지 아니하는 자산을 양도함으로써 생긴 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도로 한다. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권등 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해자산을 인도한 경우에는 소유권등 이전등기일(등록일을 포함한다) 또는 인도일이 속하는 사업연도로 한다.”라고 규정하고 있는 한편,

같은법 제59조의 2

제1항에 “특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물·부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 ‘토지등’이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.”고 규정되어 있고 또 같은조 제3항에 “제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다.”라고 규정하면서 그 제1호 내지 제3호에 “취득가액”, “토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용”, “취득가액에 대통령령이 정하는 율과 보유기간을 곱하여 계산한 금액. 다만, 제59조의 4 제1항 제2호(미등기양도토지외의 경우)의 토지등을 양도하는 경우에 한한다.”라고 각 규정하고 있다.

(4) 법인세법 기본통칙(1985.1.1 개정된 것) 7-2-6…59의 2【토지등을 교환하는 경우의 취득가액 및 양도가액계산】본문 및 제1호에 “토지등을 교환하는 경우의 양도가액 및 새로이 취득하는 토지등의 취득가액은 다음과 같이 계산한다.”, “양도가액은 교환으로 인하여 자기가 양도하는 토지등의 교환당시의 정상가액”이라고 각 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 1에 대하여

(가) 쟁점임야의 등기부등본, 임야대장 및 쟁점임야 지상건물의 건축물관리대장을 보면 1992.3.31 매매원인으로 1992.4.6 청구법인 명의로 소유권이전된 후 1994.1.6 매매원인으로 1994.1.11 청구외법인 명의로 이전되었으며, 지상 2층 사무실(자동차관련시설)은 1992.9.16 건축허가를 받아 1993.6.28 착공하여 1993.8.30 준공한 뒤 1994.1.11 청구법인 명의로 소유권보존등기후 같은날 청구외법인 명의로 이전되었고, 또 쟁점임야에 철근콘크리트 및 공작물의 소유목적으로 청구법인 명의로 1992.1.24부터 만 30년동안 지상권설정된 사실이 확인되고 있다.

(나) 또한 1994사업연도 법인세 및 특별부가세 과세표준 및 세액신고서에는 쟁점임야를 1992.3.31 224,400,000원에 취득한 뒤 1994.1.10 430,000,000원에 양도한 사실이 신고되어 있는 한편, 청구법인의 1992사업연도 토지명세서 및 대차대조표 토지계정에는 청구법인이 쟁점임야를 보유하며 전년잔액 67,587,220원에 쟁점임야의 취득가액 224,400,000원이 증가된 291,987,220원으로 계상되었음이 확인된다.

(다) 청구법인이 제출한 쟁점임야의 취득당시의 실제(청구주장, 이하같다)매매계약서(1992.2.1 계약)에는 매도인이 청구외 OOO, 매수인이 청구외인 그리고 중개인이 청구외 OOO이며 매매대금이 498,000,000원(계약금 50,000,000원, 1992.2.28 중도금 200,000,000원, 1992.3.30 잔금 248,000,000원)으로 되어 있고, 1992.4.10 계약된 쟁점임야의 양도계약서 및 1994사업연도 법인세 신고시 제출된 1994.1.6 계약된 양도(검인)계약서에는 각 매도인이 청구법인, 매수인이 청구외법인이며 또 매매대금은 400,000,000원 및 430,000,000원이며 1992.4.10 양도계약서에는 단서조항에 청구법인 명의로 건축준공후 제세공과금은 매수인이 지는 조건이며 소유권이전전에 동 법인 전체가 타인에게 양도될 때는 청구외인이 책임지고 양도하기로 되어 있음이 나타나는 바, 결국 쟁점임야의 실질귀속자가 청구법인이 아니고 동 법인의 대표인 청구외인이라는 증빙은 확인되지 아니하는 한편,

(라) 청구법인이 쟁점임야를 교환하였다고 주장하며 제출한 교환계약서 (1992.5.15)에는 교환자가 각각 청구외 OOO 및 청구외인이며, 교환내용은 청구외 OOO의 지분(청구외법인의 주식 16분지 1 70,000,000원, 1992.6.15자 약속어음 60,000,000원, OOO동 OOOOO 및 OOOOO 설정부채 200,000,000원, OO리 OOOOO 1,159평 및 OO리 OOOOOO 739평 등의 토지가액 80,000,000원, 남제주군 안덕면 OO리 OOO, OOOOO 1,650평 토지가액 200,000,000원, 청구외 OOO의 보증채무 40,000,000원 등 합계 650,000,000원)과 청구외인 소유의 쟁점임야를 교환하기로 계약한 것이고 또한 청구외인과 청구법인의 현대표인 OOO간의 교환계약서(1992.6.15 계약)는 쟁점임야는 청구법인 명의로 등재되어 있으나 청구외인 개인이 매매계약을 체결하여 매입한 재산이므로 청구법인은 쟁점임야에 대한 권리를 주장할 수 없다는 내용이나, 위의 증빙이외에 청구주장을 뒷받침할 수 있는 객관적인 증거는 달리 없음이 확인된다.

(마) 한편 청구법인의 법인등기부등본에 의하면 청구외인은 1991.2.20～1992.6.19 기간중 대표이사로 재직하였으며 1992년 기준 청구외인의 지분은 60%이고, 또한 청구법인이 제출한 대위변제확인서(1995.8.11 작성)는 개발부담금 34,867,900원, 특별부가세(법인세) 27,159,440원(28,516,950원), 비업무용부동산에 대한 취득세 41,389,920원, 주민세 3,703,530원 등 합계 135,637,740원을 청구법인이 청구외인으로부터 전액변제받았음을 확인하는 내용이나, 대체전표이외에 쟁점임야의 취득자금이 청구외인의 것이라는 점을 입증할 수 있는 구체적인 증빙의 제시는 없으며 또한 개발부담금 및 취득세 중과세분 납부영수증 등에도 납부의무자가 청구법인으로 되어 있는 바,

(바) 그렇다면, 쟁점임야의 등기부등본 및 임야대장, 건축물관리대장, 청구법인이 제출한 법인세 과세표준 및 세액신고서와 부속서류(결산서상의 토지명세, 대차대조표상 토지계정), 쟁점임야의 양도에 대한 특별부가세를 청구법인이 신고한 사실, 취득 및 양도당시의 각 매매(검인)계약서, 개발부담금 및 취득세 중과세분 납부영수증 등에 청구법인 명의로 납부된 사실이 나타나는 점 등을 종합하면, 쟁점임야의 양도소득이 실질적으로 청구법인에게 귀속되는 것으로 봄이 타당한 바, 이와 다른 청구주장은 이유없다고 판단된다.

(2) 쟁점 2에 대하여

(가) 쟁점임야의 취득가액

청구법인은 쟁점임야의 실지취득가액이 613,211,200원이라 주장하며 그 증빙으로 취득당시의 실제매매계약서, 중개인인 청구외 OOO의 인감첨부한 사실확인서(1997.9 쟁점임야를 평당 430,000원인 500,000,000원에 소개하고 수고비로 20,000,000원을 수령한 사실을 확인), 독촉장 겸 영수증(1994년 6월분 취득세 중과세분을 10,000,000원, 10,000,000원, 9,000,000원, 6,000,000원, 5,000,000원, 5,000,000원을 청구법인 명의로 1997.2.11～6.30 납부), 개발부담금 영수증(청구법인 명의로 42,821,280원을 1997.8.11 납부) 및 당시 청구법인의 임원인 청구외 OOO와 쟁점임야의 교환계약서상 입회인인 청구외 OOO의 사실확인서 등을 제시하고 있으나,

청구법인의 법인세 신고서, 결산서 및 법인장부상에 224,400,000원으로 기재된 사실, 청구주장 매매대금지급 관련증빙의 제시가 없는 점, 쟁점임야의 취득에 따른 미지급금등이 부채로 계상된 사실이 없으며 취득가액을 부당히 낮게 기장할만한 특별한 이유가 없는 점, 1992년 개별공시지가대비 청구주장 취득가액이 2.5배가 되는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 주장하는 쟁점임야의 취득가액은 신빙성이 없다고 보여져 청구주장은 이유없다고 판단된다.

다만, 청구법인이 장부상에 계상한 쟁점임야의 취득가액(224,400,000원)에는 매매(검인)계약서상의 매매대금 220,000,000원 및 그에 대한 취득세(취득가액 220,000,000원의 1,000분의 20) 4,400,000원만 포함되어 있는바 처분청은 위 장부상에 기재된 가액만 취득가액으로 인정하였으나, 위에서 살펴본 바와 같이 청구외인이 아니라 청구법인이 쟁점임야를 취득한 것으로 이미 인정한 이상 등기부등본상에 등재되었고 지방세법등에 의하여 등록세·취득세가 감면되지 아니하며 또한 실지거래가액에 의하여 특별부가세가 결정고지된 쟁점임야의 경우, 동임야의 취득에 대하여 지방세법(1984.12.24 법률 제3757호로 개정된 것) 제131조 【부동산등기의 세율】제1항 제3호 (2)목의 규정에 의하여 계산한 등록세 6,600,000원(취득가액의 1,000분의 30) 및 교육세법(1993.12.31 법률 제4669호로 개정되기 전의 것) 제5조【과세표준과 세율】제1항 제4호에 의하여 계산한 교육세 1,320,000원(등록세 6,600,000원의 100분의 20)은 비록 납부영수증을 제시하지 아니하는 경우에도 양도차익계산시 공제대상에 해당되는 것이므로(국심 94서 2438, 1994.7.8 같은 뜻임) 동임야의 취득가액에 가산(구 소득세법 기본통칙 3-8-3…45 같은 뜻임)함이 타당하다 할 것인바, 결국 쟁점임야에 대한 등록세 6,600,000원 및 동 교육세 1,320,000원은 취득가액에 포함되는 것이라 판단된다.

또한, 법인세 특별부가세의 과세 이전에 토지의 양도등으로 인하여 부과된 개발부담금은 개발이익환수에 관한 법률 제12조에 규정하는 바에 따라 개발비용으로 인정하여 당해 양도토지의 필요경비에 해당된다(법인 46012-1366, 1993.5.12 같은 뜻임)고 할 것인바, 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점임야를 청구외인이 아닌 청구법인이 양도한 것으로 인정한 다음 쟁점임야의 토지대장 및 건축물관리대장을 살펴보면,

쟁점임야상에 지상 2층의 자동차관련시설(공유면적 3,798㎡·유효면적 3,701.1㎡, 사무실 및 차고지)을 1993.8.30 준공하였으며 그에 따라 1993.9.17 쟁점임야의 지목이 임야에서 잡종지로 변경되었는바, 쟁점임야의 경우 개발이익환수에 관한 법률(1993.6.11 법률 제4563호로 개정된 것) 제4조【대상사업】및 제10조【지가의 산정】, 같은법시행령(1993.8.12 대통령령 제13956호로 개정된 것) 제4조【대상사업】및 그 위임을 받은 별표 1(개발부담금부과대상사업) 중 사업종류란 10호(지목변경이 수반되는 개발사업 : 건설교통부령이 정하는 건축물의 건축으로 사실상 또는 공부상의 지목변경이 수반되는 사업)의 요건을 충족하여 개발부담금부과대상사업(이 경우 유효면적 3,701.1㎡에 대하여만 부과)에 해당되고 개발이익환수에 관한 법률 제6조【납부의무자】의 규정에 의하여 사업시행자인 청구법인이 개발부담금 납부의무자인 사실이 각각 인정되는 한편,

청구법인이 제출한 개발부담금 납부영수증 및 제주시청의 공문(지적 58383-930, 제목 : 청구법인에 대한 개발부담금 체납액 납부요청에 따른 가산금 및 중가산금 징수결정)을 보면, 납부기한이 1994.5.28인 개발부담금 본세 28,627,190원을 제주시청이 청구법인에게 부과하였으나 건설경기침체로 동법인이 납부하지 못하다가 동금액에 가산금 1,431,350원 및 중가산금(37개월 14일) 12,762,740원 등을 가산한 금액인 42,821,280원을 1997.8.11 비로소 청구법인이 납부하였음이 확인되는바, 그렇다면 실지거래가액에 의하여 결정고지한 이 건 부과처분의 경우 납부영수증에 의하여 청구법인이 납부하였음이 확인되는 개발부담금 본세 및 동가산금과 동중가산금중

법인세법 제16조

제4호의 규정에 의하여 손금불산입되는 가산금 1,431,350원 및 그에 준하는 행정벌의 성격인 중가산금 12,762,740원은 각각 쟁점임야의 취득가액에 포함시킬 수 없는 비용이라 할 것이므로 이를 제외하는 것이 타당한 반면, 청구법인이 실제 지출한 비용으로 확인되고 있는 이상 개발부담금 본세 28,627,190원은 구

법인세법시행령 제124조의 2

제2항에 규정된 자본적지출액에 해당되어 취득가액에 포함되는 것이므로 이 부분 청구주장은 이유있는 것이다.

한편, 청구법인은 1997.2.11부터 6.30까지 6차에 걸쳐 분납한 비업무용토지 취득세 중과세분 41,389,920원을 쟁점임야의 취득가액에 포함시켜야 한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점임야를 취득한 후 일정기간 고유업무에 사용하지 아니하여 부과된 비업무용토지에 대한 취득세 중과세분은 정상적인 토지의 대가가 아닌 일종의 제재적 성격이 있는 것이라 그 확정시점에서 취득가액에 산입되지 아니하고 양도차익계산시에도 취득가액에 포함되지 아니하는 것이라(국심 94서 2437, 1995.4.24외 다수 같은 뜻임) 청구주장은 이유없다.

(나) 쟁점임야의 양도가액

청구법인은 부동산교환과 채권인수에 의하여 양도된 것이며 감정가액이 없는 쟁점임야의 경우 건물을 포함한 기준시가인 406,683,420원이 정상가액내지 시가에 해당되는 것이라 주장하고 있으나, 1992.5.15 체결된 쟁점임야의 교환계약서상의 매매가액이 650,000,000원이며 청구법인의 확인서(1992.5.1 작성)상에 쟁점임야의 매매가액외에 별도로 지상건축물관련 건축허가비용, 설계비, 배출시설허가 및 기타 제세공과금 등을 포함한 매매대금이 750,000,000원임이 나타나고 있는 바,

그렇다면 법인세 및 특별부가세의 과세표준 및 양도차익의 계산은 모두 실지거래가액에 의하는 것인바, 쟁점임야에 대한 교환계약서상의 교환금액의 합계가 650,000,000원인 점, 당시 청구법인의 대표인 청구외인이 작성한 대금수령영수증상에 쟁점임야의 양도가액으로 건축허가비용등을 포함하여 750,000,000원을 수령한 사실이 나타나고 있는 점 및 청구주장과 같이 쟁점임야의 취득가액을 613,211,200원으로 하고 양도가액을 406,683,420원으로 하여 양도차익을 산정하게 되면 오히려 206,527,780원의 양도차손이 발생하게 되는 점 등을 종합하면, 쟁점임야의 실지양도가액을 650,000,000원으로 보아 경정결정한 당초처분은 정당한 것으로 인정된다.

(다) 따라서 이 건 법인세 부과처분은 청구법인이 쟁점임야를 등기부등본상에 등재함에 따른 등록세 6,600,000원 및 동교육세 1,320,000원과 청구법인이 동임야의 지목변경으로 인하여 부담하게 된 개발부담금 본세 28,627,190원은 이를 각각 쟁점임야의 취득가액에 포함시켜 청구법인의 각사업연도 법인소득금액에 대한 법인세과세표준 및 동임야의 양도에 대한 법인세 특별부가세과세표준을 재계산하는 것이 타당하다고 판단된다.

라. 결론

따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.