이유
1. 원처분의 요지

처분청은 산업연구원법에 의하여 설립된 법인인 청구인이 1992.12.30. 연구시설용지로 사용하기 위하여

ㅇㅇ

시

ㅇㅇ

구

ㅇㅇ

동

ㅇㅇ

번지외 1필지 토지 65,987.7㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득하고 1993.9.14. 소유권 이전등기하였으므로 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제127조제1항제1호의 규정에 의하여 등록세를 과세면제하였으나, 정당한 사유없이 1년 이내에 이건 토지를 고유업무에 직접 사용하지 아니하다가 그 일부는 1998.2.19. 및 1998.2.27. 매각하였으므로 이건 토지의 취득가액(3,489,098,400원)에

지방세법 제131조

제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 104,672,950원, 교육세 20,934,590원, 합계 125,607,540원을 1998.5.9. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1981.12.31. 산업연구원법이 제정됨에 따라 기존의 ㅇㅇ정보센타와 ㅇㅇ연구원이 통합되어 설립된 법인으로써 통합되기 이전의 ㅇㅇ정보센타는 대전광역시 소재 과학연구단지내에 대덕분소를 건립하여 서울소재 연구기관을 이전하고자

ㅇㅇ

시

ㅇㅇ

구

ㅇㅇ

동 소재 25필지 토지 21,171평을 취득하여 건축을 준비하던 중 청구인으로 통합되었고, 1984.8월경 대덕분소 건립용 토지 21,171평중 16,953평이 2차 대덕연구단지 조성계획에 따라 한국토지개발공사에 수용되었으며, 그 이후 1987.5월경 당시의 과학기술처장관으로부터 대전지원청사 신축용도 입주승인을 받아 1989.6.29. 이건 토지에 대한 분양계약을 체결하고 1992.12.30. 대금을 완납하고 취득하여 1993.9.14. 소유권 이전등기하였으나, 고유업무에 사용하지 못하고 있다가 1996.10월경 과학기술처장관으로부터 입주승인이 취소되고, 그 지시에 따라 이건 토지중 25-1번지 토지(43,311㎡)중 일부(33,482.1㎡)는 1998.2.19. 청구외 ㅇㅇ공사에, 나머지 9,828.9㎡는 1998.2.27. 청구외 ㅇㅇ기술(주)에 각각 매각하였고, 이건 토지중 25-3번지 토지(22,676.7㎡)의 일부(16,568.1㎡)를 1998.2.27.에 청구외 ㅇㅇ공사(주)에 매각한 것으로 청구인은 정부출연연구기관으로써 정부 출연금에 의하여 운영되며 정부예산편성지침에 따라 모든 사업에 대한 세입 세출을 집행함에 있어서 정부의 감독을 받는 기관으로써 이건 토지상에 건축을 위한 건축비예산을 요구하였으나 매년 예산요구가 받아들여지지 아니하여 이건 토지상에 당초 취득목적대로 건축을 하지 못하다가 과학기술처장관이 입주승인을 취소하였고, 이건 토지를 ㅇㅇ공사에 양도하라는 지시에 따라 매각한 것으로, 청구인과 같은 정부출연연구기관이 감독관청의 예산 불승인 및 매각지시에 따라 이건 토지상에 건축을 하지 못하고 매각한 것은 청구인이 이건 토지를 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이므로 처분청이 이건 토지에 대하여 과세면제한 등록세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 비영리법인이 취득한 토지를 유예기간 이내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

구지방세법 제127조

제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제1호(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것)에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기...”라고 규정하고 있고,

지방세법시행령 제94조

제1항에서 “법 제127조제1항제1호 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다”라고 규정하고,

같은법시행령 제79조

제1항에서 “법 제107조제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제16호(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것)에서 “정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 특별법에 의하여 설립되거나 특별법의 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체”라고 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면

처분청은 청구인이 1993.9.14. 이건 토지를 등기하고 정당한 사유없이 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 토지에 대하여 과세면제한 등록세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 정부출연연구기관으로 정부의 출연금에 의하여 운영되고 있으며, 예산 운용에 대하여 정부의 승인을 받아야 되고 이건 토지를 취득 등기한 후 고유업무에 사용하기 위하여 건축비 예산을 요구하였으나, 이러한 예산요구가 받아들여지지 않아 이건 토지를 고유업무에 사용하지 못하여 오다가 대덕연구단지내의 이건 토지에 대한 입주승인이 취소되어 매각하게 된 것으로 이건 토지를 유예기간 이내에 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로 이건 토지에 대하여 과세면제한 등록세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

다. 이건 관계법령과 청구인의 주장과의 관계를 판단한 결과

구지방세법 제127조

제1항제1호,

구지방세법시행령 제79조

제1항제16호 및 제94조제1항의 규정을 종합하면, 특별법에 의하여 설립된 학술연구단체가 그 고유업무에 사용하기 위하여 등기한 부동산에 대하여는 등록세를 비과세하지만 정당한 사유없이 1년 이내에 고유업무에 사용하지 아니하는 경우에는 비과세한 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 여기에서의 「정당한 사유」라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(같은 취지의 대법원 판결 1993.2.26. 92누8750)으로서, 청구인의 경우 1992.12.30. 이건 토지에 대한 잔금을 지급하고 연구시설용지로 사용할 것을 조건으로 이건 토지를 청구외 한국토지개발공사로부터 분양받았으며, 이건 토지상에 청사건립을 위한 건축비를 확보하지 못하여 공사에 착공하지 못하다가 1996.10.28. 과학기술처장관으로부터 입주승인 취소되었으며, 이건 토지를

대덕연구단지관리법 제8조

및

동법시행령 제12조

의 규정에 따라 한국원자력연구소부설 원자력환경관리센터에 양도하라는 통보(운관 71141-207)를 받았으며, 1997.11.20. 구통산산업부장관으로부터 매각에 대한 승인을 받아 1998.2.19. 및 1998.2.27. 이건 토지중 59,879.1㎡를 청구외 ㅇㅇ공사외 1개법인에게 매각하였으며, 청구인은 산업연구원법에 의하여 1982.1.7. 설립허가를 받아 설립된 법인으로서 국내외의 산업, 무역, 기술 등에 관한 정보를 수집, 조사, 연구하는 것을 목적사업으로 하고 있으며, 청구인은 매사업년도 개시전에 사업계획서와 예산서를 산업자원부장관에게 제출·보고하여야 하고, 세입·세출결산서도 공인회계사의 검사를 받아 다음 사업년도 3월20일까지 제출하여야 하도록 규정하고 있고, 운영 및 사업에 소요되는 자금에 충당하기 위하여 산업연구기금을 설치하고, 기금의 원본을 감소하고자 할 때에는 산업자원부장관의 승인을 얻도록 규정하고 있으며, 정부는 이러한 산업연구원법의 규정에 따라 필요한 출연금을 예산의 범위안에서 교부할 수 있도록 하고 있으므로 결국 청구인의 대부분의 운영경비 및 사업비는 정부출연금으로 충당되고 있다고 보아야 하고 청구인은 산업연구기금의 운영에 대하여 감독관청의 감독하에 모든 예산을 편성 집행하고 있다고 보아야 하며, 청구인이 이건 토지상의 청사 건축비를 마련하기 위하여 1992년부터 1994년까지 매년 예산에 편성하였으나 예산요구가 받아들여지지 아니한 사실과 1995년도 예산요구시에는 건축공사비를 계상하지 아니하였다가 1996년도에 이건 토지가 아닌 경기도 성남시 부근에 조성예정이던 ㅇㅇ연구교류단지내에 청사를 신축코자 건축공사비를 요청하여 예산배정을 받고, 1997년에도 동일한 사업을 위하여 예산배정을 받은 사실을 제출된 각연도별 예산요구서 및 예산서에서 알 수 있는 바, 거의 대부분의 사업비 및 운영경비를 정부출연금에 의존하고 있는 정부출연연구기관인 청구인이 예산확보가 이루어지지 아니하여 1993.9.14. 이건 토지를 등기하고 고유업무에 사용하지 못하였다가 결국 1996.10.28. 과학기술처장관으로부터 입주승인 취소를 받고 그 지시에 따라 1997.11.20. 당시 통상산업부장관으로부터 이건 토지의 매각승인을 받고, 그 일부를 매각하게 되었다면 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다(참조판례 대법원 1984.3.13. 83누121)할 것인데도 처분청이 이건 토지에 대하여 비과세한 등록세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로

지방세법 제77조

제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 10. 28.

행 정 자 치 부 장 관