이유
1. 처분 개요 청구법인은 OO특별시 성동구 OO동 OOOOOO에 본점을 두고 쉐타 및 여성용 의류를 제조하는 법인으로서, 대전광역시 유성구 OO동 OOO 외 17필지의 토지 110,647㎡(이하 “쟁점토지”이라 한다)를 ’73.7월부터 ’78.1월 사이에 취득(소유권 이전등기일 기준)하여 ’91.12.31 현재 보유하고 있다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 ’91.12.31 현재까지 청구법인의 업무에 직접 사용한 사실이 없다하여 이를 비업무용 부동산으로 판정하고 쟁점토지 가액에 상당하는 차입금이자와 쟁점토지에 대한 종합토지세를 손금불산입하여 법인세 과세표준을 경정한 다음 ’94.8.1 청구법인에게 ’90.1.1～’90.12.31 사업년도의 법인세 475,747,570원 및 동 방위세 92,709,530원, ’91.1.1～’91.12.31 사업년도의 법인세 629,823,700원을 결정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ’94.9.26 심사청구를 거쳐 ’94.12.18 심판청구를 하였다. 2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 ’73년 대전광역시 유성구 OO동 OOOOO 일대의 토지 190,472㎡(이하 “쟁점공장부지”이라 한다)를 새마을 공장용지로 취득하여 당시 추진중이던 소모방적공장을 신축하고자 하였으나 ’73년말의 유류파동에 따른 경기침체로 방적공장 신축계획을 중단하고, ’76년부터 쟁점공장부지로 OO공장을 이전하기 위하여 공장이전계획을 수립하여 공장건축을 추진하던중 ’85.8.20 대전광역시에 공장건축(35,558㎡) 허가신청서를 제출하였으나, 대전광역시가 도시재정비계획과 관련하여 건축허가를 제한하고 있다는 사유로 위 건축허가 신청서를 반려하고, 그 후에도 도시개발계획의 수정 및 재정비계획, 용도지역 변경을 추진중에 있다는 사유로 건축행위를 계속 규제함에 따라 공장건축이 불가능하게 되었는 바, 쟁점토지는 취득후 지방자치단체의 행정지도에 의한 건축허가 제한으로 사실상 업무에 사용할 수 없었던 토지로서 법령의 규정에 의하여 사용이 금지되거나 또는 제한된 토지에 해당되므로 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호 및 같은법 부칙 제5조의 규정에 의하여 ’91.12.31까지는 비업무용 부동산에서 제외되어야 한다는 주장이다. 나. 국세청장 의견 쟁점토지는 ’73년도에 취득하여 현재까지 청구법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 인근농민에게 경작케 한 부동산으로서, 취득한 후 오랜기간이 경과되었고 새마을공장용지로 취득한 후 ’85년까지 공장신축을 위한 아무런 조치가 없었던 점을 볼 때, 청구법인이 쟁점토지를 업무에 사용하고자 부단히 노력하였다고 볼 수 없으며, 청구법인이 ’85.8.20 쟁점토지상에 공장을 신축하기 위하여 대전시에 제출한 건축허가신청서가 대전광역시의 도시 재정비계획과 관련하여 건축행위가 불가능하다는 사유로 ’85.8.24 반려되었으나, 이는 행정관청의 행정지도에 의하여 건축허가가 제한된 것이지 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 것이 아니며, 또한 청구법인은 ’90.7.5 쟁점토지지역이 준공업지역에서 주거지역으로 변경되는 계획이 입안되어 공청중에 있는 것을 알고 공장을 대전시로 이전하는 계획을 취소하는 이사회의 결의를 하였으며, ’91.1.1 청구법인의 자산을 재평가할 때 쟁점토지를 비업무용 부동산으로 보아 재평가대상 자산에서 제외하고 신고하였는 바, 이러한 사실에 비추어 볼 때 청구법인은 쟁점토지를 ’73년에 취득하여 충분히 업무에 사용할 수 있는 기간이 있었음에도 업무용으로 직접 사용하지 아니하고 취득당시와 같은 농지등의 상태로 농민에게 유상 또는 무상으로 경작하게 하였으므로 쟁점토지는 비업무용 부동산에 해당된다고 보여지며, 지방자치단체의 행정지도로 공장을 신축하지 못하였으므로 비업무용 부동산에서 제외하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점토지를 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로 보아 법인세법 시행규칙(’90.4.4 재무부령 제1818호) 제5조의 규정에 의거 ’91.12.31까지 법인의 비업무용 부동산에서 제외할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다. 나. 관련 법령 법인세법 제16조 제7호·제18조의 3 제1항 제1호· 동법시행령 제30조 제1호·제43조의 2 제1항 제1호· 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제1호·제4항의 규정에 의하면, 취득한 날로부터 1년( 지방세법 시행령 제84조의4 제1항에 규정된 공장용 부지는 2년)이 경과된 토지로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 것 중에서 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 각호의 규정에 해당하지 아니하는 것을 취득 관리함으로써 생기는 비용과 보유에 관련된 지급이자는 손금에 불산입하도록 규정하고 있다. 그리고, 같은법 시행규칙 제18조 제4항 제1호(’90.4.4 개정된 것)에서 당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산의 경우 그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년이 경과되지 아니한 부동산에 대하여는 제3항의 규정에 불구하고 비업무용 부동산에서 제외하도록 규정하고, 그 시행규칙 부칙(’90.4.4 재무부령 제1818호) 제5조에서는, ’90.4.4 이전에 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산에 관하여는 ’91.12.31까지는 종전의 제18조 제4항의 규정을 적용하도록 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 이 건 관계기록에 의하면, 청구법인은 ’73년부터 ’78년 사이에 대전광역시 유성구 OO동 일원에 쟁점공장부지 190,472㎡를 새마을공장용지로 취득하였으나, ’79.5.22 및 ’81.11.26 2회에 걸쳐 그 중 45,431㎡를 매각하여 ’91.12.31 현재 145,041㎡를 보유하고 있음이 확인되고, 처분청은 청구법인이 보유하고 있는 잔여토지중 취득후 개발제한지역등으로 지정되어 사용이 제한되었다고 본 34,394㎡를 제외한 쟁점토지 110,647㎡에 대하여 취득일로부터 2년이 경과하도록 업무에 사용하지 아니하고 있다 하여 이를 비업무용 부동산으로 판정한 다음 이 건 법인세를 과세하였음이 확인된다. (2) 청구법인은 이에 대하여 쟁점토지에 공장을 신축하기 위하여 ’85.8.20 대전광역시에 공장건축허가를 신청하였으나 대전광역시가 도시재정비계획과 관련 쟁점토지에는 일체의 건축행위가 불가능하다고 건축허가 신청서를 반려한 후 계속하여 건축행위를 제한함으로써 업무에 사용하지 못하였는 바, 쟁점토지는 토지의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지된 부동산이므로 이를 비업무용 부동산으로 판정함은 부당하다고 주장하고 있어 살펴보면, 첫째, 청구법인은 ’73년부터 ’78년 사이에 쟁점공장부지를 새마을 공장용지로 취득하고 ’73.9.25 당시 관할지방자치단체인 대덕군수로부터 공장건축허가를 받았으므로 그때부터 공장건축이 가능하였음에도, ’77.12월 그 지상 일부에 공장 3,520㎡만을 신축하였을뿐 쟁점토지에 대하여는 대전광역시에 의하여 건축허가가 제한되기 시작하였다고 하는 ’85.7월까지 12여년간 정당한 사유도 없이 공장을 신축하지 아니하였으며, 또한 특별히 다른 고유목적사업에도 공하지 아니한 채 ’91.12.31 현재까지도 사실상 농지나 임야상태로 보유하고 있음이 확인되고, 둘째, 청구법인은 OO공장 이전을 위하여 ’77.12월 쟁점공장부지에 신축 하였다고 하는 공장건물 3,520㎡에 대하여도 그 규모가 OO공장을 이전하기에는 미흡하다 하여 이를 직접 사용하지 아니하고 청구외 OOO에게 임대하였으며, ’79년초 쟁점공장부지를 매각하고자 신문지상에 매각공고를 하여 ’79.5.22 1차로 공장부지 26,405㎡를 매각하고 ’81.11.26 2차로 공장부지 19,026㎡ 신축공장 건물 3,520㎡를 매각하였음이 확인되며, 셋째, 대전광역시는 쟁점토지가 있는 유성구 OO동 지역 일원에 대하여 ’85.5월경부터 토지의 합리적 이용을 위한 대전도시 재정비계획과 관련하여 행정지도를 통해 건축허가를 통제하기 시작하였으며, 청구법인은 ’85.7.20 대전광역시로부터 쟁점토지상에는 공장건축행위가 불가능하다는 사실을 통보받고, ’85.8.20 대전광역시에 공장건축 허가신청서를 제출하였으며, ’85.8.24 대전광역시로부터 위 신청서를 반려받았음이 확인되는 바, 이와 같은 쟁점토지의 보유기간, 그간의 이용실태, 공장신축을 위한 추진경위, 쟁점토지와 함께 취득한 공장부지의 분할매각 현황 등 일련의 내용을 종합하여 볼 때, 청구법인은 쟁점토지를 지가상승에 의한 이익을 취득할 목적으로 보유하고 있다고 보여지는 반면, 행정관청의 건축허가 규제로 공장건축이 불가능하여 업무에 사용하지 못하였다는 청구주장은 인정할 수 없다고 판단된다.