이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2004년 7월 OOO을 신고.납부하였다. 나. 청구법인은 「지방세특례제한법」 제54조 및 「전라남도 도세 감면 조례」 제6조의 규정상 쟁점부동산은 관광단지개발 사업시행자가 관광단지개발사업을 시행하기 위하여 취득하는 부동산으로 취득세 100% 감면 대상에 해당된다고 주장하며 2015.9.3. 경정청구를 하였으나, 처분청은 2015.11.1. 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.12.18. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 「관광진흥법」 제55조 제1항은 “조성사업은 이 법 또는 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 조성계획의 승인을 받은 자(제54조 제5항에 따라 특별자치도지사가 조성계획을 수립한 경우를 포함한다. 이하 “사업시행자”라 한다)가 행한다”고 규정하고 있는바, 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따라 실시계획을 승인받은 청구법인은 국가기관(특별자치도지사·시장·군수·구청장)이 아닌 사업시행자(관광단지개발자)로서 적법하게 「관광진흥법」상의 조성사업을 행한다고 볼 수 있고, 「관광진흥법」은 법 시행 당시부터 관광단지개발 사업시행자는 조성계획의 승인을 받은 자, 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우 이에 해당하는 자 외에는 될 수 없는 것으로 명확히 하고 있는바, 청구법인을 「관광진흥법」 제54조 제1항에 따라 조성계획의 승인을 받은 자로 볼 수 없다고 하더라도 청구법인은 다른 법률의 특별한 규정(「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제11조 )에 의거하여 「관광진흥법」 제54조 의 사업계획 승인을 받아 같은 법 제55조에 따라 사업시행을 한 것이다. (2) 처분청은 대법원 판례상 인.허가 의제의 범위를 주된 인.허가에 의하여 의제된 다른 법률의 모든 규정에까지 적용할 수는 없다는 의견이나, 청구법인의 주장은 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」상 인.허가는 같은 법 제11조 제13호의 규정에 의해 「관광진흥법」 제54조 및 제55조 제1항에 해당하므로 이에 대한 취득세 면제를 규정하고 있는 「지방세특례제한법」 제54조 제1항 및 제6조 제1항을 적용해달라는 것이지, 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」의 의제규정에 의한 인·허가를 받았음을 전제로 「관광진흥법」의 모든 규정들을 청구법인에게 적용하여 달라는 것이 아니다. 또한 처분청은 “ 「지방세특례제한법」 제54조 제1항에서 취득세를 경감하는 취지는 「관광진흥법」 제55조 제1항에 따른 관광단지개발사업시행자에 한정하는 것이지 다른 법률에서 관광단지개발사업 사업시행자로 의제되는 경우까지를 경감대상으로 하겠다는 것으로 보기는 어렵다”는 입장이나, 이는 의제[“실체를 달리하는 것을 법률적으로 동일하게 취급하고 동일한 법률 효과를 부여”(법률용어 사전)]의 법리를 잘못 이해한 것으로서 마치 “행방불명자는 사망으로 의제되어 사망은 맞지만 실제 사망은 아니므로 상속 등에 차별을 두어야 한다”고 주장하는 것과 마찬가지이고, 법조문은 법 취지가 어떻든 문언해석과 논리해석이 우선되어야 하는바 처분청의 주장은 부당하다. (3) 2005.10.18. OOO에게 보낸 공문에 따르면, OOO은 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제11조 의 승인은 받은 사업자가 「관광진흥법」에 따라 조성계획을 승인 받아 관광단지개발 사업시행자가 되는 것에 이견이 없고, 「관광진흥법」 제76조 제1항의 규정에 따라 보조금을 선 지급하였음을 알 수 있다. (4) 유사 사건에서 대법원은, “① 「관광진흥법」 제55조 제1항은 ‘조성계획의 승인을 받은 자’ 또는 ‘조성계획을 수립한 특별자치도지사’를 사업시행자로 약칭하고 있고, 같은 법 제55조 제2항도 ‘사업시행자’가 ‘조성계획의 승인을 받은 자’임을 전제로 규정하고 있는 점, ② 「관광진흥법」상 민간개발자가 조성계획의 승인을 받기 전까지는 법상 어떠한 구체적인 지위나 자격을 부여받은 것으로 볼 수 없는 점, ③ 「지방세법」(1991.12.14. 법률 제4415호로 개정되기 전의 것) 제110조의3 제2항 제14호 및 제128조의2 제2항 제14호는 ‘「관광진흥법」에 의한 사업시행자’가 관광단지개발사업을 위하여 취득하는 토지 및 그 정착물에 관한 취득세 및 그 등기에 대한 등록세를 면제하도록 규정하고 있었고, 개정된 「지방세법」 제277조 제1항은 위 조항들을 이어받은 점 등을 고려하면, 구 지방세법 제277조 제1항에서 정한 ‘「관광진흥법」에 의한 관광단지개발사업시행자’는 관광단지의 지정은 물론 「관광진흥법」에 따라 조성계획의 승인까지 받은 사업시행자를 의미한다고 봄이 타당하므로, 원고들이 조성계획의 승인이나 「관광진흥법」 제55조 제2항에 따른 시·도지사의 승인을 받지 아니한 채 취득한 부동산은 구 「지방세법」 제277조 제1항에 따른 취득세와 등록세의 감면대상이 될 수 없다고 판단하였는바, 「지방세특례제한법」 제54조 제1항 및 「전라남도 도세 감면 조례」 제6조 제1항의 규정에 따라 청구법인에 대한 이 건 취득세 등은 감면되어야 한다. (5) 처분청은 사업계획승인 이후 청구법인은 외국인지분율의 감소에도 불구하고 취득세 감면의 이익을 누렸고 현재까지 사업을 제대로 추진하지 못하고 있다는 이유를 들어 이 건 부과처분의 정당성을 주장하나, 외국인지분율의 감소는 청구법인의 운영자금 마련을 위해 대주주들이 청구법인에 대한 채권을 현물출자한 결과로서, 자본의 국외유출이 아니므로, 청구법인이 기존 외국인투자비율을 악용하여 취득세 감면의 이익을 취했다는 처분청의 의견에 동의할 수 없고, 청구법인은 전라남도 여수시 지역발전특구 지역에 숙박시설(호텔, 콘도) 및 종합유원시설업인 OOO과 콘도 사업의 적극적 추진을 내용으로 하는 협약 등을 체결), 이 건 사업을 위해 OOO을 달성하는 데 그치고 있어 청구법인은 차입금에 대한 이자도 지급하지 못할 정도로 손실이 누적되고 있는바, 청구법인이 사업시행을 위해 취득한 토지는 처분청의 주장대로 고의로 방치된 것이 아니라 막대한 손실로 투자할 현금이 없어 투자가 지연되고 있는 것으로서, 청구법인의 대주주가 OOO을 현물출자하여 차입금과 지급이자를 현저히 감소시키는 등 향후 청구법인의 경영상황은 상당히 호전될 예정이며, 청구법인은 대승적 차원에서 다른 좋은 사업자가 투자를 한다면 부동산 일부를 매각(조성원가에 「민법」상 이자를 추가한 금액)할 수 있음을 OOO이 다른 사업자를 재공모하는 것이므로 청구법인이 사업을 진행할 능력이 없어 재공모가 이루어졌다는 처분청의 의견은 사실관계를 호도하는 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 어떤 법률에서 주된 인.허가가 있으면 다른 법률에 의한 인.허가를 받은 것으로 의제한다는 규정을 둔 경우에는, 주된 인.허가가 있으면 다른 법률에 의한 인.허가가 있는 것으로 보는 데 그치는 것이고, 그에서 더 나아가 다른 법률에 의하여 인.허가를 받았음을 전제로 한 다른 법률의 모든 규정들까지 적용되는 것은 아니다 할 것으로서, 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률」 제11조 제1항은 개발사업시행자가 제9조의 규정에 의한 실시계획의 승인을 얻은 경우 「관광진흥법」 제54조 의 규정에 의한 관광지·관광단지 조성계획의 승인을 받은 것으로 의제하고 있고, 「관광진흥법」 제55조 제1항은 조성계획의 승인을 받은 자가 조성사업을 행하는 것으로 규정하고 있어 경제자유구역개발 사업시행자인 청구법인이 「관광진흥법」 제55조 제1항에 따른 조성계획의 승인을 받은 자로 의제된다하더라도, 「지방세특례제한법」 제3조 제1항에서는 이 법, 「지방세법」 및 「조세특례제한법」에 따르지 아니하고는 「지방세법」에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없도록 규정하고 있는바, 위 대법원 판례에 비춰보면 조성계획의 승인을 받은 자로 의제되었다고 하여 더 나아가 「지방세특례제한법」 제54조 제1항의 규정을 적용할 수 있는 것은 아니다. (2) 「지방세특례제한법」 제54조 제1항에서 취득세를 경감하는 취지는 「관광진흥법」 제55조 제1항에 따른 관광단지개발 사업시행자에 한정하는 것이지 다른 법률에서 관광단지개발 사업시행자로 의제되는 경우까지를 경감대상으로 하겠다는 것으로 보기는 어렵다 할 것으로, 경제자유구역개발 사업시행자가 「관광진흥법」 제55조 제1항에 따른 조성계획의 승인을 받은 자가 아닌 이상 「지방세특례제한법」 제54조 제1항에서 정한 취득세 감면대상에 해당하지 않는 것으로 보는 것이 타당하므로, 쟁점부동산에 대한 취득세 등의 경정청구를 거부한 것은 적법하다. (3) 유사한 다른 법령의 인.허가 의제규정(「동.남해안 및 내륙권 발전 특별법」 제15조 제1항 제5호, 제17조 제1항 제7호, 「기업도시개발 특별법」 제13조 제1항 제5호)에서는 그 의제 대상으로 “ 「관광진흥법」 제54조 에 따른 조성계획의 승인”과 함께 “같은 법 제55조에 따른 조성사업 시행의 허가”도 의제 대상에 명시적으로 포함하고 있는바, 청구법인에게 적용된 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제11조 제13호는 위 경우와 달리 「관광진흥법」 제54조 만을 의제 대상으로 하고 있는바, 의제 대상으로 규정되지도 아니한 「관광진흥법」 제55조 에 대해 「지방세특례제한법」을 적용하여 그 취득세 등을 감면하여 달라는 청구주장은 받아들일 수 없다. (4) 청구법인은 2006년 OOO에서는 2015.10.5. 동 지구에 대한 사업시행자를 재공모하는 등 사실상 청구법인의 사업 진행은 불가한 것으로 보인다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 의해 「관광진흥법」 제54조 의 관광단지조성계획 승인이 의제된 청구법인이 부동산을 취득한 경우 동 부동산은 「지방세특례제한법」상 “ 「관광진흥법」 제55조 제1항에 따른 관광단지개발 사업시행자가 취득한 부동산”에 해당하지 않는다고 보아 취득세 감면을 부인한 처분의 당부 나. 관련 법률 등 (1) 지방세특례제한법 제54조 (관광단지 등에 대한 과세특례) ① 「관광진흥법」 제55조 제1항에 따른 관광단지개발 사업시행자가 관광단지개발사업을 시행하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2013년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감하며, 해당 지역의 관광단지 조성 여건, 재정 여건 등을 고려하여 100분의 50의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. (2) 조세특례제한법 제121조의2 (외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ④ 외국인투자기업이 신고한 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세에 대해서는 다음 각 호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다. 다만, 지방자치단체가 「지방세특례제한법」 제4조 에 따른 조례로 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간에 감면비율 또는 공제비율을 높인 경우에는 제1호 및 제2호에도 불구하고 그 기간 및 비율에 따른다. 1. 취득세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 동안은 해당 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따른 감면대상이 되는 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세는 사업개시일부터 3년 동안은 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. (3) OOO 제55조 제1항에 따른 관광단지개발 사업시행자가 관광단지개발사업을 시행하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 제7조(외국인투자유치지원을 위한 감면) 외국인투자기업이 신고한 사업을 하기 위하여 취득하는 재산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다. 다만, 「조세특례제한법」 제121조의5 제3항에 따른 추징 대상이 되는 경우에는 감면된 지방세를 추징한다. 1. 「조세특례제한법」제121조의2 제4항 제1호에 따른 외국인투자비율에 해당하는 취득세는 같은 항 단서의 규정에 의하여 사업 개시일부터 15년간 감면대상세액의 전액을 면제하고, 같은 조 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따른 감면대상사업의 외국인투자비율에 해당하는 취득세는 사업 개시일부터 15년간 감면대상세액의 전액을 면제한다. (4) 관광진흥법 제54조 (조성계획의 수립 등) ① 관광지등을 관할하는 시장·군수·구청장은 조성계획을 작성하여 시·도지사의 승인을 받아야 한다. 이를 변경(대통령령으로 정하는 경미한 사항의 변경은 제외한다) 하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 관광단지를 개발하려는 공공기관 등 문화체육관광부령으로 정하는 공공법인 또는 민간개발자(이하"관광단지개발자"라한다)는 조성계획을 작성하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 시·도지사의 승인을 받을 수 있다. ⑤ 관광지등을 관할하는 특별자치도지사는 관계 행정기관의 장과 협의하여 조성계획을 수립하고, 조성계획을 수립한 때에는 지체 없이 이를 고시하여야 한다. 제55조(조성계획의 시행) ① 조성계획을 시행하기 위한 사업(이하 "조성사업"이라 한다)은 이 법 또는 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 조성계획의 승인을 받은 자(제54조 제5항에 따라 특별자치도지사가 조성계획을 수립한 경우를 포함한다. 이하 "사업시행자"라 한다)가 행한다. ③ 사업시행자가 아닌 자로서 조성사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 기준과 절차에 따라 사업시행자가 특별자치도지사·시장·군수·구청장인 경우에는 특별자치도지사·시장·군수·구청장의 허가를 받아서 조성사업을 할 수 있고, 사업시행자가 관광단지개발자인 경우에는 관광단지개발자와 협의하여 조성사업을 할 수 있다. (5) 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제6조 (경제자유구역개발계획) ① 경제자유구역개발계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다. 1. 경제자유구역의 명칭·위치 및 면적 2. 경제자유구역 지정의 필요성 3. 경제자유구역에서 실시되는 개발사업(이하 "개발사업"이라 한다)의 시행자 제9조(경제자유구역개발사업 실시계획의 승인) ① 개발사업시행자는 개발사업시행자로 지정된 날부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 작성하여 관할 시·도지사의 승인을 받아야 한다. 승인받은 사항을 변경할 때에도 또한 같다. 다만, 제4조 제7항에 따라 경제자유구역의 개발을 단계적으로 시행하는 경우 최종 단계의 실시계획의 승인신청은 제4조 제8항에 따른 고시일부터 10년의 범위에서 따로 정하는 때까지 하여야 한다. 제11조(인가ㆍ허가 등의 의제) ① 개발사업시행자가 제9조에 따라 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받은 경우에는 다음 각 호의 허가·인가·지정·승인·협의 및 신고 등(이하 "허가등"이라 한다)을 받은 것으로 보며, 제10조에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 허가 등의 고시 또는 공고가 있은 것으로 본다. 13. 「관광진흥법」 제15조 에 따른 사업계획의 승인, 같은 법 제54조에 따른 관광지·관광단지 조성계획의 승인 ② 시·도지사는 제9조에 따라 실시계획을 승인하거나 변경승인하는 경우 그 실시계획에 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항이 포함되어 있으면 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 하며, 협의를 요청받은 행정기관의 장은 대통령령으로 정하는 기간 내에 의견을 제출하여야 한다. 이 경우 관계 행정기관의 장이 그 기간 내에 의견을 제출하지 아니하면 의견이 없는 것으로 본다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 2003년 10월OOO이 승인(재정경제부고시 제2006-14호, 2006.5.4.)되었고, 재정경제부 관보내역상 해당 사업부지는 전체면적 9,992,000㎡ 중 녹지 5,920,040㎡, 운동오락시설 2,324,550㎡, 숙박시설 등 기타 1,747,410㎡으로 구성되었다. (나) 2005.10.18. OOO 실시계획 협의에 대해 다음과 같이 이견이 없음을 공문으로 회신하였다. (다) 청구법인은 2012.4.20. OOO원을 신고.납부하였다. (라) 이 건과 관련한 OOO의 유권해석 주요내용은 다음과 같다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「지방세특례제한법」 제3조 제1항은 “이 법, 「지방세기본법」, 「지방세법」, 「조세특례제한법」 및 조약에 따르지 아니하고는 「지방세법」에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없다”고 규정하고 있는바, 조세 감면 등의 특혜 규정은 엄격하게 해석하여야 하는 점, 어떤 법률에 의하여 주된 인·허가가 있으면 다른 법률에 의한 인·허가가 있는 것으로 보는 데 그치는 것이고 더 나아가 다른 법률에 의하여 인·허가를 받았음을 전제로 하여 동 법률의 모든 규정들까지 적용되는 것은 아닌바, 청구법인이 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제11조 의 제13호의 의제규정에 의해 「관광진흥법」 제54조 의 조성계획승인을 받았다 하더라도 별도의 규정인 「관광진흥법」 제55조 제1항의 “사업시행자”로 의제되지 않은 이상 같은 규정에 대해서만 취득세 감면을 허용하고 있는 「지방세특례제한법」 제54조 및 「전라남도 도세감면 조례」 제6조를 적용할 수 없는 것으로 보이는 점, 「동.남해안 및 내륙권 발전 특별법」 제15조 제1항 제5호를 비롯한 유사한 다른 개발지원 법률에서는 의제규정에 「관광진흥법」 제54조 의 조성계획 승인과 「관광진흥법」 제55조 제1항의 조성사업시행 허가를 모두 명시하고 있는 반면, 이 건의 적용 법률인 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제11조 의 제13호는 「관광진흥법」 제54조 만 기재되어 있을 뿐 같은 법 제55조 제1항은 없는 점, 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」과 「관광진흥법」은 그 목적 및 법적 효과를 달리하는 법률이므로 「관광진흥법」에 따라 관광단지 조성계획 승인을 받기 위해서는 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에는 규정되지 않은 별도의 요건을 갖추어야 하는 점, 「지방세특례제한법」 제54조 제1항에서 취득세를 경감하는 대상자는 「관광진흥법」 제55조 제1항에 따른 관광단지개발 사업시행자에 한정되기 때문에, 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에서 관광단지개발 사업시행자로 의제되는 자까지 포함한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 「지방세특례제한법」 제54조 및 제6조의 취득세 감면대상에 해당하지 않는다고 보아 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.