이유
1. 처분개요 청구법인은 OOOOOO OOOO OO OOOOO(OOOOO)O OOO OOOOO OOO OOO OOOOOOO 외 47필지(이하 “쟁점토지”라 한다)의 소유자로서, 쟁점토지가 2005년부터 시행된 종합부동산세법에 의한 종합부동산세 과세대상에 해당되어, 2005년도 종합부동산세 1,511,540,330원과 농어촌특별세 302,308,060원 및 2006년도 종합부동산세 4,041,118,100원과 농어촌특별세 808,223,620원 합계 6,663,190,110원을 신고 납부하였다. 청구법인은 OOOOO OOOO이 행정자치부장관으로부터 재산세 감면에 관한 지시를 받고도 감면조례의 제정을 지연하여 그동안 종합부동산세를 감면받지 못하였던 바, 종합부동산세의 감면을 지방세 감면조례에 따르도록 한 것은 위헌이라고 주장하며, 2008.1.11. 감면받지 못한 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 6,102,879,890원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 환급하라는 경정청구를 하였다. 처분청은 종합부동산세의 감면은 시·군 감면조례에서 정한 재산세 감면규정을 준용하나, 쟁점토지에 대해서는 지방자치단체가 감면조례를 제정하지 아니하여 쟁점토지는 감면대상이 아니라는 이유를 들어 2008.2.12. 청구법인의 환급 경정청구를 거부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.2.27. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 종합부동산세는 국세임에도 종합부동산세법 제6조 제2항은 지방자치단체의 조례에 따라 종합부동산세를 감면할 수 있도록 규정함으로써 국세 부과 등 집행의 불평등을 초래하였고, 행정자치부장관이 2003.10.16. 전국 지방자치단체장에게 ‘지방세감면조례표준안’을 시달하여 2004.1.1.부터는 문화재로 지정된 부동산은 용도에 관계없이 재산세를 면제하도록 조치하라고 하였으나, 쟁점토지의 관할 관청인 OOOOO OOOO은 조례를 제정하지 아니하다가 뒤늦게 2007.5.11. 문화재로 지정된 부동산의 재산세를 50%를 감면하도록 조례를 개정함에 따라 2005년도 및 2006년도 종합부동산세를 감면받지 못하였던 바, 청구인이 신고 납부한 종합부동산세에는 조세평등주의에 반하는 위헌·위법이 내재되어 있으므로 쟁점금액은 환급되어야 한다. 나. 처분청 의견 종합부동산세법 제6조 는 종합부동산세를 부과하는 경우에 시·군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정을 준용하도록 규정하고 있는 바, 쟁점토지 소재지 관할관청인 OOOOO OOOO은 쟁점토지에 대한 재산세 감면조례를 2008.5.11. 제정하여 그 이전에는 쟁점토지는 감면대상이 아니었으므로, 감면대상이 아닌 쟁점금액의 환급청구를 거부한 당초 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 지방세 감면조례 개정 이전에 신고·납부한 종합부동산세 및 농어촌특별세를 소급하여 감면할 수 있는지 여부 나. 관련법령 (1) 종합부동산세법 제6조 【비과세 등】 ① 지방세법 또는 조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 “재산세의 감면규정”이라 한다)은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다. ② 지방세법 제7조 내지 제9조의 규정에 의한 시ㆍ군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다. (2) 지방세법 제7조【공익 등 사유로 인한 과세면제 및 불균일과세】 ① 지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 과세를 부적당하다고 인정할 때에는 과세하지 아니할 수 있다. ② 지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 필요한 때에는 불균일과세를 할 수 있다. 제8조【수익 등 사유로 인한 불균일과세 및 일부과세】 지방자치단체는 그의 일부에 대하여 특히 이익이 있다고 인정되는 사건에 대하여서는 불균일과세를 하거나 또는 그의 일부에 대하여서만 과세할 수 있다. 제9조 【과세면제 등을 위한 조례】 제7조 및 제8조의 규정에 의하여 지방자치단체가 과세면제ㆍ불균일과세 또는 일부 과세를 하고자 할 때에는 행정자치부장관의 허가를 얻어 당해 지방자치단체의 조례로써 정하여야 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 OOOOO OOO OOO OOOOOOO 외 47필지를 소유한 법인으로서, 쟁점토지가 2005년부터 시행된 종합부동산세법의 규정에 의하여 종합부동산세 과세대상이 됨에 따라, 2005년도 종합부동산세 1,511,540,330원과 농어촌특별세 302,308,060원 및 2006년도 종합부동산세 4,041,118,100원과 농어촌특별세 808,223,620원 합계 6,663,190,110원을 신고 납부한 사실이 확인된다. (2) 행정자치부장관은 2003.10.15. 각 지방자치단체에 대하여 “지방세감면조례의 감면시한이 2003년말로 종료됨에 따라 의견수렴을 거쳐 마련한 지방세감면조례개정표준안을 별첨과 같이 시달하니 지방자치단체에서는 지방세법 제9조 의 규정에 의한 행정자치부장관의 허가를 받은 것으로 갈음하여 2003년말까지 지방세감면조례를 개정(개정표준안의 감면사항은 감면기한을 2006.12.31.까지 연장)함으로써 2004.1.1.부터 시행하는 데 차질이 없도록” 하라는 지방세 감면조례표준안(OOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)O OOOOO, OOOOO OOOOO OOOOOOOOOO OOOOO OOO세 감면조례 제9조를 개정하여 문화재로 지정된 부동산에 대하여는 재산세의 50%를 경감하도록 조치한 사실이 확인된다. (3) 쟁점토지는 문화재보호법 제6조의 2 의 규정에 의하여 국가문화재(철새도래지)로 지정된 토지로서, 2007.5.11. 개정된 OOOOO OOO 감면조례에 의하여 2007년도부터 재산세의 50%가 경감되는 한편, 시ㆍ군 감면조례에 의한 재산세 감면규정은 종합부동산세에 준용되도록 규정한 종합부동산세법 제6조 제2항의 규정에 의하여 해당 과세기간부터 종합부동산세의 50%가 경감된 사실이 확인된다. (4) 청구법인은 종합부동산세의 감면 여부를 지방세 감면조례에 따르도록 하는 것은 위헌이며, 위헌인 법률에 의하여 신고·납부한 종합부동산세는 환급되어야 한다고 주장하나, 국세기본법 제55조 에서 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받아 권리 또는 이익을 침해당한 자가 동법에 의한 불복청구를 하도록 규정되어 있어 국세심판청구의 대상은 구체적 처분이 세법에 위반되는지 여부에 대한 것일 뿐, 법률이 헌법에 위반되는지 여부는 해당되지 아니하며, 종합부동산세법 제6조 제2항은 헌법재판소에서 위헌이라고 결정된 사실이 없으므로 유효한 조문이고, 유효한 법률 조문에 의하여 과세한 처분은 적법한 것이다. (5) 따라서, 쟁점토지에 대한 2005년도 및 2006년도 종합부동산세 및 농어촌특별세의 신고 납부는 적법하고, 적법하게 납부된 세금은 환급의 대상이 아니므로 쟁점금액의 환급을 거부한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.