이유
1. 처분개요 가. 청구인은 2019.2.18. OOO 토지 334.2㎡ 및 그 지상건축물 436.13㎡(사용승인을 받지 않은 상태에서 소유권보존등기를 한 건축물, 이하 “이 건 건축물”이라 하고, 그 부속토지를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 경매를 원인으로 취득한 후 그 취득가격 OOO원(토지 OOO원, 건축물 OOO원)을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목에서 규정한 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고.납부하였다. 나. 처분청은 청구인이 사용승인을 받지 않은 이 건 건축물을 취득하였으므로 이는 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목에서 규정한 취득세율(1천분의 40)이 아니라 같은 법 제28조 제1항 제1호 나목 1)에서 규정한 등록면허세율(1천분의 20)을 적용하여야 한다고 보아 2019.8.20. 청구인에게 아래 ＜표＞와 같이 산출한 취득세 등 OOO원을 환급하고, 그 나머지 OOO원(정당세액, 이하 “이 건 등록면허세”라 한다)의 세목을 등록면허세로 변경하였다. OOO 다. 청구인은 2019.11.14. 이 건 건축물에 대한 등기는 「지방세법」제28조 제1항 제1호 마목에서 규정한 그 밖의 등기에 해당된다는 취지로 이 건 등록면허세 등에 대한 경정청구를 하였으나 처분청은 2019.12.19. 이를 거부하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2020.3.11. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 이 건 건축물은 청구인이 취득하기 전에 소유권보존등기가 되어 있었고, 청구인은 이 건 건축물을 취득한 후 신축공사를 재개하여 그 공사비용 OOO원을 과세표준을 취득세 등 OOO원을 신고.납부하였는바, 그 세액 OOO원 중 OOO원(1천분의 20)은 종전의 취득세이고, 나머지 OOO원(1천분의 8)은 종전의 등록세로서 청구인은 이 건 건축물에 대한 사실상의 등록면허세를 모두 납부하였다 할 것임에도 청구인이 사용승인을 받지 않은 이 건 건축물을 경매로 취득한 후 공사를 재개하여 사용승인을 받았다는 사유만으로 동일한 과세대상임에도 경매로 취득한 때와 사용승인을 받은 때를 구분하여 각각 등록면허세를 납부하도록 한 것은 사실상의 이중과세이므로 경매로 취득한 이 건 건축물에 대하여는 「지방세법」제28조 제1항 제1호 마목에서 규정한 등기로 보아 OOO원을 납부하도록 하는 것이 타당하다. 나. 처분청 의견 청구인이 이 건 건축물을 취득할 당시 사용승인을 받지 아니하여 그 취득시기가 도래하지 아니하였다 하더라도 이 건 건축물은 소유권보존등기를 한 건축물로서 청구인 명의로 소유권이전등기를 한 이상, 이에 대하여 「지방세법」제28조 제1항 제1호 나목 1)에서 규정한 등록면허세율(1천분의 20)을 적용하는 것이 타당하다 할 것이고, 그 후 이 건 건축물의 신축공사를 재개하여 사용승인을 받은 것은 새로운 취득이므로 그 증가분에 대하여는 별도로 취득세 등을 신고.납부하여야 하므로 처분청이 이 건 등록면허세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건 건축물에 대한 등기가 「지방세법」제28조 제1항 제1호 마목에서 규정한 그 밖의 등기에 해당되는지 여부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2019.2.18. 사용승인이 되지 않은 상태에서 소유권보존등기가 된 이 건 건축물을 경매로 취득하고 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. (나) 청구인은 미완성 건축물이 이 건 건축물에 대한 신축공사를 진행하여 2019.8.16. 처분청으로부터 사용승인을 받은 후, 청구인이 추가로 투입한 공사원가 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제11조 제1항 제3호의 세율(1천분의 28)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. (다) 처분청은 2019.8.20. 청구인이 취득할 당시 이 건 건축물은 사용승인을 받지 않은 건축물로서 이를 소유권이전등기 하였다 하더라도 취득세 과세대상이 아니므로 같은 법 제28조 제1항 제1호 나목 1)에서 규정한 등록면허세율 적용하여야 한다고 보아, 이 건 부동산의 취득가격 OOO원을 토지(OOO원)와 건축물(OOO원)로 안분한 후, 토지에 대하여는 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 취득세율(1천분의 40)을, 미완성 건축물인 이 건 건축물에 대하여는 같은 법 제28조 제1항 제1호 나목 1)의 등록면허세율(1천분의 20)을 적용하여 OOO원(토지 취득세 OOO원, 건축물 등록면허세 OOO원)을 정당세액으로 산출한 후, 청구인이 납부한 OOO원에서 이를 차감하여 그 차액 OOO원을 청구인에게 환급하였다. (라) 청구인은 2019.11.14. 이 건 건축물의 신축공사를 재개하여 사용승인을 받은 후 취득세 등 OOO원을 신고.납부하였으므로 청구인이 취득할 당시 미완성 건축물인 이 건 건축물에 대한 등록면허세 등은 「지방세법」제28조 제1항 제1호 마목에서 규정한 OOO원으로 경정되어야 한다는 취지로 경정청구를 하였다. (2) 「지방세법」제23조 제1호에서 “등록”이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하는 것을 말하는 것으로 취득을 원인으로 이루어지는 등기는 제외한다고 규정하고 있고, 같은 법 제28조 제1항 제1호 나목 1)에서 유상으로 인한 소유권 이전등기는 부동산 가액의 1천분의 20을 등록면허세율로 한다고 규정하고 있으며, 같은 호 마목에서 소유권이전등기 등을 제외한 그 밖의 등기의 경우에는 건 당 OOO원을 등록면허세로 한다고 규정하고 있다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 이 건 건축물을 취득한 후 신축공사를 재개하여 그 공사원가를 취득가격으로 하여 취득세 등을 신고.납부하였는바, 청구인이 유상(경매)으로 취득한 이 건 건축물과 사용승인을 받은 후의 건축물은 각각의 과세대상인 점, 청구인이 사용승인을 받고 신고.납부한 취득세 등은 신축공사에 따른 것으로 그 이전에 이미 소유권이전등기를 한 이 건 건축물의 등록면허세 등과는 관계가 없는 점, 청구인이 취득할 당시 이 건 건축물은 사용승인이 되지 않은 상태에서 소유권보존등기가 되었고 청구인은 경매(유상)를 원인으로 소유권이전등기를 한 점 등에 비추어 청구인이 이 건 건축물에 대하여 한 등기는 「지방세법」제28조 제1항 제1호 나목 1)에서 규정한 유상으로 인한 소유권이전등기에 해당된다고 할 것이므로 처분청이 이 건 등록면허세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항, 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 (1) 지방세법 제11조[부동산 취득의 세율] ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 7. 그 밖의 원인으로 인한 취득 나. 농지 외의 것 : 1천분의 40 제23조[정의] 등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “등록”이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다. 다만, 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 제외하되, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기나 등록은 포함한다. 제28조[세율] ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다. 1. 부동산 등기 가. 소유권의 보존 등기 : 부동산 가액의 1천분의 8 나. 소유권의 이전 등기 1) 유상으로 인한 소유권 이전 등기 : 부동산 가액의 1천분의 20. 마. 그 밖의 등기 : 건당 6천원