이유
1. 원처분 개요 청구인은 경기도 양주군 회천읍 OO리 OOO 공장용지 4,089㎡, 같은 리 OOOOO 공장용지 34㎡, 같은리 OOOOO 공장용지 76㎡, 같은리 OOOOO 대지 1,973㎡, 같은리 OOOOO 대지 4,241㎡, 같은리 OOOOOO 전 338㎡, 같은리 OOOOOO 도로 23㎡, 같은리 OOOOOO 도로 824㎡, 같은리 OOOOOO 대지 34㎡, 같은리 OOOOOO 도로 34㎡, 같은리 OOOOOO 도로 67㎡, 같은리 OOOOOO 전 9㎡, (이상 12필지, 합계 11,742㎡를 이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 소유권을 청구외 주식회사 OO종합건설에 1992.5.21(원인일 : 1992.4.20) 이전하고 쟁점부동산에 대한 양도차익을 기준시가로 계산한 양도소득금액 1,919,814,651원에 대한 양도소득세 과세표준확정신고와 함께 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제67조의 12[5년이상 계속하여 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 면제]에 규정한 세액 면제신청을 하였다. 처분청은 기준시가로 계산한 양도소득금액 1,866,784,965원에 대한 산출세액 1,085,570,979원에서 조세감면규제법 제88조의 2 [양도소득세 감면의 종합한도]에 규정한 감면한도액 300,000,000원을 차감하고 1992년 귀속 양도소득세 626,613,960원(1994.9.8 국세청 심사결정에 따라 23,049,250원이 경정감되었음)을 결정하여 1994.2.16 청구인에게 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1994.4.14 이의신청, 1994.7.7 심사청구를 거쳐 1994.11.1 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구인이 쟁점부동산에서 5년이상 계속하여 부직포 제조 공장을 영위하다가 동 지역이 수도권정비계획법상 개발유보권역으로서 공장 증설이 불가능하여 이를 양도하고 충청북도 음성군 삼성면 OO리 O OOOO로 이전한 것이므로 쟁점부동산의 양도에 대하여 양도소득세가 전액 면제되어야 함에도 불구하고 양도소득세를 부과한 것은 부당하며, 또한 쟁점부동산 중 경기도 양주군 회천읍 OO리 OOOOO 공장용지 34㎡(양도 후 1993.6.14 같은리 OOOOO으로 31㎡가 분할됨), 같은리 OOOOO공장용지 76㎡, 같은리 OOOOOO 전 338㎡(양도후 1993.6.14 같은리 OOOOOO로 289㎡가 분할됨), 같은리 OOOOOO 대지 34㎡, 같은리 OOOOOO중 도로 406㎡(양도 후 1993.6.14 같은리 OOOOOO로 분할된 토지임)(이상 5필지 합계 888㎡를 이하 “쟁점도로”라 한다)는 쟁점부동산과 연접하여 있는 OO연립주택 및 OO아파트의 진입도로로 이용되고 있어 쟁점도로부분은 판매하지 않는다는 조건으로 계약이 이루어졌고 그 면적에 대한 대금은 계산하지 않고 나머지 면적 10,854㎡에 대하여만 양도대금을 계산하였음에도 위 쟁점도로 부분에 대하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다는 주장이다. 나. 국세청장 의견 대도시권 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하던 자가 지방으로 이전함에 따라 구 공장의 양도로 인하여 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 전액 면제하도록 하는 규정은 없으므로 당초처분 정당하며, 또한 청구인은 쟁점부동산 중 쟁점도로 부분 888㎡를 양도한 사실이 없다는 주장이나, 쟁점도로부분이 쟁점부동산 매수자인 청구외 주식회사 OO종합건설에 소유권이 이전되었으므로 당초처분은 정당하다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 이 건의 쟁점은 ① 쟁점부동산의 양도소득에 대한 양도소득세를 전액 면제할 수 있는지의 여부와 ② 쟁점도로 면적을 양도한 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부를 가리는데 있다 하겠다. 나. 쟁점토지의 양도소득에 대하여 양도소득세 전액을 면제할 수 있는지의 여부에 대하여 본다. 조세감면규제법 제67조의 12 제1항에는 “개인이 5년 이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 대통령령이 정하는 범위안의 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세를 면제한다.”고 규정하고, 같은법 제88조의 2 에는 “개인이 제57조 내지 제60조·제62조·제67조의 4·제67조의 11·제67조의 12 및 제72조의 4의 규정에 의하여 감면받는 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다”고 규정하고 있다. 청구인은 쟁점부동산에서 청구인 명의로 5년이상 계속하여 부직포 제조공장을 영위하다가 동 지역이 수도권 정비계획법상 개발유보권역으로 공장증설이 불가능하여 이를 양도하고 충청북도 음성군 삼성면 OO리 O OOOO로 그 공장을 이전한 것인데 양도소득세를 면제하지 않고 과세함은 부당하다는 주장이나, 청구인이 전시한 법규정에 따라 면제신청을 하였으며 이 건 고지처분은 처분청이 감면규정 적용을 배제하여 과세한 것이 아니고 전시한 조세감면규제법 제67조의 12 의 규정과 같은법 제88조의 2 의 규정을 적용하여 감면한도액 300,000,000원을 초과하는 세액에 대하여 고지처분한 것으로서 이건 쟁점부동산 양도당시 적용되는 조세감면규제법상 달리 감면대상 양도소득세 전액을 면제하도록 하는 규정은 없으므로 당초처분 정당하고 이부분 청구주장은 이유 없다고 판단된다. 다. 쟁점도로 부분에 대하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부를 본다. 청구인은 쟁점도로를 청구외 주식회사 OO종합건설에 양도한 것이 아니라고 주장하며 그 입증자료로 매매계약서를 제시하고 있는 바, 이를 살펴보면 경기도 양주군 회천읍 OO리 OOO외 11필지 대지 및 공장용지 11,742㎡를 매매부동산으로 표시하고 그 가액을 3,375,000,000원으로 기재하고 있으며, 이들 11필지의 토지 11,742㎡ 전부가 소유권이전등기된 점으로 보아 매매부동산 11,742㎡에 쟁점도로 888㎡가 분명히 포함되어 양도되었음을 알 수 있고, 단지 그 매매계약서상에 쟁점부동산 중 OO연립주택등에서 사용하는 도로부분 약 290평은 매매계약서에서 금액을 공제하되 추후 OO연립주택주민등이 그 도로를 사용하더라도 이의를 제기하지 않는다는 계약조건(청구인은 이 조건을 이유로 쟁점도로를 양도한 것이 아니라고 주장하고 있음)이 있지만 이 조건은 쟁점도로를 포함한 쟁점부동산 11,742㎡를 3,375,000,000원에 양도하되 양도가액 계산시 별도로 대가를 계산하지 아니한 도로를 OO연립주택주민들이 사용하더라도 이의를 제기하지 않는다는 뜻이지 그 도로를 양도대상에서 제외한다는 조건은 아닌 것으로 이해된다. 한편, 쟁점도로 중 경기도 양주군 회천읍 OO리 OOOOO 공장용지 31㎡, 같은리 OOOOOO 전 289㎡, 같은리 OOOOOO 도로 406㎡ 이상 3필지 합계 726㎡를 경기도 양주군이 1993.11.6 취득하였음이 토지대장등본에 의하여 확인되는데 그 보상금 290,325,000원을 청구인이 수령하지 않고 쟁점부동산 매수자인 청구외 주식회사 OO종합건설이 수령한 사실이 있는 바, 만약 청구주장과 같이 쟁점도로를 위 (주)OO종합건설에 양도하지 아니하였다면 그 보상금 환수를 위한 일련의 조치를 하였을 것임에도 아무런 조치를 취하지 않은 점등을 고려할 때 쟁점도로를 양도하지 아니하였다는 청구주장은 이유없고 당초처분은 정당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.