이유
1. 사실

청구법인은 경기도 안산시 OO동 OOO에 본점을 두고 부가가치세가 면제되는 쌀보리등의 농산물을 공급받아 주정등을 제조하는 법인인 바,

청구법인은 88년 제1기분 부가가치세 과세표준과세액을 신고하면서 의제매입세액으로 134,566,236원을 공제하였으나 처분청이

부가가치세법 시행규칙 제19조

제1항 단서조항에 의거 의제매입세액공제를 배제하여 88.10.4. 88년 제1기분 부가가치세 148,022,850원을 경정고지하자 청구법인은 이에 불복하여 88.11.2. 자 심사청구를 거쳐 89.1.17. 자로 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인의 주장

위 처분의 근거가된

부가가치세법 시행규칙 제19조

제1항 단서의 “다만 별표3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”라는 규정은

부가가치세법 제17조

제3항에서 제조업을 영위하는 사업자가 공제할 수 있는 의제매입세액의 계산방법만 대통령령으로 위임하고 있고,

동법 시행령 제62조

제1항에서는 이러한 위임규정에 의하여 의제매입세액으로 공제할 수 있는 당해 농산물등의 가액에 곱할 율만을 업종별, 종류별로 정하도록 재무부령에 위임하고 있음에도 그 위임의 범위밖인 의제매입세액을 공제할 수 없는 재화의 제조업에 관한 사항을 규정한 것으로 이는 상위법의 위임범위에 저촉될뿐만 아니라 위임근거도 없이 제정된 무효의 규정이라 할 것이다(대법원 86누734호, 87.2.19).

부가가치세가 과세되는 재화의 제조용원재료로 사용하기 위하여 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물등에 대하여는 비록 당해 농산물등을 원재료로 하여 부가가치세법 시행규칙 별표 3에 규정하고 있는 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화를 제조하여 공급하였다 하더라도 위 대법원판례에서 보는 바와 같이

부가가치세법 시행규칙 제19조

제1항 단서의 규정은 위법무효이므로

동법 제17조

제3항 및

동법 시행령 제62조

제1항의 규정에 의하여 그 전체가액에 대하여 105분의 5에 상당하는 금액을 의제매입세액으로 공제함이 타당하다고 주장하고 있다.

3. 국세청장 의견

이 건과 관련된 법조문을 보면,

부가가치세법 제17조

제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다”라고 규정되어 있으며

동법 시행령 제62조

제1항은 “법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다”라고 규정되어 있고,

동법시행규칙 제19조

제1항은 “령 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다.

다만, 별표 3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”라고 규정되어 있다.

또한 “별표 3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화”를 보면, 제1호에서 주세법의 규정에 의한 주류를 규정하고 있는 바,

청구법인은 주정을 제조하면서 쌀보리등을 사용하였고, 동 제품은 주류로서 전시한 “별표 3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화”에 해당되므로 이에 대한 의제매입세액공제를 할 수 없다는 의견이다.

4. 쟁점

따라서 이 건 심판청구의 다툼은

부가가치세법 시행규칙 제19조

제1항 단서의 규정이 무효인지 여부를 가리는 데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

먼저, 이 건 과세당시의 관련규정을 보면,

부가가치세법 제17조

제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액에서 공제할 수 있다”라고 소위 의제매입세액공제를 규정하였고, 이 제3항의 규정에 따라

동법 시행령 제62조

제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물등의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 의제매입세액으로 공제하도록 규정하였으며, 재무부령인

동법시행규칙 제19조

제1항에서는 “령 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다”고 한다음, 단서에서 “다만, 별표 3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다.

살피건대,

부가가치세법 시행규칙 제19조

제1항 단서의 문언으로 볼 때 그 단서의 취지는 별표3에 기재된 제조업에 대하여는 같은항 본문의 율을 적용하지 아니한다는 것임이 분명한데 동 단서는 그에 대하여 적용할 율을 별도로 규정하고 있지 아니한 바,

이는 그 소정의 제조업에 대하여는 의제매입세액공제를 아니할 뜻으로 그 공제율을 규정하지 아니한 것으로 이해된다.

그러나, 위 단서규정이 그 소정의 제조업에 대하여 공제율을 정하지 않고 있는 결과 공제할 금액을 계산할 수 없게 하고, 나아가 의제매입세액공제 자체를 불가능하게 하고 있음은 분명히 모법에 위반되는 것이라 아니할 수 없다.

왜냐하면

부가가치세법 제17조

제3항이(...대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다)고 하고, 동 시행령 제62조 제1항이(...매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은...농산물...의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다)고 하고 있는 바,

부가가치세법 제17조

제3항은 그 소정의 재화에 대하여는 의제된 매입세액을 공제하여야 할 의제매입세액이 존재할 것을 전제로 하여 재무부령으로 반드시 공제율을 정하도록 하면서 다만, 그 공제율은 시행규칙(재무부령)에 위임하여 정하도록 하였다고 볼 것인데도 불구하고, 동 시행규칙 제19조 제1항 단서는 그 소정의 제조업에 대하여는 같은항 본문이 정한 원칙적 율을 적용하지 아니한다고 하면서도 그에 적용할 별도의 율을 규정하지도 아니함으로써 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액계산을 불가능하게 하고, 나아가 의제매입세액공제를 할 수 없도록 하였으나, 위 단서규정은 모법인 위 부가가치세법 및 동 시행령에 위반되는 무효의 것이라 아니할 수 없기 때문이다.

또한 처분청에서 위 단서의 규정은 공제율을 영(0)으로 정한 것이라고 하나 동 단서규정의 표현문구로 볼 때 공제율을 영(0)으로 정한 것으로는 인정되지 아니하며 가사 그렇다고 하더라도 결국은 의제매입세액공제를 불가능하게 되는 것이 되어 결론이 달라질 수 없다 할 것이다(대법원 전원 합의부 판결 86누734, 87.12.22. 외 다수 대법원판례 동지).

따라서 처분청이 전시 의제매입세액 134,566,236원을 공제부인함으로써 이 건 부가가치세를 경정고지한 것은 위법부당한 것으로 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.