이유
1. 원처분 개요 청구법인은 1990.1.1～12.31 사업년도(이하 “1990사업년도”라 한다)분 법인세신고를 함에 있어 법인세법 시행령 제11조 제1항에 의한 감면세액을 산정할 때, 4,437,190,681원의 적자가 발생한 88.12.26 신설된 조세감면규제법 제69조 제6항의 면세사업(이하 “역외금융사업”이라 한다)의 소득을 0으로 하고 964,815,639원의 흑자가 발생한 같은법 같은 조 제4항(88.12.26 삭제 이전의 것)의 사업(이하 “외화대부사업”이라 한다)의 소득은 당해 금액대로 하여 양자를 합산한 금액을 면제소득으로 하고 당해 면제소득을 과세표준으로 나눈 값을 산출세액에 곱하여 감면세액을 359,947,318원(법인세 287,957,855원, 방위세 71,989,463원)으로 산정하고, 이를 산출세액에서 차감하여 법인세 과세표준과 세액신고를 하였다. OO지방국세청장은 청구법인에 대한 조사를 실시하여 간주임대료 등 신고누락금액 10,203,416원을 익금산입하고, 청구법인의 면제사업중 외화대부사업에서는 소득이 발생하였으나, 역외금융사업에서는 결손금이 발생하였고 이를 통산하여 감면세액을 계산하여야 하며, 이 경우 감면세액이 발생하지 아니하므로 신고한 세액감면을 배제하여야 하는 것으로 조사하고, 조사결과를 처분청에 통보하였다. 처분청은 OO지방국세청장의 조사결과통보에 근거하여 95.7.16 청구법인에게 1990사업년도분 법인세 449,528,730원 및 동 방위세 87,305,660원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.9.12 심사청구를 거쳐 95.12.12 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구법인은 1990사업년도중 구 조세감면규제법 제69조 제4항 및 제6항에 의한 면제대상사업인 외화대부사업과 역외금융사업을 더불어 영위하였으며, 당해 사업년도중 외화대부사업에서는 964,815,639원의 소득을 실현하였으나, 역외금융사업으로부터는 4,437,190,681원의 결손금이 발생한데 대하여 법인세신고시 감면세액을 계산함에 있어 결손금은 고려하지 아니하고 소득이 발생한 외화대부사업소득만을 고려하여 감면세액을 산정하여 신고하였는 바, 이에 대하여 처분청은 법인세법 시행령 제11조 에 의하여 면제세액을 계산함에 있어서 과세표준 산정시 결손금에 해당하는 금액이 공제되었으므로 면제소득을 계산함에 있어서도 당해 금액이 공제되어야 한다는 논리에 따라 청구법인이 신고한 세액감면을 배제하고 이 건 부과처분을 하였으나, 면제사업에서 결손금이 발생한 경우 손실은 있으되 소득은 없는 것이므로 면제소득도 없게 되고 따라서 당해 결손금은 면제소득계산시 차감될 수 없는 것인 반면, 과세표준은 법인세법 규정상 당연히 적자가 발생한 면제사업의 결손금이 차감되는 것이며, 처분청과 같이 감면세액을 계산하는 경우 외화대부사업에 대하여 조세감면혜택을 부여하고자 하는 조세감면규제법의 취지가 무시되는 결과가 발생하고, 조세감면규제법상 역외금융사업을 면제사업으로 규정하고 있다 하더라도 청구법인 스스로 회계처리상 과세사업으로 취급하였다면 당해 사업은 과세대상사업으로 처리되어 결손금이 면제소득계산상 차감되지 아니하였을 것임을 감안하면, 처분청의 위 산정근거는 타당하지 아니하므로 이 건 부과처분중 청구법인이 신고한 감면세액을 배제한 위법부당부분에 상당하는 처분은 취소되어야 한다. 나. 국세청장 의견 법인세법 시행령 제11조 의 규정에 의하여 감면세액을 계산(법인세 산출세액 × 면세소득 / 과세표준금액)하기 위한 면제소득은 내국인에 대한 외화대부사업에서 발생한 소득금액에서 비거주자에 대한 역외금융사업에서 발생한 결손금액을 차감한 금액으로 하는 것이고, 청구법인이 1990사업년도에 조세감면규제법 제69조 제4항의 내국인에 대한 외화대부사업에서는 964,815,639원의 소득금액(이익)이 발생하고 같은 법 같은 조 제6항의 비거주자에 대한 역외금융사업에서는 4,437,190,680원의 결손금액(손해)이 발생한 사실에는 다툼이 없는 이 건의 경우 내국인에 대한 외화대부사업에서 발생한 소득에서 비거주자에 대한 역외금융사업의 결손금을 차감한금액이 -3,472,375,042원이므로 처분청이 감면을 배제하여 이 건 법인세 및 방위세를 부과한 처분은 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 이 건 심판청구는 두개의 면제사업중 하나의 면제사업에서는 소득이 발생하였으나, 다른 면제사업에서는 결손이 발생한 경우 면제세액 계산방법에 다툼이 있다. 나. 조세감면규제법 제69조 제4항(88.12.26 개정으로 삭제되기 이전의 것)에서 「외국은행 국내지점이 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국인에게 외화를 대부하고 지급받는 이자 및 수수료에 대하여는 소득세 또는 법인세를 면제한다.」고 규정하고, 제6항(88.12.26 신설되고 90.12.31 개정되기 이전의 것)에서 「외국환은행이 외국환관리법이 정하는 바에 의하여 비거주자로부터 외화자금을 예수 또는 차입하여 비거주자에게 자금을 대여하는 경우 비거주자에게 지급하는 이자 및 비거주자로부터 지급받는 이자에 대하여는 소득세 또는 법인세와 그 방위세를 면제한다.」고 규정하고 있으며, 같은 법 제70조 제2항(98.12.26 개정으로 삭제되기 이전의 것)에서 「제1항 및 제68조 또는 제69조에 의하여 조세가 면제되는 경우에는 그 감면된 조세를 과세표준으로 하는 방위세도 면제한다.」고 규정하고 있으며, 같은 법 부칙(88.12.26 법률 제4021호) 제24조 제2항에서 「이 법 시행당시 종전의 제69조의 규정에 의하여 차입하거나 예수한 외화채무이자 및 수수료, 외화대부이자 및 수수료 등에 대한 조세감면에 관하여는 종전의 제69조 및 제70조 제2항의 규정에 의한다.」고 규정하고 있다. 한편, 법인세법 시행령 제11조 제1항(90.12.31 개정이전의 것)에서는 「내국법인의 각 사업년도에 있어서 법 및 다른 법률에 의하여 법인세를 면제하는 경우에는 다른법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 법 제22조의 규정에 의하여 산출한 당해 사업년도의 법인세액에 법인세가 면제되는 소득(이하 이 조에서 “면제소득”이라 한다)이 제8조의 규정에 의한 당해 사업년도의 과세표준금액에서 차지하는 비율(100분의100을 초과하는 경우에는 100분의100)을 곱하여 산출한 금액을 면제한다.」고 규정하고 있다. 다. 이 건 과세경위를 보면, (1) 청구법인이 1990사업년도중 외화대부사업에서 964,815,639원의 소득이 발생하고 역외금융사업에서 4,437,190,681원의 결손이 난데 대하여 외화대부사업의 소득을 면제소득으로 하고 이를 과세표준 5,191,242,417원으로 나누어 산정된 비율을 산출세액 1,549,372,725원에 곱해서 감면세액을 287,957,855원으로 산정하여 신고한데 대하여 (2) 처분청은 외화대부사업의 소득에서 역외금융사업의 결손금액(절대치, 이하 같다)을 차감하면 부수(負數)가 되므로 이를 과세표준으로 나누고 산출세액을 곱하더라도 감면세액이 발생하지 아니한다 하여 청구법인이 신고한 세액이 감면을 부인한 사실이 관련증빙에 의하여 확인된다. 라. 살피건대, 청구법인이 두개의 면제사업을 영위하였고, 그 사업의 소득금액과 처분청이 결정한 과세표준금액에 대하여는 다툼이 없고 단지 감면세액을 산정함에 있어 그 감면세액의 산정요소중 면제소득을 산정할 때 각 사업의 소득을 합산(흑자부문 소득에서 적자부문 소득의 절대치 차감)할 것인지 적자면제사업의 소득을 0(零)으로 하여 흑자면제사업의 소득을 과세표준으로 나누어 산정할 것인지에 다툼이 있다 할 것인 바, 청구법인은 조세감면규제법상 외화대부사업과 역외금융사업 각각에 대하여 법인세 등의 면제혜택이 주어지고, 각 사업에서 발생한 소득에 대하여 면제되어야 한다는 이유로 이 건 부과처분이 부당하다고 주장하나, 전시한 법인세법 시행령 제11조 제1항에서 과세표준은 “같은 법 제8조에 의한 과세표준”이므로 면제사업 이외의 사업의 소득과 면제사업중 소득이 발생한 면제사업의 소득금액의 합계액에서 결손금액을 차감하게 되어 청구법인의 역외금융사업의 결손금액은 과세표준 계산에 있어 과세표준금액을 감소시키고 있음에도 불구하고 면제소득 계산시 이를 0(零)으로 계산하는 경우 감면세액이 과다하게 되어 면제사업 이외의 사업에서 발생한 소득에 대한 세액을 오히려 감소시키게 될 뿐 아니라, 산출세액은 과세표준에 세율을 곱하여 산정하므로 청구법인의 역외금융사업 결손금은 이미 과세표준을 줄이고 이에 따라 산출세액을 감소시킨 점을 감안하면, 면제소득금액은 흑자면제사업의 소득금액에서 적자면제사업의 결손금액을 차감하여 산정하여야 한다고 판단된다(재무부 국조 22601-183, 91.2.11 같은 뜻). 그렇다면, 처분청이 외화대부사업의 소득에서 역외금융사업의 결손금액을 차감하여 과세표준으로 나눈 후 이를 산출세액에 곱해서 감면세액을 산출하여 면제세액이 없는 것으로 산정하고 과세한 이 건 부과처분은 잘못이 없다 할 것이다. 마. 따라서, 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.