이유
1. 처분개요 청구인은 경상남도 창원시 OO동 OOOO OOO상가(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 임대하는 부동산임대사업자인데, 94.10 과세특례포기신고를 하여 94.11.1부터 일반과세자로 전환된 후 94.12.10 쟁점건물을 양도·폐업하였다. 청구인은 94.12.21 폐업신고와 부가가치세확정신고(94.7.1-10.31 기간에 대한 과세특례자 부가가치세 확정신고 및 94.11.1-12.10 기간에 대한 일반과세자 부가가치세확정신고)와 함께 일반과세자전환시 재고품 및 감가상각자산을 신고하고, 쟁점건물에 대한 재고매입세액 14,542,737원(이하 “쟁점 재고매입세액”이라 한다)을 매입세액으로서 공제하였다. 처분청은 위 재고품 및 감가상각자산에 대한 신고가 법정신고기한(94.11.25)을 경과한 후에 한 것이라 하여 쟁점 재고매입세액을 불공제하여 95.3.2 청구인에게 94년 2기분 부가가치세 15,997,010원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.3.20 심사청구를 거쳐 95.6.12 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 부가가치세법 제3조 (과세기간) 제4항에서 과세특례를 포기한 경우의 과세기간을 구분한 것은 동일 과세기간중에 과세유형과 등록번호, 세율 등이 달라지기 때문에 단순히 계산 및 관리의 편의상 구분한 것에 불과한 것이다. 따라서 청구인과 같이 94.10 과세특례를 포기하여 94.11.1부터 일반과세자로 전환된 경우 부가가치세 확정신고의 기한은 과세과특례자의 기간과 일반과세자의 기간에 대한 확정신고 모두 95.1.25까지로 보아야 하므로, 청구인이 94.12.21 부가가치세 확정신고와 함께 일반과세전환시 재고품 및 감가상각자산신고를 한 것은 적법한 것으로서 쟁점 재고매입세액은 공제되어야 한다. 나. 국세청장 의견 재고매입세액 공제규정은 과세특례자에서 일반과세자로 과세유형전환시 기존 일반과세자와 세부담의 형평성을 유지하기 위한 특례규정으로서 부가가치세법시행령 제63조 3(일반과세자 전환시의 세액계산특례) 제1항에서 정한 신고기한내에 신고하여야 하고 정부가 이를 승인하는 경우에 한하여 공제되는 것이다. 청구인은 94.10 과세특례포기신고를 하여 94.11.1 과세특례자에서 일반과세자로 과세유형이 전환되었으므로, 재고매입세액공제를 받기 위하여는 94.11.25까지 과세유형이 변경되는 날(94.11.1)의 직전과세기간(94.7.1 - 94.10.31)에 대한 확정신고와 함께 일반과세전환시의 재고품 및 감가상각자산신고를 하였어야 하는데, 청구인은 94.12.21 동 신고를 하였는 바, 이는 적법한 신고로 볼 수 없으므로 쟁점 재고매입세액을 공제하지 아니한 당초 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 이건 심판청구의 다툼은 쟁점 재고매입세액을 불공제한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 부가가치세법 제3조 (과세기간) 제4항은 사업자가 과세특례를 포기함으로써 일반과세자로 전환되는 경우에는 과세특례포기의 신고일이 속하는 과세기간의 개시일부터 그 신고일이 속하는 달의 말일까지의 기간과 그 신고일의 다음달 1일부터 그 과세기간의 종료일까지의 기간을 각각 1과세기간으로 한다고 규정하고 있고, 그 제3항은 사업자가 폐업하는 경우의 과세기간은 폐업일이 속하는 과세기간의 개시일부터 폐업일까지로 한다고 규정하고 있다. 청구인은 92.1.8 쟁점건물의 임대사업자로서 일반과세자로 사업자등록을 하였다가 93.1.1부터 과세특례자로 전환되었는데 94년10월 과세특례포기신고를 하여 94.11.1부터 다시 일반과세자로 전환된 후 94.12.10 폐업하였다. 따라서 청구인의 경우 94.7.1부터 94.10.31까지가 하나의 과세기간이 되고 94.11.1부터 94.12.10까지가 또다른 하나의 과세기간이 되는 것이고, 부가가치세법 제19조 (확정신고와 납부) 제1항에서 사업자는 각과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료 후 25일내에 신고하여야 한다고 규정하고 있으므로, 청구인의 94.7.1부터 94.10.31까지의 과세기간에 대한 확정신고기한은 94.11.25까지라 할 것이다. 그리고 부가가치세법 제17조의3 (재고매입세액공제) 및 같은 법 시행령 제63조의3(일반과세자 전환시의 세액계산특례)은 과세특례자가 일반과세자로 변경되는 경우에 그 변경되는 날 현재의 재고품 및 감각상각자산을 변경되는 날의 직전과세기간에 대한 확정신고와 함께 일반과세전환시 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장소관세무서장에게 신고한 자에 대하여 재고매입세액을 공제한다고 규정하고 있다. 청구인은 94.11.1 일반과세자로 전환되었으므로 94.11.25까지 94.11.1 현재의 재고품 및 감가상각자산을 94.7.1부터 94.10.31까지의 과세기간에 대한 확정신고와 함께 일반과세전환시 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 처분청에 신고하였어야 함에도 청구인은 그 신고기한이 지나간 뒤인 94.12.21 이를 신고하였는 바, 처분청이 청구인의 일반과세전환시의 재고품 및 감가상각자산신고를 부적법한 것으로 보아 동 재고매입세액을 공제하지 아니한 데에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.