이유
1. 처분 개요 가. 청구외 OOO 주식회사(이하 “청구외 피합병 법인” 이라 한다)는 1986.3.20. 구역화물 운송사업, 화물 알선업 등을 목적사업으로 하고 , 본점소재지를 서울특별시 OOO OOO OOOOOO번지로 하여 설립된 후, 1999.3.27. 주주총회결의로 해산되었다가 2000.5.26. 회사계속 등기 를 필한 청구외 OOOO 주식회사 (이하 “청구외 종전 법인 ”이라 한다)를 2004.11.19. 인수하여 상호와 목적 사업을 부동산분양 및 분양공급업 등으로 변경 등기 한 후 , 2004.12.23. 서울특별시 OOO OOOOO OOOOOOO번지외 1필지 토지 920㎡와 동 지상건축물 483.6㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하고 , 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등 219,780,000원을 처분청에 신고납부 하였다 . 나. 처분청은 사실상 청구외 피합병 법인 의 설립일을 청구외 종전법인을인수한 날인 2004.11.19.로 보고, 이로부터 5년 이내에 취득·등기한 이 건 부동산을 대도시내에서 법인설립일로부터 5년 이내에 취득· 등기한 부동산으로 보아 이 건 부동산의 취득가액 6,105,000,000원을 과세 표준 으로 하고 지방세법 제138조제1항제3호의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 신고납부한 등록세 등을 차감한 등록세 544,944,510원, 지방 교육세 101 ,662 ,900원 합계 646,607,410원(가산세 포함) 을 청구외 피 합병 법인을 2006.7.4. 흡수합병한 청구인에게 2007.9.10. 부과고지 하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.12.7. 이의신청을 하여 2008.1.17. 이의신청 결정기관인 서울특별시장으로부터 기각결정을 받고 , 2008.4.11. 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 휴면법인이나 이로 인하여 해산등기를 한 후 청산이 종료되지 아니한 상태에서 회사 계속등기를 하고 영업을 재개한 경우에도 법인격이 소 멸되지 아니하였기 때문에 지방세법 제138조제1항제3호에서 규정하고 있는 법인의 설립은 상법에서 규정한 설립등기일로 보아야 하므로 청구외 피합병법인의 설립일은 청구외 종전법인의 설립등기일인 1986.3.20. 임에도 처분청이 회사계속 등기일을 설립일로 보아 이 건 등록세 등을 중과세하는 것은 조세법률주의와 법적안정성 등에 반하며, 구 행정자치부장관의 변경된 해석과 같이 휴면법인의 인수일 또는 계속 등기일에 새로운 법인설립으로 본다하더라도 과세관청에서 20여년에 걸쳐 이러한 경우에 당초의 법인설립일을 설립일로 보아 등록세가 중과세 되지 아니한다는 해석을 함으로써 비과세관행이 성립되었음에도 새로운 해석에 의하여 소급하여 등록세를 중과세 하는 것은 부당 하 다. 나. 처분청 의견 청구외 피합병법인의 경우 청구외 종전법인을 2004.11.19. 인수하여 상호, 본점 소재지, 대표이사, 임원 및 목적사업 등을 모두 변경한 사실을 볼 때, 2004.11.19. 실질적으로 새로운 법인이 설립되었다고 보는 것이 합리적이며, 청구외 종전법인이 휴면이나 해산 상태에 있지 아니하였다하여 이를 달리 볼 수는 없다 할 것이므로 이 건 등록세 중과세 처분은 적법 하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 대도시내에서 설립된 지 5년 이상 된 법인을 인수한 후 상호 및 목적사업 등을 변경 등기하고 부동산을 취득·등기한 경우, 변경등기일을 법인설립일로 보아 이로부터 5년 이내 취득·등기한 부동산에 대하여 등록세를 중과세(일반세율의 3배)하는 것이 적법한지 여부 나. 관련 법령 (1) 지방세법 제124조 (납세의무자) 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다. (2) 지방세법 제 138조(대도시 지역내 법인등기등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기 3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 (3) 지방세법 시행령 제102조(대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립 ·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, "그 설립· 설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치 ·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등" 이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다. (4) 상법 제172조 (회사의 성립) 회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다. (5) 상법 제517조(해산사유) 주식회사는 다음의 사유로 해산한다. 2. 주주총회의 의결 (6) 제519조 (회사의 계속) 회사가 존립기간의 만료 기타 정관에 정한 사유의 발생 또는 주주총회의 결의에 의하여 해산한 경우에는 제434조의 규정에 의한 결의로 회사를 계속할 수 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구외 종전법인이 1986.3.20. 본점소재지를 서울특별시 OOO OOO OOOOOO번지로, 목적사업을 구역화물 운송사업 등으로 설립 등기를 한 후, 1999.3.13. 주주총회결의로 해산등기를 하였고, 2000.5.26. 회사계속등기를 필하면서 일부 임원을 변경하고, 목적사업 일부를 추가하였으며, 2004.11.19. 상호를 청구외 피합병법인으로, 본점소재지를 서울특별시 OOO OOO OOO OO OOOOOOO 번지로, 목적사업과 임원진 전부를 변경하는 상호·본점소재지·목적사업 등의 변경등기를 하였으며, 2004.12.23. 이 건 부동산을 취득하여 등기를 필하고, 같은 날 개업년월일을 2004.11.24로 하여 사업자 등록을 하 였으며 , 2006.7.4. 청구인에게 흡수합병되어 소멸되었고, 청구인은 1974.5.10. 본점소재지를 서울특별시 OOO OOOOO OOOOO번지로, 목적사업을 일용품 판매업 및 전자전기제품 판매업 등로 설립되었으며, 2006.7.4. 청구외 피합병 법인을 흡수합병하면서 목적사업을 부동산투자 및 컨설팅업 등으로 변경하였으며, 처분청이 2007.9.10. 청구인에게 이 건 부동산에 대하여 등록세를 중과세한 사실을 알 수 있 다. (2) 지방세법 제138조 제1항제3호 및 같은 법시행령 제102조에서 “대도시 내 에서의 법인의 설립”이란 설립등기에 의한 설립만을 지칭한다기 보다는 법인의 실질적인 설립행위를 포함하 는 것으로 해석할 수 있고, 같은 항 제2호에서도 대도시 내로의 법인 본점 등의 전입은 법인의 설립으로 보아 같은 세율을 적용한다고 규정하는바, 전입과 설립이 동격으로 나란히 규정되어 있는 형태에 비추어 보더라도, 설립은 “설립등기에 의한 설립”이라기보다 법인의 실질적인 설립행위 자체를 가리키는 것으로 보는 것이 더 자연 스럽다 판단된다 . (3) 지방세법 제138조 에 따른 등록세 중과대상이 되는 경우에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에 중과세율을 적용한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제한 금액을 신고 납부하도록 하면서 같은 법 시행령 제104조 의2제2항제1호에서 법인을 신설하는 경우에는 당해 사무소 또는 사업 장이 사실상 설치된 날을 그 기산점으로 정하고 있는 바, 위 규정은 부동산 취득·등기 이후에 법인이 설립되는 경우에는 사무소 또는 사 업장의 사실상 설치와 같은 실질적인 설립행위를 기준으로 설립 여부를 판단하여 등록세 중과여부를 결정하도록 정한 것이라고 할 수 밖에 없다고 할 것이고, 세법의 규율대상인 경제현상이 다양하고 끊임없이 변화함에 비추어 입법기술상 어느 정도 다의적인 개념의 사용과 그에 대한 해석행위는 과세에 불가피 한 것이며, 법 제138조의 입법취지를 고려하면 위 설립에는 설립등기 없이 실질적인 설립행위만이 있는 경우도 포함된다고 해석함이 상당하고, 위와 같은 해석이 조세법률주의에 위반되는 확장해석 내지 유추해석이라고는 보이지 아니하는 것(서울고등법원 2007.12.4.선고 2007누 12691 참조) 으로 판단된다 . (4) 청구외 피합병법인의 경우 청구외 종전법인을 2004.11.19. 상호, 본점소재지 , 대표 이사, 임원과 목적사업을 모두 변경하 고, 2004.11.24.을 개업연월일로하여 사업자등록을 한 사실을 볼 때, 비록, 청구외 피합병법인이 회사 설립등기를 하지 않고 기존 회사를 인수함으로써 당초 청구외 종전법인의 법인격이 유지되었다 하더라도 청구외 종전 법인의 상호, 본점소재지, 목적사업, 임원 등을 모두 변경함으로써 청구외 종전법인과 청구외 피합병법인은 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경되었다고 볼 수 있고, 따라서 이는 회사인수 후 변경등기의 형태를 취하였다 하더 라도 새로운 회사가 설립된 것과 실질적으로 아무런 차이를 찾을 수 없으므로 청구외 종전법인의 변경등기를 한 날인 2004.11.19.에 청구외 피합병법인의 실질적인 설립행위가 있었다고 할 것인 바, 이날 부터 5년 이내인 2004.12.2 3. 청구외 피합병법인이 이 건 부동산을 취득하여 소유권이전 등기를 필한 것은 지방세법 제138조 제1항제3호 및 같은 법시행령 제 102조제2항에서 규정 하고 있는 법인 설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산을 등기한 것에 해당한다고 판단된다. (5) 또한, 구 행정자치부 유권해석은 전국적으로 통일적인 세정운영을 위하여 특별히 지침적인 성격으로 발할 경우와 단지 납세자의 질의에 따라 회신하는 경우가 있는데, 후자의 경우는 개별적인 질의에 대한 의견이므로 그 의견은 추후 공신력 있는 심판기관 등에 의하여 달리 내려질 수 있는 것일 뿐만 아니라 구 행정자치부장관과 처분청이 청구인에게 이에 대하여 과세하지 않겠다는 공적인 견해표명을 한 사실도 없으므로 이를 새로운 해석에 의한 소급과세금지규정에 위배된 것으로 볼 수도 없기 때문에 비과세 관행이 성립되었다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 따라서, 처분청이 청구인에게 이 건 등록세 등을 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단 된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2008년 9월 17일