이유
1. 처분 개요 가. 청구인들은 전소유자인 OOO외 1인이 2007.5.23. 연면적 287㎡의 지상1층 제1종 근린생활시설(소매점) 신축을 위한 건축허가를 받은 OOO 임야 3,306㎡(이하 “제1토지”라 한다)를 2007.11.5. 매매대금 950,000,000원에 취득한 후 건축허가 변경신청을 하여 OOO번지 과수원 9,950㎡ 중 4,500㎡(이하 “제2토지”라 한다)를 추가하여 제1토지와 제2토지(이하 “이 사건 토지”라 한다) 상에 지하1층·지상3층의 운동시설(골프연습장) 및 제1종 근린생활시설(휴게음식점)의 연면적 2,797.75㎡ 건축물(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)을 신축하여 2011.3.10. 건축물 사용 승인을 받고 이 사건 토지의 지목변경 후의 시가표준액과 지목변경 전의 시가표준액의 차액인 1,834,443,600원을 과세표준으로 지목변경 취득세 36,688,870원, 농특세 3,668,880원, 합계 40,357,750원을 2011.5.9. 자진신고 하였으나 이를 납부하지 않았다. 이에 처분청은 자진신고한 1,834,443,600원을 과세표준으로 취득세 37,074,100원(가산세 포함), 농특세 3,707,400원(가산세 포함), 합계 40,781,500원을 2011.6.13. 청구인들에게 부과 고지하였다. 나. 청구 인들은 이에 불복하여 2011.7.26. 심판청구를 제기한 후 2011.9.9. 처분청에 지목변경에 따른 과세표준은 개발부담금 산정기초가 된 개발비용으로 산정하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였고, 이에 처분청은 2011.9.19. 이 경정청구를 거부하는 처분을 하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 이 사건 토지의 지목변경에 대한 취득세 과세표준을 지목변경 후의 시가표준액과 지목변경 공사 착공일 현재 공시된 시가표준액의 차액 1,834,443,600원으로 하는 것은 불합리하므로 이 사건 토지 중 제1토지에 대한 지목변경에 대한 취득세 과세표준은 지목변경 후의 시가표준액에서 실제 토지취득가액(950,000천원)을 차감한 가액으로 산정하든지 아니면, 개발비용산정 전문기관인 OOO이 개발이익환수에관한법률 제24조 에 따라 산출하여 입증된 이 사건 토지의 개발비용 940,327,000원이 지방세법 시행령 제18조 제3항에 따른 법인장부에 의한 사실상의 가격으로 이 사건 토지의 지목변경에 대한 취득세과세표준이 되어야 한다. 나. 처분청 의견 지방세법 제6조 제1호와 제7조제4항에 의하여 토지의 매매와 지목변경을 별개의 취득으로 구분하고 있고, 같은 법 제10조제3항은 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 과세표준으로 하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제17조는 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액과 지목변경 전의 시가표준액의 차액으로 하도록 규정하고 있다. 청구인들은 제1토지의 지목변경에 대한 취득세 과세표준은 지목변경 후의 시가표준액에서 취득 당시의 실제 매입가액을 뺀 금액으로 해야 된다고 주장하나, 청구인이 당초에 제1토지를 취득 당시의 시가표준액 보다 높은 가액에 해당하는 매매대금으로 취득세 등을 신고납부하였다 하더라도 이는 제1토지의 지목변경에 따른 취득과는 별도의 소유권의 취득인 것으로 지방세법 제6조 제1호에서 매매에 의한 소유권 취득과 토지의 지목변경에 따른 취득은 별도의 취득으로 규정하고 있으므로, 지목이 변경된 이 사건 토지에 대하여 지방세법 시행령 제17조 를 적용하여 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액에서 지목변경 전의 시가표준액을 뺀 가액을 토지의 지목변경에 대한 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 부과처분은 적법하다. 또한, 청구인들은 재단법인 OOO이 개발이익환수에 관한 법률 제24조에 따라 산출한 개발비용 940,327,000원이 지방세법 시행령 제18조 제3항에 따른 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우라고 주장하며 이 사건 토지의 지목변경에 대한 취득세 과세표준으로 해야 된다고 주장하나, OOO이 이 사건 토지의 지목변경 공사에 대한 거래상대방 또는 제3자에 해당되지도 아니하여 개발이익환수에 관한 법률 제24조에 따라 산출한 개발비용산출명세서는 지방세법 시행령 제18조 제3항에 따른 법인장부에 해당되지 않는 것이고 따라서 위 비용을 지목변경에 따른 사실상 취득가액으로 인정하기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 지목변경 간주취득세 과세표준액 산정에 있어 지목변경전 시가표준액을 실제 토지매입가격으로 할 수 있는지와 개발부담금 산정기초가 된 개발비용을 법인장부에 의해 증명되는 사실상 취득가액으로 볼 수 있는 지 여부 나. 관련 법령 (1) 지방세법 제4조(부동산 등의 시가표준액) ① 이 법에서 적용하는 토지 및 주택 에 대한 시가표준액은 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따라 공시된 가액 (價額)으로 한다. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 “시장·군수”라 한다)이 같은 법에 따라 국토해양부 장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산 정한 가액으로 하고, 공동 주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 시장·군수가 산정한 가액으로 한다. 제6조(정의) ① 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다 . 1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물 출자, 건축, 개수(改修) 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득 으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득 을 말한다. 제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설 이용회원권(이하 이 장에서 “부동산 등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다. ④ 선박,차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다. 제10조(과세표준) ③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박,차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우 에는 그로 인하여 증가한 가액 을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령이 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다 . ⑤ 다음 각 호의 취득 (증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」제101조 제1항 또는 「법인세법」제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다. 3 . 판결문· 법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득 (2) 지방세법 시행령 제2조(토지 및 주택의 시가표준액) 지방세법 제4조 제1항 본문에 따른 토지 및 주택의 시가표준액은 지방세기본법 제34조 에 따른 세목별 납세의무의 성립시기 당시의 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따라 공시된 개별공시지가 , 개별주택가격 또는 공동주택가격으로 한다. 제17조(토지의 지목변경에 대한 과세표준) 법 제10조 제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다. 다만, 제18조 제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용 으로 한다. 1. 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액 (해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따라 국토해양부 장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장·군수가 산 정한 가액을 말한다) 2. 지목변경 전의 시가표준액 (지목변경 공사 착공일 현재 공시된 법 제4조제1항에 따른 시가표준액 을 말한다 .) 제18조【취득가격의 범위 등】 ① 법 제10조제5항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격 또는 연부금액 은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용 과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액 으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다. ③ 법 제10조제5항제3호에서 “대통령령으로 정하는 것 ”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다. 2. 법인장부: 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서 제20조(취득의 시기 등) ⑩ 토지의 지목변경에 따른 취득 은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경한 날 중 빠른 날 을 취득일로 본다. 다만, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다. 다. 사실관계 및 판단 청구인들은 지목변경 간주취득세 과세표준액 산정에 있어 지목변경전 시가표준액을 실제 토지매입가격으로 하거나, 개발부담금 산정기초가 된 개발비용을 토지 지목변경의 증가액으로 보아야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (1) 처분청의 과세기록과 청구인들이 제출한 심리자료에 따르면, 처분청은 청구인들이 이 건 지목변경에 따른 간주취득에 대해 취득세 과세표준 및 세액을 신고만 하고 납부하지 않아 그 취득세와 농어촌특별세를 고지하였고, 제1토지에 대한 지목변경에 따른 취득세 과세표준 산정내역을 보면, 지목변경후 가액은 처분청이 지목변경일인 건축물 사용승인일(2011.3.10.) 현재 인근 유사토지의 가액을 기준으로 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따라 국토해양부 장관이 제공한 토지가격비준표에 의해 산 정한 925,680,000원(280,00원×3,306㎡)이고, 지목변경전 가액은 공사착공일(2007.7.6.) 당시 공시된 개별공시지가 64,136,400원(19,000원×3,306㎡)으로서 그 차액 861,543,600원을 과세표준으로 산정한 것으로 확인된다. 또한, 전소유자 OOO 외 1인은 2007.5.23. 제1토지 상에 대지면적 3,306㎡, 건축면적 287㎡, 연면적 287㎡의 지상1층 제1종 근린생활시설(소매점)을 신축하기 위한 건축허가를 받고 2007.7.10. 건축물 착공신고를 하였으며, 청구인들은 2007.9.22. 제1토지를 매매대금 950,000,000원에 OOO 외 1인과 매매계약을 체결하여 2007.11.5. 취득한 후 2008.1.7. 이 사건 토지상에 대지면적 7,806㎡, 건축면적 1,291.66㎡, 연면적 2,314.19㎡ 의 지하1층·지상3층 운동시설(골프연습장) 및 제1종 근린생활시설(휴게음식점)로 건축허가 변경신청을 하면서 공작물축조신고, 산지전용변경허가, 개발행위변경허가 등을 일괄 신청하여 2008.3.3. 변경허가를 각 받아 2011.3.10. 건축물 사용 승인을 받았다. (2) 먼저, 청구인들은 지목변경전 시가표준액을 실제 토지매입가격으로 하여야 한다고 주장한다. 그렇지만, 지방세법 제6조 제1항제1호는 ‘취득’이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득으로 정의하고, 같은 법 제7조제4항은 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다고 규정하여 토지의 매매와 지목변경을 별개의 취득으로 구분하고 있다. 또한 같은 법 제10조제3항은 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 과세표준으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제17조는 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따라 국토해양부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장·군수가 산 정한 가액을 말한다)과 지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사 착공일 현재 공시된 법 제4조 제1항에 따른 시가표준액을 말한다 )의 차액으로 한다고 하고, 같은 법 시행령 제20조제10항은 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경한 날 중 빠른 날을 취득일로 본다고 규정하고 있다. 법리와 사실관계를 살펴보건대, 지방세법 제10조제3항은 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 과세표준으로 하도록 규정하고, 같은 법 시행령 제17조는 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액에서 지목변경 전의 시가표준액을 뺀 가액으로 하도록 규정하고 있는 바, 처분청이 이 사건 토지의 지목변경일인 건축물 사용승인일 현재의 시가표준액에서 지목변경전인 공사착공일 당시의 시가표준액을 차감한 가액을 과세표준으로 삼아 이 건 취득세를 부과고지한 것은 달리 흠결이 없으며, 같은 맥락에서 지목변경의 간주 취득에 있어 토지 취득가격을 지목변경전 가액으로 하여야 한다는 청구주장은 법리를 오해한 것이므로 이를 받아들이기 어렵다고 판단된다. (3) 다른 한편으로, 청구인들은 지목변경에 대한 토지 증가액을 재단법인 OOO이 개발이익환수에 관한 법률 제24조에 따라 산출한 개발비용 940,327,000원으로 하여야 한다고 주장한다. 그러나 지방세법 제10조 제5항제3호 및 같은 법 시행령 제17조 본문 단서에 의하여 법인장부(원장, 부조장, 출납전표, 결산서)로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에 그 비용은 지목변경의 과세표준으로 할 수 있으나, 청구인들이 법인과 지목변경도급공사 관련 증빙과 금융거래자료는 제시하지 못한 상황에서, 청구인이 주장하는 개발비용 940,327,000원은 개발이익환수에 관한 법률 제24조에 따라 OOO이 산출한 가액이고, 위 법인은 지방세법 시행령 제18조 제1항의 지목변경 공사를 한 거래 상대방 또는 제3자에 해당되지 아니하므로, OOO이 개발이익환수에 관한 법률 제24조에 따라 산출한 개발비용산출명세서는 지방세법 시행령 제18조 제3항의 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우로 볼 수 없고 그렇다면 이 가격을 지목변경에 따른 증가한 가액으로 하여야 한다는 청구주장도 세법의 법리를 오해한 것이므로 수긍하기 어렵다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.