이유
1. 사실 청구인은 서울시 강남구 OO동 OOOOOO에서 OO이라는 상호로 음식점(룸싸롱)을 운영하고 있는 바, 처분청은 서울지방국세청장의 통보에 따라 89년 과세기간중 수입누락액 54,706,355원(특별소비세 및 동 방위세와 부가가치세 포함금액: 68,000,000원)을 총수입금액에 산입하고 상품매입액중 31,011,600원을 가공매입으로 인정하여 필요경비 부인하여 91.1.5 청구인에게 89년분 종합소득세 52,391,330원 및 동 방위세 10,609,790원, 특별소비세 6,017,690원 및 동 방위세 1,969,420원, 89년 제1기분 부가가치세 3,863,660원과 89년 제2기분 부가가치세 3,230,790원을 과세하였다. 2. 청구인 주장 청구인은 89년귀속 종합소득세를 비치기장된 장부에 의하여 성실히 신고납부하여 왔는 바, 수입금액 누락에 있어서는 청구인은 장부기장을 발생주의로 회계처리하였고 과세자료는 현금주의로 발생됨으로써 일자 및 거래금액이 서로 불부합된 것임에도 이러한 사유의 규명없이 총수입금액에 산입한 것은 부당하며, 상품가공 매입에 있어서도 청구인은 상품을 실지구입하고 영수증을 비치하고 있음에도 뚜렷한 사유없이 이를 부인한 것은 부당하다고 주장한다. 3. 국세청장 의견 수입금액누락 68,000,000원은 발생주의와 현금주의의 차이로 인하여 수입계상일자가 상이한 것을 매 건별로 확인하여 실지로 수입누락한 금액에 대하여만 청구인이 89.1.4 확인서를 작성날인한 것이고, 가공상품매입액 31,011,600원도 거래내용을 서로 대사 확인한 후 청구인이 가공매입계상하였다고 89.1.9 확인서를 작성날인한 것인 바, 청구인의 주장은 신빙성이 없다는 의견이다. 4. 쟁점 청구인이 89년중에 가) 수입금액 54,706,355원(세포함금액: 68,000,000원)을 누락시켰는지 여부와 나) 상품매입액중 31,011,600원을 가공원가로 필요경비 계상하였는지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다. 5. 심리 및 판단 쟁점 가)에 대하여: 청구인은 이 건 수입금액누락액이 청구인의 “발생주의”에 의한 기장과 과세자료의 “현금주의”에 의한 차이에서 발생하여 상호 불부합되는 것을 처분청이 그 사유의 규명이 없이 수입금액누락으로 본 것으로서 부당하다고 주장하나, 이 건의 경우 실지의 수입금액누락이 아니고 단순히 수입금액 인식시기의 차이에서 발생한 것이라면 청구인이 비치하고 있는 장부와 상호대사하여 이미 수입에 계상된 사실을 입증할 수 있음에도 청구인은 이를 입증할 수 있는 자료를 전혀 제시하지 아니하고 있으며, 또한 이 건의 경우 당초 청구인이 90.11. 이 건 수입금액을 누락시킨 사실을 거래일자와 거래상대방을 밝혀 확인한 사실도 있다. 그렇다면, 이 건 수입금액누락액을 실지의 수입누락금액으로 못 볼 이유가 없으므로 수입누락으로 인정하여 이 건 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 쟁점 나)에 대하여: 처분청은 서울지방국세청장이 90.11. 경 청구인으로부터 징취한 가공매입에 관한 확인서에 근거하여 이 건 과세처분을 하였고, 청구인은 위 확인서의 기재내용이 사실과 다른 허위의 것이며, 실제거래를 하였다고 주장하므로 이를 살펴보면, 첫째, 청구인은 이 건 음식재료(과일류·어포류·건과류등 안주)를 구입하고 그 거래상대방으로부터 계산서(영수증)를 받아 이를 증빙으로 비치하고 있으면서 장부상 필요경비로 계상하고 있는 점, 둘째, 이 건 가공매입으로 본 과세근거인 확인서의 기재내용을 보면, 처분청은 89.1.25 청구인이 OO상회로부터 두부등 368,300원을 가공매입한 것으로 보았으나, 청구인이 비치한 증빙과 기장에 의하면 당해 거래는 OO상회와의 거래는 2,000원뿐이며, 나머지는 OO상회 OOO 181,000원, OOO 상회 OOO 108,000원, OO상회 OOO 50,300원 OO상회 OOO 15,000원, OO수산 76호 12,000원등으로서 그 거래상대방이 다른 바, 확인서에 기재된 거래의 대부분이 이와같이 청구법인이 비치·기장한 장부 및 증빙과 서로 다른 점, 셋째, 처분청이 과세근거로 삼은 확인서의 기재내용이 위에서 본 바와같이 실제의 증빙에 의한 기장내용과 상이하여 당국세심판소에서 91.7.25 서울지방국세청장에게 가공매입액으로 본 거래의 거래상대방과 거래내용등에 관한 구체적인 조사내용등 심리자료를 제출하도록 요구(국심 22662-3804)하였으며, 서울지방국세청장이 91.7.29 회신(소득 22632-1080)하였으나 이 건 당초의 확인내용이외에는 거래상대방등에 대한 구체적인 조사내용이 전혀 없는 점, 넷째, 처분청이 가공매입으로 부인한 이 건 거래상대방의 대부분이 이 건 거래가 실제거래임을 확인(인감증명 첨부)하고 있어 당 국세심판소에서 청구인의 거래처중 비교적 거래금액이 큰 OO상회 OOO(사업자등록번호 OOOOOOOOOOOO), OO상회 OOO(사업자등록번호 OOOOOOOOOOOO), OO상회 OOO(사업자등록번호 OOOOOOOOOOOO)등에 대하여 조사한 바 이들이 모두 그 거래사실을 인정하고 있는 점 등, 이상과 같은 여러 사실로 미루어 볼 때, 처분청이 가공매입액으로 보게된 과세근거인 청구인 작성의 확인서는 그 거래상대방이 실제와 다를 뿐만 아니라 실제거래상대방이 그 거래사실을 인정하는 등 사실에 근거하지 아니한것으로서 이를 과세근거로 인정할 수는 없다 할 것이다. 이와같이 사실과 다른 확인서만을 근거로 한 이 건 과세처분은 “납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다”는 국세기본법 제16조 규정의 근거과세원칙에 위배되는 위법한 것이며, 따라서, 사실조사를 소홀히 하여 과세한 이 건 가공매입액 31,011,600원은 청구인의 종합소득인 사업소득의 과세표준을 계산함에 있어서 필요경비에 산입하여야 할 것이다. 6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.