이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1976.8.18. 취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 297,478㎡에 그 지상 건축물 187,668.53㎡를 연차적으로 신축하므로 교육사업에 사용하는 부동산으로 보아 재산세 등을 비과세 하였으나, 2003년 5월 세무조사 결과 건축물 중 4,286.21㎡와 그 부속 토지 6,807.26㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)는 식당·매점·은행 등으로 임대사용 하였으므로 1998년～2003년까지 시가표준액에 지방세법 제188조 제1항제2호 및 제2조의 16제2항의 세율을 적용하여 산출한 5년간의 재산세 13,081,750원, 도시계획세 8,721,150원, 공동시설세 6,838,910원, 지방교육세 2,616,310원, 합계 31,258,120원과 1998～2002년까지의 4년간의 종합토지세 20,076,060원, 도시계획세 8,657,310원, 지방교육세 4,015,190원, 농어촌특별세 1,824,780원, 합계 34,573,340원을 2003.6.10. 과 2003.7.10. 각각 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부동산은 수익 창출을 목적으로 임대하는 것이 아니라 위탁관리 운영되는 것으로서 보증금이나 위탁관리비는 학교 재산의 관리를 위한 비용이므로 수익사업이 아니며, 또한 그 위탁관리실태는 식당, 매점, 복사실 등 후생복지 시설은 학생후생복지위원회(위원장 : 자연과학캠퍼스 부총장)의 통제 및 지도하에서 그 이용가격도 시중보다 저렴하게 받고 운영하고 있고, 은행 등 일부는 임대보증금외에 위탁관리비 없이 임대하고 있는 등 학생 및 교직원의 후생복지를 위하여 필수적으로 설치되어야 하는 시설로서 교육사업에 직접 사용되는 부동산이므로 재산세 등을 부과하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 학교 법인이 식당·매점 등 후생복지시설을 타인에게 위탁관리 운영하면서 계약보증금과 위탁관리비를 받는 경우 비과세한 재산세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제184조 본문 및 제1호, 제234조의 12 본문 및 제2호, 같은 법 시행령 제135조제1항, 제136조, 제194조의6 제1항 및 제2항, 제78조의2제1항, 제79조제1항제2호에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세와 종합토지세를 비과세 하지만 당해 부동산을 그 목적에 사용하지 아니하는 경우와 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우에는 비과세한 재산세 등을 추징하도록 규정하고 있고, 법인세법 제3조 제2항제1호 및 같은 법 시행령 제2조제1항에서 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비용품 수리업, 부동산 임대사업 등으로서 한국표준산업분류에 의한 각 사업수익이 발생하는 사업을 수익사업으로 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 2003년 5월 세무조사 결과, ㅇㅇ대학교 ㅇㅇ자연과학캠퍼스내에 위치한 이 사건 부동산에 대하여 청구인이 각종 편의시설 용도로 사용할 수 있도록 ㅇㅇ(주) 등 9개 업체와 위탁운영 및 임대차계약을 체결하고, 그 중 복지회관 1,962.21㎡에는 매점·서점 등 16개 업소, 제2공학관 407㎡에는 식당 등 2개 업소, 도서관 159㎡에는 매점 등 2개 업소, 학생회관 1,758㎡에는 식당 등 2개 업소에 각각 제공하여 계약보증금 합계 168,500,000원, 연간위탁관리비 합계 204,240,000원을 받아 사용수익 하므로 그 부분에 대하여 비과세 한 재산세 등을 추징한 사실을 제출된 관련 증빙자료로 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산은 학생과 교직원을 위한 필수 후생복지를 위하여 위탁관리 하도록 한 시설로서 그 위탁관리비는 건물유지관리에 필요한 비용이지 수익을 얻고자 하는 임대료가 아니므로 교육사업에 직접 사용하는 부동산이라고 주장하고 있으나, 유료로 사용하는 부동산이라 함은 당해 부동산사용에 대하여 금전, 노력 등 유무형의 대가를 지급하는 것으로 대가지급의 횟수 및 다과 여부를 불문한다고 볼 때, 청구인이 제출한 각 용도별 계약서에서 보면, 식사 단가가 시중보다 낮은 2,000원～3,000원으로 제한하고 기타물건 판매가격을 할인하는 내용이 있지만, 계약보증금이나 매월 전기요금, 폐기물 수수료 등 건물관리비용을 납부해야 한다는 것이외에도 별도로 장학금이나 임대료 등의 명목으로 월 단위 등으로 일정금액을 받을 뿐만 아니라 위 금액을 연체 시 연체료를 부과하도록 하고 있고, 일부 특정시설물관리의 경우는 수탁자 책임으로 관리하도록 하고 있으며, 월 단위 등의 일정 금액을 받지 않는 특정 계약인 경우는 수탁자 등이 학교측에게 인력을 제공하고 있도록 하는 내용들이 규정되어 있고, 실제로 계약내용의 일부가 위 사실관계와 같이 사용수익함이 확인되고 있으므로 이러한 위탁관리비용 등이 단순히 건물관리를 위한 실비적인 성격의 비용으로 볼 수 있는 정도는 지나쳤다고 할 수 있다. 또한 수입금을 학교후생복지위원회에서 관리감독하면서 학생복지를 위해 직접 사용한다고 하나 이는 학교가 직접 그 책임과 계산하에서 경영한 경우에 해당되는 것이지 타인에게 위탁 또는 임대 경영한 경우는 직접사용한다고 볼 수 없다고 할 것이다. 이러한 제반사정을 종합하여 볼 때, 비영리사업자인 학교법인이 이와 같이 재산을 관리하는 것을 그 사업에 직접 사용하는 것으로 볼 경우 일반사업자들이 이러한 수익사업을 하는 것과의 차별에 따른 과세형평상의 문제와 일반 경제활동의 저해요인으로 작용할 뿐 아니라, 조세회피의 수단으로 이용될 가능성이 있으므로 청구인과 같이 학교시설을 제3자에게 임대하여 관리운영 및 수익토록 하는 경우까지 학교용에 직접 사용한 것으로 볼 수 없으므로(행정자치부 심사결정 제2000-332, 2000.4.26.) 청구인의 주장을 받아들일 수 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2004.
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29. 행 정 자 치 부 장 관