이유
1. 처분개요 청구인은 85.12.26 인천광역시 남동구 OO동 OOOOOO, 「대지」79.3㎡, 「주택」45.26㎡를 취득하였으며, 94.9.12 위 「대지」158㎡를 2개로 분할하여 청구인은 같은 동 OOOOOO을 소유하고 청구외 OOO은 같은 동 OOOOOO의 소유권을 취득한 것으로 등기상 되어 있다. 그 후 청구인 소유토지를 같은 동 OOOOOO(이하 “쟁점토지”이라 한다.)으로, 청구외 OOO 소유토지는 같은 동 OOOOOO로 교환을 원인으로 한 소유권이전등기를 하였고 95.11.11 청구인 소유 같은 동 OOOOOO토지와 그 지상에 주택을 청구외 OOO 등 19인에게 양도하였다. 처분청은 OO동 OOOOOO 소재 쟁점토지 지상에 건축물관리대장상 주택이 등기되어 있지 않은채 소유권이 이전된 사실에 대하여 이를 나대지의 양도로 보아 97.1.16 청구인에게 94년 귀속분 양도소득세 9,629,210원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.2.1 심사청구를 거쳐 97.4.14 이 건 심판청구를 하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인주장 (1) 쟁점토지는 94.9.12 공유물 분할과정에서 토지의 지번이 인천시 남동구 OO동 OOOOOO으로 지정되었어야 하나 같은 동 OOOOOO로 잘못 지정되어 있었으므로 94.10.21 분할된 토지를 교환 등기한 것이며 이는 토지위치가 뒤바뀐 것에 대하여 정정등기를 한 것에 불과한 것이다. 교환할 의사가 있었다면 공유물 분할과정에서 토지의 위치만 지정하면 소유자가 바뀌었을 것이고 실지로 교환하였다면 의사전달 및 승락, 가치평가, 계약 등의 절차를 거치는데 상당한 기간이 소요된다 할 때 불과 1개월만에 교환등기가 이루어진 사실로도 정정등기한 것이 입증된다. 또한 쟁점토지를 분할한 이후 청구인이 같은 동 OOOOOO호에 주민등록상 거주하였을 뿐이고 실지로는 쟁점토지 지상의 무허가건축물에서 거주하였다. 이는 공유물 분할과정에서 쟁점토지가 도시저소득주민의 주거환경개선지구로 지정되어 있어 건축물의 재산적 가치가 없었고 토지의 지번이 바뀌어 있는 등으로 청구인의 무허가건물을 청구인의 토지 위에 건물을 건축물관리대장상 지번정정을 하지 못한 것으로써 쟁점토지는 당초 취득한 85.12.26이 취득시점이고 나대지가 아닌 건축물이 존치하였으므로 1세대1주택 양도이므로 양도소득세 부과는 부당하다. (2) 분할된 2개의 토지의 공시지가가 같은 동 OOOOOO은 94년 ㎡당 263,000원 대비 95년 지가상승율이 2.7%이나 쟁점토지는 67.3% 상승하여 쟁점토지의 95년 공시지가 산정에 오류가 있음이 명백하다. 그러므로 쟁점토지에 대하여 양도소득세를 부과하더라도 쟁점토지의 95년 공시지가에 대하여 오류를 시정한 이후 쟁점토지의 양도소득금액을 결정하여 과세하여야 한다. 나. 국세청장의견 쟁점토지는 당초 분필전 지번인 OO동 OOOOOO에 속하여 있었으며 94.9.12 동소 OOOOOO과 동소 OOOOOO로 분할하였는 바 공유물분할시에는 무허가주택이 소재한 동소 OOOOOO는 청구인 소유로 하고 주택이 소재하고 있지 아니한 동소 OOOOOO는 청구외 OOO 소유로 공유물을 분할한 것으로 나타나고 있다. 그 후 94.10.14 청구인과 청구외 OOO은 무허가주택이 소재한 청구인 소유 OO동 OOOOOO 대지 79㎡와 청구외 OOO 소유 동소 OOOOOO 대지 79㎡를 교환을 원인으로 소유권이전등기를 하여 소유권을 맞바꾼 다음 95.10.30 양도한 사실이 확인되고 있으므로 청구인이 쟁점토지와 교환하기 전에 소유하고 있던 OO동 OOOOOO 지상에 무허가주택에서 거주하였는지 여부에 불구하고 청구인이 양도한 쟁점토지는 나대지의 양도로써 1세대 1주택과 그에 부수되는 토지의 양도에 해당하지 아니하므로 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건의 쟁점은 쟁점토지가 1세대 1주택의 부속토지로서 비과세 대상을 부인하고 나대지의 양도로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부를 가리며 과세대상일 경우 쟁점토지의 개별 공시지가를 정정하여 양도소득세를 과세할 수 있는지를 가리는데 있다. 나. 관련법령 소득세법 제5조 제6호 자목에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생되는 소득”은 비과세하도록 하고 있고, 같은 법 시행령 제15조 제1항에는 “법 제5조 제6호 자목에서 1세대 1주택이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 것으로 한다.”고 규정하고 있다. 다. 사실관계 (1) 처분청이 제출한 부동산자료에 의하면 청구인과 그 가족은 쟁점토지 이외에 다른주택을 보유한 사실이 없음이 확인된다. (2) 등기부에 의하면 청구인은 인천시 남동구 OO동 OOOOOO, 대지 158㎡중 79.3㎡를 85.12.26 인천시로부터 취득하였고 청구인과 청구외 OOO은 94.9.12 같은 동 OOOOOO 공유물을 분할하여 같은 동 OOOOOO은 청구인 앞으로 등기하였고 분할된 같은 동 OOOOOO은 청구외 OOO 소유로 한 사실이 있다. 또한 청구인과 청구외 OOO은 교환을 원인으로 하여 94.10.21쟁점토지와 같은 동 OOOOOO호의 소유권을 맞바꾸었으며 청구인은 쟁점토지(같은 동 OOOOOO호)를 95.11.11 청구외 OOO등 19인에게 양도한 사실이 확인된다. (3) 청구인이 제출한 건축물관리대장에 따르면 쟁점토지가 분할되기 전인 85.12.4 인천시 남동구 OO동 OOOOOO에 주택 45.26㎡가 신축되었고 위 같은 동 OOOOOO호에서 쟁점토지가 분할된 이후 쟁점토지(같은 동 OOOOOO호)지상에는 주택이 있음을 입증하는 건축물이 건축물관리대장에 등재되어 있지 않으며 쟁점토지가 분할된 이후인 94.11.29 같은 동 OOOOOO의 지상에는 지상 2층 지하 1층 연면적 166.14㎡의 주택을 신축토록 허가받았고 95.1.12 착공하여 96.4.17 준공하였음이 확인된다. (4) 청구인이 제출한 주민등록등·초본에 의하면 청구인의 가족은 청구인의 처 OOO(만 39세)와 청구인의 자 OOO(만 15세)이며 3가족이 같은 동 OOOOOO에서 85.12.20～95.11.9까지 약 9년 11개월을 거주하였고 95.11.9 현주소인 OO동 OOOOOOO로 이전한 사실이 확인된다. (5) 청구인이 제시한 가입전화 가입원등록사항증명서에 의하면 같은 동 OOOOOO에서 81.12.1 가입한 이후 95.10.27 현주소로 이전하기까지 가입된 전화가 주소변경이나 전화시설 등이 변경된 사실이 없다. (6) 청구인이 제시한 자료에 의하면 청구외 OOO(법무사)는 94.9. 쟁점토지를 같은 동 OOOOOO에서 분할하는 과정에서 분할한 토지의 각각 소유주가 뒤바뀌어 1개월 후 정정등기에 필요한 법적 수속을 대행하였음을 확인하였고 청구외 OOO(같은 동 OOOOOO 소유주)도 쟁점토지를 분할한 후 본인 소유의 다른토지상에 건물을 신축하려고 건축허가를 신청하는 과정에서 쟁점토지와 본인 소유의 다른토지가 등기상 뒤바뀐 사실을 알게되어 청구인과 교환등기하였으나 실지로는 정정등기를 하였다고 주장하였고, 청구인의 거주지역을 관할하는 OOO동장도 청구인이 소유한 부동산의 등기부등본상 지번이 변경되었으나 주택의 위치나 거주지는 아무런 변화가 없었음을 확인하였다. 쟁점토지와 같은 동 OOOOOO의 대지는 94.9.12 분할하였고 같은 해 10.24 청구인과 청구외 OOO이 교환을 원인으로 등기부상 소유권을 맞바꾸었는바 이는 토지분할 후 2개월, 토지교환 후 16일 후인 같은 해 11.11 청구외 OOO이 본인 소유의 같은 동 OOOOOO 지상에 주택을 신축하고자 건축허가를 받은 사실과 토지를 분할하여 직접 등기상 소유권을 이전한 법무사와 OO동장의 확인서로 볼 때 94.10.24 청구인 소유 쟁점토지와 청구외 OOO 소유 같은 동 OOOOOO의 교환등기는 당초 등기한 토지가 위치가 뒤바뀌어 정정등기한 것으로 보인다. 라. 판단 위 사실관계를 종합하여 보면 청구인은 80.6.5부터 OO동 OOOOOO의 무허가건물에서 거주하다가 85.6.29 건물 1동을 신축하였고 같은 해 12.26 같은 동 OOOOOO 소재 대지 79.3㎡를 취득하였으며, 95.11.11청구외 OOO에게 쟁점토지를 양도하기까지 15년 6개월 동안 위 주소지를 변경하지 않고 1세대가 거주한 사실이 있고 쟁점토지를 분할(94.9.12)한 이후인 95.1.12 청구외 OOO 소유의 같은 동 OOOOOO에는 다른주택의 건축물을 착공한 사실과 청구인이 쟁점토지를 분할한 이후에도 1년 2개월 동안 전화가입원부등록상 주소지와 전화시설 등을 변경하지 않고 전화를 사용한 사실로 볼 때 청구인이 소유하고 있었던 쟁점토지 지상에는 건축물관리대장에 주택이 등재되어 있지는 아니 하였지만 청구인 소유의 주택이 있었고 그 주택에서 거주한 사실이 인정된다. 또한 청구인이 쟁점토지를 양도할 당시 청구인 세대는 쟁점토지와 그 지상의 주택만을 보유하고 있었으므로 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추었다고 인정된다. 따라서 이 건 청구인의 주위적 청구는 이유있다고 인정되므로 예비적 청구부분은 이를 심리하지 아니하여 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.