이유
1. 원처분개요 청구법인은 주택신축판매업·부동산매매업을 영위하는 법인으로서 90.4.27 사업승인을 받아 경기도 고양시 OO동 OOO 대지에 아파트 249세대를 신축분양하였고, 91.12.28 인접한 동소 OOOOO 소재 대지 816.4㎡에 근린생활시설(지하1층, 지상 5층 연면적 2527.5㎡)을 준공하여 93.1.1-93.12.31 사업년도 중 그 일부인 326.19㎡(이하에서 “이 건 상가”라 한다)를 404,840,000원에 분양하였으나 그 매매차익에 대한 특별부가세를 신고·납부하지 아니하였다. 처분청은 이 건 상가가 청구법인이 건축·분양한 아파트단지와 구분된 별도 지번의 대지에 건축·분양된 것이고, 중간에 도로가 있어 아파트와 구분되므로 아파트부속상가에 해당하지 않아 특별부가세 과세대상이라 보고 95.1.16 이 건 상가 분양수입금액 404,840,000원에 대한 93.1.1-93.12.31 사업년도 법인세(특별부가세) 74,171,860원을 경정결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.3.15 심사청구를 거쳐 95.7.11 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장의견 가. 청구주장 청구법인이 신축분양한 쟁점상가와 부속토지는 주택건설기준 등에 관한 규칙에 의하여 설치한 판매시설로 아파트 부속상가이고, 아파트와 상가의 대지지번이 구분된 것은 고양시가 시행한 토지구획정리사업에 따른 도로개설로 인한 것이다. 아파트단지내에 건축된 상가이므로 특별부가세 과세대상이 아니다. 나. 국세청장의견 청구법인이 아파트 건설사업 허가 신청은 89.9.27에, 이 건 상가는 91.4.22 건축허가신청하였음을 볼 때 아파트와 상가는 독립적으로 승인받아 건축된 것이고, 이 건 상가 소재지와 아파트소재지가 서로 상이한 지번임을 볼 때 이 건 상가를 법인세법시행령 제124조의3 제5항, 제6항에서 규정하는 주택에 해당하지 아니하므로 이 건 상가분양에 따른 매매차익은 특별부가세 과세대상이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건 상가 매매차익이 특별부가세 과세대상인지 여부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 법인세법 제59조의2 제1항은 “특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물·부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다”고 규정하고, 같은법시행령 제124조의3 제1항은 “법 제59조의2 제1항에 규정하는 토지는 지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것으로 한다”, 동조 제3항은 “법 제59조의2 제1항에 규정하는 건물에는 그 건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다”고 규정하고, 동조 제5항(93.12.31 개정 전)은 “주택을 신축하여 판매하는 경우에는 주택 및 부수토지로서 건물이 정착된 면적에 다음 각호의 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지는 제1항 및 제3항에 규정한 토지에서 제외한다. 1. 도시계획구역내의 토지 : 5배 2. 도시계획구역외의 토지 : 10배”를 규정하고, 같은조 제6항(94.12.31 개정전)은 “제5항의 경우에 주택건물의 일부에 다른 목적의 건물이 설치되어 있거나 동일지번상에 주택과 다른 목적의 건물이 설치되어 있는 경우에는 주택의 면적이 다른 목적의 건물의 면적보다 같거나 그보다 큰 경우에는 그 전체를 주택으로 보고, 그 보다 작은 경우에는 그 전체를 주택으로 보지 아니한다”고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 청구법인이 경기도 고양시 지도읍 OO리 O OO 임야 14,876㎡를 88.5.31 취득하였고, 이 토지가 고양시가 시행한 능곡제2지구토지구획정리사업구역에 편입되어 사업시행 후 아파트부지인 고양시 지도읍 OO리 OOO 대지 8552㎡와 이 건 상가부지인 동소 OOOOO 대지 816㎡로 환지된 사실, 고양시장은 90.4.27 청구법인이 승인신청한 주택건설사업을 승인하였고 고양시 지도읍 OO리 OOO 지상에 건축된 13층 아파트 2동 249세대와 부대시설·복리시설의 준공검사를 91.11.30 필한 사실, 청구법인의 사업승인신청서와 준공검사서의 복리시설 관련사항 중 시장(판매시설)의 설치 내용은 “단지출입구 300㎡이내에 상가 형성”으로 동일하게 기재된 사실, 이 건 상가는 91.5.16 건축허가를 받아 91.12.28 준공된 사실이 관련 증거에 의하여 확인되고, 청구법인은 93.1.1-93.12.31 기간 중 상가분양수입금액이 404,840,000원임은 다툼이 없다. 법인세법시행령 제124조의3 제6항에서 신축판매하는 주택의 경우에 다른목적의 건물이 일부 있더라도 전체를 주택으로 보는 경우는 하나의 건물 또는 한 단위의 부동산으로 공부상 표시되고 그에 대한 재산권행사도 같이 이루어지는 경우에 해당하는 것이지 아파트와 다른 대지상에 건축되어 각각 등기되고 그에 대한 재산권의 행사도 독립적으로 이루어지는 경우에까지 주택과 다른 목적의 건물의 연면적의 다과에 따라 전체건물이 주택인지 여부를 판단하는 것은 합리적인 해석이라 할 수 없다(국심 91구16, 91.5.27 합동회의 동지). 이 건의 경우에 청구법인의 아파트건설사업승인신청서에는 복리시설인 상가 설치에 관한 계획이 포함되어 있지 아니하였고 준공검사서도 또한 같으며, “단지출입구 300m이내에 상가 설치되어 있음”이라는 그 기재내용으로 볼 때 아파트착공 이전에 이미 아파트단지 주위에 상가가 형성된 것으로 판단되는 반면, 아파트부속상가로서 이 건 상가를 신축하였다는 청구주장은 인정할 만한 근거가 없고, 또한 아파트와 이 건 상가는 각각 독립적으로 등기되고 분양된 것으로서 법인세법 시행령 제124조의3 제5항 및 제6항에 규정하는 주택의 면적이 다른목적의 건물보다 커서 전체를 주택으로 보아 특별부가세를 과세하지 않는 경우에 해당하지 아니한다고 판단된다. 이러한 내용을 종합하면 청구법인이 신축분양한 이 건 상가는 순수한 상가로서 당연히 그 양도차익은 특별부가세가 과세되어야 할 것이므로 처분청의 과세처분은 정당하다.