이유
1. 처분개요 청구인은 인천광역시 북구 OO동 OOOOO 공장용지 1,705㎡ 및 지상 공장건물 1,138.32㎡(이하 “구공장”이라 한다)를 83.10.14 취득하여 전자부품 및 반도체제품제조업을 영위하다가 88.9.30 구공장을 양도하고, 경기도 화성군 향남면 OOO리 OOOOOO 공장용지 1,880㎡(취득당시에는 임야 2,471㎡였으나, 90.11.14 분할 및 지목변경하여 공장용지 1,880㎡로 되었음)를 89.6.30 취득하여 90.11.28 건축허가를 득한 후 이 토지 지상에 공장건물 419.8㎡(부속토지 1,880㎡를 포함하여 이하 “신공장”이라 한다)를 91.5.7 신축·준공하였다. 처분청은 소득세법시행령 제18조 제5항 제1호의 규정에 의하여 구공장 양도일로부터 1년이내에 시공하거나 시공일로부터 2년이내에 준공하여 사업을 개시하지 아니하였으므로 위 규정에 의한 양도소득세 감면대상이 아니라 하여 94.5.16 청구인에게 88년귀속 양도소득세 42,948,370원 및 동 방위세 9,370,550원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 94.7.12 심사청구를 거쳐 94.10.5 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 청구인은 신공장의 시공이 늦어진 것은 신공장 부지에 설치되어 있는 분묘관계로 전소유자와 분쟁이 발생하여 합의에 이르는데 소요된 기간과 중소기업전환계획승인절차 및 토지형질변경등 부득이한 사유로 지연된데 기인하며, 소득세법시행령 제18조 제5항 제1호 규정을 1년 또는 2년이라는 형식논리에 치우쳐 적용함으로써 납세자에게 불편을 줄 것이 아니라 위 기간을 합한 3년이내에 준공하여 사업개시하면 양도소득세가 면제되는 것으로 보아 청구인의 구공장 양도에 대하여도 양도소득세를 면제하여야 하며, 이 건 면제대상이 아니라 하더라도 구공장 양도후 감면신청하였으므로 소득세법 기본통칙 6-2-5...121에 의하여 납부불성실가산세를 과세하지 않아야 하는데도 이를 과세한 처분은 위법하다고 주장한다. 나. 국세청장 의견 청구인은 구공장을 88.9.30 양도하였고 신공장 건물을 90.11.28 건축허가를득하여 91.5.7 준공하였음이 경기도 화성군 향남면장이 발행한 건축물관리대장에 의거 확인되고 청구인이 구공장 양도일인 88.9.30부터 1년이내인 89.9.29까지 신공장을 시공하지 아니한 사실에 대하여는 다툼이 없는 바, 청구인은 구공장 양도당시 소득세법시행령 제18조 제5항 제1호에서 규정하는 감면요건을 충족하지 못하였으므로 청구인이 당초 면제받은 세액을 추징한 이 건 처분은 적법하다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 이 건의 다툼은 구공장 양도일로부터 1년이내에 신공장을 시공하지 아니하였다 하여 양도소득세 면제세액을 추징하고 납부불성실가산세를 부과한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 구공장 양도일 현재 양도소득세액의 감면에 관하여 규정하고 있는 소득세법 제6조 제2항에는 2년이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 토지와 건물을 양도함으로 인하여 발생하는 소득이 있는 때에는 제1항의 규정을 준용하여 계산한 소득세를 면제한다고 규정하고 있고 같은법 같은조 제5항에는 제2항의 규정에 의하여 소득세를 면제받은 자가 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해공장이나 목장을 이전하지 아니한 때에는 그 면제받은 세액을 지체없이 징수한다고 규정하고 있으며 같은법시행령 제18조 제5항 및 동항 제1호에 공장을 신설하는 경우 구공장 양도일로부터 1년이내에 시공하지 아니하거나 시공일로부터 2년이내에 준공하여 사업을 개시하지 아니한 경우에는 그 면제받은 소득세를 즉시 추징한다고 규정하고 있다. 다. 1) 구공장 양도에 따라 발생한 양도소득세가 면제되는지를 본다. 전시 소득세법 제6조 및 동법시행령은 구공장을 먼저 양도한 경우에 공장이전에 따른 양도소득세를 면제하기 위하여는 구공장의 양도일로부터 1년이내에 신공장을 시공하도륵 하였으며 이와 같은 요건이 충족되지 아니한 경우에는 양도소득세가 감면되지 아니한다고 하였고 세금감면은 그 형평성에 비추어 보아서도 엄격히 그 요건이 충족된 경우에 한하여 적용된다는 면에서 볼 때에도 청구인의 구공장 양도에 따른 양도소득세는 면제되지 아니한다 하겠다. 2) 납부불성실 가산에 대하여 본다. 청구인은 구공장 양도후에 감면신청을 하였으므로 구공장양도에 따라 납부하여야 할 양도소득세의 납부불성실 가산세는 부과되지 아니한다고 주장하고 있으나, 납부불성실 가산세는 납세의무자가 납부하여야 할 세금을 납부하지 아니한 경우에 대하여 부과하는 세금으로서 청구인이 구 양도에 따른 양도소득세를 납부하여야 할 의무가 있는데도 이를 납부하지 아니하였다면 납부불성실 가산세가 부과된다 하겠다. 그런데 이 건의 경우 청구인이 감면신청을 한 사실은 있지만 감면요건이 충족되지 아니하여 양도소득세를 납부하여야 하므로 양도소득세가 면제되는 것을 전제로 하여 납부불성실 가산세를 부과되지 아니하도록 한 소득세법 기본통칙 6-2-5-121을 이유로 납부불성실 가산세가 부과되지 아니한다는 청구인의 주장은 인정하기 어렵다 하겠다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.