이유
1. 처분개요 청구인은 전라북도 전주시 완산구 OO동 OO OOOOOOOO, 동소 OOOOOO, 동소 OOOOOOOO 답 합계 9,270㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 공공사업(학교시설)시행자인 청구외 학교법인 OOO학원과 사업인가고시일(93.10.22) 전인 93.10.18 매매계약을 체결하고, 93.10.29 소유권이전등기를 경료해 주었다. 처분청은 쟁점토지의 양도가 “공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법” 제2조 제4호 및 같은법시행규칙 제5조의 4 제1항 내지 제3항에 의거한 협의매매가 아니라 사립학교법인(OOO학원)과 양도자간의 일반거래로서 구조세감면규제법 제57조 제1항의 요건을 충족하지 않음을 이유로 94.8.16 청구인에게 양도소득세 53,072,260원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 94.10.5 이의신청과 94.11.19 심사청구를 거쳐 95.1.18 심판청구를 하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 쟁점토지는 교육사업용으로 청구외 학교법인인 OOO학원에 양도된 토지이므로 이는 구조세감면규제법 제57조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 감면대상이 되어야 함에도 “공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법” 등에 규정된 협의매매절차의 하자를 이유로 이 건 양도소득세를 결정고지함은 부당하다. 나. 국세청장 의견 쟁점토지의 양도가 구조세감면규제법 제57조 제1항에 의한 감면대상이 되기 위해서는 “공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법” 등의 소정의 절차를 이행하여야 하나 이 건의 경우 공공사업용으로 쟁점토지가 양도되었다 하더라도 관계법령의 규정에 의하여 매매가액을 결정한 것도 아니고 협의조서 등을 작성하지도 아니하였으므로 구 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호에 의한 감면대상에 포함되지 아니한다. 3. 심리 및 판단 가. 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점토지의 양도가 구조세감면규제법 제57조 제1항의 감면대상이 되는지 여부를 가리는데 있다. 나. 구조세감면규제법 제57조 【공공사업용 토지등에 대한 양도소득세등 감면】 제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 공공사업용 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 및 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다”라고 규정하고, 제1호에서 “공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득”, 다시 제2호에서 “토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득”을 규정하면서, 감면절차에 대하여는 같은조 제4항에서 “제1항 제1호의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 공공사업의 시행자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다”라고 규정하고, 제5항에서 “제1항 제2호의 규정에 의한 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 감면신청을 하여야 한다”라고 규정하고 있다. 다. 쟁점토지의 양도가 구조세감면규제법 제57조 제1항이 적용되기 위해서는 ① 교통ㆍ위생ㆍ환경ㆍ후생 등에 관한 사업을 위한 공공사업용 토지여야 하고, ② 공공사업시행인가 후에 양도하여야 하며, ③ 같은조 제1항 제1호에 의한 사업인 경우 공공사업시행자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 감면대상이 되는 바, 쟁점토지의 양도가 위 요건을 충족하고 있는지 여부에 대하여 살펴보면, 첫째, 쟁점토지는 도시계획법 제2조 제1항 제1호의 공공사업용(교육시설)으로 양도된 것이므로 위 ①의 요건을 충족하고 있고, 둘째, 양도시기는 사업시행인가 후에 양도하는 경우에 한하여 감면대상이 되며, 이 경우 “양도”의 의미에 대하여 소득세법상의 원칙인 재화가 공급되는 때, 즉 잔금청산일을 양도로 본다는 견해가 있으나, 구조세감면규제법 제57조 의 양도라 함은 사업시행인가 후 매매계약을 체결하는 때로 해석하는 것이 타당하다 할 것(같은 취지: 대법 90누 6262, 90.12.26, 대법86누360, 87.1.20)인 바, 쟁점토지는 사업인가고시일 전인 93.10.18 매매계약이 체결되었고 93.10.29 청구외 학교법인 OOO학원에 소유권이전등기된 사실에는 다툼이 없으므로 위 ②의 요건을 충족하지 아니하고 있으며, 셋째, 쟁점토지가 “공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법”에 의한 감면인 경우 구조세감면규제법 제57조 제4항에 따라 공공사업시행자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 감면대상이 되는 것으로 규정되어 있는 바, 이 규정은 단순한 협력의무를 부과한 훈시규정이 아니라 필요적 감면요건을 정한 것이므로 이러한 요건을 갖추지 아니한 이 건은 구조세감면규제법 제57조 제1항 제1호의 규정에 의한 감면대상이 아니라 할 것이다(같은 취지: 대법 90누6262, 90.12.26). 라. 따라서 이 건 심판청구는 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.