이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 ○○회관 신축부지로 사용하기 위하여 2003.3.30. 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 97㎡ 및 동 지상 주택 61.98㎡와 2003.4.2. 취득한 위 같은 동 1가 117번지 외 1필지의 대지 237.3㎡ 와 동지상 주택 110.18㎡ (이하 “이 사건 부동산”이라 한다)에 대한 취득세 및 등록세 등을 2003.4.17. 비과세 받았으나 2004.7.9. 처분청의 세무담당공무원(○○세무주사보 권○○외 1인)의 현지 확인에서 청구외 여○○(○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○)이 2003.6.2. ○○세무서장에게 사업자등록(등록번호 ○○○-○○-○○○○○)을 필하고 주차장영업을 하고 있으므로 이 사건 부동산을 수익사업용 부동산으로 보아 이 사건 부동산의 취득가액(439,000,000원)에 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 10,536,000원 등록세 15,804,000원 지방교육세 2,897,400원 합계 29,237,400원(가산세포함)을 2004.8.20. 부과고지 하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 종교를 목적으로 설립된 비영리단체로서 ○○회관 신축부지로 사용하기 위하여 2003.3.30. 과 2003.4.2. 이 사건 부동산을 취득한 후 기존주택의 멸실, 개별 필지의 합필 등 종교용에 직접 사용하기 위한 일련의 노력을 하면서 주택 멸실 후 공터인 나대지를 청구외 여○○이 관리하면서 교인들의 주차장으로 사용하였으나 청구외 여○○은 청구인과는 아무런 상의 없이 ○○회 ○○회 소속 윤○○과 무상 임대차계약을 체결하고 관리인인 청구외 여○○ 명의로 사업자등록을 하였으나 지방세법 제107조 제1호 및 같은 법 제127조제1항에서 취득일로부터 3년 이내에 그 용도에 직접사용하지 아니한 경우에 기비과세한 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있으므로 이 사건 부동산 취득일로부터 3년이 경과하지 아니한 상태에서 아무런 수익도 없이 임시적으로 주차장 용도로 사용하고 있다는 사실만으로 기비과세한 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하였다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 종교단체가 취득한 토지상에서 타인명의로 사업자 등록을 필하고 주차장 영업을 하고 있는 경우에 기 비과세한 취득세 등을 부과고지한 것이 적법한 지의 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조제1항에서 다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다라고 규정하고, 다만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과한다라고 규정하고 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득이라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제78조의2 제1항에서 법 제107조 본문 단서에서 “대통령이 정하는 수익사업”이라함은 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다라고 규정하고 법인세법 제3조 제2항제1호에서 수익사업을 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품 수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업이라고 규정하고 있으며 지방세법시행령 제79조 제1항에서 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호의 자를 말한다라고 규정하고 그 제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 종교단체인 청구인은 2003.3.30. 과 2003.4.2. 이 사건 부동산을 취득한 후 2003.4.17. 처분청으로부터 이 사건 부동산에 대한 취득세 및 등록세 등을 비과세 받았으나 2004.7.9. 처분청의 세무담당공무원(○○세무주사보 권○○외 1인)의 현지 확인에서 청구외 여○○이 사업자등록을 필하고 주차장업을 하고 있으므로 이 사건 부동산을 청구인의 수익사업용부동산으로 보아 기비과세한 이 사건 취득세 등을 2004.8.20. 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙 자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이 사건 부동산 중 토지를 청구인과는 아무런 상의 없이 ○○회 ○○회소속 윤○○과 청구인의 임대주차장 관리인인 청구외 여○○과 무상임대차계약을 체결하여 주차장으로 사용하고 있으나 지방세법 제107조 제1호 및 같은 법 제127조제1항에서 취득일(등기일)부터 3년 이내에 종교용에 직접 사용하는 경우에는 취득세 등을 비과세하도록 규정하고 있음에도 아무런 수익도 없이 일시적으로 주차장 용도로 사용하고 있다는 사유만으로 취득일(등기일)부터 3년이 경과하지 아니한 이 사건 부동산을 수익사업용재산으로 보아 기비과세한 이 사건 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있지만, 지방세법 제107조 제1호 및 같은 법 제127조제1항과 같은법시행령 제79조 제1항제1호에서 종교를 목적으로 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산은 비과세하도록 규정하고 다만 법인세법 제3조 제2항의 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 3년이내 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 경우에는 취득세와 등록세를 부과하도록 규정하고 법인세법 제3조 제2항에서 제조업 및 서비스업 등 수익이 발생하는 수익사업이라고 규정하고 있으므로 동규정에서의 수익사업은 유·무상의 임대여부와 수익이 있는지의 여부와는 아무런 관계없이 부동산내에서 서비스업 등의 사업이 행하여지는 경우를 뜻하는 것으로 보아야 하므로 청구인의 경우는 이 사건 부동산의 주택을 멸실하고 청구인이 관리인으로 선임한 청구외 여○○이 신도들의 주차장으로 사용하는 것을 관리하였으나 청구외 여○○은 2003.6.2. ○○세무서장에게 사업자등록(등록번호 ○○○-○○-○○○○○ 서비스업인 주차장)을 필하고 주차요금을 30분까지 1,000원, 월 정기권 80,000원으로 하여 주차장영업을 영위하였을 뿐만 아니라 사업자등록 후 2004.7.12. 폐업신고시까지 17,276,000원의 영업실적이 있었다는 내용이 부가가치세 과세표준 확인서 등에서 입증되고 있는 이상 이 사건 부동산은 수익사업에 공여된 것으로 보아야 하고 이러한 주차장 영업이 비록 청구인과 아무런 상의없이 이루어졌음을 청구인은 주장하나 ○○회 ○○회 윤○○과 청구인의 주차장관리인인 청구외 여○○과의 임대차계약에 따라 청구외 여○○이 1년 이상 주차장 영업을 한 것이 사실인 것으로 미루어보면 이에 대한 청구인의 인지여부는 이 사건 취득세 등을 부과고지하는 데에는 아무런 영향을 줄 수 없으므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다. 2004. 12. 29. 행 정 자 치 부 장 관