이유
1. 원처분 개요 청구인은 경기도 수원시 권선구 OO동(구 경기도 화성군 매송면 OO리) OOOOO 전 3,210㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득함에 있어 부동산 소유권이전등기에 관한 특별조치법(법률 제3094호, 이하 “특별조치법”이라 한다)에 의하여 전소유자 OOO로부터 청구인 앞으로 81.5.29 소유권이전등기(원인: 74.10.5 매매)하였으며, 91.12.28 청구외 OO주택 주식회사에 국민주택건설용지로 양도하였다. 청구인은 92.1.19 자산양도차익예정신고 납부를 함에 있어 취득시기를 81.5.29로 하고 양도시기를 91.12.28로 하여 기준시가로 양도차익을 계산, 과세표준(155,311,518원)을 산정하고 양도소득세 산출세액(75,921,246원)에서 조세감면규제법 제62조 에 의한 50%의 감면세액(37,960,623원)과 자산양도차익예정신고납부세액공제액 3,796,062원을 공제한 후 나머지 양도소득세 34,164,561원을 자진신고납부하였다가 그후 92.6.30 수정신고를 함에 있어 자산양도차익예정신고납부세액 공제액을 7,592,124원으로 수정하므로써 3,796,062원을 환급받을 세액으로 수정신고하였다. 처분청은 쟁점토지의 경우 특별조치법에 의하여 등기되었다는 이유로 그 등기원인일로 기재되어 있는 74.10.5(간주취득일 77.1.1)을 취득시기로 보아 양도차익을 계산하였고 자산양도차익예정신고납부세액공제액으로 7,897,011원을 공제하므로써 92.9.1 청구인에게 91년도 귀속분 양도소득세 19,301,550원을 부과처분 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 (1) 쟁점토지는 그 등기부상 기재된 등기원인일(74.10.5)에 불구하고 실지는 80.11.8 계약을 체결하고 81.1.20 잔금(80.11.8 계약금 5,000,000원, 80.12.13 중도금 10,000,000원, 81.1.20 잔금 15,000,000원 합계 30,000,000원)을 지급하여 취득한 것인 한편, 청구인이 쟁점토지를 특별조치법에 의하여 등기한 것은 당시의 조세감면규제법 제10조 제2항 및 제5조 제2항의 지방세과세면제에 관한 규정에 따르면 동 특별조치법에 의한 등기를 하는 경우 취득세·등록세를 전액 면제받을 수 있고 또 동 원인에 의한 등기의 경우는 동 특별조치법 부칙 제2항에 의해 농지매매증명을 첨부하지 않아도 되는 편의성이 있었기 때문이며, 이상의 내용이 사실임은 ○ 쟁점토지에 대한 매매계약서와 대금지급영수증, 그리고 그 당시는 물론 현재에도 사법서사 사무소에 근무하고 있는 사람으로서 80.11.8 위 매매계약서와 영수증을 작성한 전소유자(OOO)의 아들인 청구외 OOO의 사실확인서등 내용과 ○ 쟁점토지에 연접하여 있는 토지로서 청구인의 형(OOO)이 76.8.18 취득한 토지인 OO동 OOOOOO외 1필지 토지 9,660㎡에는 청구인의 형이 그 취득 당시 공장을 신축하여 공장등록을 하였으면서도 쟁점토지에는 청구인의 형이 82.10.15 공장을 신축, 등록한 점등을 볼 때(74.10.5에 취득한 토지라면 당초에 공장을 신축할 때 안하고 82.10.15 늦게 따로 할 리가 없다는 논리임), 충분히 인정된다 할 것이므로 처분청이 쟁점토지의 취득시기를 74.10.5(간주취득일 77.1.1)로 보아 과세한 처분은 부당한 반면 81.1.20로 보아야 한다는 주장이고 (2) 자산양도차익예정신고납부세액공제액도 7,897,011원이 아니라 9,610,681원 정당하다는 주장이다. 나. 국세청장 의견 (1) 청구인의 주장과 같이 쟁점토지를 81년도에 취득하였다고 볼 객관적인 거증이 없는 반면, 특별조치법은 그 제1조(목적)와 제3조(적용범위)에 의하면 74.12.31 이전에 사실상 취득한 것으로서 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부 기재가 실제권리관계와 일치하지 아니하는 부동산에 대하여 적용, 간이한 절차에 의거 등기할 수 있게 함을 목적으로 하고 있고, 국세청예규(소득 1264-3570, 83.11.5)에서도 특별조치법 제3조 의 규정에 의하여 등기한 부동산을 83.1.1 이후 양도하는 경우에는 소득세법 부칙 제16조(89.12.26 개정)의 규정에 의하여 77.1.1(간주취득일)에 취득한 것으로 본다고 하고 있는 한편 취득세·등록세 등을 면탈하기 위하여 고의적으로 특별조치법을 이용하였다는 주장은 이유가 될 수 없으므로 74.10.5(간주취득일 79.1.1)을 취득시기로 본 처분은 정당하고, (2) 쟁점토지에 대한 산출세액은 116,292,395원이고 결정소득금액은 228,713,446원, 청구인의 신고소득금액은 155,311,358원이므로 7,897,011원을 자산예정신고납부세액공제액으로 계산한 처분은 정당한 반면, (116,292,395원 ×

= 7,897,011원) 청구인이 당초 자진신고납부세액 ＋ 당초예정신고납부세액공제액 ＋ 감면세액의 합계 96,106,820원에 상당하는 소득금액을 역산하여 계산한 금액 189,014,268원을 기준으로 하여 자산양도차익예정신고납부세액공제액 계산하여야 한다고 주장하는 것은 이유없다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 이 사건은 (1) 쟁점토지의 취득시기를 언제로 볼 것인지와 (2) 자산양도차익예정신고납부세액공제액 계산이 적법하게 되었는지 여부에 다툼이 있다 하겠다. 가. 쟁점(1)에 대하여 본다. 먼저 소득세법시행령 제53조 (양도 또는 취득의 시기) 제1항에 의하면 「법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해자산의 대금을 청산한 날로 한다. 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일로 한다.」고 규정하고 있다. 다음 쟁점토지는 특별조치법(부동산 소유권이전등기에 관한 특별조치법, 77.12.31 제정)에 의하여 전소유자 OOO로부터 청구인앞으로 81.5.2 소유권이전등기된 것으로서 그 등기원인이 74.10.5 매매로 되어 있음이 확인된다. 살피건대 청구인은 81.1.20을 쟁점토지의 취득시기라고 하면서 매매계약서와 대금지급영수증, 청구외 OOO의 확인서등을 제출하고 또 기타 정황적인 주장을 하고 있으나 매매계약서에 보면 쟁점토지의 소유자인 OOO(84.7.27 사망)가 매도인으로 되어 있지 아니하고 청구외 OOO(OOO의 아들)이 매도인으로 되어 있음을 볼 때 사실과 부합되는 진정한 계약서로 인정하기 어렵고 기타 대금지급영수증과 확인서 및 정황적인 주장에 대하여는 이를 뒷받침할 객관적인 증빙이 없으며 또한 취득세, 등록세등을 면탈하기 위하여 고의적으로 특별조치법을 이용하였다는 주장도 받아들이기 어려우므로, 청구인이 주장하는 81.1.20을 취득시기로는 볼 수 없다 하겠다. 한편, 특별조치법은 그 제1조(목적)와 제3조(적용범위)에 의하면 74.12.이전 사실상 취득한 것으로서 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부기재가 실제권리관계와 일치하지 아니하는 부동산에 대하여 적용, 간이한 절차에 의거 등기할 수 있게 함을 목적으로 하고 있고, 동법 제7조 (소유권이전절차)에 의하면 등기원인을 증명하는 서면에 갈음하여 “확인서”를 등기소에 제출하게 되어 있으며, 동법 제10조 (확인서의 발급)에서는 「① 미등기부동산을 사실상 양수한 자와 이미 등기되어 있는 부동산을 그 소유권의 등기명의인 또는 그 상속인으로부터 사실상 양수한 자·부동산의 상속을 받은 자 및 소유자미복구부동산의 사실상의 소유자는 이 법에 의한 등기를 신청하기 위하여 대장소관청으로부터 확인서의 발급을 받아야 한다. ② 확인서를 발급받으려는 자는 시장 또는 읍·면장이 당해 부동산소재지 이·동에 대통령령으로 정하는 기간이상 거주하고 있는 자 중에서 위촉하는 3인 이상의 보증서를 첨부하여 대장소관청에 서면으로 신청을 하여야 한다. ③ 대장소관청은 제2항의 신청서를 접수한 때에는 대통령이 정하는 사항을 2월 이상 공고한 후 확인서를 발급하여야 한다. 그러나 공고기간내에 제11조의 이의신청이 있는 부동산에 관하여는 그 이의에 대한 처리가 완결되기 전에는 확인서를 발급하지 못한다.」고 규정하고 또한 동법 제63조 (벌칙)에 의하면 「① 다음 각호의 1에 해당하는 자는 1년이상 10년 이하의 징역 또는 50만원 이상 500만원이하의 벌금에 처한다. 1. 허위의 방법으로 제10조의 확인서를 발급받은 자 2. 행사할 목적으로 제10조의 문서를 위조 또는 변조한 자 3. 허위의 보증서를 작성한 자 4. 제1호 내지 제3호의 문서를 행사한 자 ② 중대한 과실로 인하여 허위의 보증서를 작성하거나 이를 작성하게 한 자에 대하여는 1년 이하의 징역 또는 50만원이하의 벌금에 처한다.」고 규정하고 있다. 따라서 이상의 특별조치법 규정을 모두어 볼 때 쟁점토지는 청구인이 74.12.31 이전에 사실상 취득한 것으로서 그 등기부상에 기재되어 있는 내용과 같이 74.10.5에 잔금을 청산하여 취득한 것으로 인정되고, 한편 소득세법 부칙(74.12.24 법률 제2705호, 88.12.26 개정) 제16조에 의하면 76.12.31 이전에 취득한 토지·건물은 77.1.1에 취득한 것으로 보게 되어 있으므로 쟁점토지의 취득시기를 77.1.1로 보아 양도차익을 계산한 처분은 정당한 것으로 판단된다. 다. 쟁점(2)에 대하여 본다. 소득세법 제98조 제1항과 동법시행규칙 제72조 제1항에 의하면, 자산양도차익예정신고납부세액공제액은 당해 자산의 산출세액에서 기한내 신고납부(감면포함)한 양도소득금액이 당해 자산의 양도소득금액 총액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액의 100분의 10으로 하게 되어 있으므로 이 건의 경우 다음과 같이 7,897,011원으로 자산양도차익예정신고납부공제액이 계산된다. 116,292,395원 × × 10% = 7,897,011 원 따라서 쟁점토지에 대한 자산양도차익예정신고납부세액공제액을 7,897,011원으로 계산, 공제한 처분은 정당한 반면 이와 다른 청구주장은 이유없는 것으로 판단된다. 이 건 심판청구는 청구주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.