심판청구번호 국심1999부 1314(1999.12.28)

1,003,700원, 1994사업년도 법인세 3,520,380원,

1995사업년도 법인세 4,719,690원, 1996사업년도 법인세

31,314,080원의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 원처분의 개요

청구법인은 경상남도 ○○○시 ○○○동 ○○○에 본점을 두고 철강압연 및 압출 제조업을 영위하는 회사로서, 1993∼1996사업년도 법인세 과세표준및 세액신고시 기술 및 인력개발비에 대한 세액 44,819,549원(1993년도 12,829,038원, 1994년도 2,360,773원, 1995년도 3,508,546원, 1996년도 26,121,192원: 이하 "쟁점세액"라 한다)을 공제하여 신고하였다.

처분청은 청구법인이 연구개발전담부서 설치신고를 과학기술처장관 등에게 하지 않았다 하여 쟁점세액공제를 배제하고 미납부가산세를 가산하여 1998.8.16 청구법인에게 1993사업년도 법인세 21,003,700원, 1994사업년도 법인세 3,520,380원, 1995사업년도 법인세 4,719,690원, 1996사업년도 법인세 31,314,080원 합계 60,557,850원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1998.8.16 이의신청과 1999.1.29 심사청구를 거쳐 1999.6.17 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

청구법인의 연구개발전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제1항에서 규정하는 요건을 충족하는 연구개발전담부서로서 법령상 강제적으로 연구개발전담부서의 설치신고를 규정하고 있지 아니하고 1998.3.21 개정된 조세감면규제법에 비로소 연구개발 전담부서를 과학기술부장관에게 신고하도록 규정하고 있음에도 불구하고 개정된 규정을 소급적용하여 쟁점세액공제를 배제하고 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

과학기술처장관(위임받은 ○○○협회장 포함)에게 신고하지 아니한 경우에는 조세감면규제법시행령 별표3의 연구개발전담부서에 해당하지 아니하는 것이고 1998.3.21 조세감면시행규칙 제7조의 개정취지는 기존의 규정을 보완하는 정도의 개정에 불과하다고 할 것이므로 쟁점세액공제를 배제하여 법인세 과세표준과 세액을 경정한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 과학기술처장관 등에게 설치신고하지 아니한 연구개발전담부서에 지출한 기술ㆍ인력개발비에 대하여 조세감면규제법 제9조 제1항에서 규정하고 있는 세액공제를 배제하고 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

구 조세감면규제법(1992.12.8 법률 제4521호로 개정되기 전의 것) 제17조(1993.12.31 법률 제4666호로 조문이 제9조로 변경되어 1994사업년도부터는 조세감면규제법 제9조가 적용) 제1항에는 『제조업ㆍ광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 기술개발비·기술개발용역비 등 대통령령이 정하는 비용에 대하여는 당해 지출금액의 100분의 10(중소기업이 지출한 금액과 대통령령이 정하는 직업훈련비에 지출한 금액의 경우에는 100분의 15)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다(이 건 1994사업년도부터 적용되는 조세감면규제법 제9조 제1항은 제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우에 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 지출한 기술·인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우에는 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다)』고 규정하고 있다.

또한, 구 조세감면규제법 시행령(1993.12.31 대통령령 제14084호로 전면개정 되기전의 것) 제14조(1993.12.31 대통령령 제14084호로 조문이 제9조로 변경되어 1994사업년도부터는 조세감면규제법 시행령 제9조가 적용) 제1항에는 『법 제17조 제1항에서 대통령령이 정하는 비용이라 함은 각과세년도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다(이 건 1994사업년도부터 적용되는 조세감면규제법 시행령 제9조 제2항은 법 제9조 제1항에서 대통령령이 정하는 비용이라 함은 각과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 별표4의 비용을 말한다)』라고 규정하고 있고,

구 조세감면규제법 시행규칙(1987.4.11 재무부령 제1710호로 개정된 것) 제6조(1994.4.13 재무부령 제1970호로 조문이 제7조로 변경) 제1항에는 『영 별표5(별표3)중 1ㆍ기술개발 및 도입기술의 소화개량비란의 가목에서 「재무부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서」라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제3조의 3(1996.4.1 제5조로 조문변경)에서 규정하는 기업의 연구개발전담부서를 말한다』라고 규정하였다가 1998.3.21 동 시행규칙 제7조 제1항은『영 별표 3의1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비의 가목에서 "총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서"라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다』라고 개정되었다.

한편, 구 기술개발촉진법 시행규칙(1991.1.16 총리령 제374호) 제3조의 3(1996.4.1 제5조로 조문변경) 제1항에는 『영 별표1 기술개발준비금의 사용기준 제1호 가목의 규정에 의한 기업의 연구개발전담부서는 영 제14조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소와 다음 각호의 요건을 갖춘 기업내의 연구개발전담부서로 한다.

1. 과학기술분야의 연구개발업무를 담당하는 부서임을 알 수 있는 명칭으로 되어 있을 것

2. 과학기술분야의 연구개발업무가 주요업무로 되어 있을 것

3. 자연계분야의 학사학위 이상의 학위를 가졌거나 국가기술자격법에 의한 기술계의 기사1급이상의 기술자격을 가진 자(중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자의 경우에는 전문대학에서 과학기술분야에 관한 학과의 소정의 과정을 이수하고 졸업한 자 또는 이와 동등이상의 학력이 있다고 인정되거나 국가기술자격법에 의한 기술계의 기사2급이상의 기술자격을 가진 자) 1인이상이 연구전담요원으로 상시 확보되어 있을 것

4. 다른 부서와 사무실이 분리되어 있을 것』이라고 규정하고 있고, 같은조 제2항에는 『과학기술처장관은 조세ㆍ금융 기타의 지원상 필요하다고 인정되는 경우에는 제1항의 규정에 의한 기업내의 연구개발전담부서의 요건을 갖춘자에 대하여 이를 신고하게 할 수 있다. 이 경우 신고에 관하여 필요한 사항은 과학기술처장관이 따로 정하여 고시한다』라고 규정하고 있다.

참고로, 과학기술처 고시 제1994-16호(1994.11.10) 【기업부설연구소와 기업의 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령】제4조(전담부서의 신고사항 등) 제1항 본문은 『규칙 제5조 제2항의 규정에 의하여 전담부서를 신고하고자 하는 자는 별지 제1호 서식에 의한 신고서에 다음 각 호의 사항을 기재한 서류를 첨부하여 ○○○협회장에게 제출하여야 한다(이하 제1호 내지 제3호 생략)』고 규정하고 있고, 같은조 제2항은 『○○○협회장은 제21항의 규정에 의하여 신고를 받은 때는 별지 제2호 서식에 의한 연구개발전담부서 확인서를 교부하여야 한다』고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1993∼1996사업년도까지 연구개발전담부서에 기술 및 인력개발비로 356,864,097원을 지출하고 조세감면규제법 제9조 제1항에서 규정하고 있는 기술 및 인력개발비에 대한 쟁점세액공제를 적용하여 각사업년도 법인세 과세표준과 세액을 신고하였음이 처분청의 조사내용에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 연구개발전담부서가 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제1항에 규정하는 요건만 충족하면 되는 것이지 과학기술처장관에 대한 설치신고는 전담부서 인정의 필수요건이 아니고, 또한 조세감면규제법시행규칙 제7조는 1998.3.21 개정시에 비로소 신고요건을 추가하였으므로 동 규정이 적용되기 이전에 신고하지 아니한 기업의 기술 및 인력개발비에 대한 쟁점세액은 공제되어야 한다고 주장하고 있는 반면, 처분청은 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제2항에 의하여 과학기술처장관에게 신고하지 아니한 연구개발전담부서는 조세감면규제법 제9조 제1항에서 규정하고 있는 조세지원의 대상에 해당하지 아니하므로 쟁점세액공제의 배제는 정당하다고 주장하고 있는바, 이에 대하여 본다.

(3) 조세감면규제법 제9조 제1항에서 규정하고 있는 기술 및 인력개발비 세액공제는 조세감면규제법 시행규칙 제7조 및 기술개발촉진법 시행규칙 제5조에서 규정한 연구개발전담부서에 지출한 비용 중 제한적으로 적용되는 것인바, 이 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다. 위 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제2항에서는 연구개발전담부서의 요건을 갖춘자로서 조세ㆍ금융 기타의 지원이 필요한 경우에는 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 사실을 과학기술처장관 등에게 신고하게 할 수 있도록 규정하고 있어 연구개발전담부서의 신고를 조세감면의 필수요건으로 명시하고 있지 아니하며, 1998.3.21 개정된 조세감면규제법시행규칙 제7조 제1항의 규정에 의하여 비로소 과학기술처장관에게 신고한 기업의 연구개발전담부서로 한정한 것은 과학기술부장관에의 신고가 세액공제를 받기 위한 필수적인 요건인지 여부가 불분명하던 것을 명확하게 하기 위한 것으로 보여진다.

(4) 조세법의 해석은 과세요건은 물론이고 납세자에게 혜택을 주는 감면요건도 엄격하게 해석하여야 하는 것이 판례등에 의하여 확립된 해석기준이라 할 것인 바, 위 사실내용과 같이 조세감면에 관한 내용을 규정한 조세법령에서 연구개발 전담부서의 신고를 필수요건으로 명시하고 있지 아니하고 또한 조세감면규제법시행규칙 제7조에서 인용한 기술개발촉진법시행규칙 제5조에서도 신고를 기업의 의무로 규정하고 있지 아니한 이상, 신고하지 아니한 사유를 들어 조세감면을 배제하여서는 안된다고 보아야 할 것이다.

(5) 따라서, 처분청이 조세지원의 대상이 되는 연구개발전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제2항의 규정에 의거 과학기술처장관 등에게 신고하여 확인받은 연구개발전담부서만을 의미한다고 보아 쟁점세액공제를 배제한 처분은 관련법에 규정되지 아니한 절차를 납세자에게 강제하는 경우로서 1998.3.21 개정된 위 관련법령을 소급적용하는 경우에 해당하므로 부당하다고 판단된다.(국심 99경0756, 1999.12.28, 합동회의 같은 뜻임)

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.