주 문

처분청이 2000.3.21 및 2000.6.15 청구법인에게 한 97.1기분 부가가치세 19,500,000원과 1997.1.1∼12.31 사업연도 법인세 39,144,540원, 1997년도분 갑종근로소득세(원천분) 63,387,390

원의 부과처분은

1. 청구법인이 알미늄샷시 및 크린룸 설치공사와 관련하여 지급한 80,450,000원을 공사원가로 인정하여 법인세과 갑종근로소득세(원천분)의 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

청구법인은 ○○○도 ○○○군 ○○○면 ○○○리 소재 ○○○제약(주)로부터 동사의 ○○○연구소(○○○센타) GMP 공조설비공사를 수주받아 그 중 건축공정에 해당하는 알미늄샷시 및 크린룸 설치공사를 하도급 주고 ○○○도 ○○○시 ○○○동 ○○○ 청구외 ○○○(○○○건업)로부터 1997.6.28 150,000,000원(공급가액)의 세금계산서를 교부받아 1997.1기 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하고, 동 금액을 공사원가에 산입하여 1997.1.1∼12.31 사업연도 법인세 신고를 하였다.

처분청은 청구외 ○○○건업(○○○)이 자료상으로 확정되어 검찰에 고발된 사업자라는 이유로 위 공사와 관련하여 수취한 세금계산서상의 부가가치세 매입세액을 불공제 하고 실물거래 없는 가공거래로 보아 공사원가를 부인하여 2000.3.21 청구법인에게 1997.1기 부가가치세 19,500,000원과 1997.1.1∼12.31 사업연도분 법인세 39,144,540원을 경정 고지하고 부가가치세액을 포함한 매입금액 전액을 대표자 상여처분하여 소득금액 변동통지하고 2000.6.15 원천징수의무자인 청구법인에게 1997년도분 근로소득세(원천분) 63,387,390원을 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2000.5.30 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 청구외 ○○○제약(주)로부터 수주받은 GMP 공조설비공사(전체공사비 360,000,000원)중 알미늄샷시 및 판넬공사를 150,000,000원에 하도급 준 사실과 관련하여 부가가치세 경정조사를 받는 과정에서 ○○○건업이 자료상으로 고발되었다는 것을 처음 알았으며,

당초 청구법인은 하도급 계약시 청구외 ○○○건업(○○○)로부터 견적서를 제출받고 사업자등록증을 확인하는 등 정상사업자 여부를 확인한 후 세금계산서를 수취하여 거래에 따른 주의의무를 다하였고, 공사대금은 원래 공사계약에 따라 발주자인 ○○○제약(주)에서 시설자금으로 지불하였으며, 실제로 실물거래가 있었던 만큼 단지 자료상과의 거래라는 이유만으로 거래금액 전체를 부인, 과세하는 것은 부당하며,

이 건 공사원가는 실제 공사에 따른 것으로 손금산입대상이고, 또한 원가를 과다계상한 사실이 없음에도 총수주액의 42%에 해당하는 금액을 가공원가라고 하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

세금계산서 발행자인 ○○○건업 ○○○는 1997.1기∼1997.2기중 청구법인등 7개 거래처에 실물거래없이 871,533,680원(공급가액)의 세금계산서를 교부하여 사업장 관할세무서장에 의해 자료상으로 고발된 사업자이며, 청구법인은 이 건 거래에 대해 선량한 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 볼 수 있는 증빙을 제시하지 못하고 있어 처분청이 1997.1기분 부가가치세를 추징한 처분은 정당하며,

공사원가와 관련한 ○○○건업(○○○)의 사실확인에 의하면 『○○○건업이 청구법인으로부터 위 공사를 하청받은 후 다시 청구외 ○○○건설(○○○, 사업자등록번호 ○○○)에 재하도급을 주어 ○○○건설(○○○)이 시공하였다』고 하나 ○○○건설(○○○)은 1995.3.7 사업자등록후 1996.6.30 무실적·무신고 사업자를 이유로 사업장관할세무서장이 직권폐업시킨 업체이므로 1997.4.2∼1997.6.10 기간중 위 공사를 시공하였다는 것은 사실이 아니며, 또한 청구법인은 대금결재내역등 실질공사와 관련한 소명자료나 금융거래증빙등을 제시하지 못하고 있어 청구법인의 주장은 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건은 청구법인이 청구외 ○○○제약(주)로부터 GMP 공조설비공사를 수주한 후 건축공정(알미늄샷시 및 크린룸 설치공사) 일부를 하도급 주어 공사를 시공하면서 ① 자료상으로부터 공사와 관련하여 사실과 다른 세금계산서를 수취하여 부가가치세 매입세액공제신청을 하였는지 여부와 ② 공사원가를 전액 부인하여 법인세를 과세하고 동 금액을 대표자 상여로 소득처분한 처분청의 과세처분이 적법타당한지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

국세기본법 제14조【실질과세】에서 『① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.』라고 하고 있고,

같은법 제16조【근거과세】에서 『① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다. ② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사·결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.』라고 하고 있다.

부가가치세법 제21조【경정】에서 『① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.(1995.12.29 개정)

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때』라고 하고 있다.

법인세법 제9조【각사업연도의 소득】에서 『① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "익금"이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.

③ 제1항에서 "손금"이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.』라고 하고 있고,

같은법 제32조【결정과 경정】에서 『② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

⑤ 제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다.』라고 하고 있다.

같은법 시행령 제94조의 2【소득처분】에서 『① 법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여·배당·기타 소득·기타 사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(출자자인 임원과 그와 제46조의 2 제3항의 특수관계에 있는 주주가 소유하는 주식 또는 출자지분을 합하여 당해 법인의 총발행주식 또는 총 출자지분의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세감면규제법 제36조 제5항 및 제40조의 5 제6항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 출자자인 이사중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.』라고 하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

쟁점(1) : 청구법인이 수취한 세금계산서가 「사실과 다른 세금계산서」인지 여부와 청구법인이 선의의 거래당사자에 해당되는지 여부에 대하여 살펴본다.

청구법인은 공사발주자인 청구외 ○○○제약(주)의 공사지시에 따라 건축공사를 하도급으로 시행하면서 ○○○건업 ○○○로부터 견적서를 제출받아 계약을 체결하였고, 사업자등록증 및 공사완료 여부등을 확인한 후 세금계산서를 수취하였기 때문에 당연히 ○○○건업 ○○○가 시공한 줄 알고 있었으며, 공사수주와 하도급 거래는 일정거래처와 계속하여 반복되는 것이 아니라 일회적으로 이루어지는 관계로 ○○○건업이 위장사업자인지, ○○○건업에서 ○○○건설에 재하청하여 시공하였는지 여부등을 그 당시 청구법인으로서는 알 수 없었다는 주장이다.

이 건 관련서류인 공사도급계약서, 청구외 ○○○제약(주)의 일부대금지급상황, 청구외 ○○○제약(주)가 작성한 경위서와 그 외에 청구법인의 업종등을 감안하면 청구법인은 냉동기·공조기등을 전문으로 제작·설치하는 업체이고 판넬 및 창호공사등 건축분야공사는 청구법인의 업무영역이 아니나 제약회사의 정밀시공을 요하는 GMP 공조설비의 특성상 공사를 분리하여 발주하거나 시공을 할 수 없음에 따라 공사발주자인 청구외 ○○○제약(주)로부터 일괄 수주하여 공사를 하게 되었고 청구법인은 ○○○제약(주)와의 당초 공사계약조건에 따라 위 건축공정부분을 청구외 ○○○건업(○○○)에게 하청을 주었다는 주장으로 미루어 볼 때 이와 같은 공사진행 및 업체선정이 실질적으로 ○○○제약(주)의 주관하에 진행된 것으로 인정되는 점은 있으나,

청구외 ○○○건업은 자료상으로 확정된 자일 뿐만 아니라 이 건 공사와 관련하여 청구외 ○○○건설(○○○)은 『○○○(주)에서 발주한 위 공사를 본인이 하도급 받아 1997.4.2부터 1997.6.10까지 시공하였고, 공사완공 확인과 동시에 공사대금을 수금하였으며, 그 당시 ○○○건설은 폐업상태였기 때문에 세금계산서를 발행할 수 없어 ○○○건업 ○○○ 명의로 공사계약체결 및 세금계산서를 발행하였다.』고 진술하고 있어서 위 증거서류만으로는 실지시공자가 확인되지 아니하고, 이와 관련하여 청구법인은 청구외 ○○○이 위 하청공사를 시공한 사실을 입증하지 못하고 있다.

위 사실관계 및 세금계산서 수수경위등을 보면 청구법인은 실제시공자가 아닌 사업자로부터 세금계산서를 수취한 사실이 객관적으로 명백하게 확인되고, 또한 청구법인이 제시하는 소명내용등을 볼 때 청구법인이 이 건 거래시 일반적으로 요구되는 주의의무를 다한 선의의 거래당사자라고 할 수도 없어 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 97.1기 부가가치세를 추징한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.

쟁점(2) : 공사원가를 부인한 처분 및 대표자 상여로 소득처분한데 대하여 살펴본다.

청구법인은 청구외 ○○○제약(주)로부터 GMP 공조설비 공사를 수주받아 1997.2.13 계약을 체결하여 공사를 진행하였고, 1997.6.18 금 360,000,000원의 매출세금계산서를 발행하였으며, 청구외 ○○○제약(주)의 사실확인서, 공사완료확인서 및 현장사진등에 의하면 청구법인이 『알미늄 샷시 및 크린룸 설치공사』를 하도급으로 시공한 것은 사실로 인정되나 쟁점공사금액이 165,000,000원(VAT포함)인지 여부와 실제로 공사를 시공한 사업자가 ○○○건업(○○○)인지 아니면 ○○○건설(○○○)인지 여부등에 대하여는 실질적인 공사진행을 공사발주자인 청구외 ○○○제약(주)에서 직접 주관한 관계로 청구법인은 확실한 입증자료를 제시하지 못하고 있다.

처분청은 이 건 금융자료조사결과 1997.6.30 공사발주자인 ○○○제약(주)가 ○○○은행 ○○○지점으로부터 이 건 공사와 관련한 시설자금으로 251,000,000원을 대출받아 공사시공자인 청구법인의 예금계좌(○○○지점 : 예금구좌번호 ○○○)에 입금하였고, 1997.6.30 청구법인의 위 예금계좌에서 251,000,000원이 전액 현금으로 인출되어 청구외 ○○○제약(주)의 예금계좌에 입금되었으며, 청구외 ○○○제약(주)는 같은 날 165,000,000원이 아닌 112,000,000원(수표 3매)을 출금한 사실등이 나타나므로 ○○○제약(주)가 공사대금으로 165,000,000원(VAT포함)을 직접 지급하였다는 청구법인의 주장은 사실이 아니라는 의견이다.

이 건 공사와 관련하여 공사발주자인 청구외 ○○○제약(주)는 『상기 공사중 건축(알미늄샷시 및 크린룸)공사는 별도로 ○○○건업(○○○)에게 총 150,000,000원(부가세 별도)에 발주하여 시공하려고 하였으나 정밀시공을 요하는 GMP 공정상 ○○○(주)에 일괄 발주하게 되었으며, ○○○제약(주)에서 직접 결제하기로 한 공사계약조건에 따라 ○○○제약(주)가 공사대금을 지급하였다.』고 확인하고 있으며, 공사와 관련하여 1997.6.19 ○○○건업(사업자등록번호 : ○○○)에 약속어음 20,000,000원(만기일 : 1997.10.31), 14,450,000원(만기일 : 1997.9.30), 10,000,000원(만기일 : 1997.10.31)등 합계 44,450,000원을 지급하였고, 1997.7.16 청구외 ○○○건설주식회사(사업자등록번호 : ○○○)에 약속어음 5,000,000원(만기일 : 1997.11.20), 7,000,000원(만기일 : 1997.11.20), 24,000,000원(만기일 : 1997.11.20)등 합계 36,000,000원을 지급하였다고 하면서 ○○○은행 ○○○지점을 지급처로 한 금융자료와 ○○○제약(주)의 보조원장(지급어음장)등을 제시하고 있다.

위 ○○○제약(주)의 보조원장(지급어음장)상에는 ○○○건업(○○○)에게 약속어음 44,450,000원을 교부한 것으로 기재되어 있으나 어음 배서내용을 살펴보면 대금수령자는 청구외 ○○○건설주식회사로 되어 있어 실질적으로 ○○○건설주식회사가 공사와 관련하여 ○○○제약(주)로부터 수령한 금액은 위 44,450,000원과 36,000,000원등 합계 80,450,000원으로 인정된다.

처분청의 금융자료 조사내용과 청구법인이 제시하는 위 심리자료등에 의할 때 알미늄샷시 및 크린룸 설치공사와 관련하여 청구법인이 165,000,000원(VAT포함)을 이 건 하도급 공사비로 지급하였다는 주장은 금융자료등 객관적인 증빙에 의해 확인되지 아니하여 165,000,000원 전액을 공사원가로 인정할 수 없다하겠으나 공사발주자인 청구외 ○○○제약(주)가 지급한 위 44,450,000원과 36,000,000원등 합계 80,450,000원은 하도급공사대가로 지급된 것으로 인정되므로 이 금액은 공사원가로 손금산입하고 대표자상여처분금액에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.