심판청구번호 국심1999구 0440(1999.12.29)

,950원(1997년 제1기분 85,783,490원, 1997년 제2기

분 30,677,900원, 1998년 제1기분 10,534,550원)의 부과처분은

1. 공통매입세액을 과세분과 면세분의 도계수의 비율로 안분

하여 면세분 매입세액은 공제배제하여 그 세액을 경정하고

2. 나머지 청구는 기각한다.

이 유

1. 원처분의 개요

청구인은 1982. 11월부터 부가가치세 과세대상인 도계(屠鷄) 임가공업을 영위하던중 1995년부터 다음의 도계장건물공사 및 시설투자(이하 "이건 고정자산투자액"이라 한다)를 하여 1996.7.23 가사용허가를 득하였고 그 이후 1997년 제1기부터 이 시설을 사용하여 부가가치세 면세대상인 생닭을 도계하여 판매하는 도매업을 겸영하면서 이에 대한 1997년 제1,2기와 1998년 제2기 부가가치세 신고시 이건 고정자산투자액에 대한 매입세액 전액을 공제받았다.

다 음

[도계장 건물공사 내역]

[시설투자 내역]

처분청은 위 증축공사 및 시설투자 금액을 생닭 도매업을 영위하기 시작한 1997년 제1기에 면세전용한 것으로서 자가공급에 해당한다 하여 이를 과세표준에 가산하고, 1997년 제1기 이후의 매입세액에 대하여는 그 실지 귀속이 불분명하다하여 과·면세사업의 공급가액 비율로 안분계산후 면세관련 매입세액을 공제배제 하여 1998.9.15 청구인에게 부가가치세 126,995,940원(1997년 제1기분 85,783,490원, 1997년 제2기분 30,677,900원, 1998년 제1기분 10,534,550원 합계 126,995,940원)을 경정결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1998.10.29 심사청구를 거쳐 1999.2.9 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

(1) 이건 고정자산투자액에 대한 면세전용분 과세표준 및 공통매입세액중 면세사업과 관련된 불공제대상 금액을 산출함에 있어 처분청은 과·면세사업의 공급가액 비율을 그 안분기준으로 하였으나 수탁받아 도계한 과세분 도계수와 생닭으로 판매하기 위하여 도계한 면세분 도계수를 기준으로 안분함이 합당하고

(2) 부가가치세법시행령 제61조에 의거하여 안분된 공통매입세액에 대하여 납부할 세액의 계산을 같은령 제63조에서 면세비율이 증가하는 경우에만 재계산하도록 규정하고 있으나 면세비율이 내려가는 경우에도 재계산하는 것이 당연하므로 이 건의 경우 면세비율이 내려간 기간에도 재계산하여야 하며

(3) 납부세액 재계산에 관한 부가가치세법시행령 제63조는 납세의무자가 의무적으로 이행하여야 할 사항이 아니고 관할 세무서장이 행할 수 있는 규정이므로 재계산에 의하여 납부할 세액으로 계산된 세액에 대하여 가산세를 부과함은 부당하다.

나. 국세청장 의견

관련법령에서 면세전용분 과세표준 또는 공통매입세액의 실지 귀속이 불분명한 경우의 안분계산은 공급가액 기준만을 열거하고 있으므로 면세분 공급가액은 생닭 매출액이고 과세분 공급가액은 도계 수수료로서 공급가액의 생성원인이 생산설비의 이용시간 또는 기여도와 상호 상관관계가 미약하여 이를 기준으로 안분계산하는 것이 불합리하다는 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다.

아울러 청구인은 매 과세기간 면세사업 관련 공급가액이 1997년 1기 이후 계속 감소하여 처분청이 안분계산한 매입세액을 재계산한 사실과 가산세를 부과한 사실이 없으므로 청구인이 재계산에 의한 납부세액의 증가분에 대하여 가산세 적용을 배제하여 달라는 주장은 부가가치세 결정내용에 대하여 오해가 있는 것으로 인정되며, 면세비율이 감소한 경우에도 매입세액을 재계산하여야 한다는 청구인의 주장도 관련법령에서 규정된 바 없어 이를 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 (1) 이건 고정자산투자액의 면세전용에 대한 과세표준과 공통매입세액중 면세사업과 관련된 금액을 산출함에 있어 과·면세사업의 공급가액을 기준으로 하여 안분한 처분의 당부 (2) 위 (1)의 안분된 공통매입세액에 대하여 납부할 세액의 계산을 이후의 면세비율이 감소하는 과세기간에 재계산할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

부가가치세법 제13조【과세표준】제5항은『제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』고 규정하고 있고

같은법시행령 제49조【자가공급등에 대한 과세표준의 계산】제2항은『과세사업에 공한 감가상각자산을 면세사업에 일부 사용하는 경우에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액을 과세표준으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물

당해 재화의 취득가액×(1-10/100×경과된 과세기간의 수)×(면세사업에 일부 사용한 날이 속하는 과세기간의 면세공급가액/면세사업에 일부 사용한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액)=과세표준』

2. 기타의 감가상각자산

당해 재화의 취득가액×(1-25/100×경과된 과세기간의 수)×(면세사업에 일부 사용한 날이 속하는 과세기간의 면세공급가액/면세사업에 일부 사용한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액)=과세표준』이라고, 제4항은『제1항 및 제2항의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수를 계산함에 있어서 과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득하거나 당해 재화가 공급된 것으로 보게 되는 경우에는 그 과세기간의 개시일에 당해 재화를 취득하거나 당해 재화가 공급된 것으로 본다.』고 규정하고 있다.

또한, 부가가치세법 제17조【납부세액】제5항은『제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 사업장 관할세무서장은 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산할 수 있다.』고, 제6항은『제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』고 각각 규정하고 있고

같은법시행령 제61조【매입세액의 안분계산】제1항은『사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관련된 매입세액=공통매입세액×면세공급가액/총공급가액』라고 규정하고 있으며

같은법시행령 제63조【납부세액 또는 환급세액의 재계산】제1항은『법 제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 법 제17조 제1항, 제61조 및 제61조의 2의 규정에 의하여 계산한 매입세액이 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율이 당해 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)의 그 비율보다 증가되는 경우의 감가상각자산에 한하여 적용한다.』라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가) 청구인이 과세사업과 관련하여 취득한 이건 고정자산투자액을 1997년 1기부터 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용한 데 대하여 처분청은 면세전용분에 대한 과세표준 및 공통매입세액의 실지귀속이 불분명함에도 이를 각 과세기간별 면세비율에 의하여 안분계산하지 아니함으로서 청구인이 매입세액 전액을 공제받은 사실을 확인하고, 다음과 같이 1997년 1기 이전에 시설투자한 금액중 면세전용분 과세표준은 부가가치세법 시행령 제49조 제2항 및 제4항에 의하여 안분계산하여 매출세액에 가산하고 그 이후 매입세액은 같은법 시행령 제61조 제1항에 의하여 공통매입세액을 안분계산하여 부가가치세를 과세한 사실이 조사복명서 및 부가가치세 경정결의서에 의하여 확인된다.

다 음

[면세전용분에 대한 과세표준 계산]

⁚면세전용분 재화의 시가(①+②+③)

① 1996.1기 기계 : 27,500,000원×(1-25/100×2) = 13,750,000원

② 1996.2기 기계 : 16,100,000원×(1-25/100×1) = 12,075,000원

③ 1996.2기 건물 : 954,545,451원×(1-10/100×1) = 859,090,905원

계 884,915,905원

⁚ 1997.1기분 면세전용분 재화의 과세표준

884,915,905 × 57.6%(면세비율) = 509,906,354원

[공통매입세액중 면세분 계산]

(금액 단위 : 원)

^1」803,354,000원(면세공급가액) / 1,394,179,000원(총공급가액) = 57.6%

^2」801,355,678원(면세공급가액) / 1,552,567,878원(총공급가액) = 51.6%

^3」438,353,000원(면세공급가액) / 861,228,569원(총공급가액) = 50.9%

(나) 이 건 자가공급에 대한 과세표준과 공통매입세액중 면세사업과 관련된 불공제대상 금액을 산출함에 있어 처분청은 위(가)와 같이 과·면세사업의 공급가액 비율로 안분계산 하였는 바, 처분청 과세자료 등에 의하면 이 공급가액중 면세분은 청구인의 생닭을 도계(이하 "자가분 도계"라 한다)하여 판매한 가액이나 과세분은 타인의 생닭을 도계(이하 "위탁분 도계"라 한다)한 데 대한 수수료로서 자가분 도계의 공급가액은 닭의 가액이 포함된 재화의 공급가액이고 위탁분 도계의 공급가액은 닭의 가액이 포함되지 않은 용역(가공수수료)의 공급가액이기 때문에 이들 공급가액은 그 성격이 상이하므로 이 공급가액 비율에 의하여 공통매입세액을 안분함은 불합리한 것으로 보이고, 나아가 이건 고정자산에서 이루어지는 작업이 자가분이던 위탁분이던 간에 생닭을 도계하는 것이고 그 도계하는 단위당 소요시간이 비슷하므로 이건 고정자산투자액이 과·면세 사업에 기여한 정도는 각 사업별 도계수에 비례하여 실지 귀속한다고 보는 것이 보다 합리적인 안분계산이라고 할 수 있다.

(다) 그렇다면, 이건 고정자산투자액중 면세사업 해당분(자가분도계수)을 도계수에 의하여 안분계산하는 것은 그 실지 귀속에 따른 것인 한편 이 도계수는 처분청 조사서(1996.1월∼1998.6월 월별 도계수) 및 청구인이 제시하고 있는 증빙의 내용이 일치하여 신빙성이 있는 것으로 인정되므로 그 도계수에 의하여 공통매입세액을 안분계산하여야 한다는 청구주장은 타당하다 하겠고, 다만 면세전용에 따른 자가공급분의 과세표준계산은 관련법령에서 공급가액만을 기준으로 명시하고 있어 이부분 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(2) 쟁점 (2)에 대하여 본다.

부가가치세법시행령 제63조는 납부세액의 재계산은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율이 당해 취득일이 속하는 과세기간의 그 비율보다 증가하는 경우의 감각상각자산에 한하여 적용한다고 규정되어 있지만 면세비율이 감소한 경우에도 매입세액을 재계산하여야 한다는 청구인의 주장은 관련법령에서 면세비율이 증가한 경우에 한하여 적용한다고 규정하고 있어 이를 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(3) 한편 청구인은 매 과세기간 면세사업 관련 공급가액이 1997년 제1기 이후 계속 감소하여 처분청이 안분계산한 매입세액을 재계산한 사실과 이 재계산에 의한 납부할세액의 미납부로 부과되는 가산세를 부과한 사실이 없으므로 청구인이 재계산에 의한 납부세액의 증가분에 대하여 가산세 적용을 배제하여 달라는 청구주장은 이 건 처분청의 결정내용에 대하여 오해가 있는 것으로 인정된다.

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.