심판청구번호 국심1999서 1032(2000. 7.12)

주 문 종로세무서장(변경전 효제세무서장)이 1998.9.16 청구법인에게

한 1996사업년도 법인세 860,814,290원(특별부가세 358,945,620

원 포함)및 동 농어촌특별세 39,295,670원의 부과처분은 이를

취소한다.

이 유

1. 사실 및 처분개요

가. 청구법인은 서울특별시 종로구 ○○○가 ○○○ 지하3층, 지상10층 건물 13,073.74㎡중 1/2(이하 “쟁점건물"이라 한다) 및 청구외 ○○○등 8인(3인은 청구법인의 주주)소유의 위 번지 토지 2,095.5㎡중 1/2(이하 "쟁점외 토지"라 하고 "쟁점건물"을 합하여 "쟁점부동산"이라 한다)를 토지와 건물가액을 구분하지 아니하고 일괄하여 7,940,000,000원에 양도하고 양도가액 구분을 토지는 개별공시지가, 건물은 과세시가표준액에 의하여 계산한 가액의 비율로 안분계산하여 쟁점건물의 양도가액을 1,734,256,410원(구축물, 설비, 기계, 비품등은 제외)으로 산정하여 각 사업연도소득에 대한 법인세 및 특별부가세를 신고한 바,

나. 처분청은 쟁점건물소유자인 법인과 쟁점외 토지 소유자를 특수관계자로 보고, 감정가액이 있는데도 기준시가로 안분계산하였음은 특수관계자인 양자가 건물가액을 토지가액보다 적게 산정함으로써 청구법인이 부담할 조세를 부당하게 감소시켰다는 이유로 쟁점건물의 양도일인 1996.11.2로부터 소급하여 약20개월 전인 1995.3.14 가격시점으로 평가한 쟁점건물과 토지의 감정평가금액의 비율로 안분계산하여 신고가액과의 차액 1,361,705,700원을 과소신고한 것으로 보아 각사업년도소득금액 및 특별부가세 양도차익계산시 가산하여 1998.9.16 1996사업연도분 법인세 860,814,290원(특별부가세 358,945,620원 포함)및 동 농어촌특별세 39,295,670원을 청구법인에게 결정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.10.14 심사청구를 거쳐 1999.5.12 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점건물소유자와 쟁점외 토지소유자가 특수관계자라 하여 일괄양도한 사실이 사회통념에 반한다고 볼 수 는 없고, 오히려 자연스러운 현상이며 일괄계약은 특수관계자간의 계약이 아니라 제3자와의 약정이었고 동 매매계약에는 서로간 다툼이 없고, 또한 배분당사자가 특수관계에 있다하여도 특수관계가 없는 자와의 거래시 배분보다 조세부담이 더 많아서는 아니 되며, 어떤 거래가 세법의 범위내에 이루어졌다면 당해 거래는 존중되어야 하며 대법원의 판례에서도 이 건과 같은 경우 양도가액계산은 매매당시의 시가에 의하여 안분하는 것이라고 판결하고 있으며,

(2) 시가가 불분명한 경우, 감정가액, 기준시가순으로 안분계산하도록 시행규칙과 예규에서 정하고 있고, 쟁점건물과 쟁점외 토지의 감정평가기준일과 위 토지·건물의 양도일 사이에 위 토지와 건물가액의 변동율이 같았다고 할 객관적인 입증도 없으며, 일반적으로 토지와 달리 건물은 기간의 경과에 따라 절대가치가 하락하는 점으로 보아 20개월전의 감정가액으로 쟁점건물가액을 안분계산한 처분청의 계산근거는 건물가액을 고평가하였을 개연성이 높은 점등으로 볼 때, 처분청이 감정가액에 의하여 안분계산한 것은 부당하므로 각사업년도 소득금액결정과 특별부가세 결정시 쟁점건물의 양도가액은 청구법인이 신고한 위 토지· 건물의 양도당시의 기준시가에 의하여 토지와 건물의 가액을 안분계산하는 것이 적법·타당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구법인 소유의 쟁점건물과 주주 개인소유의 쟁점외 토지를 일괄 양도하는 경우 각자의 지분별로 가장 합리적인 방법으로 안분계산하는 것이나, 배분된 금액이 당해법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우, 법인세법 제20조의 부당행위계산의 부인규정이 적용되는 것이며,

(2) 위 토지 및 건물의 소유주가 서로 상이할 경우에는 각각 별도의 계약이 되거나 동일 계약서로 작성이 되더라도 구분되어 계약이 되어야 마땅하나 구분이 없이 계약하였다면 합리적인 방법으로 구분계상하여야 함에도, 토지 및 건물의 소유자가 특수관계인에 해당되는 청구법인이 토지 및 건물을 양도계약서상 구분 없이 일괄 양도한 것은 비정상적인 거래, 사회통념 내지 상관습에 반하는 행위로 밖에 볼 수 없으며,

(3) 쟁점외 토지소유자인 청구외 ○○○외 8인은 1995.3.14 감정가액으로 토지분 상속세를 신고납부하였고, 감정가액을 토대로 청구외 (주)○○○와 매매계약을 체결하였으며, 매수법인은 감정평가액의 비율에 따라 토지와 건물가액을 계상한 사실로 보아 매매계약시 자산별로 실질가치를 평가한 분명한 가액이 있음에도 이를 계약서에 기재하지 아니하고 가액이 불분명하다 하여 기준시가로 안분계산하였음은 조세회피목적의 특수관계자간의 부당한 행위로 인정되므로 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 당초 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인소유 쟁점건물과 개인소유 쟁점외 토지를 토지·건물가액을 구분하지 아니하고 일괄 양도한 경우, 건물양도에 대한 법인의 각 사업년도 소득 및 양도차익(특별부가세)을 계산함에 있어 거래일로부터 20개월전의 감정가액의 비율로 안분계산할 것인지 아니면 양도일 현재의 토지·건물의 기준시가에 의하여 안분계산할 것인지를 가리는데 있다.

나. 관련법령

법인세법 제20조【부당행위계산의 부인】에서 "정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각사업년도 소득금액을 계산할 수 있다."라고 규정하고 있고,

같은법시행령 제46조【법인의 부당한 행위 또는 계산】 제2항에서 "법 제20조에서 『조세의부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우』라함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 시가를 초과하는 가액으로 현물출자하거나 그 자산을 과대상각한 때.

2.∼3(생 략)

4. 출자자 등으로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하거나 출자자등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때.

5.∼8(생 략)

9. 기타 출자자 등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때”라고 규정하고 있다.

법인세법시행규칙 제16조의2【시가】에서 "영 제40조 제1항·영 제41조 제1항·영 제46조 및 영 제116조 제2항·제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법 시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다"라고 규정하고 있고

구 상속세법시행령 제5조【상속재산의 평가방법】제1항에서 "법 제9조 제2항에서 『대통령령이 정하는 방법』이라 함은 제2항 내지 제7항의 규정에 의하여 상속재산을 평가하는 것을 말한다.

1.토지의 평가

가. 나목의 경우를 제외하고 시장·군수·구청장이 지가공시 및 토지등에 관한 평가에 관한 법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 지가(이하"개별공시지가"라 한다)

1의2. 건물의 평가

가. 나목의 경우를 제외하고는 지방세법 시행령 제80조의 규정에 의한 과세시가표준액에 의한 가액에 의한다.”라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 청구법인과 청구외 ○○○외 8인이 각각 소유한 쟁점건물과 쟁점외토지 및 기계장치등의 가액을 구별하지 아니하고 일괄하여 7,940,000,000원에 양도한 후 기계장치등의 양도가액 333,213,487원을 제외한 쟁점부동산의 양도가액 7,606,786,513원을 법인세법 제59조의2의 규정을 적용하여 기준시가(쟁점외 토지는 개별공시지가 4,136,835,950원, 쟁점건물은 지방세과세시가표준액 1,209,320,950원)로 안분하고 쟁점건물의 양도차익등을 계산하여 법인세 및 특별부가세를 신고·납부하였는 바, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산의 양도가액을 감정가액으로 안분하지 아니하고 기준시가로 안분하여 쟁점건물에 귀속되는 양도가액을 배분한 행위는 법인소득을 부당히 감소시킨 부당행위계산 부인대상이라고 보아 쟁점부동산의 양도가액을 양도일로부터 20개월전의 가격시점으로 한국감정원이 평가한 감정가액비율로 안분하여 쟁점건물에 귀속되는 양도가액을 산정하고 청구법인이 신고한 양도가액과의 차액 1,361,705,700원을 각사업연도소득금액 및 특별부가세 과세표준에 가산하여 과세한 사실이 이 건 과세기록에 의하여 확인된다.

(2) 법인세법상의 부당행위계산 부인은 일정한 특수관계자 사이의 거래가 사회통념이나 관습에 비추어 볼 때 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 이를 부인하고 법령이 정하는 방법으로 정부가 소득금액을 계산하는 제도이므로 토지등의 취득·양도가 정상적인 거래인가의 여부는 그 대금을 확정 짓는 거래 당시를 기준으로 판단하여야 하며 (대법원 97누15821, 1999.1.29등 다수 같은 뜻임)

부당행위계산을 위한 정상적인 거래가액의 산정은 원칙적으로 시가에 의하고, 시가가 불분명한 경우에는 법인세법 시행규칙 제16조의2의 규정에 따라 감정평가법인이 감정한 감정가액을 우선적용하고, 감정가액이 없는 경우에는 당해 부동산의 기준시가에 의하여 평가한 가액으로 산정하여야 할 것인 바,

이 건과 같이 소유자가 다른 토지 및 건물을 일괄양도하여 각각의 거래가액이 확인되지 아니하는 경우에도 위와 같은 정상거래가액의 산정방법순서에 준하여 안분 계산하는 것이 합리적이라 할 것이다.

(3) 처분청은 쟁점부동산의 양도가액을 청구법인이 신고한 대로 총양도대금 7,940,000,000원에서 기계장치등의 양도가액(장부가액) 333,213,487원을 제외한 7,606,786,513원으로 확정하였는 바, 동 가액이 쟁점외토지 및 쟁점건물을 합한 쟁점부동산의 실지거래가액에 해당된다는 사실에는 다툼이 없고, 다만 쟁점부동산의 매매계약서상 건물과 토지의 가액을 구분하지 아니하고 일괄양도하여 쟁점부동산 전체의 양도가액이 위와 같이 확인된다 하더라도 양도당시 쟁점건물에 대한 구분된 시가는 불분명하다고 보아야 할 것이다.

(4) 위와 같이 토지와 건물을 일괄양도하여 토지와 건물을 합한 양도가액은 확인되나 각각 구분된 양도가액이 확인되지 않는 경우 양도당시의 감정가액이 있다면 그 가액의 비율로 안분계산하는 것이 관련 법인세법 및 판례에도 부합되고 합리적일 것이나, 처분청이 안분계산시 적용한 감정가액은 거래일로부터 20개월전의 감정가액이어서 동 감정가액을 거래일 현재의 시가로 보기 어렵고 (국심 97부1674, 1997.12.1등 다수 같은 뜻임), 일반적으로 건물의 가치는 시간이 경과함에 따라 노후화 되어 가격이 하락(쟁점건물의 경우는 감정평가시 보다 양도시의 기준시가 6.8% 하락) 하는 반면, 토지는 시간의 경과에 따라 상승하는 것 [쟁점외 토지의 경우는 공시지가가 변동되지 아니하였으나, 지가동향(2000.1월 건설교통부 발행)에 의하면 쟁점외 토지 소재지인 종로구의 경우 1995년∼1996년 기간 중 실제 지가는 1.24% 상승함] 이 일반적인 현상이므로 위 토지와 건물에 대한 감정가액의 구성비가 감정평가일로부터 20개월 후인 양도시에도 동일하다고 보는 것은 무리가 있다할 것이며,

또한, 위 감정가액을 양도당시의 시가로 채택하기 위하여는 감정평가 시점부터 양도일까지 이 건물의 실질가치(가격)가 변동하지 아니한 사실에 대하여 처분청이 이를 입증하여야 함(대법원 95누12408, 1996.1.23등 다수 같은 뜻임)에도 이를 입증하지 못하고 있다.

(5) 위 사실을 모아 볼 때 쟁점부동산의 매매(거래) 당시에 쟁점외토지와 쟁점건물을 구분한 각각의 시가는 확인되지 아니하고 또한 감정가액도 없는 경우에 해당한다 할 것이므로 청구법인이 총 양도대금 7,940,000,000원 중에서 기계장치등의 가액 333,213,487원을 제외한 나머지 가액을 양도당시의 토지·건물의 기준시가로 안분계산하여 쟁점건물의 양도가액을 1,734,256,410원으로 산정하고 이에 따라 법인세등을 신고 납부한 것은 정당한 반면, 처분청이 부당행위계산 부인규정을 적용하여 쟁점부동산의 양도가액을 시가로 볼 수 없는 20개월전의 감정가액으로 안분하고 청구법인에게 귀속되는 쟁점건물의 양도가액을 산정하여 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.

라. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.