주 문

○○○세무서장이 1999.4.12 청구인에게 한 1996사업년도 귀속 종합소득세 119,799,230원의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 원처분개요

청구인은 ○○○시 ○○○구 ○○○가 ○○○ 지상에 청구인과 특수관계에 있는 주식회사 ○○○기업(이하 "청구외법인"이라 한다)이 소유하고 있는 건물(13,073.74㎡중 1/2이며, 이하 “쟁점외건물"이라 한다) 부수토지(2,095.5㎡중 1/2이며 이하 "쟁점토지 등"이라 한다)중 214.98㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 소유하고 있는 부동산 임대사업자로서 쟁점외건물과 쟁점토지 등을 토지와 건물가액을 구분하지 아니하고 일괄하여 7,940,000,000원에 양도한 후 청구외법인은 토지는 개별공시지가, 건물은 과세시가표준액에 의하여 계산한 가액의 비율로 안분계산하여 쟁점외건물의 양도가액을 1,734,256,410원(구축물,설비,비품등은 제외)으로 산정하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세 및 특별부가세를 신고하였는데

처분청은 쟁점토지등과 쟁점외건물(이하 "쟁점부동산"이라 한다)의 양도가액산정과 관련하여 감정가액이 있는데도 기준시가로 안분계산하였음은 특수관계자인 양자가 건물가액을 토지가액보다 적게 산정함으로써 청구외법인이 부담할 조세를 부당하게 감소시켰다는 이유로 쟁점부동산의 양도일인 1996.11.2 로부터 소급하여 약20개월 전인 1995.3.14을 가격시점으로 평가한 쟁점외건물과 쟁점토지 등의 감정평가금액의 비율로 안분계산하여 신고가액과의 차액 1,361,705,700원을 청구외법인이 과소신고한 것으로 보아 각사업년도소득금액 계산시 동금액을 익금가산하고 토지소유지분에 따라 동금액 중 272,341,140원(이하 "쟁점소득금액"이라 한다)을 청구인에게 기타 소득으로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 후 1996년 귀속분 종합소득세 119,799,230원을 1999.4.12 청구인에게 결정 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1999.5.28 심사청구를 거쳐 1999.12.1 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

처분청은 소유자가 서로 다른 쟁점외건물과 쟁점토지등을 가액구분 없이 일괄매각한 후 한국감정원의 감정가액이 있으면서도 기준시가에 의해 안분계산하여 가액을 구분함으로써 특수관계자인 양자가 건물가액을 토지가액보다 적게 산정함으로써 청구외법인이 부담할 조세의 부당한 감소를 가져오게 하였다는 이유로 양도일로부터 20개월전인 1995.3.14을 가격시점으로 하여 평가(한국감정원)된 금액으로 안분계산된 가액과의 차액을 토지소유자들에게 배당처분 및 기타소득 처분하여 이 건 종합소득세를 청구인에게 고지하였는데 본 건과 같은 경우에 있어 각 사업연도 소득금액계산을 위한 양도가액을 매매당시의 시가에 의하여 안분계산하는 것이 합리적이라고 대법원에서 판시하고 있고, 법인세법(령)에서도 부당행위계산시에 시가비율을 원칙으로 하고 시가가 불분명할 경우 감정가액과 기준시가 등 비율로 안분계산토록 규정하고 있는 바,

시가가 불분명하여 감정가액을 적용하려면 감정평가일 이후 토지와 건물의 상승률(하락율)이 같거나 토지가격상승율이 건물가격상승율보다 높은 경우에 한하여 적용할 수 있다 하겠으나, 이 건의 경우 위와 같은 가격 상승률에 대한 검토도 없이 양도일로부터 소급하여 20개월 전의 감정가액으로 안분계산하여 건물가액을 산정 과세한 것은 부당하므로 기준시가로 안분계산 과세하여야 한다.

나. 국세청장 의견

청구인이 부당하다고 주장하는 선행처분【일괄양도가액에 쟁점토지등과 지상건물의 감정가액의 합계액 중 건물의 감정가액이 차지하는 비율을 곱한 금액을 건물의 양도가액이 일괄양도가액에 기준시가 비율로 안분계산한 가액보다 작은 금액차이를 부당행위계산 부인하여 청구외법인의 익금에 가산하고, 청구인 등에게 기타소득 등으로 소득처분】에 대하여는 이미 청구외법인에서 심사청구하였고, 이를 심리한 결과 기각결정한 사실이 있으므로 쟁점소득금액을 청구인의 1996귀속 종합소득금액에 합산하여 과세한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다하겠다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 심판청구는 청구외법인 소유 쟁점외건물과 청구인 등 소유 쟁점토지 등을 토지·건물가액 구분없이 일괄 양도한 경우, 건물양도에 대한 법인의 각 사업년도 소득 및 양도차익(특별부가세)을 계산함에 있어 양도일로부터 20개월전의 감정가액의 비율로 안분계산하는 것이 정당한지 아니면 양도일 현재의 토지·건물의 기준시가에 의하여 안분계산하는 것이 정당한지 여부에 그 다툼이 있다.

나. 관련법령

법인세법 제20조에서 『정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각사업년도 소득금액을 계산할 수 있다.』고 규정하고 있고,

같은법시행령 제46조 제2항에서 『법 제20조에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 시가를 초과하는 가액으로 현물출자하거나 그 자산을 과대상각한 때.

2. ∼ 3(생 략)

4. 출자자 등으로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하거나 출자자등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때.

5. ∼ 8(생 략)

9. 기타 출자자 등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때』라고 규정하고 있으며,

같은법시행규칙 제16조의 2에서 『영 제40조 제1항·영 제41조 제1항·영 제46조 및 영 제116조 제2항·제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법 시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다』고 규정하고 있고,

구 상속세법시행령 제5조 제1항에서 『법 제9조 제2항에서 "대통령령이 정하는 방법"이라 함은 제2항 내지 제7항의 규정에 의하여 상속재산을 평가하는 것을 말한다.

1.토지의 평가

가. 나목의 경우를 제외하고 시장·군수·구청장이 지가공시 및 토지등에 관한 평가에 관한 법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 지가(이하"개별공시지가"라 한다)

1의 2. 건물의 평가

가. 나목의 경우를 제외하고는 지방세법 시행령 제80조의 규정에 의한 과세시가표준액에 의한 가액에 의한다.』고 규정하고 있다.

한편, 구소득세법 제21조 제1항에서 『기타소득은 이자소득·배당소득·부동산임대소득·사업소득·근로소득·일시재산소득·퇴직소득·양도소득 및 산림소득외의 소득으로 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1.∼19. (생략)

20. 제1호 내지 19호 외의 소득으로서 대통령령이 정하는 것』이라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제42조 제1항에서는 『법 제21조 제1항 제20호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. (생략)

2. 법인세법에 의하여 처분된 소득』이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구외법인과 토지소유자인 청구인등은 토지·건물·기계장치 등의 가액을 구분하지 아니하고 쟁점부동산을 일괄하여 7,940,000,000원에 양도한 후 기계장치등의 양도가액 333,213,487원을 제외한 쟁점부동산의 양도가액 7,606,786,513원을 법인세법 제59조의2의 규정을 적용하여 기준시가(쟁점토지등은 개별공시지가 4,136,835,950원, 쟁점외건물은 지방세과세시가표준액 1,209,320,950원)로 안분하고 쟁점외건물의 양도차익등을 계산하여 청구외법인이 법인세 및 특별부가세를 신고·납부하였는 바, 처분청은 청구외법인이 쟁점부동산의 양도가액을 감정가액으로 안분하지 아니하고 기준시가로 안분하여 쟁점외건물에 귀속되는 양도가액을 배분한 행위는 법인소득을 부당히 감소시킨 부당행위계산 부인대상이라고 보아 쟁점부동산의 양도가액을 양도일로부터 20개월전의 가격시점으로 한국감정원이 평가한 감정가액비율로 안분하여 쟁점외건물에 귀속되는 양도가액을 산정하고 청구외법인이 신고한 양도가액과의 차액 1,361,705,700원을 각사업연도소득금액 및 특별부가세 과세표준에 가산하여 과세한 사실이 이 건 과세기록에 의하여 확인된다.

(2) 법인세법상의 부당행위계산 부인은 일정한 특수관계자 사이의 거래가 사회통념이나 관습에 비추어 볼 때 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 이를 부인하고 법령이 정하는 방법으로 정부가 소득금액을 계산하는 제도이므로 토지등의 취득·양도가 정상적인 거래인가의 여부는 그 대금을 확정 짓는 거래 당시를 기준으로 판단하여야 하며 (대법원 97누15821, 1999.1.29등 다수 같은 뜻임)

부당행위계산을 위한 정상적인 거래가액의 산정은 원칙적으로 시가에 의하고, 시가가 불분명한 경우에는 법인세법 시행규칙 제16조의2의 규정에 따라 감정평가법인이 감정한 감정가액을 우선적용하고, 감정가액이 없는 경우에는 당해 부동산의 기준시가에 의하여 평가한 가액으로 산정하여야 할 것인 바,

이 건과 같이 소유자가 다른 토지 및 건물을 일괄양도하여 각각의 거래가액이 확인되지 아니하는 경우에도 위와 같은 정상거래가액의 산정방법순서에 준하여 안분 계산하는 것이 합리적이라 할 것이다.

(3) 처분청은 쟁점부동산의 양도가액을 청구외법인이 신고한 대로 총양도대금 7,940,000,000원에서 기계장치등의 양도가액(장부가액) 333,213,487원을 제외한 7,606,786,513원으로 확정하였는 바, 동 가액이 쟁점토지 등 및 쟁점외건물을 합한 쟁점부동산의 실지거래가액에 해당된다는 사실에는 다툼이 없고, 다만 쟁점부동산의 매매계약서상 건물과 토지의 가액을 구분하지 아니하고 일괄양도하여 쟁점부동산 전체의 양도가액이 위와 같이 확인된다 하더라도 양도당시 쟁점외건물에 대한 구분된 시가는 불분명하다고 보아야 할 것이다.

(4) 위와 같이 토지와 건물을 일괄양도하여 토지와 건물을 합한 양도가액은 확인되나 각각 구분된 양도가액이 확인되지 않는 경우 양도당시의 감정가액이 있다면 그 가액의 비율로 안분계산하는 것이 관련 법인세법 및 판례에도 부합되고 합리적일 것이나, 처분청이 안분계산시 적용한 감정가액은 거래일로부터 20개월전의 감정가액이어서 동 감정가액을 거래일 현재의 시가로 보기 어렵고 (국심 97부1674, 1997.12.1등 다수 같은 뜻임), 일반적으로 건물의 가치는 시간이 경과함에 따라 노후화 되어 가격이 하락(쟁점외건물의 경우는 감정평가시 보다 양도시의 기준시가 6.8% 하락) 하는 반면, 토지는 시간의 경과에 따라 상승하는 것 [쟁점토지등의 경우는 공시지가가 변동되지 아니하였으나, 지가동향(2000.1월 건설교통부 발행)에 의하면 쟁점토지등 소재지인 ○○○구의 경우 1995년∼1996년 기간 중 실제 지가는 1.24% 상승함] 이 일반적인 현상이므로 위 토지와 건물에 대한 감정가액의 구성비가 감정평가일로부터 20개월 후인 양도시에도 동일하다고 보는 것은 무리가 있다할 것이며,

또한, 위 감정가액을 양도당시의 시가로 채택하기 위하여는 감정평가 시점부터 양도일까지 이 건물의 실질가치(가격)가 변동하지 아니한 사실에 대하여 처분청이 이를 입증하여야 함(대법원 95누12408, 1996.1.23등 다수 같은 뜻임)에도 이를 입증하지 못하고 있다.

(5) 위 사실을 모아 볼 때 쟁점부동산의 매매(거래) 당시에 쟁점토지 등과 쟁점외건물을 구분한 각각의 시가는 확인되지 아니하고 또한 감정가액도 없는 경우에 해당한다 할 것이므로 청구외법인이 총 양도대금 7,940,000,000원 중에서 기계장치등의 가액 333,213,487원을 제외한 나머지 가액을 양도당시의 토지·건물의 기준시가로 안분계산하여 쟁점외건물의 양도가액을 1,734,256,410원으로 산정하고 이에 따라 법인세등을 신고 납부한 것은 정당한 반면, 처분청이 부당행위계산 부인규정을 적용하여 쟁점부동산의 양도가액을 시가로 볼 수 없는 20개월전의 감정가액으로 안분하고 청구외법인에게 귀속되는 쟁점외건물의 양도가액을 산정하여 법인세 등을 과세한 처분은 부당하다 하겠다(국심 99서1032, 2000.7.12 같은 뜻).

사실이 이러하다면 쟁점소득금액을 청구인의 기타소득으로 소득처분하여 이건 종합소득세를 과세한 처분 또한 부당하다 할 것이므로 이를 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

라. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.