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심판청구일부인용
신고누락한 매입세액을 매출세액에서 차감할 수 있는지 여부
국심-2001-서-0166생산일자 2001.05.04.
AI 요약
요지
실제 거래가 이루어진 정당한 세금계산서는 매입세액을 공제할 수 있는 것임
질의내용

심판청구번호 국심2001서 0166(2001. 5. 4)

,207,380원의 부과처분은, 청구법인이 1997.2기에 교부 받은 아래 의 【매입세금계산서】에 대한 매입세액 17,835,700원을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 과세 표준과 세액을 경정한다.

【매입세금계산서】

(단위 : 원)

공급자

품명

년월일

공급가액

세액

○○○(○○○)

위탁수수료

97.10.31

12,322,000

1,232,200

○○○(○○○)

97.11.30

13,205,000

1,320,500

○○○(○○○)

97.12.31

16,598,000

1,659,800

○○○(주)

주유기

97.12.31

136,232,000

13,623,200

합 계

178,357,000

17,835,700

이 유

1. 사 실

청구법인은 석유류 도소매업을 영위하는 ○○○(주)의 지점법인이다. 청구법인은 1998.1.25자 1997.2기 부가가치세확정신고시 323,944,410원을 신고·납부하였다가, 1997.10.31∼1997.12.31 사이에 공급가액 178,357,000원 상당의 매입세금계산서 4매(이하 "쟁점세금계산서"라 한다, 주문의 참조)를 교부받고 위 부가가치세확정신고시 쟁점세금계산서에 대한 매입세액 17,835,700원(이하 "쟁점매입세액"이라 한다)을 신고누락하였다 하여 1999.2.12 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감하여 경정청구를 하였으나, 처분청으로부터 청구법인의 위 경정청구가 경정청구기한(1999.1.25)을 경과하여 제기하였다 하여 경정청구에 대한 거부통지를 받았다.

처분청은 청구법인이 1997.5월 ○○○(○○○주유소)에게 주유기를 판매하고, 같은 해 8월 매출세금계산서를 발행하였다 하여 2000.11.30 청구법인에게 1997.2기 세금계산서합계표미제출가산세 1,207,380원을 결정고지하였다.

청구법인은 처분청이 2000.11.30 결정고지한 증액경정처분에 대한 불복청구로서 2001.1.10 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감하여야 한다는 취지로 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청이 2000.11.30 청구법인에게 1997.2기 세금계산서합계표미제출가산세 1,207,380원을 부과함에 따라 위 과세기간 중에 부가가치세 경정사유가 발생하였으므로, 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감하여야 한다.

나. 처분청 의견

경정청구기간은 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한자가 법정신고기한 경과후 1년이내에 하도록 되어 있으며, 최초 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송판결, 제3자에게 귀속변경, 조세조약규정 변경, 결정·경정으로 당초 처분 과세표준 및 세액이 초과한 때 등의 경우 예외적으로 그 사유가 발생한 날로부터 2월이내에 경정청구할 수 있도록 되어 있는 바, 이 건의 경우 이에 해당하지 아니한다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

(1) 처분청이 2000.11.30 결정고지한 1997.2기 부가가치세의 증액경정처분에 대하여, 위 과세기간에 신고누락한 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감하여야 한다는 불복청구가 본안심리 대상인지 여부

(2) 본안심리 대상인 경우, 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감할 수 있는지 여부

나. 쟁점 (1)에 대하여 본다

(1) 관련법령

국세기본법 제55조 【불 복】제1항에서, "이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다."고 규정하고 있다.

같은 법 제68조 【청구기간】제1항에서는, "심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다."고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

(가) 청구법인은 1997.2기 부가가치세확정신고시 부가가치세 323,944,410원을 신고·납부한 후, 1999.2.12 청구법인이 1997.10.31∼1997.12.31 사이에 교부받은 쟁점세금계산서가 신고누락되었음을 확인하고, 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감하여 경정청구를 하였으나, 처분청으로부터 청구법인의 위 경정청구가 경정청구기한(1999.1.25)을 경과하여 제기하였다 하여 경정청구에 대한 거부통지를 받은 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(나) 처분청은 청구법인이 1997.5월 ○○○(○○○주유소)에게 주유기를 판매하고, 같은 해 8월 매출세금계산서를 발행하였다 하여 2000.11.30 청구법인에게 1997.2기 세금계산서합계표미제출가산세 1,207,380원을 결정고지하였으며, 청구법인은 처분청의 위 증액경정처분에 대한 불복청구로서 2001.1.10 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감하여야 한다는 취지의 불복청구를 제기하였음을 알 수 있다.

(다) 위와 같이 1997.2기 부가가치세의 증액경정처분이 있는 경우, 위 과세기간 중의 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감하여야 한다는 불복청구가 본인심리 대상인지 여부에 대하여 살펴본다.

청구법인에 대한 위 증액경정처분은 그 세액을 다시 결정한 것인 바, 당초 결정의 효력은 경정처분으로 인하여 소멸된다 할 것이다.

따라서 이 건 경정처분 시점부터 기산하여 청구기간을 계산하는 것이 타당하므로 이 건 심판청구는 적법한 청구로서 본안심리 대상이라고 판단된다(국심 93서1373, 1993.8.11외 다수, 같은 뜻임).

다. 쟁점 (2)에 대하여 본다

(1) 관련법령

부가가치세법 제21조 【경 정】제1항에서, "사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때"라고 규정하고 있다.

같은 조 제2항에서는, "사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다."고 규정하고 있다.

같은 조 제3항에서, "사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항과 제2항의 규정에 의하여 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 재경정한다."고 규정하고 있다.

같은 법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】제1항에서는, "법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다.

2. 법 제21조의 규정에 의한 경정에 있어서 사업자가 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서 또는 법 제32조의 2 제3항의 규정에 의하여 교부받은 신용카드매출전표 및 법 제32조의 3 제3항 후단의 규정에 의하여 교부받은 계산서를 제70조에 규정하는 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우"라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

(가) 청구법인은 1997.2기 부가가치세확정신고시 쟁점세금계산서를 신고누락하였다 하여 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감하여야 한다고 주장하고 있는 바, 청구법인이 ○○○(○○○)과 ○○○(○○○) 및 본점으로부터 교부받은 쟁점세금계산서가 정당한 것인지 여부에 대하여 살펴본다.

① 청구법인과 ○○○의 거래내역을 보면, 청구법인은 1996.10.31 ○○○과 경기도 고양시 ○○구 ○○○동 ○○○ 소재 청구법인의 직영주유소 운영 용역계약을 체결하고, 위 용역계약에 따라 ○○○은 1996.11.1부터 1997.10.31까지 위 직영주유소 운영 용역을 청구법인에게 제공하였다.

청구법인은 위탁수수료를 ○○○에게 지급하고, 1996.11.1부터 1997.9.30까지 교부받은 세금계산서에 대하여는 부가가치세를 신고·납부한 사실이 용역계약서와 부가가치세확정신고서 등에 의하여 확인된다.

청구법인은 1996.11.1부터 1997.10.31까지 교부받은 세금계산서 중 1997.10.31 교부받은 세금계산서 1매를 부가가치세확정신고시 누락하였다고 주장하면서, ○○○이 신고한 1997.2기 부가가치세확정신고서 및 세금계산서를 제출하고 있다.

○○○이 1997.11.24 신고한 1997.2기 부가가치세신고서 및 국세청 전산자료에 의하면, ○○○은 총매출세액을 4,881,200원으로, 납부할 세액을 1,184,485원으로 하여 신고·납부하면서 1997.10.31자로 폐업신고하였고, 위 부가가치세신고시 1997.10.31 청구법인에게 교부한 세금계산서의 매입세액 1,232,200원을 매출세액에 포함하여 신고하였으며, ○○○은 청구법인에게 매출한 위탁수수료 이외에는 다른 매출이 없음을 알 수 있다.

② 청구법인과 ○○○의 거래내역을 보면, ○○○은 경기도 고양시 ○○구 ○○○동 ○○○에서 ○○○이 운영하다가 1997.10.31 폐업한 청구법인의 직영주유소를 인수하여 1997.11.1부터 운영하였다.

청구법인은 1997.10.31 ○○○과 위 직영주유소 운영 용역계약을 체결하고, 위 용역계약에 따라 1997.11.1부터 1998.10.31까지 ○○○이 직영주유소 운영 용역을 청구법인에게 제공하였다.

청구법인은 위와 같이 위탁수수료를 ○○○에게 지급하고, 1997.11.30과 1997.12.31 교부받은 세금계산서 2매를 부가가치세확정신고시 누락하였다고 주장하면서, ○○○이 신고한 1997.2기 부가가치세확정신고서 및 세금계산서를 제출하고 있다.

○○○이 1998.1.25 신고한 1997.2기 부가가치세확정신고서에 의하면, ○○○은 1997.11.30과 1997.12.31 교부받은 세금계산서 2매의 매출세액 2,980,300원을 총매출세액으로, 납부할 세액을 2,318,528원으로 하여 신고·납부하였으며, ○○○은 청구법인에게 매출한 위탁수수료 이외에는 다른 매출세액이 없음을 알 수 있다.

위에서 본 바와 같이 청구법인의 직영주유소인 경기도 고양시 ○○구 ○○○동 ○○○ 소재 주유소는 1996.11.1부터 1997.10.31까지는 ○○○이, 1997.11.1이후부터는 ○○○이 계속하여 운영하면서, 이들은 청구법인으로부터 위탁수수료를 지급받고, 이에 대한 부가가치세를 신고·납부한 사실이 확인되므로, 청구법인이 1997.2기 부가가치세확정신고시 ○○○과 ○○○으로부터 교부받은 1997.10.31자, 1997.11.30자 및 1997.12.31자 매입세금계산서 3매의 매액세액4,212,500원은 매출세액에서 차감하는 것이 타당하다고 판단된다.

③ 청구법인과 본점과의 거래내역을 보면, 본점은 1997.2기분 부가가치세확정신고시 청구법인에게 매출한 공급가액을 126,208,358,748원으로 신고하였고, 청구법인은 위 과세기간 중 본점으로부터 매입한 공급가액을 126,072,126,748원으로 신고하여 그 차액 136,232,000원이 발생하였음을 알 수 있다.

청구법인은 1997.12.31 본점으로부터 공급가액 136,232,000원 상당의 주유기를 매입하여, 같은 날 위 주유기를 ○○○외 1인(○○○주유소)에게 공급가액 123,847,275원에 매출(※ 주유기의 사용기간에 따른 감액율 9.1% 적용하여 감액매출한 것임)한 것으로 하여 매출세액을 신고·납부한 사실이 부가가치세확정신고시 제출한 매출처별세금계산서합계표 등에 의하여 확인된다.

또한 본점의 회계처리 내역을 보면, 본점은 매입부가계정 및 사내매출로 1997.12.31자로 136,232,000원을 기장한 사실이 본점의 회계정보시스템에 의하여 확인된다.

사실이 이러하다면, 쟁점세금계산서는 실제 거래가 이루어진 정당한 세금계산서라 할 것이므로, 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제함이 타당하다고 판단된다.

(나) 한편, 위 관련법령에서 본 바와 같이 관할세무서장이 부가가치세법 제21조의 규정에 의한 경정에 있어 사업자가 같은 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서를 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 때에는 매입세액을 공제받을 수 있는 것이며, 이 경우에는 같은 법 제22조 제4항 제1호의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표 미제출가산세가 적용되는 것인 바,

처분청은 청구법인이 1997.2기 부가가치세확정신고시 쟁점세금계산서를 신고누락하였다는 경정청구에 대하여 거부처분을 하였고, 그 후 1997.2기 부가가치세를 경정결정하면서 청구법인이 같은 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 쟁점세금계산서가 정당한 세금계산서인지의 여부를 조사하여 정당한 세금계산서임이 확인되면 쟁점매입세액을 환급할 수 있다 할 것이다.

(다) 그렇다면, 청구법인이 1997.2기 부가가치세확정신고시 쟁점세금계산서를 신고누락하여 이에 관련된 세금계산서합계표미제출가산세를 부과하는 것은 별론으로 하고, 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다고 판단된다.

라. 결론

따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001년 5월 4일

주심국세심판관 문○○