심판청구번호 국심2001중 2531(2002. 1.28)

�법인세 1,091,150원의 부과처분은 4,770,700원을 청구법인의 소득금액계산시 손금에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

⸂ 1998사업연도분 법인세 6,151,240원의 부과처분은 19,986,350원을 청구법인의 소득금액계산시 손금에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정하며,

⸃ 1999사업연도분 법인세 211,540,640원의 부과처분은 47,383,090원을 청구법인의 소득금액계산시 손금에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

⸄ 나머지 청구는 이를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

청구법인에 근무하였던 청구외 임○○○이 2000.4.21 제1차로 감사원장에게 청구법인의 탈세사실에 대한 제보를 함에 따라 처분청은 청구법인에 대하여 2000.6.19∼2000.7.24 기간동안 법인세 특별조사를 실시하여, 2000.10.5 청구법인에게 법인세 23,187,170원(1995사업연도 859,230원, 1996사업연도 1,788,240원, 1997사업연도 1,740,590원, 1998사업연도 4,965,670원, 1999사업연도 13,833,240원, 이하 "당초 법인세경정"이라 한다)과 부가가치세 130,268,900원(1996사업연도 683,300원, 1997사업연도 5,724,850원, 1998사업연도 23,983,610원, 1999사업연도 64,465,810원, 2000사업연도 35,411,330원)를 결정고지하였다.

이후 2000.10.23 임○○○이 처분청에 제2차로 탈세제보를 함에 따라 처분청은 2001.2.12∼2001.5.24 기간동안 청구법인에 대한 조사를 실시하여, 1999사업연도중 일일기사 운송수입금액중 486,902,000원(이하 "쟁점수입금액⸁"이라 한다) 및 정식사원의 운행수입중 125,027,524원(이하 "쟁점수입금액⸂"라 한다)과 2000사업연도중 청구법인의 수입금액 345,259,283원이 신고누락된 것으로 보아 이를 당해 연도 청구법인의 소득금액 계산시 익금에 산입하고, 당초 법인세경정시 손금에 산입한 매출부가가치세상당액중 경감세액을 차감한 72,140,140원(1997사업연도 4,770,700원, 1998사업연도 19,986,350원, 1999사업연도 47,383,090원, 이하 "쟁점부가가치세액"이라 함)을 손금불산입하여, 2001.7.1 청구법인에게 법인세 259,553,650원(1997사업연도 1,091,150원, 1998사업연도 6,151,240원, 1999사업연도 211,540,640원, 2000사업연도 40,770,580원)과 부가가치세 57,841,160원(1999.1기분 511,120원, 1999.2기분 37,391,320원, 2000.1기분 19,938,720원, 이하 "이 건 법인세등 경정"이라 한다)을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2001.9.12 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 1995∼1999사업연도에 대하여 2000.6.19∼2000.7.24 기간동안 법인세조사를 받아 당초 법인세경정에 의한 고지세액을 납부하였는데도, 처분청이 2001.2.12∼2001.5.24 기간동안 청구법인의 1999∼2000사업연도에 대하여 조사를 하여 이 건 법인세등 경정을 하였는 바, 이는 국세기본법상 중복조사금지에 위배된 처분으로서 취소되어야 한다.

(2) 처분청은 청구법인의 업무일지에 근거하여 쟁점수입금액⸁을 산정하였으나, 업무일지는 배차 받은 운전자가 출고하지 않은 상황을 보고하기 위해 작성하는 서류이지 가동현황을 기록하는 서류는 아닐 뿐 아니라 동 업무일지 작성을 담당하던 직원이 청구외 임○○○에게 동 서류를 건네주어 처분청에 제보되는 과정에서 변조되었을 가능성이 있으며, 청구법인이 실제 차량가동현황을 배차일지를 통하여 기록 관리하고 있음에도 업무일지에 근거하여 쟁점수입금액⸁을 청구법인이 신고누락한 것으로 본 당초 처분은 부당하다.

또한, 처분청은 운행차량이 기준수입금액(오전 66,000원, 오후 76,000원)을 전액 입금하는 것을 전제로 쟁점수입금액⸁을 산정하였으나 실제 무단으로 운행하지 않는 운전자가 상당수 있고, 고장․사고 등으로 기준수입금액을 입금하지 못하는 운전자가 많은 형편인 바, 특히 1999사업연도에는 제보자인 임○○○ 등과의 고소․고발 등으로 인한 소송 등으로 인해 기준수입금액에 미달한 입금을 청구법인이 인정해 주는 경우가 많았던 점 등을 고려할 때 일률적으로 기준수입금액을 적용하여 쟁점수입금액⸁을 산정함은 부당하다.

가사 처분청의 수입금액 산정이 맞다고 하더라도 이미 1차 조사시 운송수입금액으로 경정한 것이므로 2중과세에 해당한다.

(3) 앞서 본 바와 같이 실제 무단으로 운행하지 않는 운전자가 상당수 있고, 고장․사고 등으로 기준수입금액을 입금하지 못하는 운전자가 많은 형편에 있었으며, 임금대장상 근무일수에는 근무를 하지 않아도 인정해 주는 인정근로일이 포함되어 있기 때문에 추가입금발생자라 할지라도 월합계로 정산하므로 추가입금하지 못하는 날을 감안하지 않고 추가입금발생자에 대해 기준수입금액에 월 운행일수를 곱하여 쟁점수입금액⸂를 산정함은 잘못이며, 가사 처분청의 수입금액 산정이 맞다고 하더라도 이미 1차 조사시 운송수입금액으로 경정한 것이므로 2중과세에 해당한다.

(4) 1차 조사시 적출된 수입금액누락에 따른 쟁점부가가치세액은 전액 당해연도에 청구법인의 사용인들에게 업무와 관련하여 지급된 것이므로 손금에 산입되어야 하며, 동 부가가치세에 대한 경감세액 72,140,140원만 익금산입함이 타당한 것인데도 처분청이 쟁점부가가치세액 전체를 손금불산입한 당초 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청의 이 건 법인세 결정과 관련된 2001.2.12∼2001.5.24 기간동안 청구법인에 대한 특별조사는 임○○○이 2000.10.23 처분청에 탈세제보를 해옴에 따라 조사를 실시한 것으로서, 이는 국세기본법 제81조의 3에 규정하고 있는 중복조사금지 조항의 예외 사유인 "탈루를 인정할 만한 명백한 자료"에 의하여 조세범칙조사를 실시한 것이므로, 중복조사 금지원칙에 반하는 조사에 해당하지 아니한다.

(2) 청구법인의 업무일지 및 근무일지에 의하여 1999.7.1∼1999.12.31 기간동안의 청구법인 보유의 79대 택시중 운행하지 않은 대수를 차감하여 매일별 운행차량 대수를 계산하여 집계하고, 여기에서 기사임금대장상의 차량운행대수를 차감하여 운행차량대수 차이 7,083대(오전 3,724대, 오후 3,359대)를 구하고 여기에다 수습기간 근로계약서상의 기준운송수입금액(오전 64,000원, 오후 74,000원)을 곱하여 계산한 결과 일용기사들의 운송수입금액 탈루액인 쟁점수입금액⸁(486,902,000원)이 적출되었다. 더불어 위 탈루수입금액에 대한 법인세액 계산시에는 수습기간 근로계약서에 의하여 일용기사 1인당 1일 10,000원을 지급하고 있어, 누락운송대수 7,083대에 대하여 70,830,000원을 비용으로 추인하였으므로, 쟁점수입금액⸁을 청구법인이 신고누락한 것으로 보아 익금에 산입한 당초 처분은 정당하다.

(3) 청구법인은 1999.1월∼12월 기간동안 기사임금대장에 정식발령을 받은 기사에 대한 기사별 실입금액을 기록하고 있으며, 청구법인의 운송수입금액은 크게 사납금(기준금액 : 오전 66,000원, 오후 76,000원)과 사납금을 초과하여 입금시킨 경우의 추가입금으로 구분된다.

청구법인이 처분청에 제출한 월별 기사별 추가 입금액에 의하면 추가입금액이 있는 기사는 해당 월에 기준사납금을 초과해서 추가로 청구법인에 입금시킨 금액이 있기 때문에 추가입금액을 지급하였음이 확인된다. 따라서 초과입금액이 있는 기사에 대하여 기사임금대장에 표기된 운행일수에 의하여 기사별로 입금기준액을 계산하여 집계한 결과 실제 입금된 사납금 기준금액이 2,430,514,940원으로 확인된다.

여기에서 청구법인이 이미 신고한 2,305,487,415원을 차감한 결과 청구법인은 쟁점수입금액⸂(125,027,525원)를 수입금액 누락하였음이 확인되므로, 쟁점수입금액⸂의 산정과 관련하여 잘못은 없다.

(4) 쟁점부가가치세액은 승객이 요금에 포함하여 부담한 부분을 청구법인이 징수하여 납부하는 세액으로 청구법인이 부담할 비용이 아니며, 법인세법 제19조 및 같은 법 시행령 제19조의 규정과 같이 매출 부가가치세는 손금의 범위에 포함하지 아니하는 것이므로, 쟁점부가가치세액을 손금불산입한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구법인에 대한 이 건 법인세결정이 중복조사에 의한 처분으로서 취소되어야 하는지 여부와

(2) 쟁점수입금액을 청구법인이 신고누락한 것으로 보아 익금에 산입한 처분의 당부와

(3) 쟁점부가가치세액을 청구법인 소득금액 계산시 손금불산입한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 쟁점(1)에 대하여 살펴본다

(1) 관련법령

국세기본법 제81조의 3【중복조사의 금지】 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재경정․재조사를 할 수 없다.

같은 법 시행령 제63조의 2【중복조사의 금지】 법 제81조의 3에서 “기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기·매점매석·무자료거래 등 경제질서교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의 4 및 법 제81조의 7의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우

(2) 사실관계 및 판단

처분청은 청구법인에서 근무하였던 청구외 임○○○이 2000.4.21 제1차로 감사원에 탈세제보를 함에 따라 2000.6.19∼2000.7.24 기간동안 1차 법인세 특별조사를 실시하였는 바, 임○○○은 탈세제보시에 탈세사실에 대한 구체적인 증빙의 제시없이 일반적인 주장만을 하였으며, 이후 임○○○이 처분청에 2000.10.23 제2차로 탈세제보시에는 업무일지 등의 증빙과 탈루 예상금액, 사납금 내역 등 구체적인 자료를 제시함에 따라 특별조사를 실시하여 이 건 법인세등을 경정한 사실이 결정결의서 등의 심리자료에 의하여 확인된다.

국세기본법 제81조의 3은 원칙적으로 동일 세목 및 동일 과세기간에 대하여 재조사․재경정을 할 수 없는 것으로 규정하면서, 다만 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등에는 예외적으로 중복조사를 허용하고 있는 바, 앞서 본 바와 같이 처분청의 이 건 법인세 경정은 임○○○이 구체적인 자료를 제시함에 따른 것으로서, 중복조사를 허용하는 예외적인 사유에 해당하는 것으로 인정되므로 이에 반하는 청구법인의 주장은 이유없다 할 것이다.

나. 쟁점(2) 및 쟁점(3)에 대하여 살펴본다

(1) 관련법령

법인세법 제15조【익금의 범위】 ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

같은 법 제18조【평가차익 등의 익금불산입】 다음 각호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

5. 부가가치세의 매출세액

같은 법 제19조【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

조세감면규제법 제100조의 2【부가가치세 납부세액 경감】 ⸁자동차운수사업법상 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 경감한다.

같은 법(1995.8.4 법률 제4952호로 개정된 것) 부칙 제5조【부가가치세 납부세액경감에 관한 경과조치】 이 규정은 1995년 8월 4일이 속하는 과세기간부터 1998년 12월 31일까지 종료하는 과세기간분까지 적용한다.

조세특례제한법(1998.12.28 법률 제5584호로 개정된 것) 부칙 제18조【부가가치세 납부세액경감에 관한 경과조치】 종전의 조세감면규제법 제100조의 2 제1항의 규정은 법률 제4952호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제5조의 규정에 불구하고 2000년 12월 31일까지 종료하는 과세기간분까지 이를 적용한다.

(2) 사실관계 및 판단

청구법인은 쟁점수입금액의 산정과 관련하여 배차일지에 의하여 운행대수를 계산하여야 하고, 기준수입금액을 입금하지 않아도 되는 인정근로일 등이 있으며, 쟁점수입금액이 당초 법인세 경정시 기 과세되어 이중과세 되었음을 주장하고 있으나,

청구법인의 주장과 관련한 구체적인 입증자료를 제시하고 있지 아니하며, 배차일지가 사전적으로 작성된 것인 반면 처분청이 운행대수를 산정한 근거가 된 업무일지(주간) 및 근무일지(야간)상에는 미가동차량이 구체적으로 기재되어 있어 청구법인 보유택시(79대)중 미가동차량을 차감하면 실제 운행대수가 산정되고 이후 처분청이 쟁점수입금액을 산정한 일련의 절차상 계산의 잘못은 발견되지 아니한다.

또한, 당초 법인세 경정결의서에 의하면 추가입금액만을 수입금액 누락으로 과세하였고 쟁점수입금액은 추가입금액이 제외된 금액이므로, 이중과세문제는 발생하지 아니하는 바 이에 반하는 청구법인의 주장은 이유가 없다.

한편, 처분청은 당초 법인세 경정시에 추가입금액(부가가치세 포함)을 익금에 산입(소득처분은 추가입금액이 기사에게 지급되어 근로자에게 상여처분하여야 하나 귀속이 불분명하여 지급조서미제출가산세 결정)하고 추가입금액이 기사에게 지급되었다하여 전액 손금산입한 후 추가입금분에 대한 부가가치세 상당액(50% 경감)인 쟁점부가가치세액을 손금에 산입하였다가, 이 건 법인세 경정시에 쟁점부가가치세액을 손금불산입하였다.

기사들의 추가입금액이 기사들에게 지급된 사실은 다툼이 없으므로 동 지급액은 익금 및 손금에 산입되어야 할 것이며, 추가지급액중 공급가액에 대한 매출부가가치세 상당액은 법인세법 제18조 제5호의 규정에 의거 익금불산입될 사항이나, 다만 조세감면규제법 제100조의 2의 규정에 의거 일반택시운송업자인 청구법인은 부가가치세가 50% 경감되기 때문에 거래징수한 부가가치세액중 매출세액으로 납부하는 쟁점부가가치세액을 제외한 쟁점부가가치세 상당액은 익금에 산입하여야 하므로, 당초 법인세 경정시에 쟁점부가가치세액을 손금에 산입하는 것이 정당함에도 이 건 법인세 경정시에 이를 손금불산입한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.