심판청구번호 국심2003서 3125(2004. 1. 16)

隙�각각 이를 취소합니다.

이 유

1. 처분개요

청구법인은 폐유리 회수 및 처리를 위하여 자원의절약과재활용촉진에관한법률에 따라 유리재활용협의회를 설립하여 사업을 영위하면서 조합법인으로 보아 조세특례제한법 제72조의 규정에 의한 조합법인 등에 대한 법인세 과세특례 규정을 적용하여 각 사업연도의 법인세를 신고하였다.

처분청은 청구법인을 조합법인이 아닌 일반법인으로 보아 2003.6.15. 청구법인에게 법인세 1998사업연도 ○○○원, 1999사업연도 ○○○원, 2000사업연도 ○○○원 및 2001사업연도 ○○○원을 각각 경정하여 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2003.9.4. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 한국유리공업협동조합의 등기부 및 정관에 규정된 고유목적사업인 폐유리 재활용사업을 영위하는 사업부서로, 1996년부터 폐유리 재활용사업을 시작하면서 사업구분을 명확히 하고 회계처리를 투명하게 하기 위하여 별도의 사업자등록을 하였으나, 폐유리 재활용사업 및 법인세 신고 등 제반업무는 사실상 한국유리공업협동조합에서 직접 영위하고 있어 조합법인에 해당하며, 또한, 1996사업연도부터 계속하여 조합법인으로 당기순이익을 과세표준으로 하여 법인세 신고를 해왔음에도 불구하고 일반법인으로 보아 소급하여 법인세를 과세하는 것은 신의성실의 원칙에도 위배되므로 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 1996.5월 자원의절약과재활용촉진에관한법률에 의하여 한국유리공업협동조합의 폐유리 재활용협의회로 허가를 받아 설립된 후 환경부의 폐기물예치금사업자단체로 승인을 얻어 별도의 사업자등록을 하였고, 한국유리공업협동조합의 구성이 재활용협의회 사업부와 유리조합 사업부로 구성되어 있으나, 사업부별로 각각 이사회와 감사가 있고, 재활용협의회 운영규정에 사업·재산 및 회계, 해산 등에 관하여 별도로 규정되어 있는 점 등으로 보아 한국유리공업협동조합과는 별도의 비영리단체에 해당하므로 일반법인으로 보아 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

폐유리 재활용협의회를 한국유리공업협동조합의 조합법인으로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)

제72조 【조합법인 등에 대한 법인세 과세특례】

① 다음 각호의 1에 해당하는 법인의 각 사업연도소득에 대한 법인세는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법 제13조 및 동법 제55조의 규정에 불구하고 당해 법인의 결산재무제표상 당기순이익(법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익을 말한다)에 법인세법 제24조의 규정에 의한 기부금(당해 법인의 수익사업과 관련된 것에 한한다)의 손금불산입액과 동법 제25조의 규정에 의한 접대비(당해 법인의 수익사업과 관련된 것에 한한다)의 손금불산입액을 합한 금액에 100분의 12의 세율을 적용하여 과세(이하 이 조에서 “당기순이익과세”라 한다)한다. 다만, 당해 법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 당기순이익과세를 포기한 때에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니한다.

1. ∼ 4. (생 략)

5. 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 협동조합·사업협동조합 및 협동조합연합회

6. ∼ 7. (생 략)

② (생 략)

③ 제1항 각호의 법인(제1항 단서의 규정에 의하여 당기순이익과세를 포기한 법인을 제외한다)은 복식부기에 의한 기장을 하지 아니할 수 있다.

④ (생 략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 유리병 및 폐유리의 회수·처리·공급을 원활하게 추진하고 재활용을 극대화하기 위한 사업을 영위하기 위하여 1996.5.14. 자원의절약과재활용촉진에관한법률 제33조의 규정에 의하여 유리재활용협의회로 허가를 받아 환경부의 폐기물예치금사업자단체로 승인과 함께 사업자등록을 한 후, 1996사업연도부터 2002사업연도까지 조합법인으로 조세특례제한법 제72조의 조합법인 등에 대한 법인세 과세특례규정에 따라 법인세를 신고하였으며, 청구법인의 운영규정에는 주사무소를 한국유리공업협동조합 내에 두고, 사업·회원·이사 및 감사 등 임원과 운영위원회를 별도로 두도록 규정하고 있음이 청구법인이 제출한 법인세 과세표준 및 세액신고서와 협의회 운영규정에 의하여 확인된다.

한편, 한국유리공업협동조합은 1995.5.1. 폐유리 회수·처리사업을 위한 폐유리센타 운영과 폐유리 재활용촉진을 위한 홍보·연구·기술개발 및 폐유리 재활용사업을 영위하기 위하여 등기부등본 및 정관에 폐유리 재활용사업을 고유목적사업으로 추가하였으며, 동 조합 내에 유리재활용협의회의 사업부서를 두어 특별회계로 운영하도록 하고, 재활용사업을 위한 분담금 및 회원, 기타 필요한 사항 등을 관리하기 위하여 별도의 협의회 관리규정을 두도록 규정하고 있다.

(2) 조세특례제한법 제72조(조합법인 등에 대한 법인세 과세특례)에서 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 협동조합 등의 각 사업연도 소득에 대한 법인세는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법 제13조(과세표준) 및 제55조(세율)의 규정에 불구하고 당해 법인의 결산재무제표상 당기순이익에 100분의 12의 세율을 적용하여 법인세를 과세하도록 규정하고 있다.

(3) 청구법인의 경우 협의회 운영규정에서 사업, 회원, 이사 및 감사 등 임원과 운영위원회 등을 별도로 두고 있고, 회계처리도 특별회계로 별도로 하고 있는 점 등으로 보아 법인세법상 "법인으로 보는 단체"의 성격이 있을 수 있으나, 자원의절약과재활용촉진에관한법률에 의한 한국유리공업협동조합의 폐유리 재활용협의회로 허가 및 환경부의 폐기물예치금사업자단체로 승인을 받아 별도의 사업자등록을 한 것은 한국유리공업협동조합이 폐유리 재활용사업을 독립채산제로 운영하기 위한 것으로 판단되며, 한국유리공업협동조합의 등기부등본 및 정관에 폐유리 재활용사업이 고유목적사업으로 등재되어 있고, 하나의 사업부서로 특별회계로 운영 및 관리규정 등을 두고 있는 점 등으로 보아 한국유리공업협동조합의 사업부서의 하나로 사실상 직접 운영하여 온 것으로 판단된다.

따라서, 처분청이 청구법인을 조합법인이 아닌 일반법인으로 보아 법인세를 과세한 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.