심판청구번호 국심2003구 3584(2004. 3. 8)

>이 유

1. 처분개요

청구법인은 2001.11.1.부터 ○○○에서 운동기구제조업을 영위하는 법인으로 2002.10.1. 같은 사업장에서 같은 업종을 영위하고 있는 ○○○ 김○○○(사업자등록번호 ○○○)으로부터 재고자산(원재료·기계 등)을 매입하고 공급가액 ○○○원 상당의 매입세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받았으나, 2003.1.25. 2002년 제2기 부가가치세 확정신고시 쟁점세금계산서상의 거래내역을 신고하지 않았다가, 2003.3.31. 쟁점세금계산서의 매입세액을 추가로 공제하여 2002년 제2기분 부가가치세에 대하여 경정청구(환급세액 ○○○원)를 하였다.

처분청은 쟁점세금계산서에 대하여 2003.1.25. ∼ 2003.3.31.사이의 공급시기를 2002.10.1로 소급하여 발행·교부하였다고 보고, 과세기간 경과 후에 교부받은 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 2003.7.16. 경정청구에 대한 거부통지를 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2003.9.22. 이의신청을 거쳐 2003.12.1. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

○○○은 당초 전산프로그램으로 세금계산서를 발행하다가 2002년 7월부터 상품매출을 중단하면서 수동으로 세금계산서를 발행하였고, 매출세금계산서의 일련번호는 전산발행시 자동으로 부여되는 것이 아니라 보관상 편의를 위해 임의적으로 부여한 것에 불과하다.

쟁점세금계산서의 경우○○○이 상품매출을 중단한 이후이기 때문에 당초 사용하던 전산프로그램으로 세금계산서를 발행·교부한 것이 아니라 2002.10.1.에 다른 전산프로그램(○○○ 회계시스템)으로 세금계산서를 발행·교부한 것이고, 일반 상품의 매입·매출분에 대한 세금계산서와 구분하여 보관하던 중 담당 여직원이 퇴직하여 확정신고기한인 2003.1.25. 부가가치세 신고시 누락하였다가 동 누락사실을 확인하고 경정청구한 것임에도 처분청이 2003.1.25. ∼ 2003.3.31.사이에 발행·교부한 것으로 추정하고 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액의 환급을 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점세금계산서의 공급일이 2002.10.1.인데, 공급자 및 공급받는 자 모두가 2002년 제2기 부가가치세 확정신고시 동 거래를 신고하지 않았다가 2003.3.31. 경정청구 및 수정신고한 점, 쟁점세금계산서의 경우 매출자인 개인사업자가 기 발행하였던 매출세금계사서와 규격 등이 상이하고 발행의 연속성이 없는 점을 감안할 때, 그 교부시기는 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 경과 후인 2003.1.25.부터 2003.3.31.사이인 것으로 추정되므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점세금계산서를 과세기간이 경과한 이후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 발행·교부한 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분이 정당한지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 같은 법 시행령 제60조【매입세액의 범위】② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우

(3) 국세기본법 제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사·결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련 자료에 의하면, 청구법인은 2002.10.1 같은 사업장에서 같은 업종을 영위하고 있는 ○○○(개인사업자)과 사업의 양도·양수계약을 체결하고 쟁점세금계산서의 공급가액에 상당하는 재고자산(기계장치 등)을 매입하였으나, 2003.1.25. 2002년 제2기분 부가가치세 확정신고시 양 거래당사자가 쟁점세금계산서의 거래에 대하여 신고를 하지 않았다가, 2003.3.31. 쟁점세금계산서에 대하여 경정청구(청구법인) 및 수정신고(○○○)를 한 것으로 확인되며, 이에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

(2) 처분청은 쟁점세금계산서의 매입·매출자가 당초 부가가치세 확정신고시 동 거래내용을 신고하지 아니하고 경정청구를 한 것에 근거하여 과세기간 경과 후인 2003.1.25.∼2003.3.31. 사이에 작성일자를 2002.10.1.로 소급하여 세금계산서를 작성·교부하였다고 주장하고 있고, 청구법인은 공급시기에 정상적으로 발행·교부하였으나 신고누락 사실을 확인하고 경정청구(매출자는 수정신고)를 하였다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 이 건의 경우, 처분청에서 쟁점세금계산서의 매출·매입누락을 확인하여 경정청구(또는 수정신고)를 하도록 권유한 것이 아니라 거래당사자가 매입·매출 누락하였다고 스스로 판단하여 매입자(청구법인)는 경정청구를 하였고, 매출자(○○○)는 가산세까지 포함하여 수정신고를 한 것에 대하여는 다툼이 없다.

(나) 처분청이 2003.1.25.부터 2003.3.31. 사이에 작성일자를 2002.10.1.로 소급하여 쟁점세금계산서를 작성하였다고 추정하는 근거에 의하면, 작성일자가 2002.6.30.로 되어 있는 ○○○의 매출세금계산서 3매의 경우 일련번호가 6권 11호, 6권 12호, 6권 13호로 기재되어 있으나 쟁점세금계산서의 경우 일련번호의 연속성이 없는 점(0권 0호, 0권 1호, 0권 2호, 0권 3호) 및 규격 등이 상이한 것으로 되어 있다.

그러나, 청구법인이 제시하는 ○○○이 기 발행·교부한 세금계산서에 의하면, 2002.2.28. 및 2002.6.30.에 작성된 것으로 되어있는 매출세금계산서의 경우 일련번호가 기재되어 있지 아니하고, 2002.4.20. 및 2002.7.31.에 작성된 것으로 되어있는 매출세금계산서의 경우는 수기로 작성되었을 뿐만 아니라 일련번호의 연속성이 없는 것으로 기재되어 있어 처분청이 추정하는 근거만으로는 쟁점세금계산서의 경우 과세기간 경과 후에 공급시기로 소급하여 작성되었다고 단정하기 어려운 반면, 보관상 필요 또는 수기 등에 의하여 매출세금계산서를 발행·교부하였다는 청구법인의 주장은 신빙성이 있다고 보여진다.

(다) 국세기본법 제16조의 규정에 의하면, 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 기장의 내용이 사실과 다르다는 등의 법정사유에 해당하지 아니하는 한 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여 하도록 의무를 지우고 있는 점에 비추어 볼 때, 거래당사자에 대한 조사 및 확인 등이 없이 과세표준과 세액을 경정할 수는 없다고 보아야 할 것이다(국심2001중0445, 2001.8.6.외 다수 같은 뜻).

(라) 그렇다면, 양 거래당사자가 정상적으로 신고한 세금계산서에 대하여 거래당사자에 대한 조사 및 확인 없이 쟁점세금계산서를 과세기간 경과 후에 공급시기를 소급하여 작성한 사실과 다른 세금계산서로 단정하고 경정청구를 거부한 처분은 근거과세의 원칙에 반하는 위법한 처분으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.