심판청구번호 국심2002중 1451(2004. 3. 12)

○○○원, 1999년 2기분 부가가치세 ○○○원의 부과처분은

가. 1999사업연도 법인소득금액계산시 ○○○(주)가 발행한 주식의 평가를 위하여 산정한 순자산가액에서 ○○○원을 제외함으로서 발생한 주식평가차액 ○○○원을 익금산입금액에서 차감하고,

나. 1999사업연도 법인세에서 발전사업부문의 양도와 관련된 토지의 부당행위계산부인금액 ○○○원에 대한 계산서미교부가산세 ○○○원은 부과하지 않는 것으로 하며,

다. 1999사업연도 법인소득금액계산시 특별손실로 계상한 매매손실 ○○○원을 손금에 산입하고,

라. 1999년 2기분 부가가치세에서 발전사업부문의 양도와 관련된 기계장치등의 부당행위계산부인금액 ○○○원에 대한 세금계산서미교부가산세 ○○○원은 부과하지 않는 것으로 하여

그 과세표준과 세액을 경정하고,

마. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

○○○주식회사(이하 "정리회사"라 한다)는 석유류정제사업을 주업으로 하는 상장법인으로 1999.8.31자로 ○○○(주)가 정리회사의 발행주식 ○○○주를 ○○○(주)등 ○○○그룹계열회사 등으로부터 취득함에 따라 ○○○그룹 계열회사로 편입되었고 1999.9.1 법인명을 ○○○주식회사(○○○그룹으로 편입되기 전의 법인명을 이하"○○○"라 한다)에서 ○○○주식회사로 변경하였다.

처분청은 정리회사가 2001.9.27자로 ○○○법원으로부터 법정관리개시결정을 받자 조세채권을 확정하여 정리채권으로 신고하기 위하여 법인세 긴급조사를 실시한 후

① ○○○가 보유하던 ○○○주식회사 등의 주식 ○○○주(이하 "쟁점주식"이라 한다)를 1999.8.31 장부가액인 ○○○원에 특수관계법인인 ○○○(주)등 ○○○개 법인에 양도한 데 대하여 동 주식의 상속세및증여세법상의 보충적평가방법에 의한 평가액 ○○○원을 시가로 보아 그 차액 ○○○원을 부당행위계산부인하여 익금산입 등 하고,

② ○○○가 보유하던 발전사업부문을 1999.7.7 특수관계법인인 (주)○○○에게 ○○○원에 양도한 데 대하여 (주)○○○가 1999.10.31 동 발전사업부문을 타법인에게 현물출자시의 감정가액 ○○○원을 시가로 보아 그 차액 ○○○원을 부당행위계산부인하여 익금산입하고 부가가치세 과세표준에 포함하였으며,

③ 위 발전사업부분의 저가양도금액 중 건물 및 기계장치등의 저가양도금액 ○○○원에 대하여 세금계산서미교부가산세 ○○○원을 부가가치세로, 토지의 저가양도금액 ○○○원에 대하여 계산서미교부가산세 ○○○원을 법인세로 부과하고,

④ 발전사업부문을 재평가일인 1999.3.31로부터 1년 이내인 1999.8.31에 매각하여 재평가전의 장부가액 ○○○원을 기준으로 매매손익(고정자산처분손실)을 계산하여야 함에도 재평가 후의 장부가액 ○○○원을 기준으로 매매손익을 계산하였다고 하여 특별손실로 계상한 ○○○원을 손금불산입하고,

⑤ 또한 ○○○의 직영대리점인 ○○○(주)에게 무이자로 대여한 시설자금에 대하여 부당행위계산부인규정에 의한 인정이자상당액 ○○○원을 익금산입하여

2002.2.6 정리회사에게 1996사업연도 법인세 ○○○원, 1999사업연도 법인세 ○○○원(특별부가세 ○○○원 포함) 및 동 농어촌특별세 ○○○원, 1999년2기분 부가가치세 ○○○원, 합계 ○○○원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2002.4.17 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) ○○○가 쟁점주식을 양도한 거래의 계약주체는 ○○○(주)와 ○○○(주) 및 ○○○(주)의 주주이므로 쟁점주식의 거래는 특수관계자간의 거래가 아니며, 거래 자체도 금융감독위원회가 신속한 구조조정을 위해 출범시킨 "사업구조조정추진위원회"의 감독하에 이루어진 3가지 계약의 하나로서 그 하나의 거래만을 가지고 시가 여부를 따지는 것은 부당하다(국심2002부270, 2002.12.26 같은 뜻임).

(2) 처분청이 쟁점주식중 ○○○(주)의 주식을 상속세및증여세법에 의하여 평가하면서 산업합리화기준에 따라 가공자산의 일시 비용처리를 유예해 주기 위해 마련된 임시계정 ○○○원은 자산이 아님에도 이를 평가대상 자산에 포함시켜 주식의 시가를 과대평가한 것은 부당하다.

(3) ○○○가 발전사업부문을 양도한 것은 청구주장(1)의 전단부와 같은 이유로 양도한 것으로서 특수관계자간의 거래가 아니므로 이를 저가양도로 보아 과세한 처분은 부당하며,

또한○○○(이하 "○○○"라 한다)로부터 외자유치시 (주)○○○와 2000.3.31 체결한 주식인수계약서에 의하면 1999.12.31자 대차대조표를 기준으로 순자산을 상세실사한 결과 (주)○○○가 현물출자시 감정한 순자산가액 ○○○원보다 ○○○원이 적은 것으로 판정되었으므로 1999.10.31기준 (주)○○○의 현물출자시의 감정가액을 시가로 보는 것은 부당하고,

더구나 ○○○과 향후 ○○○년간의 원가보상계약이 1999.10.1에 체결되어 거래시점인 1999.7.7의 시가를 산정함에 있어 위 감정가액을 기준으로 한 것은 부당하다.

(4) 세금계산서나 계산서의 교부는 재화 및 용역이 유상으로 실제 거래된 부분에 대하여 이루어져야 하는 것이므로 부당행위계산부인규정에 의거 부가가치세 과세표준이나 법인세법상 익금으로 의제하는 금액의 경우에는 세금계산서나 계산서의 교부대상거래에 해당되지 아니한다고 보아야 한다.

(5) ○○○가 발전사업부문을 1999.3.31 재평가한 사실이 없음에도 처분청이 발전사업부문의 양도거래를 발전사업부문의 자산을 재평가한 후 1년 이내에 양도한 거래로 보아 특별손실로 계상한 금액을 손금불산입한 처분은 부당하다.

(6) 정유사가 주유소 확보를 위하여 주유소의 시설자금을 대여한 것이 상거래 관행상 업무와 관련된 경우에는 업무무관 가지급금에 해당하지 않는 것이며(국세청 법인46012-1817, 1997.7.3),

업무상 비특수관계자와 동일한 기준으로 특수관계자에게 자금을 대여한 경우에는 인정이자를 계산하지 아니하는 것○○○이므로 ○○○가 직영대리점인 ○○○(주)에게 무이자로 대여한 시설자금 등에 대하여 인정이자를 계산한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) ○○○와 ○○○가 보유하던 ○○○ 계열사 주식을 양수한 ○○○(주), (주)○○○, ○○○(주) 등은 ○○○소속 계열법인이므로 특수관계자에 해당되고, ○○○가 발행한 주식을 양수한 ○○○(주)는 인수자금의 부족으로 ○○○의 자산인 쟁점주식을 ○○○계열사에 저가로 유출한 것이므로 쟁점주식의 양도거래를 경제적 합리성을 상실한 거래 및 부당한 거래로 보아 시가와의 차액을 익금산입 등 하여 과세한 처분은 정당하다.

(2) 쟁점주식중 ○○○(주)이 발행한 주식을 평가함에 있어서 순자산가액에서 차감되어야 한다고 주장하는 기타자산은 대차대조표상 이연자산인 기타자산으로 계상되어 있고, 법인세법상 △유보로 자산에서 차감된 사실이 없으며, 이연자산의 차감항목인 법인세법시행령 제77조 제1항 제1호 내지 제4호에 해당하지 아니하므로 순자산가액에서 차감하지 아니한 처분은 정당하다.

(3) ○○○로부터 발전부문을 양수한 (주)○○○는 ○○○ 소속법인이므로 특수관계자에 해당하고, (주)○○○가 동 발전부문을 1999.7.7 인수하였다가 신설법인에게 현물출자하기 위하여 1999.10.31 감정평가한 가액을 시가로 본 처분은 정당하다.

(4) 부가가치세법시행령 제57조에서 사업상증여나 부동산임대용역의 간주공급에 대하여는 세금계산서교부의무 면제규정을 두고 있으나, 부가가치세법 제13조 제1항 제3호에 의하여 과세표준에 포함되는 부당행위계산부인의 시가와 거래가액과의 차이에 대하여는 세금계산서 교부의무를 면제한다는 규정이 없으므로 부당행위계산부인금액에 대하여 세금계산서미교부가산세를 부과한 처분은 정당하다.

(5) ○○○는 발전사업부문을 1998.7.1과 1999.3.31 2차례에 걸쳐 재평가 한 후, 발전사업부문을 1999.8.31 양도하였으므로 1999.3.31자의 재평가는 양도일로부터 1년 이내의 재평가에 해당되며, 자산재평가법에 의하여 재평가한 자산을 평가일로부터 1년 이내에 양도하는 경우에는 재평가를 하지 아니한 것으로 보는 것이므로 처분청이 재평가전의 장부가액을 기준으로 하여 정리회사가 계상한 특별손실(고정자산처분손실)을 손금불산입한 처분은 정당하다.

(6) 금전대여의 경우 시가의 적용은 법인세법시행령 제89조 제1항의 규정에 불구하고 같은 조 제3항에서 당좌대월이자율로 적용토록 규정하고 있으므로 '제3자 시가 등' 다른 요율의 적용여지가 없는 것(재정경제부 법인46012-72, 2002.4.11)이며,

또한 ○○○가 일부 사업자에게 당좌대월이자율로 시설자금을 대여한 사실이 있고, ○○○가 ○○○(주)에 무상대여한 시설자금에 대하여 1995사업연도 및 1997사업연도에 가지급금인정이자를 계산하여 익금산입으로 신고한 사실이 확인되는 점으로 볼 때 처분청이 1996사업연도 특수관계자인 ○○○(주)에 대여한 시설자금에 대하여 인정이자를 계산하여 이를 익금산입한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건의 다툼은 (1) 정리회사○○○가 보유하던 쟁점주식을 특수관계자인 ○○○에게 장부가액으로 양도한 데 대하여 이를 저가양도로 본 처분의 당부 및

(2) 쟁점주식을 저가양도한 것으로 본다고 하더라도, 동 주식중 ○○○(주)의 시가를 보충적방법으로 평가함에 있어서 자산부족액을 이연자산으로 계상한 쟁점금액은 순자산가액에서 차감하여야 하는지 여부 및

(3) 정리회사가 발전사업부문을 특수관계법인에게 장부가액보다 저가로 양도한 것에 대하여 양도일로부터 3개월 후의 감정가액을 시가로 보아 과세한 처분의 당부 및

(4) 발전사업부문의 저가양도금액(부당행위계산부인금액)에 대하여 세금계산서미교부가산세 및 계산서미교부가산세를 부과한 처분의 당부 및

(5) 자산재평가한 발전사업부문을 재평가일로부터 1년 이내에 양도하였다하여 재평가 전의 장부가액을 기준으로 과대계상한 특별손실을 손금불산입한 처분의 당부 및

(6) 정리회사가 생산한 석유류제품의 직영대리점인 특수관계법인에게 무이자로 시설자금을 대여한 것이 인정이자 계산대상 대여금에 해당되는지의 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

(1) 쟁점1에 대한 관련법령을 살펴본다.

법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 수 있다.

법인세법시행령 제87조【특수관계자의 범위】① 법 제52조 제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에있는 자"라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자 (이하 "특수관계자"라 한다)를 말한다.

7. 당해 법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 대규모기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사

(2) 쟁점2에 대한 관련법령을 살펴본다.

법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다

법인세법시행령 제89조【시가의 범위】② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다.

2. 상속세및증여세법 제38조·제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액

상속세및증여세법시행령 제54조【비상장주식의 평가】① 법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조에서 "비상장주식"이라 한다)은 제2항의 경우를 제외하고는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액에 의한다.

1주당가액 = {당해법인의 순자산가액/발행주식 총수 (이하 "순자산가치"라 한다) + 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액/금융시장에서 형성되는 평균이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 율(이하 "순손익가치"라 한다)} ÷2

상속세및증여세법시행령 제55조【순자산가액의 계산방법】① 제54조 제1항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 이연자산·준비금·충당금 등 기타 자산 및 부채의 평가와 관련된 금액은 이를 자산과 부채의 가액에서 각각 차감하거나 가산한다.

상속세및증여세법시행규칙 제17조【비상장주식의 평가등】③ 영 제55조 제2항의 규정에 의한 이연자산·준비금·충당금 등 기타 자산 및 부채의 평가에 있어서 당해 법인의 자산 또는 부채에 차감하거나 가산하는 방법은 다음 각호의 구분에 의한다.

1. 평가기준일 현재 지급받을 권리가 확정된 가액은 이를 자산에 가산하여 계산한다.

2. 선급비용(평가기준일 현재 비용으로 확정된 것에 한한다)과 법인세법시행령 제77조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 이연자산의 가액은 이를 자산에서 차감하여 계산한다.

법인세법시행령 제77조【이연자산의 평가】① 제73조 제4호의 규정에 의한 이연자산은 다음 각호의 금액으로서 당해 법인에 귀속되었거나 귀속될 부담액으로 한다.

1. 창업비 : 상법 제290조 제4호의 규정에 의한 지출과 설립등기를 위하여 지출한 세액 및 등기수수료

2. 개업비 : 창업비외에 회사설립 후 영업개시일까지 개업준비를 위하여 지출한 비용

3. 연구개발비 : 신제품·신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것(괄호생략)

4. 사채발행비 : 사채모집공고비·금융기관 및 증권회사수수료· 사채권발행비·등록세 등 사채발행을 위하여 직접 필수적으로 지출된 비용

(3) 쟁점3에 대한 관련법령을 살펴본다.

법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

법인세법시행령 제89조【시가의 범위】② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다.

2. 상속세및증여세법 제38조·제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액

(4) 쟁점4에 대한 관련법령을 살펴본다.

부가가치세법 제22조【가산세】② 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의1, 법인에 있어서는 100분의2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

부가가치세법 제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

3. 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

부가가치세법 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급 받는 자에게 교부하여야 한다. (이하생략)

④ 대통령령이 정하는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니할 수 있다.

부가가치세법시행령 제57조【세금계산서교부의무의 면제】법 제16조 제4항에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 재화 또는 용역을 공급하는 경우로 한다.

2. 법 제6조 제2항(제15조 제2항의 경우를 제외한다)내지 제4항에 규정하는 재화

6. 부동산임대용역의 간주공급

법인세법 제76조【가산세】⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로 징수하여야 한다.(이하생략)

1. 제121조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 교부한 분에 대한 계산서에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

법인세법 제121조【계산서의 교부·작성 등】① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다.

(5) 쟁점5에 대한 관련법령을 살펴본다.

법인세법 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급·잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

법인세법시행령 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

2. 양도한 자산의 양도당시 장부가액

법인세법시행령 제72조【자산의 취득가액 등】④ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다.

1. 법 제42조 제1항 각호 및 제3항의 규정에 의한 평가가 있는 경우에는 그 평가액

법인세법 제42조【자산·부채의 평가】① 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각을 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자산재평가법에 의한 재평가

자산재평가법 제18조【비상장주식의 평가등】① 제17조 제1항의 규정에 의한 재평가액과 재평가차액의 결정은 재평가일에 소급하여 그 효력을 발생한다. 다만, 제17조 제1항의 규정에 의한 결정이 있기 전 또는 재평가일 이후 1년내에 해산하거나 폐업하거나 재평가자산을 양도한 경우에는 이 법에 의한 재평가를 하지 아니한 것으로 본다.

(6) 쟁점6에 대한 관련법령을 살펴본다.

구 법인세법 제20조【부당행위계산의 부인】정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

구 법인세법시행령 제46조【법인의 부당한 행위 또는 계산】② 법 제20조에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

7. 출자자등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은이율·요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때.(단서생략)

구 법인세법시행령 제47조【인정이자등의 계산】① 출자자등에게 무상 또는 총리령이 정하는 당좌대월이자율(이하 "당좌대월이자율"이라 한다)보다 낮은 이율로 금전을 대여한 경우에는 당좌대월이자율에 의하여 계산한 이자상당액 또는 이자상당액과의 차액을 익금에 산입한다.

② 출자자등에게 금전을 대여한 경우 당좌대월이자율보다 높은 이자율의 차입금이 있는 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 차입금의 범위안에서 당해 이자율에 의하여 계산한 이자상당액 또는 그 이자상당액과의 차액을 익금에 산입한다. 다만, 특수관계 있는자 (법인 또는 사업을 영위하는 개인에 한한다)에게 금전을 대여한 경우로서 상환기한을 정하여 당좌대월이자율로 이자를 수수하기로 약정한 때에 당해 대여금에 대한 인정이자를 계산함에 있어서는 그 당좌대월이자율을 차입금의 이자율로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1에 대하여 살펴본다.

(가) 이 건은 정부의 ○○○에 의거 ○○○ 및 ○○○의 주주들인 ○○○그룹 계열사등이 ○○○가 발행한 주식 ○○○주 및 ○○○가 발행한 주식 ○○○주를 1999.4.2 ○○○에게 ○○○원에 양도하기로 하는 계약을 체결하여 1999.8.31 동 계약을 이행하였고,

○○○가 자산으로 보유하던 ○○○ 계열사주식○○○주를 1999.4.2 ○○○의 다른 계열사에게 장부가액○○○으로 양도하기로 계약을 체결하였다가 1998.8.31 실제 주식매매계약 체결시는 유상증자주식을 포함한 쟁점주식 ○○○주를 장부가액인 ○○○원에 양도하였다.

(나) 처분청은 ○○○가 특수관계자에 해당하는 ○○○사에게 쟁점주식을 시가보다 저가로 양도한 것이라고 하여 아래<표1>과 같이 동 주식의 시가를 상속세및증여세법상의 보충적방법을 적용하여 ○○○원으로 평가한 후 그 차액 ○○○원○○○을 부당행위계산부인규정에 의거 익금산입하여 이 건 법인세를 과세하였다.

○○○

(다) 청구인이 심리자료로 제시한 '주요 채권단협의회 결의내용'에 의하면, ○○○(주)가 (주)○○○ 및 기타 ○○○계열사 등이 소유한 ○○○(주) 및 ○○○(주)의 지분을 매입하고 동시에 ○○○(주)의 발전부문 관련 자산과 부채를 한화그룹 계열사에 양도한다고 결의한 사실이 확인되며,

1999.4.2자 주식양수도계약서에 의하면, ○○○ 및 ○○○의 주주들이 동 법인들이 발행한 주식 ○○○주를 ○○○(주)에게 ○○○원에 양도하고, ○○○가 보유하던 쟁점주식은 ○○○에 양도하기로 계약한 사실이 확인된다.

(라) 그러나 동 계약서 제5조 제5호에 의하면, 양수도 실행일에 ○○○(주)는 ○○○의 주주 및 ○○○의 주주에게 양수도 대금○○○ 전액을 지급하되, 위 지급은 ○○○등의 주주들이 ○○○로부터 취득하기로 한 ○○○ 계열사 주식의 매매대금지급과 동시이행관계에 있는 것으로 한다고 규정되어 있는 바, 이와 같이 동시이행관계에 해당될 경우에는 법률상 특수관계가 소멸된 것으로 볼 수 없는 것이므로 ○○○가 쟁점주식을 ○○○ 계열사에게 양도한 거래는 특수관계가 있는 상태에서 양도한 것으로 보아야 할 것이다.

(마) 위사실관계를 종합하여 볼 때 이 건은 정부의 ○○○의 일환으로 ○○○, ○○○의 주주인 ○○○계열회사, ○○○(주)등 3자 간에 ○○○를 구조조정(○○○에서 ○○○으로 재편)하는 과정에서 주식양수도 계약을 체결하고 ○○○가 보유하던 ○○○ 계열사 주식인 쟁점주식을 ○○○이 아닌 ○○○에 남기기 위하여 불가피하게 ○○○ 계열사에 양도한 사실은 인정되나,

쟁점주식을 양도하는 계약을 체결한 시점인 1999.4.2에는 ○○○와 ○○○ 계열사간에 특수관계가 성립하는 것이고, ○○○의 주주들이 상장주식인 ○○○의 주식은 1999.3.31자 증권거래소 종가에 10%를 가산한 금액으로 ○○○(주)에게 양도하면서도 ○○○가 보유하던 쟁점주식은 아무런 평가없이 장부가액대로 양도한다는 것은 특수관계자간의 거래가 아니면 성립할 수 없는 경제적 합리성이 결여된 부당한 거래라고 인정된다.

(마) 따라서 처분청이 쟁점주식을 특수관계자에게 저가양도한 것으로 보아 부당행위계산부인규정에 의거 시가와 양도가액과의 차액을 법인소득금액계산시 익금에 산입한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점2에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 쟁점주식 중 ○○○(주)가 발행한 주식○○○의 시가를 상속세및증여세법 제63조 및 같은법시행령 제54조·제55조의 규정을 적용하여 보충적방법으로 평가하면서 ○○○(주)의 대차대조표상 이연자산항목의 기타자산계정에 계상한 ○○○원중 감가상각의제금액(50%)을 차감한 쟁점금액○○○원을 포함하여 순자산가액을 ○○○원으로 산정하고 이를 발행주식총수인 ○○○주로 나누고 최대주주할증율 10%를 가산하여 1주당 ○○○원으로 평가한 후 양도가액인 1주당 ○○○과의 차액의 합계 ○○○원을 부당행위계산부인하여 익금산입한 사실이 확인된다.

(나) 청구인이 심리자료로 제시한 ○○○(주)의 1998사업연도 재무제표에 대한 감사보고서의 주석에 의하면, "○○○(주)에 대한 산업합리화계획 및 회사정리계획에 따라 1989년 현재 회사의 자산부족액을 이연자산으로 계상하였으며, 이를 20년에 걸쳐 균등상각하는 것을 원칙으로 하고 있으나 회사는 이에 대한 상각비 ○○○원을 계상하지 않고 있습니다"라고 기재되어 있으며,

○○○(주)의 1999사업연도의 감사보고서에 대한 주석 및 소득금액조정합계표에 의하면, 1998사업연도 이전분의 감가상각비 ○○○원을 전기오류수정손실로 계상하였고, 당기분 ○○○원은 1999사업연도 결산시 손익계산서상 이연자산 감가상각비로 비용계상하였다가 법인세신고시 세무조정으로 손금불산입한 사실이 확인된다.

(다) 살피건대, 법인이 자산으로 계상한 영업권도 피합병법인을 장부가액으로 흡수합병하면서 피합병법인의 이월결손금을 장부상 자산으로 계상한 경우, 이는 자산성이 없으므로 동 법인의 주식평가시 동 영업권가액을 순자산가액에서 제외함이 타당하다고 할 것(국심 2002서0840 , 2002.7.10같은 뜻임)인 바,

○○○(주)가 대차대조표상 이연자산항목에 기타자산으로 계상하고 있는 ○○○원은 산업합리화계획 및 회사정리계획에 따라 1989년 현재 회사의 자산부족액을 이연자산으로 계상한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없고,

관련 법령인 상속세및증여세법 시행규칙 제17조 제3항 제2호에 의하면, 법인세법시행령 제77조 제2항 제1호 내지 제4호에 규정된 이연자산 중 창업비, 개업비, 연구개발비, 사채발행비는 자산성 여부에 불구하고 주식평가시의 순자산가액에서 차감하도록 규정되어 있으므로 이 건 ○○○(주)가 대차대조표상 기타자산으로 계상한 금액은 회사의 자산부족액을 일시에 손금처리하지 않고 20년간 균등액을 손금산입하기 위하여 장부상 형식적인 자산으로 계상한 것에 불과하여 위 관련 법령상의 이연자산보다도 더 자산가치가 없다고 판단되므로 이를 순자산가액에서 제외함이 타당할 것이다.

(라) 다시 말해, 쟁점금액 ○○○원은 회사의 자산부족액을 장부상 형식적인 자산으로 계상한 것으로서 사실상 자산가치가 없으므로 ○○○(주)의 주식평가를 위한 순자산가액산정시○○○원으로 평가하여 이를 순자산가액에서 차감하여야 하고, 이렇게 할 경우 동 주식은 1주당 ○○○원○○○으로 평가되므로 그 평가차액 ○○○원○○○은 익금산입금액에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.

(3) 쟁점3에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 ○○○가 1999.7.7 발전사업부문을 특수관계자에 해당되는 (주)○○○에게 장부가액보다 미달되는 ○○○원에 양도한 데 대하여 양수자인 (주)○○○가 동 발전사업부분을 신설법인에게 현물출자하기 위하여 1999.10.31자로 평가한 감정가액(일부 자산은 장부가액 기준) ○○○원을 시가로 보아 그 차액 ○○○원을 부당행위계산부인규정에 의거 익금산입하여 이 건 법인세등을 과세한 사실이 확인된다.

(나) 청구인은 ○○○가 발전사업부문을 (주)○○○에게 양도한 것은 ○○○, ○○○의 주주인 ○○○계열회사, ○○○(주)등 3자 간에 ○○○를 구조조정(○○○에서 ○○○으로 재편)하는 과정에서 체결된 주식양수도계약에 따라 발전사업부문을 (주)○○○에게 양도한 것이므로 특수관계자간의 거래에 해당되지 아니한다고 주장하나, 앞의 쟁점1에서 살펴본 바와 같이 ○○○가 특수관계가 소멸되지 아니한 상태에서 발전사업부분을 저가양도한 것이므로 청구주장을 인정할 수 없다.

(다) 또한 청구인은 ○○○과 향후 15년간의 원가보상계약이 1999.10.1 체결되어 거래시점인 1999.7.7의 시가를 산정함에 있어서 위 감정가액을 기준으로 하는 것은 부당하다고 주장하나, 당초의 원가보상계약이 1997.2.20까지 되어 있었음에도 묵시적으로 1997년, 1998년, 1999년에도 종전의 원가보상계약에 의하여 ○○○에서 대금을 지급하여 원가보상계약이 이루어지고 있었던 점으로 볼 때 청구주장은 채택할 수 없다고 보여진다.

(라) 살피건대, 시가란 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가된 가액도 포함되는 개념이므로 공신력있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있는 것(대법원 2000두5098, 2001.8.21 같은 뜻임)인 바,

발전사업부문의 양도 계약시점인 1999.7.7과 감정평가기준일인 1999.10.31과는 불과 3개월 정도밖에 차이가 없고, 자산재평가일인 1998.7.1자 감정평가액과 1999.10.31자 감정평가액을 비교하여도 가격변동이 극히 미미하고, 도·소매물가지수, 지가동향 등의 지수변동폭이 크지 않으므로 1999.7.7 시가와 1999.10.31 시가는 동일하다고 볼 수 있을 것이다.

(마) 따라서 ○○○와 발전사업부문을 양수한 (주)○○○는 쟁점1에서 살펴본 바와 같이 특수관계자에 해당된다고 보여지고, ○○○가 발전사업부문을 (주)○○○에게 1999.7.7 장부가액에 미달되는 ○○○원에 양도한 것으로 하였으나, 양수자인 (주)○○○가 동 발전사업부분을 신설법인에게 현물출자하기 위하여 1999.10.31자로 평가한 감정가액(일부 자산은 장부가액기준)은 ○○○원인 점으로 볼 때 처분청이 동 감정가액을 발전사업부문의 시가로 보아 부당행위계산부인하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(4) 쟁점4에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 ○○○가 발전사업부문을 (주)○○○에게 저가양도한 금액중 부가가치세 과세대상(건물,구축물,기계장치,차량운반구,수선장비,공구비품)인 저가양도금액 ○○○원에 대하여 세금계산서미교부가산세(2%) ○○○원을 부가가치세로 과세하고,

부가가치세 면세대상인 토지의 저가양도금액 ○○○원에 대하여 계산서미교부가산세(1%) ○○○원을 법인세로 과세한 사실이 확인된다.

(나) 세금계산서의 교부의무를 면제한 부가가치세법시행령 제57조의 규정에 의하면, 자가공급·개인적공급 및 사업상증여·폐업시 잔존재화·부동산임대용역중 간주임대료 등은 세금계산서 교부의무를 면제하도록 규정되어 있으나, 이 건과 같이 시가보다 저가로 공급하여 부가가치세 과세표준에 가산하는 금액에 대하여는 별도의 세금계산서교부의무를 면제하는 규정이 없으며,

또한 법인세법시행령 제164조에서 소득세법시행령 제211조 및 제212조의 규정을 준용하도록 규정하고 있고, 위 소득세법시행령 제211조 제3항 제4호에서 부가가치세법시행령 제57조 및 제79조의2의 규정에 의하여 세금계산서 또는 영수증의 교부가 면제되는 재화와 용역을 계산서 교부면제대상으로 규정하고 있는 반면, 부가가치가 면제되는 재화를 저가로 공급한 부분에 대하여 별도의 계산서 교부의무를 면제하는 규정이 없는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(다) 세금계산서의 교부방법을 규정한 부가가치세법 제16조 제1항에 의하면, 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세, 작성연월일, 기타 대통령이 정하는 사항을 기재한 세금계산서를 공급받는 자에게 교부하도록 규정하고 있는 바, 세금계산서가 거래당사자들 사이에서는 영수증 기능도 하고 있음을 감안하면 세금계산서에 기재하여야 할 공급가액은 재화 또는 용역의 공급시점에서 이들을 공급받은 자가 실제로 지불했거나 지불하기로 한 대가가 되어야 할 것이므로 이 건의 경우처럼 재화 또는 용역의 공급시점에서 시가를 공급가액으로 기재하지 않았다고 하여 세금계산서가 미교부 또는 부실기재 되었다고 볼 수는 없을 것이다.

(라) 일반적으로 부당행위계산부인이란 납세의무자의 행위 또는 소득금액을 계산함에 있어서 납세의무자의 임의적 의도에 영향받기 쉬운 특수관계있는 자와의 거래시 경제적 합리성에 비추어 보아 조세의 부담이 부당히 감소된 결과가 발생하였다고 인정되는 경우 과세관청에게 그 납세자의 행위 및 계산을 부인하고 정상적인 행위 또는 계산이 있었던 것으로 의제하여 소득금액을 재계산하는 권한을 부여하여 납세자간에 과세의 형평을 기하고 실질과세에 근거하여 조세회피행위를 방지하려는 데 그 취지가 있는 것이기는 하나,

법인의 부당한 행위라 하더라도 거래 자체의 기초적 사실행위는 세법상 적법하고 유효하게 성립하는 것이므로 사실행위를 부인하거나 무효화하는 등의 실체적 변동을 일으키게 하는 것이 아니라 소득금액을 계산함에 있어서만 부당하다고 인정되는 부분에 한해 재계산하는 것에 불과하다고 보아야 할 것이므로 이 건의 경우처럼 면세재화 또는 과세재화의 공급시점에서 시가를 공급가액으로 기재하지 않았다고하여 세금계산서 또는 계산서가 미교부되었거나 부실기재되었다고 볼 수는 없을 것이다.

(마) 이와 같은 맥락에서 보면, 사업자가 재화 또는 용역을 공급하면서 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니한 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가가 그 과세표준이 되는 것이라고 한 부가가치세법 제13조 제1항의 규정은 부당하게 저가로 재화와 용역을 공급하는 자의 과세표준을 재계산하는 효력만을 지니고 있을 뿐 실지거래를 재구성하는 효력을 지니고 있는 것은 아니라고 판단된다.

(바) 한편, 처분청은 부가가치세법시행령 제57조에서 사업상증여나 부동산임대용역의 간주공급에 대하여는 세금계산서교부의무 면제규정을 두고 있는데 반해, 부당행위계산부인하여 과세표준에 포함된 금액에 대하여는 면제규정을 두고 있지 않으므로 부당행위계산부인금액에 대하여는 세금계산서미교부가산세를 부과하여야 한다는 의견을 제시하고 있으나,

위 제57조에서 세금계산서교부의무 면제대상으로 규정한 자가공급, 개인적공급, 사업상증여, 부동산임대용역의 간주공급등은 사업자간의 정상적인 거래가 있는 경우로서 세금계산서를 교부받을 당사자가 사업자 자신이거나 간주공급처럼 그 공급가액의 계산절차가 번잡하여 세법에서 이를 예외적으로 제외한 것으로 보여지고,

이 건과 같이 사인간에 계약으로 인해 법률적 효력이 발생하는 거래금액으로 거래당시 세금계산서를 이미 작성·교부하였으므로 세법상 저가양도를 이유로 한 부당행위계산부인금액에 대하여 다시 세금계산서를 발행할 필요성이 없어 위 제57조에서는 부당행위계산부인금액에 대하여 별도로 면제를 규정하지 아니한 것으로 해석된다.

(사) 살피건대, 사업자가 자산을 저가양도하여 부당행위계산부인한 금액이 부가가치세 과세표준에 포함된다고 하더라도 당초 거래시 사업자가 실제거래금액을 기초로 세금계산서를 이미 작성·교부한 점, 부당행위계산부인규정은 세법적으로 과세소득을 계산하는 데 불과할 뿐 특수관계자와의 사이에 적법·유효하게 성립한 법률행위나 계산 및 그 자체의 사법상 효력까지 부인하는 것은 아닌 점등을 종합하여 볼 때 부당행위계산부인금액에 대하여는 세금계산서교부의무나 계산서교부의무가 없다고 보는 것이 타당하다고 할 것이다.

(아) 따라서 처분청이 발전사업부문의 저가양도금액에 대하여 부가가치세법 제22조 제2항 제1호 및 법인세법 제76조 제9항 제1호의 규정을 적용하여 세금계산서미교부가산세 및 계산서미교부가산세를 산출하고 이를 부가가치세 및 법인세로 과세한 처분은 관련 법령을 오해한 것이므로 부당하다고 판단된다.

(5) 쟁점5에 대하여 살펴본다.

(가) ○○○는 발전사업부문을 (주)○○○에게 장부가액 ○○○원에 미달되는 ○○○원에 양도하고 그 매각손실 ○○○원을 특별손실로 비용처리하여 1999사업연도 법인세를 신고한 사실이 확인된다.

(나) 처분청은 ○○○가 발전사업부분을 1998.7.1과 1999.3.31 2차례에 걸쳐 재평가를 하고 동 자산을 1999.8.31 양도하였으므로 1999.3.31자 재평가는 재평가일로부터 1년 이내에 해당된다하여 관련 법령의 규정에 의거 재평가를 하지 아니한 것으로 보아 재평가 전의 장부가액 ○○○원을 기준으로 매매손익을 계상하여 ○○○가 특별손실로 계상한 매매손실 ○○○원을 손금불산입하여 과세한 사실이 확인된다.

(다) 청구인이 심리자료로 제시한 1998사업연도 감사보고서 및 1999사업연도 감사보고서에 의하면, ○○○는 유형자산에 대하여 1998.7.1을 재평가일로 하여 자산재평가를 실시하여 재평가차액 ○○○원 중 자산재평가세 등을 차감한 잔액 ○○○원을 재평가적립금으로 계상한 사실이 확인되는 반면, 1999.3.31자로 자산재평가를 한 사실은 확인되지 아니한다.

(라) 우리심판원에서 이 건 세무조사관서인 ○○○국세청장에게 ○○○가 1999.3.31기준으로 재평가한 사실을 확인할 수 있는 재평가관련 재평가액결정결의서 및 재평가세결정결의서 사본을 공문으로 요청(9조사관-24, 2003.9.29)한 데 대하여

○○○국세청장은 "당초 답변서에서 ○○○가 1999.3.31자로 재평가한 것으로 답변하였으나, 재차 확인한 바 1999.3.31자로 재평가한 사실은 없는 것으로 확인된다"는 내용으로 추가 답변서를 공문으로 회신(법무61233-14532, 2003.10.20)하였고,

또한 ○○○국세청장은 위 답변서에서 ○○○가 특별손실로 계상한 ○○○원은 자산의 임의 평가손실이라고 다시 의견을 제시하면서도 실제 임의평가손실인지의 여부에 대하여는 객관적인 증빙자료는 제시하지 못하고 있다.

(마) 살피건대, 자산재평가법의 규정에 의하면 재평가한 자산을 재평가일로부터 1년 이내에 양도하는 경우에는 당초부터 재평가를 하지 아니한 것으로 보아 재평가전의 장부가액을 기준으로 매매손익(고정자산처분손익)을 계산하는 것이 타당한 것이나,

이 건은 ○○○가 발전사업부문 양도일인 1999.7.7부터 1년 이전인 1998.7.1 재평가한 사실만 확인될 뿐 1999.3.31 재평가를 하지 아니한 사실이 당초 조사관서인 ○○○국세청장의 회신공문에 의하여 확인되고 있으므로 위 특별손실계상액이 임의평가손실로 밝혀지는 경우 다시 과세하는 것은 별론으로 하더라도 처분청이 발전사업부문을 재평가일로부터 1년 이내에 양도하였다고 하여 임의로 장부가액을 수정하고 발전사업부문의 매매손실을 손금불산입하여 과세한 처분은 사실관계를 오해한 것이므로 부당하다고 판단된다.

(6)쟁점6에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 ○○○가 1996사업연도 중 직영대리점인 ○○○(주)에게 무이자로 대여한 아래 <표2>의 시설자금에 대하여 부당행위계산부인규정에 의거 그 인정이자상당액 ○○○원을 익금산입하여 이 건 법인세를 과세한 사실이 확인된다.

○○○

(나) 처분청이 심리자료로 제시한 자금대여계약서에 의하면, ○○○는 아래 <표3>와 같이 특수관계 없는 대기가스○○○등에게 충전소운영자금을 대여하면서 12%의 이자율로 대여한 사실 및 동 계약내용대로 이자를 수취한 사실이 확인된다.

○○○

(다) 또한 ○○○는 ○○○(주)에 대한 대여금에 대하여 1995사업연도 및 1997사업연도 법인세신고시 가지급금인정이자를 계산하여 익금산입한 바 있으며, 이 건도 1995사업연도로부터 이월된 대여금에 대하여 1996사업연도분 인정이자계산을 일부 누락하여 추가로 과세한 것임이 확인된다.

(라) 살피건대, 쟁점대여금은 1995사업연도로부터 이월된 대여금이 12건에 ○○○원, 1996사업연도에 신규로 발생된 대여금이 10건에 ○○○원, 합계 ○○○원인 점에 비추어 동 대여금을 일반적인 시설자금으로 보기 보다는 특수관계법인에 대한 운영자금의 대여로 보는 것이 경험칙에 부합한다고 보여지고,

또한 처분청이 심리자료로 제시한 특수관계 없는 자간의 자금대여약정서에서도 12%의 이자율로 시설자금을 대여한 사실이 확인되고 있는 점에 비추어 볼 때 ○○○가 특수관계법인인 ○○○(주)에 무이자로 대여한 쟁점대여금에 대하여 인정이자를 계산하여 익금산입한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 판단되므로 쟁점4에 대하여는 국세심판관합동회의의 의결을 거쳐, 나머지 쟁점에 대하여는 국세심판관회의의 의결을 거쳐 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.